《史记•秦本纪》中，早在秦武公时代，就有了设县的记载。武公“十年，伐部、冀戎，初县之。十一年，初县杜、郑。灭小虢”。
武公十年为公元前688年，可见，最晚在公元前七世纪末叶已经出现了县制。
前文我们已经谈到，商鞅变法的一项重要举措，就是推行县制，“集小乡邑聚为县，置令、丞，凡三十一县”（《史记•商君列传》）。
商鞅时已是封建制走向没落的时代，在商鞅之前，吴起变法就已经对封建制动手了：
昔者吴起教楚悼王以楚国之俗曰：“大臣太重，封君太众。若此，则上逼主而下虐民，此贫国弱兵之道也。不如使封君之子孙三世而收爵禄，绝减百吏之禄秩，损不急之枝官，以奉选练之士。”（《韩非子•说难》）
对于郡的出现，钱穆的门生严耕望已做了简练的梳理，兹录如下：
郡之名，春秋时代尚少见。《晋语》：夷吾谓秦公子絷曰：君实有郡县。时在鲁僖公九年（前六五一）。又《左传》哀公二年（前四九三），赵简子誓师曰，克敌者，上大夫受县，下大夫受郡。此为春秋时代郡名仅见之两例。盖非经制软？秦纪，惠文君十年（前三二八），魏纳上郡十五县。惠文称王十三年（前三一二），伐楚取汉中地六百里，置汉中郡……是战国时代，除齐国外，郡制古已普遍施行矣。（《中国地方行政制度史——秦汉地方行政制度》）
不过，尽管战国末年郡县制已普遍施行，但仍有封国掺杂其间，秦国亦然，如吕不韦、嫪毐都是封侯享国的。难怪，《吕氏春秋》并不反对封建，还提出封建的种种好处和具体实施建议：
众封建，非以私贤也，所以便势全威，所以博义。义博利则无敌，无敌者安。故观于上世，其封建众者，其福长，其名彰。神农十七世有天下，与天下同之也。王者之封建也，弥近弥大，弥远弥小。海上有十里之诸侯。以大使小，以重使轻，以众使寡，此王者之所以家以完也。（《吕氏春秋•慎势》）
如果吕不韦活到统一的那一天，在廷议时恐怕也会赞成分封的，除非他愿意向自己开刀。我们前文谈及秦始皇与吕不韦种种政见之不同，在封建制度上的不同看法，实乃一巨大分歧。客观而言，王绾等人提出分封建议，实际上也是基于当时郡县制和分封制并存的现实，而一般人是很难超越当时的历史现实的。
秦始皇超越了历史现实，这成就了他作为一个伟大政治家的资本，他决意不事复古，而是向前看，做前人从未做过的事情：彻底推行郡县制。“分天下以为三十六郡，郡置守、尉、监”（《史记•秦始皇本纪》）。
在具体的地方政权机构和官僚体制上，中央政府的下一级为郡，其最高执政长官为郡守，郡守之下，郡尉主管军事和治安，而郡的监御史则为中央派出的监察官吏和百姓的大员，以制衡郡守听命于中央。
郡之下为县，相应的设县令（长），其下为丞、尉。县以下有乡、里两级行政机构，乡有“三老”掌教化，“啬夫”管诉讼和收赋税，“游徼”禁盗贼。里设里典，而亭则大致相当于县政府直属的派出所，设亭长，下设亭父、求盗各一人。
在这个从中央到地方的治理体系中，皇帝将用人权紧紧抓在自己手里，官僚系统破除世卿世禄制，使进贤使能成为现实，并派出听命于自己的监察官做耳目，封疆大臣独霸一方的可能性也大为减少。于是，强有力的中央集权体制在秦始皇的布置下，将全国网罗于一统。
郡县制之争与焚书事件
秦始皇和李斯是在力排众议的情况下，强力推行单纯的郡县制，郡县制和封建制的论争，以行政命令的强制手段而平息。但实际上，反对派似乎并没有偃旗息鼓。新制实施了八年之后，也就是秦王政三十四年，分封与否的问题再次被提出，这次事件的平息，更以一场写入历史的大事件而收尾。
当时，秦始皇在咸阳宫大摆筵席宴请群臣，博士七十人前来为他祝寿。仆射周青臣为秦始皇歌功颂德，赞扬他在秦地不过千里的情况下，英明领导秦国平定海内，放逐蛮夷，日月照耀之所在莫不俯首称臣。昔日的诸侯领地上，如今设置了郡县，老百姓安居乐业，再也没有战争之患，陛下的丰功伟绩一定会传之万世，古往今来，还没有人能比得上陛下您的威德。酒醉微醺的秦始皇当众听到这番奉承话，自然心情很爽面露得意之色。可来自齐国的博士淳于越却不以为然，他不怕扫秦始皇的兴，说：殷、周王天下长达千余年，一直采取的措施是分封子弟功臣，以此作为枝辅。而如今，四海之内都是您的领土，而您的子弟竟然只是匹夫一个，万一发生田氏代齐这样的祸患，谁又有能力来相救呢？“事不师古而能长久者，非所闻也”（《史记•秦始皇本纪》）。在淳于越看来，周青臣的奉承话属于拍马屁，“面谀以重陛下之过，非忠臣”（《史记•秦始皇本纪》）。
