黄海大战后， 日军兵分两路侵犯中国本土。一路由义州渡鸭绿江入侵辽东；一路从仁川渡海，进犯大连旅顺。
日军渡鸭绿江时，清军四万之众，望风溃逃，日军连下安东（今辽宁丹东市）、凤凰城（今凤城县）、宽甸等地。另一路从花园口（在今庄河县西南）登陆，直指金州（今金县）、旅大。金州守将徐邦道求援不得，十月九日，城陷。十日，日军攻大连，大连守将赵怀益已先一日逃走，大连不战而陷。日军继攻旅顺，驻军统帅龚照屿却率先逃跑，其他将领亦随之逃走，只有徐邦道孤军抵抗。二十五日，旅顺终陷敌手。日军攻占旅顺后，不分男女老幼全部屠杀，全城幸存者仅三十六人，即谓“甲午旅顺大屠杀”。旅顺经营凡十六年，耗资数千万，军资器械尽为日军所有，自是京师震动，陪都惊恐。对败逃之将领，清廷竟无人过问。而李鸿章则积极从事议和活动。
但日军并未就此罢手，又攻威海卫。
威海卫，清驻军近万人，战舰九艘。李鸿章令提督丁汝昌“保船避战”，蛰缩于港内。十二月二十五日，日军在山东荣成湾登陆，抄袭威海卫；日舰封锁海上。北洋舰队腹背受敌。丁汝昌要求出击，但李鸿章严令“不许出战”，“如有违令出战，虽胜亦罪。”致南北两岸炮台沦入敌手。日炮轰港内，中国爱国官兵进行坚决抵抗。北洋舰队中洋员煽动部分士兵哗变，诱逼丁汝昌投降。汝昌拒之，被迫自杀。除定远，靖远被击沉外，其余军舰均为日军掠去。北洋舰队全部覆灭。
日军在进攻威海卫之时，在海城之日军向关内进犯。清统帅刘坤一等将领闻风而逃，日军相继占领冬庄、田庄台、营口等军事要地。清六万大军，不堪一战，全线瓦解。
清军节节溃败，举朝震惊。载湉焦急不安，群臣相对无策。慈禧决计乞和，二十一年（公元1895年）正月，命李鸿章为全权代表，赴日议和。载溉迫于形势，授予李鸿章让地之权。三月二十三日，李鸿章与日本首相伊藤博文签订《马关条约》。条约规定中国割让辽东半岛、台湾和澎湖列岛与日本；赔偿日本军费白银二亿两；开放沙市、重庆、苏州、杭州为通商口岸。《马关条约》是清廷又一卖国条约。
《马关条约》签订消息一经传出，全国沸腾，群情激愤。时值北京会试，康有为（广东南海人）联合会试举人一千三百多人，联名上书载湉，提出拒和、迁都、练兵、变法主张，以救危亡。史称“公车上书”。台湾人民情绪尤为激愤，“若午夜暴闻轰雷，惊骇无人色。奔走相告，聚哭于市，夜以继日，哭声达于四野。”
二十二年（公元1896年）四月二十二日，李鸿章接受沙俄三百万巨额贿赂。在莫斯科签订《中俄密约》，沙俄攫取中国东北路权。德国闻之，于次年十月二十日，强占胶州湾。各列强纷起效尤，俄占旅大，英租威海卫，法取广州湾，日以福建为其势力范围，瓜分之势已形成。中国有志之士，面对国家被欺凌宰割，莫不气愤填膺，要求变法之情更加强烈。康有为在德国强占胶州湾之后，再次上书，请求变法；并设“保国会”于北京，提出“保国”、“保种”、“保教”。
