钱谦益返乡后就不再过问政事，平时也只是饮酒自娱，填词作赋，消磨时光。时间就这么淡淡地流逝了。但柳如是素来是个关心国事的巾帼英雄，她对亡明深怀忆恋，故神州大地四处燎原的反清火炬无时不在骚扰着她的心，不论是唐王鲁王还是桂王，柳如是都对他们寄予厚望，指望着他们能恢复祖宗基业。
顺治四年（1647年）的冬天，钱谦益的一位老朋友，致力于复明运动的黄毓琪来到了常熟城里的绛云阁。钱氏夫妇热情地款待了他，说到“乙酉之变”（弘光政权亡年），钱谦益长叹一声说：“我钱谦益脚踏的禹贡九州岛相承之土，读的华族几千年相传的圣贤之书，几代受恩于先君，如今是一失足成千古恨哪”言语之中感慨万分。黄毓琪和柳如是听了这话也都默然，话题转到了复明运动。黄毓琪介绍了各地的抗清形势。说到陈子龙自组织松江起义后，便始终不渝地坚持武装抗清，不幸今年被清兵逮捕，在被押解进京的途中，他毅然赴水而死。之后清廷仍斩戮他的尸首，实在可恶可恨。并告诉钱氏夫妇，自己已联络了一批志士，准备马上起兵，希望钱氏夫妇能在经济上予以帮助。
柳如是听了他说起陈子龙的消息，唤起了多年之前的回忆，心里暗自庆幸到底识了个英雄。当时就代表钱谦益答应了黄毓琪的请求。正在这时，家人来恭喜钱老爷刚得了长孙。钱氏夫妇便商量着给长孙取名“佛日”，字“重光”，小名“桂哥”，名字里隐含了复明必成的意思。“佛日”喻的是桂王的年号“永历”，“重光”指的明室复兴，“桂”寓意桂王之“桂”，实在是暗含一片苦心。他们之所以对桂王寄予厚望，是因为辅佐桂王的是钱谦益的得意门生瞿式耜。黄毓琪游说钱氏夫妇，是他们投身复明运动的开始。
黄毓琪告别钱柳夫妇之后马上到了舟山组织起义，但是后来事情泄露，竟连蔓带枝地牵连到钱谦益身上，他被总督衙门捕入了大牢。丈夫的性命危在旦夕，产后卧病在床的柳如是挣扎着起来，冒死上书总督府，要求代夫受刑，演出了一幕柳如是舍身救夫的轰轰烈烈举动。
那天清兵来逮捕钱谦益时，柳如是正生病了在床上休息。一听到凶讯，她首先想到的就是钱谦益此去凶多吉少，如不能回来的话，联络各方志士进行复明运动的计划就会付诸东流。这无论于先皇还是于自己都是一桩不幸的事情。因此，柳如是决心想方设法保全钱谦益的性命。于是，她蹶然而起，冒死从行，跟随钱谦益一起上了南京。在南京，柳如是一面上书官府，请代夫死，不然就从夫而死，言辞悲壮激昂，没有丝毫的乞怜一面四处游说故旧新知，不惜变卖家产打通关节。总督府感其诚心苦意，又查证钱谦益确无乱上之举，便将他放了出来。经历了四十天牢狱之苦的钱谦益有惊无险地度过了劫难，更加看破了尘世，对柳如是也更加敬重了。二人双双回到常熟，这一年如是整整三十岁，从此以后，钱氏夫妇就倾力投入了复明运动。
祸不单行，就在第二年，钱谦益又因为淄川谢升案而银铛北上。家人没人敢出头，只有柳如是单身带了一个包袱，随行护送，在押解兵卒的刀头剑芒之间照顾钱谦益。这一次，据传说是行贿三十万金才得无事放归。钱谦益对柳如是感激涕零，作诗说：“从行赴难有贤妻”。在这种局面下，钱谦益并不闭门韬晦，还是与南朝桂王的大学士瞿式耜有联系，和抗清的郑成功、张名振、张煌言有联系，与破家结客密图抗清终被杀头的魏耕（即《吴越诗选》的编者之一）也有联系。在《雪翁诗集》卷五中有《欲谒虞山钱大宗伯，途中书怀先寄柬呈览》诗，有诗句云：
前岁纵横计不成，仰天大笑还振缨。
授书恰思下那去，采药乃向玉山行。
