只要安妮的姑母博林夫人一走开，玛格丽特·道格拉斯便会偷偷溜进自己的朋友玛丽·菲茨罗伊房中。扫清障碍，玛格丽特的情人托马斯·霍华德勋爵也紧随其后。他和玛格丽特不时地在私下见面，他们聊天、接吻、交换礼物。玛格丽特有一天把自己的画像送给托马斯，另一天又送了他一颗钻石。他则送给她一枚戒指，这枚戒指是在王室礼拜堂由亨利八世祝福过的。人们相信，借由耶和华受膏者的特别能力，受过祝福的戒指会具有疗愈的力量。二人的秘密会面仍然隐藏得很好，宫中其他人对此一无所知，但在那群伙伴的诗集第一页上写着一段话，警告那些秘密相恋的人：
当时时留心，恐怕你们被探看。
你那有情的眼啊，你无从遮掩，
最终真相必会彰显，
所以务要当心！
这有可能是针对国王和安妮·博林当年的隐秘恋情所写。但此刻轮到玛格丽特和托马斯·霍华德要当心了。人们纷纷传说，国王和王后的关系正在恶化，宫中的气氛相当紧张。
1536年3月30日，帝国使节尤斯塔斯·沙普依甚至问国王的首席大臣托马斯·克伦威尔，二人是否会离婚。克伦威尔称，“尽管国王依然热衷于寻花问柳（比如追求简·西摩），但我认为国王和安妮的婚姻仍会存续”。他坦言自己被安妮视作敌人，所以这于他不是什么愉快的事。沙普依不确定克伦威尔的肢体语言（他以手遮着嘴）是否表明他在说谎。但他想得太简单了，与安妮解除婚姻对亨利八世而言是个复杂的问题。亨利八世后来向沙普依解释道，他认为“与这姘妇（安妮）分开等于默认他的第一次婚姻合法。不仅如此，这还意味着承认教宗的权威，而这是他最害怕的”。要想摆脱安妮，他不能单靠离婚，必须找别的途径。要如何达到目的，他还全然不清楚，而他又天性拖沓，这对博林家而言实乃幸事。
安妮对自己地位的自信渐渐恢复，4月2日，她甚至敢直接反对克伦威尔。二人有一个重大分歧：当时解散和重组了一批规模过小或状况不佳的修道院，国家也从中获得一些资金。安妮希望多数修道院能改建成为教学机构（这其实是修道院的传统角色），资金要悉数返投到慈善事业中。与此相反，克伦威尔却想要将修道院的财富收入国王囊中，并且用于收买国王所需的人心。他不喜欢修道院也有神学上的原因——修道院助长了对圣徒和圣物近乎“迷信”的崇拜。
那天早晨，安妮的施赈官约翰·斯基普(John Skip)在国王的礼拜堂布道，公开宣布了安妮对克伦威尔活动的反对意见。斯基普抗议称，神职人员正受到不加区分的剥削，并说之所以如此，是因为有人贪图教会的财产。他重申安妮的观点——解散修道院所获得的资金应当用在教育上，并谴责人们听从恶人的计谋，将钱用在别处。继而他含沙射影，克伦威尔在他口中成了《圣经》中亚哈随鲁王的腐败宰相哈曼，安妮则成了王的妻子——拯救遭迫害的犹太人的以斯帖王后。神父最后提醒听众，哈曼最终上了断头台。
安妮没能明白，是亨利八世极为渴望获得教会的财富。他怀抱着一个模糊的希望：某天他或许能自由地选择一个新妻子，而克伦威尔则有把棘手的事办成的能力。安妮对克伦威尔性命的威胁将亨利八世的希望和克伦威尔的能力结合在一起，也给了国王另一重甩掉她的理由。
在短暂的时间里，没有迹象表明国王的态度有变。事实上，4月18日来到格林尼治宫的沙普依在和亨利八世会面前还受邀亲吻安妮的戒指——这等于公开承认安妮的王后地位——使节找了个借口没有这么做。但到国王的礼拜堂做弥撒时，他被捉弄了：站在人们给他安排的位置上，安妮走进来时他不得不向她致敬。那天晚些时候，昏了头的使节告知亨利八世，神圣罗马帝国的皇帝希望同他结盟，但条件是要恢复玛丽公主的继位权，并同罗马和解。亨利八世大怒，高声回答说他同教宗的关系不关皇帝的事，至于他的女儿玛丽，“他如何待她取决于她是否顺服于他”。
