对这个在自己门槛边上崛起的新蒙古帝国，康熙皇帝不可能坐视不管，他向噶尔丹宣战，将他围追堵截在了张家口和库伦之间的乌兰布通，此地距北京仅有八百里路。1690年底，耶稣会教士们为康熙制造了火炮，利用这些火炮，清军打得噶尔丹仓皇失措。1691年5月，康熙在多伦诺尔召集会议，会上以土谢图汗和车臣汗为首的喀尔喀部主要首领们承认他们自己是中国，即满族帝国的属臣，并同意纳贡，作为回报，他们将获得帝国国库的一笔津贴。以个人效忠的纽带，他们进一步承认了对清朝应承担的义务。后来，由于两个家族的联盟，个人效忠的纽带也不断加强。
1695年，噶尔丹率军穿过喀尔喀境内，长驱直入，直抵克鲁伦河流域，希望与嫩江边的科尔沁人取得联系并怂恿他们摆脱清朝属臣的地位，与自己一起攻击清朝。然而，科尔沁人将这一阴谋通报给了北京朝廷。1696年春天，康熙帝率领大军前去征讨，清军从张家口出发，溯流而上，直取克鲁伦河。噶尔丹见清军如此勇猛迅速，企图避开康熙帝的大军，然而，在土兀剌河畔，康熙的得力干将费扬古率先头部队追上了他。这一次，康熙帝仍使用火炮和滑膛枪大破敌军（噶尔丹侥幸逃走）。1696年6月12日，噶尔丹在库伦南的昭莫多战败。噶尔丹的妻子被杀，她的随从被俘，她的牧民们也被清军俘获。次年春天，康熙准备再发动一场远征，以此将准噶尔人赶回塔尔巴哈台，却得知噶尔丹已身患重病，并于1697年5月3日去世。
对清帝国而言，这次战争最大的胜利在于在喀尔喀人中建立了一个永久性的保护国。康熙将四位喀尔喀汗从准噶尔的统治下解放出来，并派出清朝官员协助他们管理，还在喀尔喀境内的中心地带库伦驻扎了一支清军。此外，就世界观而言，康熙仍是地地道道的满族人，他能充分理解游牧民的心理，并慎重地避免干涉东蒙古人的民族组织。该地区内原部落、军事和行政划分为扎格兰（议会或盟）、爱马克（部或军团）、库西昆（“旗”）和苏木（“箭”或“骑兵中队”），康熙对此表示尊重。
十一、策妄阿拉布坦统治下的准噶尔汗国
已经确立了对喀尔喀人的保护权，这让康熙帝很欣慰，而噶尔丹的死进一步保证了这一保护权，但康熙并不打算征服塔尔巴哈台的准噶尔国，而是任由噶尔丹的侄子，也就是僧格之子策妄阿拉布坦登上了绰罗斯部王位。因为康熙知道，噶尔丹曾一度想杀死策妄阿拉布坦。于是，在北京朝廷看来，准噶尔各部正由中国的一位盟友统治着。但实际上，策妄阿拉布坦对清朝并无好感，只是此时的他需要巩固自己在塔尔巴哈台和伊犁地区的统治，对于这位新汗而言，伊犁地区事关重大。他最终在固尔扎建都，并将叶密立城留给了他的兄弟大策凌敦罗布。
当时，吉尔吉斯—哈萨克人正统治着从巴尔喀什湖到乌拉尔河之间的区域，这支突厥游牧民族服从于头克汗。头克汗阴险狡诈，他巧妙地利用了准噶尔人与清朝的微妙关系，在准噶尔人中间制造了一些混乱—他下令处死了大批准噶尔使者，并杀死了随行的五百人。
