7月8日，埃及人在霍姆斯附近同奥斯曼人进行了争夺叙利亚控制权的第一场大战。米舍卡写道：“场面令人激情澎湃。当埃及正规军到达战场时，他们遇到了数量更多的土耳其正规军。日落前一小时，双方爆发激烈的战斗，枪声炮火持续不断。”在山顶上观战的米舍卡无法判断战斗的走向。“那是可怕的一小时，其间地狱各门都打开了。日落时分，枪声停歇，只留下大炮轰鸣，直到日落后一个半小时，才重回寂静。”直到那时，他才知道埃及人在霍姆斯战役中取得了完全的胜利。奥斯曼将领们匆忙抛弃了营地，开始逃亡。“食物还留在火上炙烤，医药箱、成卷的敷料和［给死者的］裹尸布、大量的毛皮和受奖时穿的披风以及许多物资都留了下来。”17
不知疲倦的易卜拉欣帕夏并没有在霍姆斯逗留。取胜一天后，他率军向北去往阿勒颇，以完成对叙利亚的征服。和大马士革一样，阿勒颇没有反抗埃及军队就投降了，易卜拉欣帕夏留下一个新政府，代表埃及统治这座城市。奥斯曼帝国的总督早已撤离，加入了一支庞大的奥斯曼军队，其中包括霍姆斯战役中幸存的部队。7月29日，奥斯曼人在亚历山大勒塔附近的贝伦村（时属阿勒颇行省，现位于土耳其）与埃及军队交战。埃及军队虽然在人数上处于劣势，但依然重创奥斯曼军队直至接受后者投降。随后，易卜拉欣帕夏率军前往阿达纳港，那里有埃及的舰船，给精疲力竭的军队提供补给。易卜拉欣帕夏给开罗发去了详细记录埃及胜绩的战报，等待他父亲下一步的命令。
而穆罕默德·阿里从战争转向谈判，试图通过素丹的法令或欧洲的干预来确保他在叙利亚的所得。就奥斯曼人而言，他们不愿意向叛变的埃及总督割让任何利益。奥斯曼帝国的大维齐尔（即首相）穆罕默德·拉希德帕夏不承认穆罕默德·阿里在叙利亚的地位，并开始组建一支8万多人的庞大军队，试图将埃及人从土耳其海岸和整个叙利亚赶走。而易卜拉欣帕夏在重组军队和补给军需之后，于1832年10月进入安纳托利亚中部，以对抗奥斯曼人的威胁。当月，他占领了科尼亚城，并在此备战。
埃及军队将不得不在能想象到的最恶劣的环境中作战。习惯了夏季沙漠的炎热和尼罗河畔温和冬季的埃及军队，发现自己身处冬季安纳托利亚高原的漫天暴雪和零下冰封之中。然而，即使在这样的条件下，那些被迫应征入伍的士兵仍被证明是一支纪律严明的军队。尽管人数少于对手，但他们在科尼亚战役（1832年12月21日）中大胜奥斯曼军队。埃及人甚至抓到并囚禁了大维齐尔，这极大地加强了他们在谈判中的筹码。
素丹一听到军队战败和大维齐尔被俘的消息就屈服了，答应了穆罕默德·阿里提出的大部分领土要求。在科尼亚战败后，素丹失去了所有军事选择，他现在直面一支驻扎在安纳托利亚西部屈塔希亚镇的埃及军队，距离帝国首都伊斯坦布尔只有200千米（124英里）。为了确保埃及军队完全撤出安纳托利亚，马哈穆德二世重立穆罕默德·阿里为埃及总督（他在入侵叙利亚后被剥夺了头衔，并被宣布为叛徒），并将希贾兹、克里特岛、阿卡、大马士革、的黎波里和阿勒颇等省授予穆罕默德·阿里和易卜拉欣帕夏，同时赋予阿达纳港的征税权。1833年5月，在俄罗斯和法国的斡旋下，《屈塔希亚合约》签订，上述战果得到了确认。
《屈塔希亚合约》签订后，易卜拉欣帕夏将他的部队撤回叙利亚和埃及。穆罕默德·阿里没有实现他所渴望的独立。奥斯曼帝国把他牢牢地束缚在帝国的统治之下。但是他已经把奥斯曼帝国的大部分阿拉伯行省都置于他的家族统治之下，建立了一个埃及帝国，在19世纪30年代余下的时间里与奥斯曼帝国相抗衡。