诗意表达得很明了，魏耕是说他抗清起义未成，要找钱谦益去筹划方略。从这一类诗中可以看出，当时钱谦益似乎还不是怎样的不齿于明遗民，还有人要和他一起计议抗清的大计。这一切都说明了当时斗争的尖锐、复杂。
对于柳如是这期间的活动，野史上记载的也不多，所以到今天知道的细节不多了。这一类故事，正是干犯新朝大忌的政治问题，野史笔记也无人敢记，即偶有记者，在后来的文字狱浪潮中也大半毁失了，不过也还可以找到一鳞半爪。
上面提到钱谦益曾经在江宁被逮捕，是由于黄毓琪狱的牵累。
黄毓琪在顺治三年（1646年）在舟山起义抗清，如是曾经亲自到舟山去慰劳过义师。
钱牧斋《后秋兴》诗中有句“闺阁心悬海宇旗，每于方置系欢悲。乍闻南国车攻日，正是西窗对局时。”据考证引诗就是咏黄锍琪事，毫无疑问，“闺阁”是指柳夫人。可见他们在红豆山庄过着饮酒下棋的悠闲岁月时，还无时无刻不关心着政局变化与战局发展。柳如是一直没有脱身于政治旋涡之外，是明明白白的。
钱谦益在《后秋兴》诗中题注“八月初十日，小舟夜渡，惜别而作。”其第三诗“北斗垣墙暗赤晖，谁占朱鸟一星微。破除服珥装罗汉，减损面盐饷次飞。娘子绣旗营垒倒，将军铁稍鼓音违。须眉男子皆臣子，秦越何人视瘠肥。”
钱谦益在诗中有自注，“装五百罗汉”是当时的隐语，柳如是卖尽金珠，帮助姚恢复了“一军”。“营垒倒”是明说如是曾经入海犒师。到了顺治十八年（1661年），吴三桂杀桂王，瞿式耜殉难桂林，郑成功也死去了，抗清复明的希望破灭。《后秋兴》诗就作于这个时候，但不敢刻入文集，只有抄本流传于世。这些诗当然不能说全无夸饰，但大多都还是事实。
下面还有两个小故事，也是可以说明柳如是的政治态度的。白耷山人阎古古被清廷追捕得急了，柳如是曾将他藏在家里。 顺治七年（1650年）三月，当时人所称道的三大儒之一，著名复明领袖黄宗羲来到了常熟，住在绛云楼下。一个多月里，他们纵谈天下大势，痛哀故国山河破碎的惨状，黄宗羲诚挚地鼓励钱谦益利用自己的影响，促进复明运动。黄宗羲的坦城和信任使钱氏夫妇都非常感动，更坚定了从事复明活动的信心，黄宗羲临走的一天夜里，刚要睡下的时候，钱谦益提着灯到了黄宗羲的床前，摸出七根金条相赠，作安家之用，说这是内人的意思。这内人就是柳如是。柳如是对年轻的黄宗羲持这种态度，自然因为他是黄尊素的儿子，在明末就和阉党作过斗争，是《南都防乱公揭》的起草人之一，乙酉以后又曾多次参加抗清起义活动的原故。
五月，柳如是便催促钱谦益前往金华，鼓动清廷委任的金华总兵马进宝参加复明运动。为了给钱谦益壮胆，柳如是亲自将他送到了苏州，在苏州，柳如是又一次参拜了韩梁墓，在她素所景仰的梁红玉灵前，柳如是真恨不能有梁红玉那一身武功，也好亲上战场，为复明作战，即使战死也在所不惜，只要死后能葬在红玉墓旁，与红玉齐名。
钱谦益到达金华后，马进宝一知道他的来意就连连摇头，说你老大人怎么看不清时势，此时造反不是拿鸡蛋碰石头赶快回去读你的书吧。任凭钱谦益怎么说马进宝也毫不动心。无奈，钱谦益只得无功而返。然而他一回到家就碰上了一桩极为不幸的事情，十月里一个狂风呼啸的夜晚，绛云楼不慎起火，几万卷藏书和一大批古玩珍好顿时变成了烟灰。这件事使钱氏夫妇无论在心理上还是经济上都受到了沉重的打击。但他们并没有就此停止复明活动，这个时候的钱氏夫妇已经从当年的言情儿女变成了复国英雄。
顺治十二年（1655年）冬到第二年的春天，钱谦益在柳如是的艳策动下，又拖着老迈之身，以治病为名，活动于南京一带，与有志复明之士来往密切，实际上是为郑成功进攻南京作准备，谋取驻守南京一带的门生故吏的支持。在南京，他曾写了这样的一首诗：