1698年，策妄阿拉布坦进攻头克汗，并最终打败了他。1718年，中帐首领布拉特汗继承了头克汗的位置，但他更不走运。1723年，准噶尔人从吉尔吉斯—哈萨克人手中夺下了赛拉木城、塔什干城和突厥斯坦城。因为战败，吉尔吉斯—哈萨克人走向分裂，大帐和中帐的一些首领承认了策妄阿拉布坦的宗主权，喀喇吉尔吉斯人，或者说伊塞克湖边的布鲁特人也承认了策妄阿拉布坦的宗主权。与其前任噶尔丹一样，策妄阿拉布坦维持了准噶尔人对喀什和叶儿羌的统治。1716年，他北方的兄弟大策凌敦罗布开始进攻俄国人，并一度将俄国人赶出了叶尼塞河畔的雅米谢威斯克。1720年春天，在斋桑湖附近，一支俄国远征军与策妄阿拉布坦之子噶尔丹策凌交战，双方虽然武器力量悬殊（弓箭对火器），但噶尔丹策凌还是率领着两万准噶尔士兵成功地堵截了俄国人。最终，乌斯季卡缅诺哥尔斯克要塞成了俄国与准噶尔人的边界。
策妄阿拉布坦来不及等西方的帝国反攻，就开始向东方发动了由其叔叔噶尔丹执行的反抗清政府的战争。1680年左右，达赖喇嘛阿旺·罗卜藏去世，掌握世俗权力的第巴桑结嘉措操纵了喇嘛教会。他为所欲为，先是以已故达赖喇嘛之名进行统治，1697年，又指定一名幼童出任新达赖喇嘛，并以他的名义进行统治。第巴桑结嘉措支持准噶尔人，反对清朝。康熙策动青海地区的和硕特部拉藏汗反对他，于是，拉藏汗于1705—1706年间出兵西藏，处死桑结嘉措，并废黜了年幼的达赖喇嘛。在使用了一些计谋后，拉藏汗和康熙提名了一位新的达赖喇嘛。
策妄阿拉布坦感觉到，西藏教会对蒙古的精神影响太强烈了，他不能让清朝利用这一点。1717年6月，他派其弟大策凌敦多卜率军前往西藏。大军从和阗出发，穿越了昆仑山和满是荒漠的高原，直奔那曲地区，和硕特部的拉藏汗正驻守在那里，作为清政府的代表，当时他正沉浸在打猎的欢愉之中。之后，拉藏汗受到准噶尔军的突袭，他被迫撤往拉萨，大策凌敦多卜军一路尾随着而来。
1717年12月2日，叛乱者为大策凌敦多卜打开了拉萨的大门，准噶尔军进城后进行了三天三夜的屠城活动。拉藏汗曾试图坚守布达拉宫，后来在逃亡时被杀，布达拉宫也遭到洗劫。
同时，康熙不可能眼看着准噶尔人占有西藏而坐视不理。1718年，他命令四川长官进攻西藏，但是，刚抵达那曲时，这位长官就被准噶尔军击溃并杀死。1720年，另外两支清军入藏：一支从四川进入，另一支从柴达木进入。第二支军队打败了准噶尔军，之后，大策凌敦多卜带着残兵败将逃出西藏，回到了准噶尔地区，一位亲清政府的达赖喇嘛被扶植上位，同时，康熙还派出两位清朝的高级官员前往西藏，负责操纵黄教政策。
在戈壁地区，策妄阿拉布坦的霉运也没有结束，1715年，他的军队没能从清朝驻军手中夺取哈密，1716年，清军发起攻势，占领了巴里坤。然后，两支清军兵分两路，进攻策妄阿拉布坦，一支从巴里坤出发，另一支在更北方的地区活动，占领了吐鲁番，并于1720年底在乌鲁木齐战胜了准噶尔军。虽然清军未能留在乌鲁木齐，但他们在吐鲁番设立了一个军屯区。而吐鲁番的民众也站起来反抗准噶尔人的统治，这一点对清军的行动是有利的。
康熙有过远征的尝试，他的下一步很可能是征服准噶尔本土，但是，他于1722年12月去世了，其子雍正继位。这位继承者不爱习武，他于1724年与策妄阿拉布坦议和。然而，这次和平不过是休战而已。策妄阿拉布坦于1727年底去世，在此之前，他已经占领了吐鲁番，并恢复了对清朝的攻势。