埃及对叙利亚的统治很不受欢迎。新的税收给社会各阶层——从最贫穷的工人到最富有的商人，带来了沉重的负担。本地领袖被剥夺了传统权力，被隔绝在统治阶层之外。米舍卡记录道：“当埃及人开始改变宗族习俗，对民众征收比他们习惯支付的更多的税时，人们开始鄙视他们，希望再次回到土耳其人的统治之下，因此表现出反叛的迹象。”埃及人的反应是解除叙利亚人的武装并将他们征召入伍，这反而激起了更剧烈的反抗。米舍卡解释说：“士兵没有期满后获得自由、回归家庭的固定的服役期限，相反，服役期像地狱一样长久。”18许多年轻人为了躲避征兵而逃跑，这进一步损害了当地的经济生产力。叛乱从叙利亚沿海的阿拉维山区蔓延到黎巴嫩山和叙利亚南部的德鲁兹地区，再到巴勒斯坦高地的纳布卢斯。1834—1839年，易卜拉欣帕夏发现他的军队一直忙于镇压不断升级的叛乱。
穆罕默德·阿里没有被叙利亚乡村的民众动乱所吓倒，他把叙利亚看作是他的埃及帝国的永久领土。他坚持不懈地争取欧洲对他计划的支持：脱离奥斯曼帝国，在埃及和叙利亚建立独立王国。1838年5月，他告知奥斯曼帝国中央政府和欧洲列强，他决意建立自己的王国，提出向奥斯曼人支付300万英镑（合1500万美元）的脱离费。英国首相帕默斯顿对此发出了严厉警告：“这位［穆罕默德·阿里］帕夏必将会发现，英国将同奥斯曼帝国素丹一起要求纠正如此骇人听闻的针对素丹的错误行为，以防止土耳其帝国被肢解。”19就连穆罕默德·阿里的法国盟友也警告他，不要采取可能导致他与素丹和欧洲对抗的举措。
得到欧洲的支持，奥斯曼人倍感振奋，决定立即对穆罕默德·阿里采取行动。素丹马哈穆德二世再次组建了一支远征军。自从1826年暴力解散禁卫军以来，马哈穆德大力建设新的奥斯曼尼扎米军。他的高级军官向他保证，这支德国人训练的步兵要强于埃及军队，后者在连续5年镇压叙利亚民众叛乱后已疲惫不堪。1839年6月24日，奥斯曼军队行进到阿勒颇附近的叙利亚边境，袭击了易卜拉欣帕夏的部队。与所有人的预期相反，埃及人在尼济普之战（Battle of Nezib）中击溃了奥斯曼人，造成后者大规模伤亡，并俘虏了1万多人。
素丹马哈穆德二世没能收到军队被击败的消息。由于素丹患了肺结核，健康状况已经恶化了好几个月，6月30日，他在得知尼济普惨败之前就去世了。他尚处青春期的儿子素丹阿布杜·迈吉德一世（Abdulmecid I，1839—1861年在位）继位，他年轻、缺乏经验，无力安抚帝国将领们的紧张情绪。奥斯曼舰队的海军上将艾哈迈德·费夫齐帕夏（Ahmed Fevzi Pasha）带领他的整个海军横渡地中海，投奔穆罕默德·阿里麾下。这位海军上将担心，俄国有可能像他所预料的那样介入奥斯曼政局、扶持年轻的素丹，一旦如此，舰队可能会落入俄国的控制之下。他也相信穆罕默德·阿里是最有能力维护奥斯曼帝国的领袖；相较于乳臭未干的王储，刚健有力的叛乱者会成为更好的素丹。恐慌在伊斯坦布尔蔓延。年轻的素丹面临着奥斯曼帝国历史上最大的内部威胁，却没有陆军或海军来保护他。