时载湉愤外难日迫，皇朝危困，亦欲革新政治，图谋中兴。尤在阅读《日本变政考》、《俄彼得变政考》、《列国变通兴盛记》等书后，变法之志益坚。屡欲见康有为，而为恭亲王所阻，曰：“祖宗之法不可变。”载湉曰：“今祖宗之地不保，何有于法乎？”因使人告慈禧曰：“联不能为亡国之君，若不予我权，宁逊位而已。”慈禧虽怒甚，但未阻止。二十四年（戊戌年，公元1898年）四月二十三日，载湉根据康有为意见，下“定国是”之诏。二十八日，在颐和园仁寿殿接见康有为，详论新政实施步骤。之后，先后发布改革令数十道，主要有：中央设立铁路矿务总局和农工商局，各省设立商务局，鼓励和保护工商业；裁撤重叠机构和冗员，澄清吏治，改革官制；裁汰绿营，改用西法训练陆军，筹建海军；废八股，改试策论，设学堂，派人出国留学等。
新政之推行引起慈禧及其党羽恐惧。载湉宣布变法后四天，慈禧下令将支持新法之大臣翁同龢开缺团籍，并与直隶总督荣禄（后党核心人物）密谋，欲诱载湉至天津阅兵废之。至天津阅兵之谕下后，盛传废立之风。革新派知载湉处境危险，忙乱无计，遂欲罗致袁世凯（时以道员衔在天津小站训练新军）。载湉于八月一日、二日，两次接见袁世凯；三日夜，谭嗣同前往游说，要求袁在阅兵时，保护圣主，复大权，清君侧，肃宫廷。袁阳示同意，暗中告密。六日黎明，慈禧至载湉寢宫，尽括章疏而去，召载湉怒斥之：“我抚养汝二十余年，乃听小人言谋我乎？”载湉战栗不发一语，良久乃嗫嚅曰：“我无此意。”慈禧即以载湉病不能理万机为词，垂帘听政；旋欲毒杀之，为宗室大臣求免，遂幽之于中南海瀛台，废除一切新政诏令。捕杀谭嗣同、林旭、杨锐、杨深秀、刘光第、康广仁等革新派领袖，史称戊戌六君子。康有为、梁启超逃亡日本。历时一百〇三天之维新变法遂告失败，史称为“戊戌变法”，即“戊戌维新”，或“百日维新”；称慈禧政变为“戊戌政变”。
“戊戌政变”既是新旧党思想之争，亦是帝后权力之争。旧党多半满人，新党全系汉人，故又是满汉之争。
政变后，慈禧日言载湉“病重”，求医海内，为废立造舆论。而载湉在幽禁中，求米粥则不得，求鸡丝亦不得，凡所求食，皆诡言拒之；或告已召濂贝勒之子于宫中将立之语；又夺其爱妃之首饰，时值严冬，犹穿单衣。凡此种种，其目的乃故伤其意，促其速死。十二月二十四日，慈禧立湍王裁漪（道光之从孙）之子溥俊为大阿哥。清世家法，不立太子而立大阿哥，即已决定废立。但由于列强反对，载湉不得废。因而慈禧、载漪大为不满，遂有以后利用义和团排外事件之发生。
义和团原名义和拳，民阀秘密组织，源于白莲教和八卦教。其成员大多是农民、手工业者。最初流行于山东、河南等地。甲午战争后，各帝国主义列强，相继侵入中国，强占租借地，划分势力范围，企图瓜分中国。各国传教士，纷纷、深入中国城镇乡村，设教堂，办学校，开医院。他们依仗特权，出入官府，包揽词讼，强占民田，鱼肉乡民，逞凶杀人。因而激起中国人民之愤怒，纷起反抗，主要打击目标是传教士及教堂。从光绪二十一年至二十五年，发生反教斗争四十五起。义和团亦参加反教运动，并提出“扶清灭洋”口号，烧教堂，禁洋货。清廷始则残酷镇压，但义和团却更加发展，逐步由山东扩展至华北、东北各省，京津一带声势尤大。慈禧一变镇压为招抚、利用。其目的，内则借以打击维新变法派，以固权力，外则吓唬外人，以报不支持废立之仇。
五月中旬，英、美、俄、德、法、日、意、奥八国，以，保护北京使馆为名，联合大举进攻中国。