十二、噶尔丹策凌的统治
策妄阿拉布坦去世后，其子噶尔丹策凌继位。从一开始，这位新准噶尔王就表现出了对清朝的极端仇视，1731年，雍正皇帝被迫与之开战。一支清军从巴里坤出发，前往乌鲁木齐，击溃了集结在那里的敌军。然而，清军没有继续留在乌鲁木齐。再往北，另一支清军来到科布多，进入了准噶尔腹地，然而，两个月后这支军队被击溃，几近全军覆没。这一仗让雍正帝心灰意冷，他命令军队从科布多和吐鲁番撤退。
噶尔丹策凌巧妙地抓住了清军失利的这一时机，派其叔叔大策凌敦多卜进攻喀尔喀境。军队从科布多出发，来到克鲁伦河，在那里遭到了喀尔喀人的顽强抵抗。据《东华录》记载，喀尔喀人在塔里克河、土兀剌河和翁金河的各渡口设防，直到1731年底前，准噶尔人都没能在喀尔喀立住脚。1732年春，那些前往哈密驱逐清军的准噶尔人也没有太大收获。同年夏末，在和林附近，一位喀尔喀王突袭了一小支正在进攻喀尔喀部的准噶尔军，并杀死了一部分士兵。现在，轮到清军采取攻势了。1733—1734年间，清军攻克了地处杭爱山中心的乌里雅苏台，直逼额尔齐斯河，并夺回了科布多。
尽管清军占领了乌里雅苏台和科布多，但雍正帝还是于1735年提出了与噶尔丹策凌缔结条约的提议，通过该条约，中国将保留杭爱山以东的地区，即喀尔喀部境，而准噶尔人将得到该山脉以西和西南地区，即准噶尔和喀什噶尔。1735年，雍正帝去世，1740年，其继承人乾隆帝承认了这一条约。这一次的和平一直持续到1745年底噶尔丹策凌去世。
十三、清朝合并准噶尔地区
噶尔丹策凌去世后，准噶尔国内一片动乱。其子策妄多尔济·那木札尔于1745—1750年在位，他是一个放浪形骸而生性残忍的年轻人，后来，贵族们将他弄瞎，关在了阿苏克。接着继位的是新汗喇嘛达尔札，但人们不服他的统治。杜尔伯特部、和硕特部和辉特部已经臣服于绰罗斯部洪台吉一个世纪之久，他们扬言要摆脱绰罗斯部而独立。随着统一的丧失，准噶尔国也随之消失。1753年，策凌敦多卜的孙子达瓦齐，在辉特部王、噶尔丹策凌的女婿阿睦尔撒纳的支持下，进军固尔扎，处死了达尔札。随后，达瓦齐被拥立为汗。他昔日的盟友阿睦尔撒纳住在伊犁河畔，已俨然一位独立的王公。达瓦齐向他开战，打败并驱逐了他。
1754年，阿睦尔撒纳与辉特部、杜尔伯特部与和硕特部的许多首领一起逃到清朝境内避难，并效力于乾隆帝。在热河，乾隆帝隆重地接见了他，并将其置于自己的保护之下。1755年春，满族将军班第率领清军，护送他返回准噶尔，兵不血刃地进入了固尔扎。达瓦齐逃走，不久后于阿克苏被抓，并被交到了班第手中。班第将他送往北京，受到了乾隆帝的优待，于1759年在北京去世。
同时，班第以抚远大将军的身份驻守在固尔扎，他立即宣布准噶尔国解体，并为绰罗斯部、杜尔伯特部、和硕特部和辉特部各部分别提名了一位新汗。阿睦尔撒纳原本希望，可以获得一部分达瓦齐的遗产，现在他大失所望。为了让他息怒，班第强迫他前往北京。然而，阿睦尔撒纳在中途逃跑，返回了固尔扎，并煽动准噶尔人反对清廷的统治。而班第已经轻率地缩减了自己的兵力，等他回过神来，已经被敌人重重包围，眼见着希望渺茫而自杀身亡。当时是1755年的夏末初秋。
