蒙哥去世后，其弟忽必烈于1260年成为蒙古国大汗。此后，他继续征讨南宋，并第一次带领蒙古人征服了中国全境。1260年，忽必烈以北京为都城，建立了元朝，忽必烈即元世祖。忽必烈是一位英明的君主，他在位期间，一方面继承了成吉思汗的绝对权威，另一方面又保留了南宋王朝的全部官员及行政机构。1294年，忽必烈驾崩，铁穆耳继承汗位，并继续反海都之战。然而，铁穆耳之后的继位者们越来越软弱无能，元朝很快衰落。1368年，明军推翻了元朝的统治。
一、忽必烈与阿里不哥争夺王位
蒙哥一共有三个弟弟，即忽必烈、旭烈兀和阿里不哥。1256年，旭烈兀成为波斯汗而远离了蒙古，并没有继承大汗位的野心。剩下的只有忽必烈和阿里不哥。阿里不哥是幼子，已经成为蒙古本土的统治者，并在蒙古的都城哈拉和林安营扎寨。作为蒙古地区的统治者，他准备在蒙古召开一次库里勒台，以当选为大汗。然而，忽必烈先声夺人，他率军一路从武昌北上，在中蒙边界位于今察哈尔和热河之间的多伦诺尔附近的上都府建立了大本营，之前，他已经在这里建立了他的夏季驻地。1260年6月4日，他的军队在此拥立他为大汗，时年44岁。
根据成吉思汗的法律，这种仓促的选举是不被认可的。按照传统，应该在蒙古境内召开库里勒台，会前应该召集成吉思汗的四个兀鲁思的代表们出席。因此，在蒙哥的丞相孛鲁合的鼓动下，阿里不哥也踌躇满志地在和林以大汗自称。在中国，最初那些控制着四川和陕西的蒙古将军支持阿里不哥，但很快，忽必烈就赢得了他们的支持。在甘州东部（今甘肃境内），忽必烈的副将们战胜了阿里不哥的军队，此番胜利巩固了忽必烈在被蒙古征服的中国区域的合法性。忽必烈将势力向蒙古拓展，1260年底，他在哈拉和林以南的翁金河畔度过了冬天，而阿里不哥则朝着叶尼塞河上游撤退。接着，忽必烈错误地认为，争夺已经结束，在和林留下一支军队后，就匆忙返回中国。1261年底，阿里不哥卷土重来，赶走了这支军队，并前去攻打忽必烈。在戈壁的边境，双方打了两仗，第一次忽必烈胜，然而，他又一次犯错，没有乘胜追击阿里不哥，十天后，又打了一仗。战况激烈，却胜负未分。
窝阔台汗国的首领、塔尔巴哈台的叶密立地区的统治者海都和察合台宗王阿鲁忽都支持阿里不哥，因为阿里不哥曾帮助阿鲁忽从其堂兄妻兀鲁忽乃手中夺得察合台兀鲁思。这样一来，阿里不哥与忽必烈就势均力敌了。直到1262年底，阿鲁忽背叛了阿里不哥，转而投靠忽必烈，形势才得以扭转。在此之后，忽必烈驱逐了阿里不哥的人马，再次占领了和林，阿里不哥迫于无奈，在伊犁河流域与阿鲁忽作战，并最终遭到两军围困。最后，他于1264年向忽必烈投降。忽必烈宽恕了他，只处死了他身边一些重要的支持者，其中包括聂思托里安教丞相孛鲁合。但是，他仍囚禁了阿里不哥，一直到1266年，阿里不哥才去世。
二、忽必烈征服南宋
家族内部纷争告一段落后，忽必烈再次将伐宋提上议程。宋度宗在位时，权臣贾似道提倡亲蒙政策，这让南宋将领的努力付诸东流。宋度宗去世后，贾似道扶持年仅四岁的宋恭帝即位，并借着他的名义把持着朝政。这时的南宋已是日薄西山。攻打南宋期间，忽必烈得到了伯颜和阿术两位得力将领的帮助，此外，回鹘人阿里海牙也支持他。1268年，阿术率军围攻重镇襄阳和樊城。这一场战争持续了五年，南宋守将用鲜血和生命书写了许许多多可歌可泣的故事。比如，1271年，张贵和张顺两名中国将领临危受命，从水路前去增援襄阳，执行任务时壮烈牺牲。1272年，围攻四年之久的蒙古军并未有什么实质性进展。这时，阿里海牙从美索不达米亚带来了两位能工巧匠—毛夕里的阿拉丁和希拉的伊斯迈尔，二人制造的攻城武器大大挫败了南宋的军民。1273年2月，蒙古军占领了樊城。3月，内外交困的襄阳守军投降。在占领襄阳、樊城之后，蒙古军又控制了长江下游地区。1275年，阿术和另一位将领伯颜占领了湖北、江苏、安徽的部分地区。接着，伯颜进攻浙江，占领了常州。之后长驱直入，来到了南宋都城杭州。1276年1月，摄政皇后万分惊恐地将杭州拱手让给了蒙古人。1276年2月25日，伯颜把小皇帝带到了忽必烈面前，忽必烈友好地召见了他。可见，自成吉思汗以来，蒙古人已取得了巨大进步，历经两代人，他们已经与那些有着悠久文明的民族旗鼓相当了。
尽管都城沦陷，皇帝被俘，南宋的军民仍没有放弃抵抗。1276年，阿里海牙占领了长沙和桂林。就在此时，忽必烈被迫返回蒙古，平定族人的叛乱，这给南宋的主战派以喘息之机，然而，没过多久，速客秃就率领着蒙古军，重新返回中国，依次占领了福建省的福州和泉州，以及广东省的广州和潮州。张世杰率领着中国最后一批爱国人士，带着新立的九岁南宋小皇帝在海上的船只上避难。1279年4月3日，蒙古水军在广州西南崖山附近攻击了这艘船，小皇帝溺水而亡。