很快，亨利八世开始给他在欧洲各地的外交官写信，向他们强调：不论他们在哪里就职，都要保证他和安妮的婚姻得到承认。这并非因为他个人对安妮有什么感情，而完全是因为他渴望维护国王的至尊，只是当时这一至尊仍然系于二人的婚姻。鉴于亨利八世对简·西摩的爱慕依然不减，于是克伦威尔此时开始在她的支持者中寻找盟友。他将自己在格林尼治的寓所让给简的哥哥爱德华·西摩，亨利八世从而得以更加不引人注意也更方便地同她会面，这成了克伦威尔成功的首个迹象。与此同时，宫中另一对恋人玛格丽特·道格拉斯和托马斯·霍华德的关系继续发展，二人终于在复活节时秘密订婚。
在外甥女恋情发展之初，亨利似乎曾对此表示赞许，但这对恋人仅仅向几个朋友透露了订婚这一决定。宫中的形势依然极不稳定：身处王后枢密室中的玛格丽特看得出，安妮对丈夫极为愤怒。弟弟乔治·博林常常陪着姐姐，同她一道取笑国王的服饰和他写的情歌。一次，乔治在无意间透露，安妮甚至对亨利八世作为情人的能力发过牢骚，她告诉乔治，自己的丈夫在床上既没有天分也没有活力。有人猜测，他在暗示伊丽莎白公主不是她父亲亲生的。她既然抱怨亨利八世在床上表现糟糕，自然表明她可能有情人。许多人注意到，王后相当享受宫廷爱情的危险游戏，就连低贱的仆人对她说话的态度也相当随便。
4月29日，星期六，安妮在会客室的圆窗边停下脚步，招呼一个名叫马克·斯米顿(Mark Smeaton)的年轻乐手，问他为什么看上去郁郁寡欢。“没什么。”他愠怒地回答。马克在试图引逗她同自己调情，但安妮提醒他，自己不可能像同贵族讲话一般跟他讲话。“哦，不，夫人，”他回应道，明显被刺伤了，“您使个眼色就够了，您慢走。”当天，国王的近身仆人亨利·诺里斯爵士(Sir Henry Norris)来看望安妮的一个侍女，安妮揶揄地问他，为什么还没有娶未婚妻过门。诺里斯回答称，愿意“再等一阵子”。安妮开玩笑道：“你在等死人的鞋穿，因为要是国王有个三长两短的话，你就会打我的主意了。”这话一出口，安妮便意识到自己越轨了——幻想国王之死是叛国罪。诺里斯吓坏了，他回答说“要是自己有半点这样的想法，情愿人头落地”。
第二天，安妮和亨利八世大吵一架。宫中一名苏格兰访客后来回忆道，他看见安妮怀抱伊丽莎白公主站在庭院里，正在祈求国王的宽恕，国王则从一扇窗口探头俯视着她。“虽然他总能极好地掩饰自己的愤怒”，但这次他明显相当生气。国王似乎是在指责安妮对他不忠，而她似乎认为他在怀疑诺里斯。因为就在同一天，安妮叫诺里斯去见自己的神父，要他向神父保证她是个“好女人”。但安妮是否猜错了？亨利八世所指的是诺里斯还是别的什么人？就在同一天，斯米顿也被人询问是否同安妮有染。
斯米顿是在斯特普尼(Stepney)的克伦威尔处受审的。逮捕他是克伦威尔的主张还是国王的命令，人们不得而知。但对克伦威尔而言，指控王后通奸是相当危险的。他无法确定国王将会有何反应。另一方面，如果有关诺里斯或斯米顿的什么传闻传到国王耳中，他要求克伦威尔彻底调查此事便能说得通了。法兰西使节听说“此事被发现是因为有人（斯米顿）说了嫉妒的话”，而根据克伦威尔的说法，“陛下的顾问中有一些人……怀着巨大的恐惧向国王”报告了“他们所听闻的”。与诺里斯的谈话给了克伦威尔指控安妮叛国的把柄。但诺里斯不大可能承认通奸，从而使安妮谋杀国王的罪名成立。要想毁掉安妮的贞洁，需要一个更软弱的男人——斯米顿成了合适的人选。
那天晚上之前，斯米顿已经三次承认与王后有染。后来有小道消息称，斯米顿平时藏在一个蜜饯柜子里，安妮想要他的时候就命人端橘子酱上来。事情果真如此吗？安妮到死都没有承认做过这样的事，而在永生前夜说谎等于招致地狱之火。虽然后来人们传说斯米顿的头被打了结的绳子捆绑，又被施以肢刑，但没有证据表明他被审问时受过拷打。然而，迫于心理压力虚假认罪的情况并不罕见。吊诡的是，容易受暗示影响的人有时甚至从一开始就相信自己犯了罪——虽然事实上他们完全无辜。斯米顿的情况可能也是这样，因为他从未否认过自己的供词。
