吴三桂与福建的耿精忠、广东的尚可喜各自独霸一方，具有极大的权势。康熙亲政后，见三藩盘踞，危害朝廷，决心加以剪除。康熙十一年（1672年），议政王大臣会议明确提出了汉族投降官员不应该世袭罔替，矛头直指三藩。吴三桂对于康熙的“撤藩”意图，慌乱无措。这时，恰好吴应熊派人到云南传递了朝廷对其久有怀疑之心的消息，并让吴三桂迅速上书，表现出自己愿意撤藩的姿态。只要作出顺应朝廷的姿态，平息了清廷的怀疑，吴应熊就可以在北京疏通朝廷上下，争取保留对云南的统治权。
但是吴三桂父子的如意算盘还是落空了。吴三桂请求“撤兵安插”的奏疏一上，康熙立即照准，并随即派人前往云南办理撤藩事宜。诏书一到云南，上下震动。吴三桂的手下、幕僚等，极力怂恿吴三桂造反。
此时的陈圆圆无奈于他称帝野心的日益膨胀，但也不愿再伴随吴三桂左右。康熙十二年，陈圆圆再次规劝吴三桂，恳请其允许她出家，她说：“妾闻知足不辱，知止不殆，长此奢华，恐遭天忌，愿王爷赐一净室，妾茹素修斋以求夫君长幸……”吴三桂感泣不已，以“封为正妃”阻止她，然而，见陈圆圆情切意坚，只得允许她带发修行。这样，昆明凤鸣山上，吴三桂于康熙十年重建的金殿，也成了陈圆圆祈求上天赐福于吴三桂的常去之处。金灿灿的铜殿内，依陈圆圆心意，不仅供奉着“真武祖师”，还于金殿殿门上方高悬一块“南无无量寿正佛”匾，以求道、佛诸神的护佑。
为何陈圆圆会做出荣宠之下却执意出家这样不可理喻的事来呢?
且看她此时写的一阕《丑奴儿令》：
满溪绿涨春将去，马踏星沙，雨打梨花，又有香风透碧纱。
声声羌笛吹杨柳，月映官街，懒赋梅花，帘里人儿学唤茶。
词中所绘并非眼前之景，而是此时之情，满怀落寞消沉，便是陈圆圆这时的心境。经历了十几年的坎坎坷坷，惯看了人世间的沉浮起落，生生死死恍如过眼烟云，她对一切都已看淡。何况她也明白，为了自己吴三桂不惜引外族入关，毁灭大顺王朝，背弃朝廷及家人，落下了重重罪名，这一切虽然谈不上是她的过错，可毕竟与她有关，让她自感罪孽深重，哪里还有什么心思去做王妃。
顺治十八年，吴三桂以兵势从缅甸索回了永历皇帝，陈圆圆认为这是拥明复清的好时机，连忙力劝吴三桂趁此机会推出永历帝，对清廷反戈一击，深切地说：“如此可成不世之功”然而吴三桂却不想放弃到手的权位，仍然将永历帝绞杀了。天下人为之大失所望，陈圆圆更是心灰意冷，深感已到万劫难复的地步于是脱下华服霞帔，隐入净修庵中，日夜与古经为伴，不再为凡尘世事而烦心，吴三桂也对她的选择无可奈何。
康熙十二年（1673年）十一月二十一日清晨，吴三桂突然发难，借着召集清廷驻云南各官员赴王府会议之机，大肆捕杀。吴三桂下令，命云南百姓留发易服，以第二年为周王元年，并将自己的亲信将领以各种官职分封。十二月初一日，吴三桂率军东征。康熙十三年一月底，吴军主力进入湖南。二月，吴军又先后攻下常德（今湖南岳阳市）、衡州（今湖南衡阳市）、岳州（今湖南岳阳市）。与此同时，清廷各路大军也纷纷进发。清军的迅速推进，使得吴军主力在攻陷湖南后就受到遏制。三月，吴三桂军队主力到达湖南常德，与清军隔江相抗。当时，福建耿精忠、广西孙延龄等人都相继起兵反清，吴三桂则拥有云南、贵州、湖南、四川，并将所占地盘进一步扩大到湖北巴东、宜都等地。