1363年，帝国失去了中国南部，孛罗帖木儿凭借武力，企图从察罕帖木儿的继承人扩廓帖木儿手中夺取太原的统治权。皇太子爱猷识礼达腊反对孛罗帖木儿，并下令让扩廓帖木儿撤销孛罗在大同的统治权。接着，1364年9月9日，孛罗率军进入北京，胁迫妥欢皇帝任命他为最高统帅，而皇太子则仓皇逃到太原的扩廓帖木儿军中。然而，孛罗并未获胜，1365年9月，他在北京的一次宫廷阴谋中被暗杀，皇帝亲自参与了这次阴谋。于是，扩廓帖木儿与皇太子一起返回北京，这次，扩廓帖木儿被任命为最高统帅，直到1367年失宠。
就在蒙古宫廷和贵族之间的内战过程中，中国的起义者们顺利拿下中国南部。1368年8月，朱元璋从南京出发，经过广平和馆陶路，进入河北，这是一次胜利的进军。蒙古将军卜颜企图守住通往北京的路。然而，在通州被明王朝的杰出统帅徐达打败并杀死。9月10日，妥欢帖睦尔皇帝离开北京，逃往上都府（多伦诺尔）。蒙古宗王帖木儿不花试图守卫都城，英勇阵亡，于是，明朝统治者入主北京。
太原总督扩廓帖木儿统帅着最后一支蒙古军，占据着山西，他像一位获得了独立的宗王，拒绝向他的君王施以援手，而是集中兵力来保卫自己的属地。然而，当徐达率领着中国军队浩浩荡荡地逼近时，他放弃了抵抗。太原被攻陷后，扩廓帖木儿逃往甘肃，而妥欢帖睦尔皇帝即使身在多伦诺尔，也感到很不安全，于是他逃向沙拉木伦河畔的应昌，1370年5月23日，他深陷于丧国的绝望之中，最后在沮丧和仓皇中死去。
成吉思汗的子孙们在中国建立了王朝，从忽必烈到妥欢帖睦尔，持续了不到一百年的时间，就这样戛然而止了。
