龚氏夫妇虽然蔑视礼教，不以世俗眼光为意，但自有他们自己的一套是非准则与为人原则，为了坚持这些准则，他们不计进退，甚至不计祸福。如果说柳如是钱谦益秘密帮助反清复明活动是冒着巨大风险，那么龚鼎孳为官时每公然为汉人争权益，一再触怒满族权贵，同样需要极大的魄力和胆识。他们也保护和帮助过许多具有反清复明思想甚至为此奔走的人，下面是几个例子
傅山，著名南明遗民，长期为抗清活动，后以入道为名拒不剃发易服，且着朱衣以示不忘前朝，顺治十一年，因与南明总兵宋谦策划起义而被捕，史称甲午朱衣道人案。他的父子兄弟都因为此案受到严刑拷问，但他们一直坚贞不屈，直到龚鼎孳周旋营救而被放了出来。傅山发誓终身不仕清王朝，后来还多次违抗康熙圣旨，拒绝参加博学鸿词科，被强行授职带到午门谢恩时，居然仰卧于地，坚决不叩头谢恩。
阎尔梅，曾在史可法军中做参谋，但是他胸怀远大的志向，也有一腔抱负。他反对“联虏平寇”，曾多次向史可法建议利用清军内部不稳且正与李自成主力周旋，而北方抗清之势方兴未艾之时机出兵收复失地，反对退保扬州，所议极有见地，奈史可法不听，自取败亡。后来奔走中原在各省招募志士，数次图谋反清起义，被捕之后逃跑，全家都被株连。阎尔梅亡命天涯十年，直到龚鼎孳当刑部尚书时才替他了结此案。
丁耀亢，清初才士，曾经任镶白旗教习，暗中有反清思想，曾慨叹他是何等的清廉了。正因为如此，龚鼎孳去世的消息传出后，江南江北许多才士失声痛哭，吴绮和朱彝尊都送来挽诗，都哀叹当世再也见不到像他那样的轻财好士之人了。而龚鼎孳乐于助人的慷慨高义，得到了顾横波的大力支持，这在当时也是广为人知的。顾横波死后，每当龚鼎孳资助他人的时候总是会想起顾横波，他有这样一句诗“伤心青眼綦巾者，不见吾曹击筑歌。”可以看出龚鼎孳十分怀念横波，每每遇到自己为朋友的危难着急时总是有她在身边辅佐，现在她却再也不会出现了。可见横波死后龚鼎孳对她的思念之情，顾横波对于龚鼎孳来说已经成了他生命中不可分割的一部分。
为民请命，是龚鼎孳为官的另一个身体力行的宗旨，这方面的事迹数不胜数，所以吴伟业曾经对龚鼎孳为官之道十分称赞。在任左都御史期间，龚鼎孳奏疏宽民力，降低赋税，招纳流民，让他们不再流离失所，龚鼎孳的这个请求使清廷免了江南原来拖欠的赋税三百多万两。即使在被连贬十一级降到上林苑任不起眼的小官的时候，他也仍然没有忘记为民请命，曾经上疏要求朝廷退出屯庄二十二处，仍旧归还民间业主。顺治十八年，清廷以清查逃赋为名打击江南士子，以弹压江南地区的反清情绪，江南士子遭到革职的有几万人，被迫害下狱的人也不少。那个时候龚鼎孳已经赋闲在家四五年了，仍然觉得为此上疏是自己责无旁贷的事情，就向当政上疏，于是复职的有一千多人。不仅如此，龚鼎孳也常在替为官的朋友饯行时叮嘱他们要体恤民众的难处。
龚鼎孳还常常借诗文悲叹世间的沧桑，比如他描写民间疾苦的《岁暮行》诗句“揭竿扶杖皆赤子，休兵薄敛恩须终。”龚鼎孳虽然不是以民族兴亡为己任的慷慨之士，却也绝非乐不思蜀的毫无心肝的人，只是他内心的悲戚常常被外表的长歌痛饮所掩盖而不被人留意罢了。遗民诗人宋睿就曾回忆，龚鼎孳常在纵酒欢宴，歌残舞罢之后与他相对居然流下泪来。而对龚鼎孳的这种心境，了解得最清楚的就是顾横波了。龚鼎孳的这些直抒胸臆的诗文，虽因没有明显的反抗情绪而未惹来大祸，但由此引来当权者的不快，以致成为其仕途多沉浮的原因之一，却是很有可能的。