秦淮城下即淮阴，流水悠悠知我心。
可似王孙轻一饭，他时报母值千斤。
这诗中暗含的话是如果能恢复明室，我报答诸位将远胜王孙报答漂母。因为钱谦益晚年为了复明运动不遗余力地频频奔走，柳如是也基本上谅解了钱谦益在“乙酉之变”中的变节行为。顺治十八年（1661年），钱谦益八十大寿时，柳如是特地摘了一颗红豆送给丈夫，蕴涵着红豆相思之意，表达了他们的爱情虽老弥新，同时，柳如是又在后园用菜籽播种了一个寿字，旁边再播上麦子。等到菜籽开花，麦苗青青的时候，钱谦益登楼一望，黄灿灿的寿字夹在绿油油的麦苗之中，禁不住心都醉了。这就是聪明美丽、善解人意、爱憎分明的柳如是。
柳如是的政治态度是鲜明的、一贯的，几乎找不到什么反面的材料。乙酉以后她对牧斋还是关心的。但这关心总是表现在政治方面。她没有赞成过他的无耻叛降，而是在清廷逮捕时给他帮助，在抗清活动中主动地参与并亲身实践，给他以巨大的影响。随着恢复故国希望的逐渐破灭，她和钱谦益之间的共同点也终于不复存在，于是就演出了“入道”的一幕。
就在甲申国变之前崇祯十四年，柳如是在与钱谦益同游黄山时作了下面一首诗：
旌心白水是前因，觑浴何曾许别人？
煎得兰汤三百斛，与君携手祓征尘。
诗的意思是，他们的因缘是前世注定的宿约，今生理应携手，或许还有来世。
钱谦益的回赠是：试听同声山乐禽，何如交响频迦鸟。”佛经《正法念经》上是这样解释频迦鸟的，这样美妙的声音除了如来的妙音之外没有什么可以比得上的，所以这是“知己之音”。
“海角崖山一线斜，从今也不属中华。
更无鱼腹捐躯地，况有龙涎泛海槎。
望断关河非汉帜，吹残日月是胡笳。
嫦娥老大无归处，独倚银轮哭桂花。”
钱谦益的这首《后秋兴》表明了他的心境，他的痛苦忧欢应是都在柳如是心上，患难夫妻其实更像是知己。柳如是陆续写给钱谦益的信是如此耐读，字里行间透着一份看尽浮华的淡定情长：
“古来才子佳妇，儿女英雄，遇合甚奇，始终不易。如司马相如之遇文君，如红拂之归李靖，心窃慕之。
“自悲沦落。堕入平康。每当花晨月夕，侑酒征歌之时，亦不鲜少年郎君、风流学士绸缪缱绻，无尽无休。但事过情移，便如梦幻泡影，故觉味同嚼蜡，情似春蚕。年复一年，因服饰之奢靡，食用之耗费，入不敷出。渐渐债负不赀，交游淡薄。故又觉一身躯壳以外，都是为累，几乎欲把八千烦恼丝割去，一意梵修，长斋事佛。
“自从相公辱临寒家，一见倾心，密谈尽夕。此夕恩情美满，盟誓如山，为有生以来所未有，遂又觉入世尚有此生欢乐。复蒙挥霍万金，始得委身，服侍朝夕。春宵苦短，冬日正长。冰雪情坚，芙蓉帐暖海棠睡足，松柏耐寒。此中情事，十年如一日。
“不意山河变迁，家国多难。相公勤劳国事，日不暇给。奔走北上，跋涉风霜。从此分手，独抱灯昏。妾以为相公富贵已足，功业已高，正好偕隐林泉，以娱晚景。江南春好，柳丝牵舫，湖镜开颜。相公徜徉于此间，亦得乐趣。妾虽不足比文君、红拂之才之美，藉得追陪杖履，学朝云之侍东坡，了此一生，愿斯足矣。”
这么幽微清丽的文字，这么朝暮绵长的思念，这么一往无悔的爱与悲悯，在相濡以沫、不离不弃的日子里，他们的年纪仿佛是倒过来了。只是“相思枫叶丹、一帘风月闲”的儿女情事同家国天下相比，实在太微末渺小了。在亡国之人悲凉的末世情怀中，曾经灯影桨声的秦淮河已是无限伤心地，记忆中的坟茔，荒草蔓芜，无爱处凭吊。