淳于越是齐人，齐的稷下是儒家文化最为活跃的基地之一，淳于越敢于在秦始皇得到称颂时当众泼一盆冷水，倒也有份猖介之气，显然他是有备而来。可以想见，在那个时代，儒家诸生要么甘于潦倒寂寞，要么迫于形势，不得不纷纷改专业去学法律，实在是苦差使，要说没怨言，是不可能的事。更关键的是，儒家的主导地位被法家夺了去，其经济地位也就一落千丈，在一个吏治国家里，儒家学子不妥协自然就找不到好工作。在这种情况下，淳于越想不提意见都难。
秦始皇倒是显得很大度，似乎有点明白"静退以为宝"的技术，只是再次决定以廷议的方式来讨论究竟要不要分封子弟功臣的问题。
这次，又是李斯站了出来。此时的李斯不再是当年的廷尉，他已经身居丞相要职了，说话自然更加铿锵有力。李斯搬出的其实就是他害死的韩非的那一套，也就是说，看问题要与时俱进，不能向后看，要向前看，今天陛下创的是千秋大业，建的是万世之功，自然不是几个愚陋的儒生能明白得了的。淳于越提倡的是远古的三代之事，怎么可以复古效法呢？李斯进而给淳于越们安了个罪名：“今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首”（《史记•秦始皇本纪》）。给对手戴上“惑乱黔首”的高帽子后，李斯再紧追一步，提出了焚书的建议；
丞相臣斯昧死言：古者天下散乱，莫之能一，是以诸侯并作，语皆道古以害今，饰虚言以乱实，人善其所私学，以非上之所建立。今皇帝并有天下，别黑白而定一尊。私学而相与非法教，人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤。如此弗禁，则主势降乎上，党与成乎下。禁之便。臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家语者，悉谐守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》、《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，踪为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。（《史记•秦始皇本纪》）
仔细分析李斯的话，天下散乱不一诸侯争霸，导致的是：道古害今、虚言乱实、善私学非议朝政，其实说的是一件事：以古非今，持不同政见。如今天下一统，“别黑白而定一尊”，思想是必须统一的。但社会上私学不绝，时常非议法治、诽谤朝政，总有一天会形成反对党，势力大起来就可能有如洪水猛兽有损皇上权威。李斯这时候已经转移了话题，不仅把分封制打入了冷宫，顺便还借机打击官学之外、来自社会底层的私学，目的就是控制舆论，钳制言论自由。
李斯意识到了思想统一的重要性，这是他的英明处，但他提出的方法却是压制和打击，试图以愚民政策来强制执行，显然是一种失策行为。李斯提出了一个骂名千古的建议：焚书。焚书的范围是医药、卜筮、种树三种纯属实用的书之外，统统一烧了之。当然，博士官管着的书可以不烧。也就是说，官方要垄断文化遗产。李斯特别强调“史官非秦记皆烧之”，实际上是要毁灭六国文化遗产，其深意，正如司马迁所言，“为其有所刺讥也”（《史记•六国表序》）。
秦以外的列国历史当然是危险的，因为它们提供了秦国官方有关历史的叙述之外的其他可能的选择。（（英）崔瑞德、（美）费正清总编辑（英）崔瑞德、鲁惟一编《剑桥中国秦汉史》）
仔细分析焚书令，不难看出，焚书自然要执行，但有三十天期限，限期不烧的，要面上刺字，还要罚做苦力。不过，这样的惩罚在秦朝并不算严酷。后果严重得多的不是拒绝焚书，而是“有思想地说话”。“偶语《诗》《书》者弃市”，一起谈论诗、书竟然要被杀头！“以古非今者族”，用古人来讽喻现实，竟然要杀全家！官吏不举报的同罪论处。有了上述对比，学者们对秦焚书到底产生了多大的破坏性，便有了保留意见。“简而言之，焚书所引起的实际损失，可能没有像历来想象的那样严重”（（英）崔瑞德、（美）费正清总编辑（英）崔瑞德、鲁惟一编《剑桥中国秦汉史》）。
看来，秦始皇和李斯醉翁之意不在焚书，而在试图以强力镇压言论自由来赢得思想统一。这也从侧面反映了当时民间的思潮对当政者已经形成了不小的压力。
焚书一事，历来众说纷纭。章学诚认为，“以吏为师，三代之旧法也”（章学诚《文史通义》，转引自钱穆《国学概论》），秦人不事师古，而唯一复古的就是以吏为师，走三代政教合一的老路。钱穆一针见血地指出，这是历史的倒退，因为，“学术之进步，正在其能脱离政治而独立”（钱穆《国学概论》）。