包括南方在内的中国全境第一次落入了突厥—蒙古族的征服者手中。这是5世纪的拓跋氏突厥人和12世纪的女真氏通古斯人都未能实现的光辉事业，如今，忽必烈终于完成了。那些漫游于广阔草原的牧民们，那些灰狼和红色雌鹿的子孙们，跟随着忽必烈，最终成了中国的主人。然而，征服的过程是如此缓慢，足以将其产生的恶劣影响都抵消掉。身为游牧民的后代，忽必烈虽然用武力征服了中国，但他本人被中国文明深深折服。因此，他的目标始终如一，那就是成为真正的天子，使蒙古帝国成为中国帝国。如今，通往这一目标的路已经打通了。南宋一灭亡，他就成了合法君王。他的王朝名为元朝（1280—1368年），他一心想要追随中国王朝的文明步伐，汉化的倾向十分明显，据记载，忽必烈从阿里不哥手中夺回了和林，但他再也没有回到那里住过。1256—1257年，他选择了今察哈尔东、多伦诺尔附近的上都府作为夏季驻地，并在那里修建了一群宫殿。1260年，他定都北京，1267年，他在原北京城建筑群的东北方向修建新城，名为大都，意为伟大的都城。这个城市还被称为可汗之城，来自西方的游人称之为汗八里。北京成了世代蒙古君主们的冬季驻地，上都府继续延续着夏季驻地的职责。
三、忽必烈对日本、印度支那和爪哇的战争
做了中国皇帝，忽必烈要求邻近诸国按照中国的传统政策，归顺元朝，成为中国的卫星国。然而，在江华小岛偏安一隅的高丽王朝仍在进行抵抗。1258年，高宗王瞮派出世子王典来到蒙哥宫廷，作为人质。忽必烈成为大汗后，将这位年轻的王子送回国，让他统治高丽，并将女儿嫁给了他。通过这一政治联姻，高丽王朝最终成了元朝的属国。
忽必烈还要求日本称臣，1268年和1271年，日本摄政王北条时宗两次拒绝了这个要求。1274年，忽必烈派出一支舰队，由一百五十艘战船组成，载着远征军，前去征伐日本群岛。军队在高丽东南海岸登船，经过马岛和一歧岛，在下关附近、九州岛上的博多（今吕崎）湾登陆。然而，这些草原上的战士并不习惯海上的远征。而且，蒙古人只是入侵军的核心，其主体是厌战的中国人和高丽人，而那些隐藏在麦诸基要塞的大名们誓死反抗，最终迫使侵略者退回了船上。
1276年，忽必烈第三次向日本提出向其称臣的要求，北条时宗再次拒绝。经过长时间的备战，1281年6月，忽必烈派出了更为强大的船队前去攻打日本，这支军队由四万五千名蒙古人和十二万名中国人和高丽人组成，他们相继在九州博多湾、肥前省鹰岛和平卢登陆。然而，这支军队还是被愤怒的日本人击败。更为雪上加霜的是，1281年8月15日，一场可怕的飓风将蒙古舰队驱散，并摧毁了许多船只。这样一来，蒙古军失去了依靠，他们有的被俘虏，有的被杀死。
忽必烈在印度支那的推进也不顺利。当时该地由四大国组成：安南国，包括东京平原和很久以后成为法属的安南国，即今北越的东京平原北部，该国深受中国文化影响；占婆国，曾是法属安南的中部和南部，即今南越地区，人种上属于马来亚—波利尼西亚人，深受印度文化影响，信仰婆罗门教和佛教；柬埔寨国，又称为高棉，属于纯高棉种人，信仰婆罗门教和佛教；缅甸国，人种上属于缅甸—藏族，受印度文化影响，信仰佛教；缅甸的白古属国是纯高棉种人，信仰佛教。1280年，禁不住忽必烈的再三威逼，占婆国的摩诃罗阇（即国王）陀罗诺曼四世不得不接受蒙古人的保护。1281年，该国被划为中国的行政区，但该国人民拒绝承认。接着，忽必烈派出了一小支军队，在速客秃的统帅下，从广州出发，经海路来到占婆。1283年，唆都攻占占婆都城佛誓。然而，蒙古军没能打败占婆的游击队，最后只能退回船上。1285年，忽必烈的儿子脱欢率领大军经过谅山和东京平原，来到印度支那，攻打安南人。在北件附近，脱欢获胜，但是，之后在三角洲的异隆又战败，只好退回中国。同时，在南方地区，速客秃试图从后面突袭东京。1285年，他在占婆港登陆后，北上义安和清化，与脱欢会师，但是，在特基特湾遭到安南人的袭击，并被杀死。1287年，一支新的蒙古军经过东京平原，再次占领了河内，但是没能守住这座城市。安南王陈仁宗（1278—1293年在位）成功地抵抗了各次攻击，胜利地返回都城。然而，1288年，他十分明智地承认了忽必烈的宗主地位，但是他拒绝亲自前往北京朝见忽必烈。1293年，忽必烈扣留了他的使臣陶子奇。1294年，忽必烈的继承者—铁穆耳皇帝终于与之前的那些“叛臣”达成和解。占婆国王同样也履行了作为封臣的义务。