一位名为兆惠的满族将军挺身而出，力挽狂澜。1756年冬天，他被围困于乌鲁木齐，一直坚持到援军从巴里坤赶来。1757年春，他进军塔里巴哈台的叶密立河畔，而另一些清军则去收复固尔扎。1757年夏，阿睦尔撒纳眼见四面受敌，匆忙逃往西伯利亚的俄国人处避难。
至此，准噶尔人的独立终结了。简而言之，准噶尔地区，即科布多地区、塔尔巴哈台、伊犁流域或称固尔扎地区直接并入了中国。曾经清朝还用各地的移民填充此地，其中包括吉尔吉斯—哈萨克人，来自喀什噶尔的塔兰奇人，来自甘肃的回民，察哈尔和喀尔喀居民，图瓦族的兀良哈人，甚至有来自满洲的锡伯族和高丽族移民。1771年，土尔扈特人在其汗渥巴锡的率领下，离开了伏尔加河下游，重返故地伊犁流域。乾隆帝在北京隆重接见了渥巴锡，并为其疲惫不堪的人民提供了充裕的粮食。同年，他们被安置在了固尔扎的东部和南部，即裕勒都斯河谷和乌伦古河上游河谷，以便填补其兄弟部落绰罗斯部和辉特部被消灭而形成的空地。
随着准噶尔汗国的灭亡，蒙古人的历史也结束了。
十四、清朝进占喀什噶尔
喀什噶尔以叶儿羌为都，于1775年前，在黑山派和卓家族的统治下形成了一个国家，该国后来甚至成了准噶尔诸汗实际的保护国。黑山派丹尼雅尔和卓去世之后，准噶尔汗噶尔丹策凌将其领地分给了和卓的四个儿子，札甘统治叶儿羌；玉素甫统治喀什；阿优布统治阿克苏；阿布德·阿拉赫统治于阗。但随后就发生了内战。在阿睦尔撒纳还与清将班第交好的那段时间（1755年），他们计划释放另一个和卓家族，即黑山派的宿敌白山派，以平息黑山派的叛乱。自1720年起，准噶尔统治者就将白山派半监禁式地围堵在了固尔扎。白山派首领大和卓包尔汉丁和其弟小和卓霍集占欣然接受了这一计划，阿睦尔撒纳和清军借给了包尔汉丁一支小军队，包尔汉丁率军先后从黑山派手中夺取了乌什·吐鲁番、喀什和叶儿羌，也就是整个喀什噶尔。
占领喀什噶尔后，包尔汉丁和霍集占利用阿睦尔撒纳与清廷之间爆发的战争，宣布独立，并摆脱了准噶尔人和清朝的控制。1757年春末，他们屠杀了一支清军。然而，好景不长，随着清朝进占准噶尔地区，清军将矛头对准了大、小和卓。1758年，兆惠率领着一支清军，从伊犁河南下，抵达塔里木，在库车附近打败了霍集占，之后，他逃往叶儿羌，并在那里顽强抵抗。同时，包尔汉丁蜷缩在喀什，在一场清军发动的围攻战中反围攻了清军。1759年初，清军终于等到了富德派来的援军，并重新进攻。同年，叶儿羌和喀什相继在霍集占和包尔汉丁逃走后投降。
大、小和卓投降后，逃往巴达克山避难，地区酋长担心遭到清朝报复，还是处死了这两位和卓，并将霍集占的首级交到了清军将领富德手中。兆惠将喀什噶尔并入了清帝国，该地成了清帝国“新的边疆之地”，即新疆。
乾隆帝占领了伊犁地区和喀什噶尔，标志着中国自班超时期以来所实行的亚洲政策最终得以实现，这就是定居民对游牧民族、农耕地区对草原的有力还击。