至于究竟哪些书被焚，钱穆先生梳理了几种观点。
一种认为秦始皇所烧的书，仅针对民间，博士官所职则不焚，其代表人物是刘大槐，其《焚书辨》谓：“李斯恐学者道古以非今，于是禁天下私藏《诗》、《书》、百家之语。其所以若此者，将以愚民，固不欲以自愚也。”
一种以为博士官书也在被烧之列，章炳麟《秦献记》谓：“秘书私医，无所不烧。方策述作，无所不禁。”
一种以为仅焚五经，不及诸子，代表人物是王充，钱穆认为王充《论衡•书解篇》中的观点最为可信：“秦虽无道，不燔诸子。”
钱穆先生把焚书与统一文字联系起来看时，发现“《诗》、《书》皆古文，与秦文不合。秦既统一天下文书，罢其不与秦文合者，则古文书与新朝官书抵触，不合时王之制，在无用之列，故尽遭焚灭也”（钱穆《国学概论》）。
则周季之学，类别为三：官史为一系。诗、书、礼、乐，即鲁人儒书为一系。诸子百家为一系也。诗、书、礼、乐，亦古代官书传统，与官史同为古文。诸子百家，则多近晚出今文。此先秦书籍。文字已有古今，而实贵族、平民间一大分野也。（钱穆《国学概论》）
也就是说，焚书一事，从统一文字的角度，是把用古文字书写的民间藏书烧掉，而用秦之“今文字”书写的诸子百家则幸免于难。正是有了对待古文字和今文字的区别，汉代的今、古文之争便渊源于此。
其实，焚书实际上并不是李斯的创举，一百多年前的商鞅就这么干了：
商君教秦孝公以连什伍，设告坐之过，燔诗书而明法令，塞私门之请而遂公家之劳，禁游宦之民而显耕战之士。（《韩非子•说难》）
不论焚书一事有着多么现实的社会背景和多么深刻的历史渊源，它的出现，无疑是中国文化的一场浩劫。不论它的实际破坏性效果后人是否有所夸大，至少有一点是肯定的：焚书一事，开启了压制言论自由和民间私学的恶劣 先例，“文字狱”屡屡在后来的历史中出现，自有秦始皇李斯焚书的阴魂在。焚书的动议来自于对思想统一重要性的洞察，而其结果却给思想带来了灾难（从司马妖阉的烂文能流传并造就恶劣影响来说，焚书就没什么不对！如果汉武大帝直接剐了这只千古第一妖阉，烧掉牠的烂文，中国历史真实和干净得多！）。
5.坑儒：大一统道路上血的代价
焚书与坑儒当是两大事件，坑儒发生在焚书一年之后，后人将其连缀一体，遂有焚书坑儒之说。事实上，独称坑儒隐含了后儒对秦始皇以法家治国的报复，因为，秦始皇不仅坑了儒生，还坑了术士，且事件的起因源于术士。术士当是兼采了阴阳五行和道家中神秘学说的一帮人，儒家是不语怪力乱神的，对鬼神则敬而远之，秦始皇把儒生和术士一块坑了，颇耐寻味。
渴求长生引发的欺天骗局
坑儒和坑术士发生在秦王政三十五年，四十八岁的秦始皇做皇帝已到了第九个年头。而事件的起因，恐怕要追溯到七年之前。
在秦始皇第二次出巡时，封禅泰山后，君臣一行来到了琅邪。秦始皇被神奇的大海所吸引，久久盘桓不去。扫灭六国的秦始皇，面对浩瀚的大海，举目远眺，也许会喃喃自问：大海有尽头吗？大海的彼岸又是哪里？是不是还有一片化外之土在等着我去征服？
不论怎样，秦始皇让世人看出了他对大海的着迷，试想想，一住三个月之久，还下令移民于此，足以证明他的迷恋之心了。上之所好，下必效之，这个道理秦始皇喜欢的《韩非子》一书中多有例证，譬如，齐桓公喜欢穿紫色的衣服，整个齐国就流行紧色，弄得齐桓公很是困惑。韩非子郑重其事地警告君主“好恶见则下有因，而人主惑矣"（《韩非子•外储说右上》）。韩非子提醒说，如果君王表露了自己的好恶，下面的人就可能投其所好，其因应之道中，难免有钻空子让人主上当受骗的。
琅邪这个地方统一前属于齐国，一个叫徐市（即徐福）的齐人向皇帝上书，说大海中有三个神山，分别叫做蓬莱、方丈、瀛洲，山上住着仙人，请求皇上恩准自己斋戒沐浴后带着童男童女去拜访仙人。在今人看来，蓬莱、方丈、瀛洲三个神山，也许不过是海市蜃楼投射在当时人们眼中的幻影而已，但当时，海市蜃楼无疑很容易让人视为虚无缥缈的神仙化境，秦始皇同意徐市带着数千童男童女入海求仙人，实在是情理之中的事。
求仙问药自兹成为秦始皇巡游历程中的一大主题之一。嬴政即王位之初，其陵寝已经开始修建，这个工程到如今已经干了三十年左右。聪明如嬴政，当不会不明白死亡之必然。不过，快到知天命之年的嬴政，难免有时不我待的紧迫感，事实上，他即将不久于人世，可见他当时的身体状况并不乐观。秦始皇讳言死，正是因为他相信死亡并对其有深刻的恐惧。于是，与其说秦始皇渴求长生不老，不如说他奢望自己的生命能延续得更久一点，因为还有太多的事情需要去做。