1277年，蒙古人攻下了缅甸的八莫海峡。至此，可以自由地前往伊洛瓦底江流域。马可·波罗生动地描述了这次战役，战争中，蒙古弓箭手很好地利用了缅甸战象笨拙的特征。1283—1284年间，他们再次进攻缅甸，缅甸统治者蒲甘王那罗梯河波帝放弃都城，仓皇逃跑。然而，直到1287年第三次战争时，蒙古人才一路南下，抵达缅甸都城蒲甘。他们将蒲甘城洗劫一空。1297年，为了赢得和平，蒲甘新王乔苴承认了自己是蒙古人的属臣。然而，1300年，关于蒲甘王位的继承权问题再次引发纠纷，为了维持秩序，蒙古人再次介入缅甸事务之中。
蒙古人的影响一直辐射到柬埔寨。1296年，铁穆耳帝派使团出使柬埔寨，周达观就在其中。根据这次旅行，他创作了一部游记。1294年起，清迈和素可泰两个泰族王国也成了元朝的属国。
1293年1月，忽必烈派出了由三万人组成的远征军，从泉州出发，前往爪哇。爪哇岛东部的谏义里王是爪哇的主要统治者，中国将领史弼、高兴率领着一支蒙古大军，在另一位爪哇首领土罕必阇耶（拉登·韦查耶）的帮助下，在满者伯夷附近，打败了谏义里王。很快，都城谏义里（又称达哈），也沦陷了。然而，在这之后，土罕必阇耶将矛头对准了蒙古人，蒙古人迫于无奈，只能回到船上。于是，土罕必阇耶解放了爪哇岛，建立了满者伯夷国。
四、忽必烈与窝阔台汗国的争斗
对于忽必烈而言，征服这些“殖民地”的成绩虽然辉煌，但平定成吉思汗其余各支的战争更加重要，尤其是他与窝阔台之孙海都之间的斗争。海都统治着叶密立流域和塔尔巴哈台山地的父系领地。他忠于古老传统，仍过着游牧生活，与已半汉化的忽必烈形成了鲜明对比。毋庸置疑，许多蒙古人和蒙古化的突厥人都惊诧地注视着在中国已征服地区内的统治者所发生的变化和蒙古大汗向中国天子的转变。这一反对派中的第一个代表就是阿里不哥，海都也扮演着同样的角色，但他更具魄力。
以忽必烈为代表的拖雷家族似乎抛弃了纯成吉思汗蒙古人的古老传统，海都将拖雷家族抛诸脑后，决定扭转窝阔台家族的命运。换而言之，海都要做的就是成为合法继承人，争夺忽必烈在蒙古和察合台家族在突厥斯坦的利益，并最终在中亚建立一个强盛的大汗国。
海都首先反对察合台家族。1267—1269年间，他打败了八剌，拿下了伊犁河流域和喀什噶尔，八剌现在只剩下河中地区，而八剌的继承者们成了海都的属臣，他可以随意地废立他们。作为中亚的君主，海都采用了“汗”号，并进军忽必烈。
忽必烈派出了四子那木罕迎战海都。1275年，那木罕率军前往阿力麻里（今固尔扎附近）。一个由数位宗王组成的参谋团陪伴着那木罕，他们之中包括脱脱木儿和那木罕的堂兄弟、蒙哥之子昔里吉。然而到了1276年，脱脱木儿说服了昔里吉与他一同谋反。二人抓捕了那木罕，投靠了海都，并将那木罕交到了海都的盟友—钦察汗忙哥帖木儿手中。不仅如此，察合台次子撒里蛮和另一些成吉思汗宗王们也加入了叛乱。1277年，海都从阿力麻里向哈拉和林出发，忽必烈身陷险境。他将伯颜从中国召回。在鄂尔浑河畔，伯颜打败了昔里吉，将他驱逐到了也儿的石河畔；脱脱木儿则一路逃到了达唐努乌村的黠戛斯人境内，后来又遭遇了帝国先驱部队的追赶，离开了此地。此番受挫后，昔里吉、脱脱木儿和撒里蛮之间发生争执，昔里吉杀死了脱脱木儿，而昔里吉和撒里蛮也互相仇视。后来，撒里蛮抓住昔里吉，并将他献给了忽必烈。忽必烈宽恕了撒里蛮，将昔里吉流放到了一个偏远的小岛上。1278年，那木罕王子获释。这个联合起来反抗忽必烈的联盟因为素质较低而以失败告终。
然而，海都与忽必烈仍处于交战中。海都是叶密克、伊犁河流域、喀什噶尔的主人和察合台诸王的宗主，他将察合台的领地缩小到了河中地区，正如忽必烈是远东地区当仁不让的可汗一般，他也是中亚真正的可汗。1287年，海都组建起了新的联盟，反对忽必烈，参与联盟的包括蒙古帝国系各支的首领，也就是成吉思汗弟弟们的后代。宗王包括乃颜、势都儿和哈丹。乃颜有可能是成吉思汗幼弟铁木哥斡赤斤的后裔，也有可能是成吉思汗异母弟、别里古台的后裔。他的领地位于满洲地区，他是一位聂思托里安教徒，马可·波罗坚称，他的旗帜上有十字。势都儿是成吉思汗大弟弟哈撒儿的孙子，哈丹是成吉思汗二弟哈赤温的后裔，二人在东蒙古和满洲地区都有封地。如果乃颜、势都儿和哈丹将军队在满洲集结，并与海都来自中亚和西蒙的军队成功会师，将对忽必烈造成莫大的威胁。
事不宜迟，忽必烈当即下令，让伯颜代为驻守哈拉和林，阻止海都。他则亲自率领着另一支蒙古军，赶往满洲，陪伴身侧的是成吉思汗最信任的伙伴博尔术的孙子—玉昔帖木儿将军。帝国的舰队从长江下游的港口出发，运载着战争所需的大批物资，在辽河口登陆。此番战争将决定蒙古帝国的命运。