欧洲列强对奥斯曼帝国的动荡同样忧心忡忡。英国担心俄国会利用权力真空占领博斯普鲁斯海峡和达达尼尔海峡，以确保其黑海舰队可以进入地中海。这将冲击英国数十年来旨在遏制俄国黑海舰队并拒绝其进入温水港口的政策，该政策维持了对英国有利的海上力量均衡。此外，法国有意使其盟友埃及将统治范围扩大到整个东地中海地区，英国希望能挫败法国的这一图谋。英国领导了一个由欧洲列强组成的联盟（法国没有参加）来介入这场危机，旨在支持奥斯曼王朝，迫使穆罕默德·阿里从土耳其和叙利亚撤出。
谈判持续了一年，穆罕默德·阿里试图利用他在尼济普的胜利来获得更多的领土和主权特权，而英国和奥斯曼帝国则要求埃及从叙利亚撤军。1840年7月，英国、奥地利、普鲁士和俄国组成的欧洲联盟提出让穆罕默德·阿里终身统治大马士革，让他的家族世袭统治埃及，条件是他的士兵立即撤出叙利亚其他地区。这是他们的最终提案，同时英国和奥地利舰队已在东地中海集结准备采取行动。穆罕默德·阿里相信自己拥有法国的支持，拒绝了这一提案。
盟军舰队在英国海军上将内皮尔（Napier）的指挥下迫近港口城市贝鲁特，并于9月11日炮轰埃及的阵地。英国利用当地特工在叙利亚和黎巴嫩各地散发传单，呼吁当地人民起来反抗埃及人。大叙利亚地区的人们过去曾经起来反抗过，很乐意再来一次。与此同时，盟军舰队从贝鲁特开往阿卡，力争把埃及人赶出城堡。埃及人原以为他们能抵挡住任何攻击，但根据米哈伊勒·米舍卡的记录，英国、奥地利和奥斯曼联合舰队用了3小时20分钟就攻克了这座城堡。埃及人刚刚收到的火药露天堆放在城堡的中心，而盟军舰船的一枚炮弹引爆了火药，“爆炸出其不意，阿卡城内的士兵四散奔逃，无人继续留守”。20欧洲和奥斯曼军队夺回了阿卡，并控制了整个叙利亚海岸。
易卜拉欣帕夏发现他的位置越来越不稳固。海路被切断，他无法补给他的部队，而这些部队正不断受到当地居民的骚扰。他率军从土耳其和叙利亚各地撤回到大马士革。1841年1月，约7万名士兵在大马士革集结，易卜拉欣帕夏开始从叙利亚沿陆路有序撤回埃及。
埃及的威胁已经得到控制，但第二次埃及危机对奥斯曼帝国生存构成的挑战需要正式解决。一项协议在伦敦达成，奥斯曼人授予穆罕默德·阿里对埃及和苏丹的终身统治，并确立他的家族对埃及的世袭统治，而穆罕默德·阿里承认奥斯曼素丹是他的宗主，并同意每年向帝国中央政府支付一笔款项，以表示他对帝国的顺从和忠诚。
英国还希望确保东地中海地区的纷争不再威胁欧洲的和平。而防止欧洲列强因在黎凡特地区争夺战略优势而发生冲突的最佳保障，是确保奥斯曼帝国的领土完整，这是英国首相帕默斯顿勋爵一直以来的重点关切。在1840年《伦敦公约》的一份秘密附件中，英国、奥地利、普鲁士和俄国政府正式承诺“不寻求领土扩张，不寻求排他性影响力，不为其臣民谋取任何他国臣民无法公平获得的商业利益”。21这一克己的条约为奥斯曼帝国提供了近40年的保护，使其免受欧洲对其领土的图谋之害。
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从1805年到1841年，穆罕默德·阿里的雄心壮志经历了一个循环。他升为总督，成为埃及的主人。一旦他在埃及站稳了脚跟并增加了财政收入，他就开始建设现代军队。随后，他将自己的领土范围从苏丹和红海沿岸的希贾兹一度扩大到包括希腊的大部分地区和整个叙利亚。但外部干涉剥夺了他的战果，到1841年，他的势力范围又缩回到埃及和苏丹。埃及将拥有自己的政府，将制定自己的法律，但仍将受奥斯曼帝国外交政策的约束。虽然埃及人可以铸造自己的钱币，但他们的金币和银币上都须印有素丹的名字，而埃及统治者的名字则只能印在价值低廉的铜币上。埃及可以拥有自己的军队，但士兵人数不能超过1.8万人，这与埃及之前部署的10万至20万人的庞大军队相去甚远。穆罕默德·阿里取得了很大的成就，但他曾经的雄心更大。