于是，除却徐市的入海求仙，打着为秦始皇长生久视的旗号而来的人不断出现。在秦王政三十二年，秦始皇第三次出巡到碣石时，派燕人卢生求仙，还派遣韩终、侯公、石生寻访仙人求取不死之药。没想到，卢生海上求仙的结果是，不仅没有找到长生不老的仙药，还胡诌说自己遇到了鬼神，并给秦始皇献上了从所谓的鬼神那里复制的谶纬图书，上面写着：“亡秦者胡也。”秦始皇把“胡”字理解为北部边疆的胡人，于是，派遣将军蒙恬发兵三十万人麾师北上攻打胡人，夺取黄河以南的一片土地。谶纬迷信能让秦始皇相信，可见当时已经在社会上流行并被广泛接受。秦始皇没有料到，亡秦者，会是自己的儿子胡亥，卢生的欺骗手段，让秦国开拓了边地，倒是唯一的意外收获。
三年后，卢生又出现了。这次，他依旧没有带回仙药，反而游说秦始皇说：
“微臣不辞辛苦去求灵芝、奇药和仙人，老是找不到，恐怕是有东西在作梗。皇上最好隐秘行踪，驱除恶鬼，恶鬼走了，神仙就会来。如果陛下住的地方被大臣知道了，会妨碍神仙显灵。神仙真人，入水不湿，入火不烫，腾云驾雾，与天地同寿。希望您所居宫殿不要让人知晓，这样不死之药才能求到。”
秦始皇再次相信了卢生，说：“我倾慕真人，从此自称‘真人’，不称‘朕’。”
不论对于法家还是儒家而言，正名都是头等大事，秦始皇自改称谓，可见他对求仙问药已经痴迷到了走火入魔的地步了。与之相应的行动是，秦始皇下令把咸阳附近两百里之内的二百七十个宫殿，用复道、甬道相连，帷帐、钟鼓、美人充入其间。如果有人泄露了皇上所幸之处，则罪该一死。
泄密之事果然发生了，秦始皇有一次临幸梁山宫，在山上看到丞相李斯的车队仪仗浩浩荡荡，耀武扬威，心里很不高兴。有太监告诉李斯说：您的随从卫队阵容如此夸张，皇帝老子的脸色很难看呢。李斯赶忙把卫队简编了。见到李斯的卫队少了，秦始皇反而更不高兴了，他大发雷霆：“一定是有人把我的话泄露出去了！”在审查泄密案时，没有人愿意认账，试想想，认账必死无疑，不认账也许可以侥幸过关，谁会认账呢。秦始皇一怒之下，把当时随侍身边的人统统杀掉。这下，大臣谁也没法探到皇帝的行踪了，处理政事则统一在咸阳宫里进行。
其实，卢生那套皇帝要隐秘行踪的鬼话之所以能让秦始皇相信，是因为，这不是卢生的独门秘计，在韩非所倡的“术”中，君主的自神之术便是其中一种。也许卢生熟读了《韩非子》，在自己的谎言快要露出马脚时，情急之下投皇帝所好而已。
韩非子提出的对付臣下的“七术”中，第五招就是“疑诏诡使”。韩非子主张明君要“静退以待”，自己躲在暗处，让臣下暴露在明处，千万不能反过来。君主越是让人捉摸不透，越是不露声色，臣下就越是没有办法来投主子的欢心，只好露出本来面目。
在韩非子为君主策划的自神术里，君王的行踪、欲望、爱憎好恶都要隐而不发，臣下才没法钻空子。“道在不可见，用在不可知……函掩其迹，匿其端，下不能原；去其智，绝其能，下不能意"（《韩非子•主道》）。君王要掩盖形迹和动机，使臣下无法揣度，更不能显示自己的智慧才能，而要在臣下面前显得莫测高深。如果做不到喜怒、思想和行踪的隐秘，就会出问题：“人主不掩其情，不匿其端，而使人臣有缘以侵其主。”（《韩非子•二柄》）
看来，君王的自神术是处理君臣关系的权术，这一权术让君王可以使阴谋，而大臣则只能使阳谋，使皇帝更能控制局面而大臣不容易作奸欺主。这是一种高度严密的皇权保密制度，也是中国历史上君主统治缺少透明度的根源之一。
《韩非子•八经》中言：“明主其务在周密，是以喜见则德偿，怒见则威分，故明主之言隔塞而不通，周密而不见。"君主如果表露出自己喜欢某个人，就会有人用这个消息去讨好那个人，本来那个人只会对皇帝一个人感恩戴德，现在他该对两个人感恩戴德了。如果君主表露了自己的愤怒，有人同样会利用它去一逞自己的威风。于是，君主的喜怒之情是不能轻易溢于言表的，需要“周密而不见”。
如果不能做到这一点，奸臣就会欺下罔上，从中渔利：
是以好恶见，则下有因而人主惑矣，辞言通则臣难言，而主不神矣。（《韩非子•外储说右上》）
脱易不自神曰“殚威”，其患，贼夫鸩毒之乱起。（《韩非子•八经》）
在韩非子看来，自神术不仅是严防臣下惑主的手段，还是防备后妃毒害的秘笈，而这一切，归根于韩非子的一条君主权谋基本原则：术不欲见。