在辽河附近，乃颜的军队以传统的蒙古方式驻扎着，用一排马车保护着。此时，忽必烈已经72岁，他端坐在一座木塔上，由四头象拉着，指挥战斗。拉施特记载道，此战十分艰难，但最终，还是忽必烈获胜了。正如中国史记载的那样，一方面，忽必烈的军队在人数上占有优势；另一方面，忽必烈将中国军队与蒙古军队高效地结合在了一起。1288年，乃颜成为俘虏，他是成吉思汗的侄孙子，忽必烈最终赐予他不流血地死去—在毡毯下被活活闷死。那些支持乃颜的聂思托里安教徒忧心忡忡，担心被报复。然而，忽必烈认为，基督教不应该为此次的叛乱负责任。忽必烈之孙，也就是未来的皇帝铁穆耳完泽笃，粉碎了哈丹，镇压了满洲及其毗邻的蒙古地区，完全终结了进一步的叛乱行动。
海都干涉远东事务的希望化为了泡影。忽必烈的孙子甘麻剌守卫着杭爱山边界，防止海都入侵，却败在海都手下，在色楞格河附近被围困许久，费尽心思后才得以逃脱。1289年7月，忽必烈不顾自己年事已高，决定亲自前去扭转形势。然而，过着游牧生活的海都早已逃得无影无踪。1293年，留在蒙古统率帝国军队的伯颜，以哈拉和林为基地，成功地发动了一次讨伐叛军的远征。同年，忽必烈之孙铁穆耳王子取代了伯颜，开始统率蒙古军，而伯颜则成为忽必烈的宰相。忽必烈去世不久后，伯颜也于1295年去世了。
忽必烈终其一生，也未能看到反海都之战的胜利。1294年2月18日，忽必烈去世，此时，窝阔台家族的首领海都仍是杭爱山以西的蒙古和中亚的君主。忽必烈的继承人是他的孙子铁穆耳完泽笃（1295—1307年在位），他继续了这场战争。当时，统治着突厥斯坦的察合台兀鲁思首领都哇是海都最重要的盟友和属臣。1297—1298年间，都哇发动突袭，抓捕了汪古部的阔里吉思王子，他是铁穆耳皇帝的女婿，此时也是蒙古帝国军队的统帅。当时，都哇本想突袭另一支帝国军队，即由阿难答王子率领的负责守卫唐兀惕边境的那支军队。然而，他本人意外遭遇突袭，只能仓皇逃走，1298年，为了报仇，他杀掉了俘虏阔里吉思。
1301年，海都最后一次尝试进攻帝国，这次，窝阔台系和察合台系的许多宗王都参与其中。他向哈拉和林进攻，当时，铁穆耳皇帝的侄子海山王子镇守着那里。1301年8月，在和林与鄂尔浑河左岸支流塔米尔河之间一场大战打响，海都战败，在仓皇撤退中死去。
在塔尔巴哈台的叶密立地区，海都之子察八儿继承了窝阔台兀鲁思的首领地位，继续反对皇帝，反对忽必烈家族。最初，察合台兀鲁思都哇承认察八儿是他的宗主，但是，不久之后，他厌倦了永无休止的反帝国战争，企图说服察八儿承认铁穆耳皇帝的宗主地位。1303年8月，两位宗王派出使者，前去北京宫廷表示归顺，这一步极具历史意义，它标志着窝阔台和察合台的兀鲁思再一次属于拖雷家族的藩属，进而恢复了蒙古的统一。接着，1306年，都哇和察八儿发生争执，都哇囚禁了察八儿，逼迫他交出东、西突厥斯坦。大约1306—1307年，都哇去世，1309年，察八儿进攻都哇之子、继承者怯伯汗，企图恢复窝阔台兀鲁思对察合台兀鲁思的霸权。然而，怯伯打败了他，他只能逃往中国大汗处避难。
就这样，窝阔台兀鲁思彻底结束了。1269—1309年，这四十年来，窝阔台家族在它的基地塔尔巴哈台的叶密立河畔统治着中亚，并不断与拖雷家族进行着命运的较量。从此之后，它也走下了历史舞台。
忽必烈王朝，也就是中国的元朝，是其他蒙古汗国唯一的宗主，北京也由此成为远至多瑙河和幼发拉底河的世界之都。而那时，忽必烈已经去世十五年之久。现在，我们回过头来看看“忽必烈的内政”。
五、忽必烈的统治：蒙汉政策
忽必烈推行的是一种二元政策：一方面，他是蒙古国至高无上的大汗，继承了成吉思汗、蒙哥的绝对权威，维护了成吉思汗帝国精神上的统一；虽然在他统治期间，每一块大封地都是一个自治汗国，但他坚持要求各大封地必须服从于他。为了获得察合台家族和窝阔台家族的服从，他一生戎马，四处征战。另一方面，他又是中国封建王朝忠诚的延续者，他一丝不苟地扮演着自己的角色。他所推行的行政机构甚至治愈了一个世纪之久的战争创伤。南宋灭亡后，他不仅保留了之前的全套行政机构和官员，还想尽办法获得了这些官员们的效忠。他不仅征服了这片土地，还征服了这片土地上的人们。