到三月末，又招降了襄阳总兵杨来嘉，势力大增。吴三桂属下幕僚等建议趁势北渡，向京师方向进发。但是就在此时，吴三桂却始终犹豫不决。原来，他当初仓促举兵反清，本以为康熙年纪尚轻，对于处理国家大事经验不足，而开国的诸多大臣又大都已经死去，朝中无人，因此自己可以长驱直入。后来，见康熙指挥若定，清廷军队迅速集结，已是大出意料之外，不由后悔轻信部下的怂恿，贸然起兵。因此，军队一进入湖南，吴三桂便将先前起兵时所羁押的清廷官员放还，希望能交换回自己在京的子孙，并能够与清朝画地讲和。直到四月末，康熙处死吴应熊父子，布告天下，吴三桂才打消与清廷画地而治的幻想。
随后，吴三桂的军队在湖南、江西战场上，与清廷各路大军相持不下在陕西战场上，由于吴军节节进逼，陕西提督、吴三桂的旧部将王辅臣举兵归附了吴三桂在陕西得手的同时，吴三桂在两广地区同样取得了胜利。
这时正是吴三桂势力最鼎盛的时期。他见时机已到，决心进取，乘胜北上。正当吴三桂加紧部署，调兵遣将之时，陕西、江西战局却发生了极大的逆转。王辅臣得势之后，没有及时进取西安，反而退守平凉，使得清军有了休整的机会，能够增兵随后进入陕西，并接连收复失地。与此同时，另一路清军也在江西发动攻势，收复新昌等地。
康熙十五年（1676年），战局的发展越来越对吴三桂不利。二月，江西告急。三月，湖南战场形势大变，吴三桂从此处于被动挨打的不利境地。半年内连失数省，势力大衰。吴三桂见大势已去，为作最后挣扎，于康熙十七年（1678年）三月初一日称帝，国号周，改元昭武，以衡州为定天府，封妻子张氏为皇后，大封百官诸将。但是称帝后的吴三桂仍然无法摆脱覆灭前的恐惧，他日夜惶恐，形容憔悴，常独自悲叹“何苦，何苦！”很快，于三月十八日病死，时年六十六岁。
关于吴三桂的死，有一种说法是，当他称帝时，突然有一只黑狗登其案而坐，吴三桂因而受到强烈刺激，顿时口不能言，继而身亡。在他死后，尸骨被女婿胡国柱运回昆明，安葬在安阜园。但后来在清军攻入云南前夕，尸骨又被秘密移至他处。因此，关于吴三桂尸骨的去向，也说法不一，有的说沉入海中；有的说被清军攻克昆明城后焚尸扬灰。
康熙二十年（1681年）三月，清兵大军围攻昆明城。十月，昆明城破，而整个昆明城因为被围困多时，城中的粮食早已经被吃光，城中的居民大多数都被饿死。吴三桂死后，立长孙吴世藩为王，也在城破时自刎身亡。而吴三桂的元配妻子、福晋张氏已经在城破之前便死去了。
关于陈圆圆，有一种说法是：康熙十二年，吴三桂作乱反清，建国号“大周”，再走以前途和命运作乾坤一掷的老路。陈圆圆屡劝未果，悲怨地写道：“旧日繁华事尽删，春秋愁锁两眉弯。珠襦已分藏棺底，金碗尤能出世间。离合惊心悲画角，兴亡遗恨记红颜。看他跋扈终何益宝殿飘零翠瓦斑。”果然，吴三桂败于年方弱冠的康熙皇帝手中。康熙十七年，吴三桂在两军交战中，身染痢疾，死于衡州，痴情的陈圆圆以死相报投池自尽，安睡于荷花盛开的莲花池中……
人欲死，死法可谓多也，陈圆圆为何独选投于莲花池的溺死之法？是难以接受用白绫缢死后的恐怖形象？是惧怕服毒后肝肠寸断的痛苦？是担心跳崖后粉身碎骨的惨不忍睹……
也许，像陈圆圆这样心性极高的好洁之人，便是死，也要做一朵“出淤泥而不染”的莲花吧。