从君臣权谋的角度来看，自神术是皇帝控制大臣的制驭手段，对皇帝自然有利，这也是建立在法家君主不能信任大臣的观念基础上的。但这一权术，最终给秦始皇和秦二世都带来了巨大的祸害，这是韩非乃至秦始皇所始料未及的。
秦始皇没想到，自神术本来是为了防备臣下欺君罔上的，卢生竟然用此术把自己欺骗了。这不能不说是对自神术的一大讽刺。
但卢生这帮术士越来越担心自己露马脚，他们已经撑不住了。来看司马迁对卢生们的心理描写（奇哉怪哉，这只连对面皇帝心思都不知道的妖阉，靠啥力量知道百年前人的心理的？瞎编？）：
侯生卢生相与谋曰：“始皇为人，天性刚戾自用，起诸侯，并天下，意得欲从，以为自古莫及己。专任狱吏，狱吏得亲幸。博士虽七十人，特备员弗用。丞相诸大臣皆受成事，倚辨于上。上乐以刑杀为威，天下畏罪持禄，莫敢尽忠。上不闻过而日骄，下慑伏谩欺以取容。秦法，不得兼方，不验，辄死。然候星气者至三百人，皆良士，畏忌讳谀，不敢端言其过。天下之事无小大皆决于上，上至以衡石量书，日夜有呈，不中呈不得休息。贪于权势至如此，未可为求仙药。”（《史记•秦始皇本纪》）
值得注意的是，卢生们明明是骗子，打着找长生不老药的旗号欺骗国家钱财，却在一事无成之后，反而为自己占据道德制高点，他们不反思自己的过失，而是把罪责往秦始皇身上一推了之。
且撇开这个不谈。上述对秦始皇的种种指责，也许是司马迁借卢生之口对秦始皇的批判，也许是汉代大多数人对秦始皇的普遍评价。
在卢生们的眼里，秦始皇是这样的人：
首先，他脾气刚强暴戾，还自以为是，自认为老子天下第一。
其次，在用人方面，他专任狱吏，博士只用来装点门面。由此看来，尽管卢生只是方士之流，他对秦始皇重法家也是意见很大的。儒家者流没能端上金饭碗，皇帝亲幸的是狱吏，这意味着秦始皇打破了既往的利益平衡，建立了狱吏这一新的利益集团，自然会遭到攻击。
再次，他实施严刑峻法，滥施淫威。他用法律来强制人的行为举止，而人们是口服而心不服。由此可见秦法之弊在于没能用道德的力量来稳定人心。
此外，他还是一个独断专权的暴君。什么事情只能皇帝说了算，大臣只是执行者，没有人敢在皇帝面前说半个不字，秦始皇贪于权势到了不可思议的地步。
其实，卢生在对秦始皇专权进行攻击的同时，也给我们透露了一个信息：秦始皇是一个事必躬亲、很勤勉的皇帝。“以衡石量书”，奏章文书都定量计数，一石约相当于今天的六十公斤，假使秦始皇一天只批阅一石奏章，工作量也是很大的。
卢生们知道，自己开出的方子没法验证，是要依法被杀头的。他们在为自己的欺骗行为一厢情愿地寻找到自欺人的道义说法后，很知趣地一逃了之。
坑儒生术士
始皇得知卢生们逃亡的消息后，不禁勃然大怒：
吾前收天下书不中用者尽去之。悉召文学方术士甚众，欲以兴太平，方士欲练以求奇药。今闻韩众去不报，徐市等费以巨万计，终不得药，徒奸利相告日闻。卢生等吾尊赐之甚厚，今乃诽谤我，以重吾不德也。诸生在咸阳者，吾使人廉问，或为妖言以乱聆首。（《史记•秦始皇本纪》）
值得注意的是，卢生一案原本是一起诈骗案，而到了秦始皇这里，诈骗案显然并不重要。身为皇帝竟然被骗，徒然浪费了很多钱财，自然很没面子；更重要的是，秦始皇在意的是“诽谤我”、“为妖言以乱黔首”。于是，案件的性质发生了根本的变化，变成了诽谤案。所谓诽谤、所谓妖言，其实质就是对秦始皇的执政方略的不满和反对，正如卢生指责秦始皇“专任狱吏”等言论，是对以法治国的反抗，这是秦始皇最担心的，也是最不能容忍的。这也是治罪范围扩大化的根本原因，不仅方士们遭了殃，以古非今的儒生也被牵连进来。秦始皇采用了惯用的“传相告引”的办法，让嫌疑犯互相告发，结果四百六十余人被坑之咸阳，并使天下知之，以儆效尤。坑儒生术士一事的余波，是发谪徙边。
对于坑儒一事，秦始皇的长子扶苏有不同意见，他向父皇进谏：“天下刚刚安定，远方的百姓还没有归附。儒生们都诵习和效法孔子，现在陛下以严刑重法来处置他们，恐怕会引起天下不安。请陛下明察。”秦始皇对扶苏的劝谏很生气，派他去北边的上郡监督蒙恬。
秦始皇对扶苏生气，恐怕在于他为儒生说话，而秦始皇是力主法治的，儿子政见的不同，让秦始皇无法接受。要知道，长子是最合理合法的太子人选，是立储的首选，而扶苏可能会改变自己的为政之道，这一担心对秦始皇是最为苦恼的。当然，让扶苏去边地督军，并不仅仅是惩罚，因为按照秦法，王公贵族没有事功，是不能晋爵的。秦始皇的深意，一则可以让扶苏和最有势力的将军建立感情，二则让其在军队历练反思，取得从政的经验，再则通过惩罚长子，显示自己坚持法治统一国人意志的决心。只是，秦始皇经此事而拖延了立储大事，埋下了不可救药的隐患。