对于这个庞大的帝国而言，行政运转和物资供应是如此重要。因此，交通问题受到了他的高度关注。他修复帝国的道路，并在道路两旁栽种树木遮阴，每隔一段距离，还修建了客栈，以供商旅休憩。他将二十多万匹马分派到各个驿站，以发展帝国的邮政事业。为了保证都城北京的粮食供应，他重新修复并开通了大运河—大米可以经由运河从中国中部地区运往都城。为了预防饥荒，他恢复了国家粮食控制的政策。实际上中国早就制定了这一政策—在丰年时，国家会收购粮食，将其贮藏在国仓中。在荒年时，就开放粮仓，将谷物免费派发出去，并组织公共救济。1260年，法令要求地方长官为老学者、孤儿和老弱病残者提供救济。1271年，又有一道法令，号召修建医院。这些措施的推行，除了受中国行政传统的影响之外，忽必烈很可能还受到了佛教的影响，而且这种影响很强烈。此外，还会定期将稻米和玉米分发给那些急需的家庭。据马可·波罗记载，仅忽必烈本人，每天就要接济三万穷人。
财政是忽必烈行政管理中唯一的不足之处。在南宋的一系列制度中，忽必烈十分欣赏“钞”或者说纸币的用途。他将钞票引入到流通领域中，使其成为财政基础。1264年，他颁布了一条法令，公布了用纸币来计算主要商品价值。他的第一任理财大臣是不花剌的穆斯林赛夷阿札儿，他在任期间，努力地将钞票的发行维持在合理的范围内。随后的几位继任的大臣则开始草率行事，先是河中费纳客忒人阿合马，后是畏兀儿人桑哥，二人任意妄为，无限制地发行钞票，造成通货膨胀，钞票严重贬值。1282年阿合马被暗杀，他死后，受到了忽必烈严厉的贬责。之后，桑哥也因为贪污而被处死。1303年，为了阻止原钞票继续贬值，就发行了新钞票，但这些依然无法阻止货币的贬值。
六、元朝的佛教
在宗教问题上，忽必烈对一切宗教都报以宽容的态度。他对佛教徒心怀同情，甚至在某段时间表现出了对佛教徒的老对手—道士的某种敌视情绪。确实，他对佛教的偏袒十分明显，佛教也因此受益。他本人也因此被载入了蒙古传说之中。蒙古史学家萨囊彻辰是虔诚的佛教徒，他甚至给忽必烈冠以呼图克图[ 崇敬的、神圣的。]和查克拉瓦蒂[ 在佛教词汇中是“宇宙之君主”。]等称号。甚至在继位前，他曾于1258年在上都府召集了一次佛教徒与道士之间的辩论会，果不其然，最终佛教徒获胜。这次辩论中，那摩和年轻的吐蕃喇嘛八思巴阐述了佛教教义，和1255年的辩论会一样，他们指控道士们散布流言，以至于歪曲了佛教起源的历史。经此论战，忽必烈颁布法令，焚烧了道家的经书，还迫使道士归还了从佛教徒手中夺取的佛寺。据马可·波罗载，忽必烈成为皇帝后，还举行了隆重的仪式，接受锡兰王送给他的一件佛骨。
吐蕃喇嘛八思巴是忽必烈处理佛教事务的得力助手，他大约出生于1239年，很可能死于1280年12月15日，是著名梵学家萨斯迦的侄子和继承人，主管乌斯藏的萨斯迦寺庙。忽必烈曾派专人去吐蕃邀请他，随后委以重任，以让蒙古人皈依佛教，同时确保吐蕃的藩属地位。忽必烈借用古代中国佛教的称号，封他为国师。1264年左右，忽必烈将吐蕃纳入了他的政治—宗教统治之下。那时，蒙古人还并不知道除了畏兀儿字以外的其他字母。1269年，遵循忽必烈的命令，八思巴为蒙古人创造了新的文字，这种新文字被称为都尔巴金或方体字，该文字受到藏文字母的影响。不过，这种方体字只是暂时流行了一段时间，而蒙古人仍继续使用那种模仿畏兀儿字母的文字，二者只在书写形式上有所区别，这种文字已经成了他们的民族文字。
和忽必烈一样，他的继承者大部分也是虔诚的佛教徒。首先是他的孙子铁穆耳，在忽必烈之后，他成了帝国的统治者，于1294—1307年在位。然而，忽必烈的另一个孙子阿难答，尽管他的名字属于佛教徒的梵文名，但他倾向于伊斯兰教。他熟悉《古兰经》，擅长阿拉伯文，是唐兀惕地区，也就是宁夏的长官，并在当地热情地宣传伊斯兰教。铁穆耳曾企图让他皈依佛教，甚至一度囚禁过他，但是徒劳无功。1307年2月10日，铁穆耳去世，阿难答企图夺取王位，然而，他的侄儿海山最终获得了王位，并处死了他。海山于1307年6月21日—1311年1月27日在位，他是一位虔诚的佛教徒，他将很多佛教戒律写本翻译成蒙古文。中国儒学家因此指责他偏袒喇嘛。忽必烈的重孙也孙铁穆耳从1323年10月4日继任皇帝，—1328年8月15日去世，大臣张圭代表儒生公开抗议尊崇喇嘛。陕西是吐蕃佛僧时常出没的地方，当时的一份报道记载，“曾见西番僧佩金字圆符，络绎西部各省，城镇旅社容不下，而住进民房，驱逐房主，趁机奸污妇女。不满足淫逸，他们又夺民仅有的钱财。必须采取措施阻止公开的吸血者，他们比收税人更加残酷”。如此一来，也孙皇帝也不得不控制喇嘛随意地在中国走动。