二十三日，慈禧挟载湉召开御前会议，决定宣战，并令各国使臣于二十四小时内离京。载湉表示反对，而受到慈禧斥责。二十四日，载漪令所部士兵击毙德使克林德。时各处洋楼教堂，皆已焚毁，唯有西什库教堂与东交民巷使馆尚未烧及，慈禧下令围之。但慈禧意在吓唬洋人，因而又下令予以保护。
六月十七日，八国联军攻陷天津。七月十七日，占领通州。京师闻之，君臣相对而泣。十九日，联军抵北京城东。次日黎明，慈禧扮乡间农妇，令载湉服蓝布衫将出奔。珍妃请留载湉以镇人心，慈禧不答，而厉声令太监李莲英推妃于宁寿宫外之大井中。载湉目睹珍妃之死，悲愤已极，至于战栗。慈禧、载湉出德胜门，逃往太原。出逃之初，狼狈不堪，曾一日不得食，民献豆麦，以手捧食之，顷刻而尽，夜宿无被，村妇进以布被。
联军攻入北京，杀人放火，奸淫妇女，四出抢劫；北京图书文物、国宝奇珍，洗劫一空。
慈禧一行于八月二日至怀安，令庆亲王奕劻与李鸿章主持和谈。十七日，抵太原。及闻联军将追至，乃逃至西安。
联军要求慈禧、载湉回北京，并声言请皇上复辟，亲理大政，慈禧拒之。袁世凯因戊戌告密，结怨于载湉，亦坚决反对慈禧回京。
沙俄则乘机攫夺东北，进兵蒙古，对清廷故示让步，撤兵天津。英、日对此惴惴不安，因而对慈禧、载湉返京之事，渐不热心。
二十七年（辛丑年，公元1901年）七月二十五日，李鸿章与各国公使签订和约，即《辛丑条约》。其主要内容：中国赔款白银四亿五千万两，分三十九年还清，年息四厘，到时共九亿八千多万两；拆毁大沽至北京沿线炮台，允许列强驻军北京及自北京至山海关十二个战略要地；禁止排外，违者处死。
《辛丑条约》是中国空前未有之卖国条约，主权丧尽，国防全失，财银赔光。至此中国完全陷入半殖民地之地位，任人摆布，任人宰割，任人欺凌。清皇朝亦处于风雨飘摇之中。
和议既成，慈禧、载湉乃于八月二十四日自西安启程，经河南，至正定。十一月二十四日，乘火车回京。从此载湉又失去一切自由。
慈禧误国，将中国人民推入痛苦深渊。为安抚人心，曾空喊“实行新政”和“预备立宪”。
三十四年（公元1908年）十月二十一日，载湉病死于瀛台之涵元殿。在位三十五年，死时三十八岁。宣统元年（公元1909年）正月，谥曰同天崇远大中至正经文纬武仁孝睿智端俭宽勤景皇帝，庙号德宗。七月，葬于崇陵（在今河北易县西永宁山下，即清西陵）。
载湉身体健实，在位期间无疾病，每大祭必亲临，虽大风雪，亦无倦容。但婚后无子，或谓有隐疾，宫中事秘，外人莫知其详。性宽厚，畏慈禧甚，本口吃，遇责问，常战栗不能言。戊戌政变后，幽禁瀛台，悲愤交加。曾取《三国演义》视之，长叹曰：“朕并不如汉献帝也。”尤恨袁世凯。在西安时，曾画一龟，上书袁世凯之名，贴于壁间，以小竹弓射之，继而剪碎之，令片片作蝴蝶舞。生活尚俭，衣洗涤缝补之服，亦不好声色狗马。
末帝（宣统帝）爱新觉罗溥仪
光绪三十二年（公元1906年）正月十四生。父醇亲王载沣（光绪之弟），母苏完瓜尔佳氏，名幼兰。
三十四年（公元1908年）十月二十日，光绪病，慈禧令溥仪入宫教养，以载沣为摄政王。诸大臣迎之于醇邸，醇王太福晋大哭，抱溥仪不放，曰：“既杀我子，复杀我孙，虽拥皇帝虚名，实等终身圈禁耳。”经诸臣婉劝，谓不可抗旨，始让拥之而去。十一日，光绪死，慈禧令其继位，以载沣为监国。二十二日，慈禧死。