秦始皇坑儒重在惩治以古非今、打击政治治理思想上的反对势力，另一个重要证据是，秦始皇并没有对同样寻仙问药的徐市采取行动。客观而言，徐市耗费的资源更浩大，也是好几年一无所获，在秦始皇第五次出巡到达琅邪时，徐市还能当面对秦始皇诈称：“蓬莱的仙药是可以求到的，但是苦于在航程中被大鱼袭击，所以到不了那里去。希望派遣弓箭手一同去，见到大鲛鱼就用连弩射击，这样就能顺利到蓬莱取仙药了。”刚好秦始皇梦见自己与海神搏斗，海神的形状像人，询问占梦博士，得到的答复是除掉大鱼则善神可致。于是，秦始皇下令准备捕大鱼的渔具，还亲自带着连弩等候大鱼的出现。从琅邪北上荣成山，没有见到大鱼。至之果，终于射杀一条大鱼。取得秦始皇信任的徐市，这次骗取了武装力量，并最终要到了三千童男童女和“五谷”、“百工”，彻底消失在秦始皇的视野之外。徐市一行的目的地，至今是一个谜。
关于坑儒坑术士之说，《史记•儒林列传•正义》载：
今新丰县温汤之处号愍儒乡。温汤西南三里有马谷，谷之西岸有坑，古相传以为秦坑儒处也。卫宏诏定古文尚书序云“秦既焚书，恐天下不从所改更法，而诸生到者拜为郎，前后七百人，乃密种瓜于骊山陵谷中温处，瓜实成，诏博士诸生说之。人言不同，乃令就视。为伏机，诸生贤儒皆至焉，方相难不决，因发机，从上填之以土，皆压，终乃无声”也。
在这个记载中，坑儒一事，成了一个传奇性的故事。但我们从“恐天下不从所改更法"一句中，同样感受到，秦始皇坑儒坑术士，最重要的是以此警示世人，将法治体制从旧秦国而推广之六合之内，是不可置疑的行动。临潼西南的韩峪乡洪庆堡，据说就是当年的愍儒乡，坑儒谷即在此地。“唐天宝年间，改名为旌儒乡，并修旌儒庙，命贾至为碑文。不知何时庙毁碑失，仅存其文。宋人重刻并作序，后置于县城文庙大殿前，‘文化大革命’中被毁。洪庆堡曾叫洪坑堡，又叫灭文堡、兴文堡等。今谷址已被房屋占用。近年在该遗址发现唐代石雕文人像一尊，当是唐旌儒庙遗物”（周艳娥、吴俏、吴劲辉、惠焕章编著《游遍陕西》）。
秦始皇用极端手段来维护思想领域的大一统局面，其动机在强令全社会走向新体制并在思想上趋于一致，而其手段则让人不寒而栗，并成为中国思想史上一个难以弥灭的阴影。
焚书坑儒，最明显的后果是给儒家文化带来了严重打击。在焚书的同时，民间的藏书行动如影随形。史书上对藏书一事的记载多有所见：如孔子十一代孙孔安国在《尚书序》中提及：“始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士，逃难解散，我先人用藏其书于屋壁。”《汉书•艺文志》颜师古注：“孔腾，字子襄，畏奏法峻急，藏《尚书》、《孝经》、《论语》于夫子旧堂壁中。”孔腾是孔子第九代孙，当是孔安国的爷爷。
屋壁藏书，在当时似乎是英雄所见略同，《史记•儒林列传》所说伏生藏书的故事，也是藏在屋壁中：“伏生为秦博士，以秦焚书，伏生壁藏之。”
藏书是有风险的，因为法令实施后还胆敢挟书者，则有灭族之祸。挟书律直到汉惠帝四年才废止。
焚书事件，一时间导致了“天下学士，逃难解散”的局面，对儒家私学的发展自然是灭顶之灾。
赵岐《孟子题辞》：“孟子既没之后，大道遂绌。逮至亡秦，焚灭经书，坑戮儒生，孟子党徒尽矣。”（转引自钱穆《国学概论》）
《汉书》载：“楚元王交好书，尝与鲁穆生、白生、申公，俱受诗于浮丘伯。伯者，孙卿门人也。及秦焚书，各别去。”
由此可见孟子、荀子后学遭受打击之一斑。秦以吏治国，儒家者流难以在官场求职，断了经济基础；焚书坑儒，则又在组织上和政治上失去了依托，自然是雪上加霜。
儒法之争，最终在现实政治上展开时，为儒家后来的反抗和报复埋下了深刻的伏笔：
陈涉之王也，而鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王。于是孔甲为陈涉博士，卒与涉俱死。陈涉起匹夫，驱瓦合适戍，自月以王楚，不满半岁竟灭亡，其事至微浅，然而缙绅先生之徒负孔子礼器往委质为臣者，何也？以秦焚其业，积怨而发愤于陈王也。（《汉书•儒林列传》）
孔甲名鲋字甲，是孔子的八世孙。陈胜起义自立为王后，鲁诸儒生持孔氏之礼器归顺陈王，委质为臣，孔鲋任博士官，不惜与陈胜共存亡，最后以身赴死。诚如《汉书》所言，以孔鲋为代表的儒生抗争，实在是“积怨而发愤”的结果。