中国文人认为，蒙古王朝过度实施佛教的教权主义，他们应该对此负责，这一点也在元王朝的衰落中起着重要作用。然而，对佛教的痴迷在以前的突厥—蒙古部落中也有过先例。同样的事情，在4世纪末的符坚和6世纪初的最后一批拓跋部人身上也曾经发生过。佛教让这些粗鲁的野蛮人变得越来越温和仁慈，同时，也让他们变得越来越麻木迟钝，逐渐丧失了自我保护的本能。受佛教影响的中原人在游牧民族入侵之初，采取了忍气吞声的策略，但是，当眼见着游牧民族的野性逐渐消失，他们要么像对拓跋人那样，同化这些外来者；要么像对成吉思汗的后裔那样，将他们赶出中原。
忽必烈虽然偏爱佛教，但这丝毫不妨碍他关注聂思托里安教。基督教举办盛大的庆祝会时，忽必烈和他的先祖们一样，让隶属于他的斡耳朵的聂思托里安教牧师把福音书放在他面前，他毕恭毕敬地敬香供奉，并虔诚地亲吻它。1289年，他甚至成立了专门的机构，即崇福司，管领全国的基督教事务。和窝阔台、蒙哥一样，他颁布谕旨，让基督教教士拥有和佛教徒、道教教士以及伊斯兰教教士一样的免税权和其他各种特权。
在蒙古人和蒙古化的各民族中，聂思托里安教徒占很大比例，尤其是在克烈部和汪古都突厥人当中。汪古都突厥人分布在长城以北（天山西的边境一带），也就是原来沙陀突厥人的领地，从他们的命名中可以得知，他们是聂思托里安教徒，虽然这些名字的汉译名已经掩盖了它们的原意。聂思托里安教徒常用的名字包括：西蒙、阔里吉思（即乔治）、保鲁斯（保罗）、约南（约翰）、雅各（詹姆斯）、腆合、伊索（耶稣）、鲁合（路加）。
汪古部中的相当一部分分布在今天内蒙古自治区南部地区，也就是今托克托或归化城境内，在蒙古统治时期，该地被称为东胜。这里是汪古部王朝的实际所在地。这里的王室家族是倾向于聂思托里安教的突厥王公，而且他们与成吉思汗家族联系紧密。显然，成吉思汗家族从未忘记这些聂思托里安教王公们的恩情，当年，汪古部首领阿剌忽失的斤被邀请加入乃蛮人组成的反蒙联盟，而他却坚定地支持了成吉思汗。他以生命来表达了他的忠诚，因为当他结束了与乃蛮人的战争准备返回家园时，他的部落中一些主张与乃蛮人联合的部民暗杀了他，还有他的长子布颜昔班，他的妻子携带次子波姚河逃到郓城。后来，成吉思汗以金朝征服者的身份来到郓城，他最大的心愿就是恢复这个忠诚的家族在汪古部地区的统治权。年轻的波姚河随他出征花剌子模，战后，成吉思汗将女儿阿剌该别吉嫁给了他。波姚河死后，阿剌该别吉掌握了汪古部的统治权。她膝下没有子女，于是，她将丈夫与另一个妾所生的三个儿子，即孔不花、爱不花和绰里吉不花视为亲生儿子。孔不花和爱不花先后娶了成吉思汗家族的公主为妻。
显而易见，这个聂思托里安教王室家族与蒙古王朝通过联姻紧密地结合在一起。在蒙古人对各种宗教的宽容限度之内，该家族成功地利用了它，尽力地保护基督教。马·雅巴拉哈三世和列班·扫马的传记表明，他们动身前往耶路撒冷时，孔不花和爱不花热情地祝福了他们，还送给他们礼物。而“乔治”王子确实是在暮年时，由方济各会传教士约翰·孟德科维诺施洗礼，皈依了天主教。
根据马·雅巴拉哈三世和列班·扫马的传记载，分布在元朝北方边境的聂思托里安教并不局限于汪古部境内，因为在他们向着西方前进，到达唐兀惕境内时，也受到了基督教徒的热烈欢迎，尤其是在唐兀惕城（即宁夏）。聂思托里安教会确实遍布唐兀惕全境，宁夏、西宁、甘州、肃州和敦煌都有。马可·波罗提起过，仅仅在宁夏，就有三座聂思托里安教的教堂。
从唐朝起，这些聂思托里安教徒就居住在原中国边境以外的地区，然而，他们并没有一直局限于这些地区。因为成吉思汗的后裔们四处征战，如今，中国内地也向他们敞开了大门。甚至可以说，那些在唐朝灭亡时被驱逐出境的聂思托里安教教徒，又追随着蒙古人，回到了中国。1275年巴格达的聂思托里安教主教在北京创建主教区。后来，跟随着蒙古人的脚步，聂思托里安教的势力甚至渗透到了长江下游地区。1278年，忽必烈委托一个名叫马薛里吉思的人管理今江苏省内的镇江。根据他的名字推断，此人应是一个聂思托里安教徒。不久之后，约1281年，他在镇江修建了一座教堂，随后，在扬州和汉口也修建了几座聂思托里安教教堂。
根据马·雅巴拉哈三世和列班·扫马的传记载，一部分蒙古人也信仰聂思托里安教。列班·扫马和未来的主教马·雅巴拉哈·麻古思（1245—1317年）是朋友，两人都是聂思托里安教徒，而后者更是汪古部人，他的父亲是汪古部科尚城的副主教。伯希和认为，科尚城是中世纪的东胜，也就是今内蒙古自治区和山西边境的托克托。列班·扫马的父亲是北京聂思托里安教教堂中一位巡察使的儿子。他信奉修道生活，曾在北京大主教马·基瓦古斯的主持下接受了削发仪式，后来他过着退隐生活，居住在距离城市只有一天路程的山中修道院，并在那里结识了麻古思。他接受了麻古思的建议，决定同麻古思一同前往耶路撒冷朝圣。在托克托附近，他们拜访了同为聂思托里安教徒的汪古部王孔不花和爱不花，并告知了他们朝圣的计划。两位汪古部的王子热情地接待了他们，并劝阻他们：“我们正费劲地从西方招募主教和教士，你们何苦要去那些地方呢？”然而，二人主意已定，汪古部的两位王子为他们准备了马匹、钱财，以及去往西亚途中所需要的一切物资。