十一月九日，溥仪即位太和殿。时年三岁，见禁卫森严，百官匍伏，嗷然欲啼，载沣轻慰之曰：“不要哭，快完了。”
溥仪即位后，载沣另编禁卫军，亲自统帅；罢免袁世觊，自为陆海军大元帅，集大权于一身。以其弟载洵和载涛分别为海军大臣和军咨大臣，厉行皇族集权政策。
时清皇朝已腐败不堪，病入膏肓，任何内部改良和措施，皆无济于事。革命烽火在神州大地熊熊燃烧。宣统三年（公元1911年）三月二十九日，孙中山之同盟会在广州发动起义。广州起义虽然失败，但起义者英勇壮烈之行为，给中国人民以极大鼓舞。孙中山谓是役“碧血横飞，浩气四塞；草木为之含悲，风云因而变色。全国久蛰之心，乃大兴奋。”起义后，葬七十二烈士于红花岗，后改名为黄花岗。史称为黄花岗七十二烈士，又称此次起义为黄花岗起义。
继而又有保路运动。四月十一日，清廷宣布铁路国有政策，与英、法、德、美四国商订借款，而四川已筹集之铁路股银，全不发还，因而激起四川人民强烈反对，掀起保路运动，相继发生武装暴动。
当四川保路运动进入高潮之时，革命党人于八月十九日（阳历10月10日）夜，在武昌举行武装起义。革命党之胜利，给全国以莫大鼓舞，各省纷起响应。十一月，各省（十七省）代表集会南京，推举孙中山为临时大总统。十三日，，孙中山在南京宣誓就职，组成南京中央政府，改用阳历。十二月二，十五日（阳历2月12日），清廷被迫宣告溥仪退位。清至此灭亡，历十二主，凡二百九十六年，自秦始皇统一中国（公元前221年），历时二千余年之中国封建社会宣告结束。
溥仪退位之时，民国政府许诺优待皇室八条：一、存清帝尊号，以待各外国君主之礼相待遇；二、岁给清室经费四百万；三、以颐和园为清室住室；四、保护清宗庙及陵寝；五、修清德宗崇陵；六、以前宫内各项执事照常留用，唯以后不复再招阉人；七、保护清帝原有之私产；八、原有之卫军，归民国陆军部编制，额数、俸饷悉如旧。
公元1917年7月1日，军阀张勋，驱逐总统黎元洪，拥溥仪重登皇帝宝座。12日，北洋政府代理国务总理段拱瑞在日本支持下，赶走张勋，为时十二天之复辟活动，即告垮台。史称“张勋复辟”。是年为丁巳年，故又称“丁巳复辟”。
1924年，废帝号，溥仪出宫。先居日本驻华使馆。第二年2月，移居天津。1931年底在侵华日军策划下潜往东北，为满洲国傀儡政权“执政”，1934年3月改称“满洲帝国皇帝。”
1945年8月17日，在逃往日本途中，被苏军俘押至西伯利亚，1950年8月，移交给中华人民共和国政府，1959年12月4日，获特赦之后，曾工作于北京植物园、全国政协文史资料编辑委员会；1964年，任全国政协委员、文史馆馆员。其著作有《我的前半生》。
1967年10月17日，以肾癌病逝于北京，时年六十二岁。骨灰安放在北京八宝山革命公墓人民骨灰堂。1980年5月29日，政协举行了追悼会，骨灰重新安放在八宝山革命公墓第一室付舍。1995年1月26日，归葬清西陵（在北京西西南100公里河北易县，光绪崇陵之北）。满清遗族谥为闵帝。