穆罕默德·阿里在他执政的最后几年饱受失望与疾病困扰。这位帕夏已进入风烛残年，当他的军队从叙利亚回来时，他已经71岁了。他日渐被他的儿子易卜拉欣疏远。在叙利亚战役期间，父子俩通过宫廷官员沟通。两人都与疾病作斗争，易卜拉欣被送到欧洲治疗结核病，而穆罕默德·阿里因服用治疗痢疾的硝酸银而开始丧失思维能力。1847年，素丹意识到穆罕默德·阿里不再具有足够的统治能力，于是任命易卜拉欣帕夏接替。6个月后，易卜拉欣去世。那时，穆罕默德·阿里早已远离了人们的视线。王位传给了穆罕默德·阿里的孙子阿巴斯（Abbas）。1849年8月2日，穆罕默德·阿里去世，阿巴斯主持了他的葬礼。
地方领袖的时代结束了。在剥夺了埃及人对克里特岛、叙利亚各省和希贾兹的统治权后，奥斯曼政府小心翼翼地派自己人担任这些行省的总督。大马士革的阿兹姆家族，就像摩苏尔的加利利家族一样，失去了他们在18世纪大部分时间里所统治的城市。黎巴嫩山自治政府因谢哈卜家族与埃及政府勾结而被推翻。在黎巴嫩山，奥斯曼人也试图任命自己的总督，但这将带来爆炸性的后果，使黎巴嫩走上教派冲突的道路。谋求脱离奥斯曼政府的地方自治让阿拉伯世界的劳动人民付出了高昂的代价，他们遭受了战争、通货膨胀、政治动荡和雄心勃勃的地方领袖治下无数的不公正待遇。现在，他们想要和平与稳定。
奥斯曼人也想结束对他们统治的内部挑战。在被外国威胁以及与俄国和奥地利的战争所困扰的同时，他们看到了放任阿拉伯行省自行其是的风险：“伟大的阿里贝伊”同扎希尔· 欧麦尔的联盟威胁到了奥斯曼帝国在叙利亚和埃及的统治；瓦哈比派蹂躏了伊拉克南部，并夺取了奥斯曼统治下的希贾兹；穆罕默德·阿里利用埃及的财富建立了军队，并掌控他自己的帝国，从而威胁奥斯曼帝国的生存。如果没有欧洲列强的干预，穆罕默德·阿里可能已在第二次埃及危机中推翻了奥斯曼帝国。这些经历使奥斯曼政府认识到改革的必要性。改革不是对已有的政府机构进行温和的修补，而是对古老的统治机器进行彻底检修。
奥斯曼人意识到，他们无法依靠自身来改革他们的帝国。他们需要利用使他们的竞争对手欧洲变得强大的那些思想和技术。奥斯曼的政治家们注意到穆罕默德·阿里如何成功地利用现代欧洲思想和技术建设了一个充满活力的国家。向欧洲派遣代表团、引进欧洲的工业和军事技术，以及在各级军事和官僚机构中聘用欧洲技术顾问，这些举措极大地帮助了穆罕默德·阿里成就功业。
奥斯曼帝国与欧洲邻国的关系正进入一个复杂的新时代。欧洲将成为榜样，成为军事和技术领域的典范。但欧洲也是一个威胁，既是觊觎奥斯曼帝国领土的好战者，也是危险的新意识形态的源头，因此必须与之保持距离。奥斯曼改革者面临如下挑战：如何在不损害自身文化完整性和价值观的情况下采纳欧洲的理念和技术。
奥斯曼帝国无法对欧洲的进步视而不见。在19世纪，欧洲已经成为主导世界的力量，奥斯曼帝国被迫按照欧洲规则行事的趋势日益显著。