朝圣者们先经过了唐兀惕境内，也就是今甘肃北部宁夏附近，在这里，密集地分布着聂思托里安教教会。“男人、妇女和儿童都来到街上，热情地欢迎他们，因为该地居民的信仰十分虔诚”。他们沿着罗布泊和塔里木南边的小道前进，来到了于阗和察合台汗的领地。根据伯希和记载，此事发生于1275—1276年间，当时的察合台汗是都哇。这时，成吉思汗诸宗王之间的战争正在中亚如火如荼地进行着，这阻断了列班·扫马和麻古思直接从喀什噶尔到波斯的旅行。在于阗，他们发现当地正饱受饥荒的摧残，而喀什也因为战争而人烟稀少，从喀什再往西的道路已经不能通行。因此，他们调转方向，向北去往怛逻斯（奥李阿塔，或今天的江布尔），窝阔台系海都汗在此扎营。海都热情地接见了这两位聂思托里安教徒，还给他们颁发了安全特许证，他们得以通过作战军队的前哨，最后来到了波斯的蒙古汗国。当时，阿八哈汗（1265—1282年在位）正统治着波斯。
一位说阿拉伯语的基督教徒，从叙利亚而来，汉译名为爱薛（1227—1308年），在忽必烈统治时期身居高位，不仅精通多种语言，还懂得医药学和天文。1263年，忽必烈任命他掌管星历司，他还有可能是1279年法令的鼓动者之一，忽必烈希望利用该法令制止伊斯兰教在中国宣传其教义。1284—1285年间，蒙古高级官员孛罗丞相作为使臣前往波斯汗阿鲁浑处，爱薛一同前往，随后回到中国，1291年，出任掌管基督教的总监，1297年，出任政府大臣。和他一样，他的儿子也里牙、腆合、黑厮、阔里吉思和鲁合也都是聂思托里安教徒，在北京宫廷中担任重要职位。最后，忽必烈及其继承者们在北京的亲卫军中有三万名信仰希腊正教的基督教阿速人，他们是蒙哥时期从高加索来的。1275年6月，阿速军向长江下游北岸的那里（今安徽巢湖）发起进攻，被宋军打败。后来，忽必烈将从那里获得的税收分给了那些遇害的阿速军的家属们。1336年7月11日，这些阿速军的后裔将一封信送到了教皇本尼狄克十二世手中，以示归顺。1338年，捎信给阿维农的教皇的使团中，除了纳昔奥的安德鲁和威廉外，还有阿速人托盖。
此外，在福建一带，明教[音译亦称摩尼教。]又一次活跃起来，早在南宋统治期间，福建地区就已经有明教复兴的兆头了。
七、忽必烈家族的后裔和蒙古人被逐回草原
为了探讨元朝时的各种宗教，我们中断了对元朝历史的陈述，现在我们再回过头来看看。
继忽必烈之后，铁穆耳皇帝是元朝最后一个英明能干的君主。此后，元朝就呈现出各种衰败的景象。一切似乎都验证了成吉思汗生前的担忧：草原狩猎者的后裔们忘记了他们先辈艰苦创业和获得权力的种种艰辛，一味沉溺于定居生活的舒适和奢靡之中。对此，马可和鄂多立克的记述已经给我们留下了一些印象。蒙哥是最后一位企图让征服者们回归淳朴草原生活的人。作为他的继承者，忽必烈果断地改变方向，使元朝继承了中国的传统生活方式：在定居生活中享受文明化的乐趣。如果统治者是忽必烈或他的孙子铁穆耳这种人，这样做有利无弊，因为他们巧妙地将中国人的优势注入到蒙古人的强悍之中，而且他们身上依旧流淌着蒙古人的强悍血液。然而，随着平庸之辈继任，这种结合变得弊大于利。在中国，最后一批成吉思汗的后裔已完全汉化，宫廷生活的骄奢淫逸彻底腐蚀了他们，他们终日被一群亲信、贵妇、文人和官僚簇拥着，与外界相隔绝。于是，蒙古人骨子里的活力逐渐消失。他们畏畏缩缩、优柔寡断，大难临头时，只能仰头哀叹。如果说他们身上还保留着一点儿野蛮民族的本色，那就是他们无法将国家作为一个抽象的实体。尽管他们贵为天子，但骨子里他们仍是一个氏族，氏族成员之间互相公开斗争，为了权力而互相残杀。中国人站起来反抗时，他们因强烈的嫉妒而四分五裂，不能站起来一致对外，结果中国人将他们一个接着一个地打倒了。