钱穆如是评论焚书坑儒：
推其渊源，皆由荀、韩。苟主法后王，诛奸人，故秦禁诽上而坑儒士。荀主正名，故秦同书文而烧古籍。韩言：“明主之国，无书简之文，以法为教，无先王之语，以吏为师。”故秦收书，禁语《诗》、《书》，而令学者以吏为师也……谓秦焚书坑儒而学术中绝，固非也。然政学分故有诸子，秦主政学复合，即是绝诸子之学脉也。拨去经籍，遂开汉人今古文之争。（钱穆《国学概论》）
6.政教一统：以法为教 以吏为师
《韩非子》中讲了这么一个故事：秦昭王生了一场病，估计病得不轻，老百姓都知道了，担心大王一病不起，纷纷为他祈祷。百姓们祈祷上天的规格很高，买来牛杀了祭天，为昭王祈福。昭王的反应如何呢？他发话了：我没有让你们祈祷，你们擅自去祈祷上天，这是关爱寡人，寡人自然很感激。不过，这样做是违法的，我如果赞许你们这样做，我也没有守法，法就立不起来，这可是乱亡之道啊。私自以牛祭天当是百姓越权行为，而僭越王权自然是违法之举。秦昭王怀着一颗感激之心的同时，狠心将为他祈祷的人处罚了，每个人要罚二甲，也就是交两幅铠甲，这可是很重的经济处罚了。
这件事，引发了章太炎的感慨：
章氏太炎曰：秦制本商鞅，其君亦世守法。（《太炎文录•秦政记》，转引自孙楷《秦会要》）
尽管法家没能做到真正的法律面前人人平等，但韩非主张“刑过不辟大臣，赏善不遗匹夫”（《韩非子•有度》），已是当时最先进的平等思想。
法律，成为秦始皇一统天下的利器。而在执行层面上，具体办法就是李斯提出的“若欲有学法令，以吏为师”（《史记•秦始皇本纪》）。
李斯的主张又是从韩非那里拣来的：
故明主之国，无书简之文，以法为教；无先王之语，以吏为师。（《韩非子五》）
而韩非也不是独创，他的衣钵上承商鞅。商鞅早就提出以吏为师了：“置主法之吏，以为天下师。”（《商君书•定分》）
以法为教、以吏为师，落实到政治架构上，就是自上而下的吏治系统的建立，归政教于一统。在《睡虎地秦墓竹简》中，就记载了南郡守腾“修法律令、田令及为间私方而下之，令吏明布，令吏民皆明智（知）之，毋巨（歧）于罪。”
湖北云梦睡虎地秦墓竹简发掘于1975年，墓主名喜，在秦始皇时期任过地方政权的御史、令史、狱吏等职，与他随葬的一千多支竹简上，记录了部分秦律条文、秦律解释、地方政府文告和相关的案件审理原则、治狱文书程式的规定等，专家整理出的竹简包括《编年记》、《语书》、《秦律十八种》、《效律》、《秦律杂抄》、《法律答问》、《封诊式》、《为吏之道》、《日书》甲种和《日书》乙种。
《编年记》中可以梳理出墓主喜的生平年谱，他生于秦昭王四十五年，死于秦王政三十年，时年四十六岁。
我们不妨从《睡虎地秦墓竹简》中记载的法律文件和史书中的相关记载，来看看秦始皇时期的法律到底有哪些特点？
鲜明的“重刑主义”
秦法本自商鞅，渐次补充完善而成。“商鞅之法，重轻罪。”（《韩非子• 内储说上》）我们前文已经分析过商鞅主张重刑，尽管对于“赏”究竟是主张“厚赏”还是“轻赏”，《商君书》有前后文不一致的情况，但对于“重刑”，则是毫不含糊的。《韩非子》中关于严刑重罚的言论也随处可见：
刑重，则不敢以贵易贱。（《韩非子•有度》）
夫严刑者，民之所畏也；重罚者，民之所恶也。故圣人陈其所畏以禁其邪，设其所恶以防其奸，是以国安而暴乱不起。（《韩非子•奸劫弑臣》）
而主张重刑的依据，则缘自商鞅的理论：
公孙鞅曰：“行刑重其轻者，轻者不至，重者不来，是谓以刑去刑。”（《韩非子•内储说上》）
笔者前文叙述过《韩非子》对“刑弃灰于道”的讨论，在法家看来，随意往门口倒灰这样的小事如果会被重罚，大的违法行为就更不敢去做了。重刑主义最根本的依据和目的，则是“以刑去刑”。
商鞅和韩非独独没有想到：民不畏死，奈何以死惧之？
这是法家的局限，也正因为主张严刑重罚，法家和秦始皇历来被诟病为“严刑峻法”，“秦之法，盗马者死，盗牛者加，所以重本而绝轻疾之资也。盗伤与杀同罪，所以累其心而责其意也”（《盐铁论•刑德篇》）。
不仅偷盗与伤人、杀人这种常见的犯罪要被重治，在秦始皇时代，因口舌而惹祸这种非常见的罪行反而成了闲常之事。“口，关也；舌，幾（机）也。一堵（曙）失言，四马弗能追也”（《睡虎地秦墓竹简•为吏之道》）。