此外，他们因为过度享乐而缩短了寿命。1294年2月18日，忽必烈去世时是79岁。他宠爱的次子真金于1286年1月就去世了。真金之子铁穆耳戒掉了成吉思汗家族根深蒂固的酗酒恶习，也向世人证明了，他是一位好君主，甚至比他祖父期望的还好。然而，1307年2月10日，他英年早逝，终年42岁，死后并无子嗣。接着，忽必烈的孙子—掌管着唐兀惕地区（甘肃）的长官阿难答王子与忽必烈的重孙子—掌管着蒙古哈拉和林的长官海山为了争夺王位而展开战争，在杭爱山边境，海山率领着帝国最强悍的军队，取得了战争的胜利，他的胜利唤起了臣民们的希望。然而，海山之后也过于沉溺于烈酒和女人，1311年1月27日，年仅31岁就溘然长逝。他的兄弟普颜笃个性温和善良，试图利用科举制度，像任用中国文人学士那样录取蒙古候选人，然而，他也于1320年3月1日去世，年仅35岁。接着，普颜笃之子硕德八剌即位，年仅17岁。三年后，蒙古高级官员组成了阴谋集团，将其杀害。1323年9月4日，他的堂兄弟也孙铁穆耳被拥立为王。
在克鲁伦河畔的军营中，也孙铁穆耳被他率领的蒙古军队拥立为王，1323年12月11日，他在北京正式即位。年仅30岁。然而，五年之后，也就是1328年8月15日，他死于纵欲过度。根据中国史书记载，他是一位碌碌无为的王公，是豪华深宫里的囚徒。他死后，爆发了内战。1328年11月16日，海山之子图帖睦尔夺得政权，但他把王位让给了他的哥哥蒙古长官和世瑓。1329年2月27日和世瑓突然去世，图帖睦尔又登上王位。但是，1332年10月2日，他也因为暴饮暴食去世，年仅28岁。同年10月23日，和世瑓的小儿子、6岁的懿璘质班被宣布为皇帝，但他更加短命，登基两个月后的12月14日就死去。1333年7月19日，懿璘质班13岁的哥哥妥欢帖睦尔被拥立为新帝。
妥欢帖睦尔统治期间，元朝走向了灭亡。他年轻时，蒙古大臣为了争夺权力而互相倾轧。最初，蔑儿乞部的权臣伯颜掌握了政权，后来，他逐渐失宠，并于1340年去世。接着，蒙古各派之间纷争不断，中央政权处于瘫痪状态。妥欢帖睦尔生性软弱、摇摆不定，在他的心腹和吐蕃喇嘛的陪同下，四处寻欢作乐。因为纵欲过度，他变得很迟钝，毫无治理国家的兴趣，因而也忽视了中国南方那些意图站起来反抗的民族。
元朝的腐败让中国人民看到了希望，中国的爱国志士们振臂高呼，站起来反抗外来统治。就像1912年的革命一样，这次反抗发祥于长江下游和广州地区。反抗是自发的、分散的，由许多半爱国、半土匪式的首领领导着，他们一边与蒙古人作战，一边也互相争斗。徐寿辉就是其中最为典型的例子，1352年，他从蒙古人手中夺取了湖北省的两个孪生城市—汉阳和武昌，接着，他于1356年占领了襄阳，最后，他控制了两湖的大部分地区和江西。然而，1359年，他的部将陈友谅取代了他。陈友谅出生于一个普通的渔民家庭，而今，他正扮演着帝国候选人的角色，他长期驻扎在鄱阳湖以北的九江。还有个类似的例子是刘福通，他是一位天生的冒险家，他以南宋后裔自称，1358年，他在很短时间内就控制了开封，然而，却于1359年又被蒙古王公察罕帖木儿赶跑。第四位起义军首领是张士诚，1356年，他占领了长江口边的扬州，而浙江和福建海岸则被勇敢的爱国者方国珍占领。
然而，在朱元璋这位明朝的缔造者，也就是未来的洪武皇帝面前，这些亡命之徒都黯然失色了。朱元璋出生于安徽的一个贫农家庭，早年当过和尚。尽管他最初和所有其他的竞争者一样，仅仅是一个团伙的头目。然而，与其他人不同的是，他极具政治敏感度，而且对待地方老百姓仁慈而圆滑，即使不用武力，也能以人格魅力让他们依附自己。1356年，他从蒙古人手中夺下了南京，并在此建立了都城。攻下南京后不久，他就在一片混乱中建立起了一个正规政府。1363年，他在鄱阳湖东岸的饶州附近击败并杀死了对手陈友谅，还占有了他留下的一大片地盘，即湖北、湖南和江西。于是，朱元璋成了长江流域的主人。1367年，他从另一个对手张士诚手中夺得浙江，1368年从方国珍手中夺取了福建诸港口，同年，广州和两广内的城镇都不战而降。随着上述城市纷纷缴械投降，明朝坐拥中国南部，成了真正的主人。
一个世纪前，忽必烈征服了中国南部的南宋，他的后裔们平庸无能，最终丧失了中国南方的统治权。对此，蒙古朝廷似乎不以为意。相较而言，成吉思汗的后裔们对他们最初所征服的中国北部地区更感兴趣。直到那时，它仍是完整的，为了保护它，就必须团结起来。然而，蒙古诸王公从未像现在这样四分五裂，1360年，他们当中最有能力的两位王子，同时也是帝国军队中最杰出的将领—察罕帖木儿和山西大同边境长官孛罗帖木儿为了太原（当时的冀宁）的管理问题呈剑拔弩张之势。接着，在蒙古的一位窝阔台家族的王子企图利用这一形势推翻忽必烈家族的统治。他率领军队来到长城，在上都府附近击败了帝国军队，然而，1361年11月，他被叛逆者杀死。