官吏们被明文警告失言可能罹罪，可见秦始皇对舆论控制的严酷程度。“秦法至重，不可以妄言。妄言者无类”（《史记•邮生陆贾列传》）。“秦律，诽谤者族"《史记•高祖本纪》）。不论汉代人对秦始皇打击反对派言论的描写是否有夸大之嫌，但焚书坑儒二事，已足证其钳制思想之手段的严厉。
在轻罪重罚的具体表现上，今天的人们可能会对当时的一些做法产生荒谬不经的惊叹。譬如，商鞅时代竟然“步过六尺者，有罚”（《史记•商君列传》）。而秦始皇时代的法律在轻罪重刑方面并没有本质的变化。按照《睡虎地秦墓竹简》中所载法律规定，五个人一起偷东西，赃物在一钱以上，要断去左足，并面额上刺字，罚以修城池的苦力。而如果你偷了人家的桑叶，价值不到一钱，竟然要罚服劳役三十天。
赏罚二柄，是君王的利器，有罚自然有赏：“捕亡完城旦，购几可（何）？当购二两。”（《睡虎地秦墓竹简•法律答问》）完城旦是一种刑罚方式，即不受肉体惩罚以“完”人面貌罚去修城池，如果捕获这种逃跑的人，可以得到二两的金钱奖励。
在《睡虎地秦墓竹简》中，法律上对赏赐的条文并不多见。而对处罚的规定则比比皆是。对秦时大肆以酷刑统治臣民的斥责，自然会屡屡见于文端。重刑主义思想之下，随之而来的必然是酷刑当道。且来看看秦时的肉刑：
髌：也就是去膝盖骨。
刖：即断足，《盐铁论•诸圣篇》称秦时“断足盈车”。
劓：即割鼻，商鞅变法时，公子虔第二次犯法时，就被割了鼻子。而云梦秦简载：“不盈五人，盗过六百六十钱，黥劓以为城旦。”不满五个人一起去盗窃，赃物超过六百六十钱，就要被面额刺字、割鼻、罚苦力修城池。
黥：墨刑在面也。商君之法，弃灰于道者，黥。李斯请秦始皇发焚书令时，就建议对令下三十天不烧书的人要处以“黥”刑。英布原本姓英，乃一个布衣，后来被称为“黥布”，则有一个故事。在他年少时，有人给他算命，说他会“当开而王”，后来，英布果然犯了法，在对他行黥刑时，他竟然欣然一笑：“有人给我看相说我受了刑后能称王，看来时候到了啊！”
宫：腐刑，割男子之势也。吕不韦进嫪毐，就是诈为腐刑，解决了赵姬的性饥渴。
笞：据《睡虎地秦墓竹简》，罚修城、舂米的人如果毁坏了瓦器、铁器、木器价值一钱要笞打十下。
矐：烧马粪把人的眼睛燻瞎。当年燕太子丹送荆轲至易水，伴随着“风萧萧兮易水寒”慷慨之歌的，是高渐离的击筑声。后来，隐姓埋名多年的高渐离被人认出来，嬴政召见了高渐离，因爱惜他的击筑之才，而对他实行特赦，但矐其目以示惩罚。
具五刑：这是相当恐怖的数刑兼施的刑罚。《汉书•刑法志》：当三族者，皆先黥、鼻、斩左趾、笞杀之，枭其首，范其骨肉于市。其诽谤詈诅者，又先割舌，谓之具五刑。李斯就是被秦二世处以“具五刑”的恐怖肉刑。
鋈足：类似今天的戴金属脚镣。
斩左趾：五个人盗窃价值一钱以上的东西，就要斩左趾。
榜掠：用棒打，李斯就是被赵高棰打上千次后锻炼成狱的。
再来看看秦时的死刑：
弃市：论死于市，也就是公开处决。李斯建议秦始皇下焚书令，其中一条就是“有敢偶语《诗》《书》者弃市”。
腰斩：顾名思义可也。商君之法，不告奸者，腰斩。李斯恐怕没有想到，自己最后会死于腰斩。
车裂：五马分尸。商鞅、嫪毐、赵高这些染指最高权力的人，最后均车裂而终。
体解：即肢解。刺杀嬴政未果的荆轲就是被体解的。
戮尸：为惩罚死者生前的行为，将尸体陈列示众。嬴政的弟成蟜叛乱失败，军吏皆斩，及戮其尸。秦二世听信赵高的诱使，竟然将“公子十二人僇死咸阳市”（《史记•李斯列传》）。
枭首：把人头砍下悬挂在杆顶上示众。嫪毐等二十人，在车裂后，脑袋就是悬在木杆上晃悠着的，试想想，这么多死人头挂在一块儿，该有多恐怖。
剖腹：秦始皇的先祖孝文王就干过剖贤人肚子的事情。
囊扑：把人装在袋子里扎紧口袋继而扑杀，显然是把人当成动物来杀了，嬴政在嫪毐案发生后，就囊扑了自己两个同母异父弟弟。
凿颠、抽胁、镬烹：“秦用商鞅，连相坐之法，造参夷之诛，增加肉刑、大辟，有凿颠、抽胁、镬烹之刑。”（《汉书•刑法志》）即开颅腔、抽肋骨、用锅煮。
破：碎尸。秦二世就将自己的姐妹十个公主磔死于杜。秦时对性质恶劣的教唆犯就处以磔刑：“甲谋遣乙盗杀人，受分十钱，问乙高未盈六尺，甲可（何）论？当磔《睡虎地秦墓竹简•法律答问》）。”如果主谋支使一个身高不到六尺的人去盗劫杀人，分到了十钱，就该磔杀。秦时的六尺不到今天的1米4，也就是买半票的身高，可见还是儿童。儿童教唆犯被处极刑，看来秦时就有从重处罚的先例了。
生戮：戮之已乃斩之之谓也。（《睡虎地秦墓竹简•法律答问》）
定杀：把人活生生在水里淹死。秦时对麻风病人有定杀举措。