亨利八世原本计划6月带安妮去加来。虽然那个星期日晚上他推迟了加来之旅，但计划并未取消。因为他还无法确定事情接下来会如何发展。克伦威尔还要进行更多的审讯。第二天是1536年的五月节，早晨的天气温暖而晴朗。格林尼治宫正在举行一系列骑马比武，而如此晴天可谓完美。坐在比武场双塔之间的王室看台前端的国王看得相当尽兴。他的小舅子乔治·博林带头发动进攻，其旧友亨利·诺里斯则是防守方的领队。一同观看比武的还有安妮·博林及其众多女官。锦旗飘扬，骏马疾驰着从铺着沙的斜坡冲下来，仅仅几个月前，亨利八世就是在那里落了马，还险些毙命。忽然，他从座位上起身，离场赶往威斯敏斯特王宫，身边只跟着不多的几名侍从。他也叫上诺里斯，撇下吃惊的安妮等待着角逐的落幕。
一行人赶着路，亨利八世问了诺里斯一个不寻常且骇人的问题：他是否与王后有染？廷臣如果被控犯了重罪，通常会被禁止接近亨利八世，因为这能避免他们到他面前乞求宽恕，也省得他尴尬。但在读过克伦威尔的信后，亨利八世选择叫诺里斯与他同行，此刻他扮演了诺里斯的最高审问者的角色。他明白地告诉诺里斯，自己要既当法官又当陪审。亨利八世对惊恐万状的诺里斯表示，即便他承认与安妮上过床，也能得到赦免。诺里斯是嘉德勋章骑士团（亨利版的亚瑟王圆桌骑士）的一员，而此时，他发现自己成了圆桌传说中的朗斯洛(Lancelot)。诺里斯又急又怒，坚称自己是清白的。但这没有给他带来什么好处。当晚，和斯米顿一样，他也被关进塔中。第二天，安妮也被送了进去。
“我会进地牢吗？”进塔时，安妮惊恐地问看守伦敦塔的中尉。“不，夫人，”他回答道，“您会进您加冕时住的房间。”这句话让王后失去理智，歇斯底里地大笑，又时不时地痛哭流涕。安妮听说自己会“被指控跟三个男人通奸”。她知道已经被关进塔的都有谁。“诺里斯哟，”她困惑了，“是你告发我的吗？你也和我一样被关在塔里，我们会同死；马克，你也在这里。”因为通奸并非杀头之罪，安妮以为人们会控诉她幻想国王之死。事实上，人们正在挖掘更多可以致她死罪的东西。
在安妮准备度过她被囚的第一个夜晚时，亨利八世亲吻儿子亨利·菲茨罗伊，同他道晚安，然后流着泪宣称安妮想把他的两个孩子双双除掉——她试图毒害菲茨罗伊和他同父异母的姐姐玛丽。而安妮的弟弟，在她之后进塔的乔治·博林也被控与姐姐通奸。这是为了表明，不论多骇人、多变态的事安妮都干得出来。她很快就会被指控与不止三个男人通奸。在审讯过诺里斯和安妮本人后，年轻的弗朗西斯·韦斯顿爵士也被捕了——他曾在1535年夏天与安妮调过情。另一个叫威廉·布里尔顿(William Brereton)的廷臣也遭到逮捕。接着是几名骑士和宫廷诗人托马斯·怀亚特，但他们有些颇有影响力的朋友，因而得以逃脱审判。
控诉安妮和其余被告的证据极其缺乏说服力，就连沙普依也不由得如此表示。根据一名审判官的说法，揭发安妮通奸的是一名前任女官，她和王后“对同一些人有意”。她在1534年临终前讲述了安妮的罪行。但这一口供是如何在她过世2年之后传到克伦威尔那里的呢？答案可能在于这名女官家族的保护者萨福克公爵查尔斯·布兰登，作为亨利八世的妹妹（法兰西王后）的鳏夫，他是安妮的宿敌。此人随时乐意为国王效劳，却厌恶安妮。诗人怀亚特认为，自己遭逮捕是布兰登指使的，而关于安妮与弟弟乱伦的指控则像是报复——1531年，安妮曾指责布兰登同“自己的亲生女儿”睡觉。
据说，安妮的两名现任女官也为审判提供了证据。其中一人是伍斯特伯爵夫人(Countess of Worcester)，她的小姑子是安妮的“情人”威廉·布里尔顿的妻子。布里尔顿与安妮几乎没什么联系，但他在威尔士边区(Welsh Marches)是个棘手的人物，克伦威尔也乐得见他被除掉。另一名女官是科巴姆夫人(Lady Cobham)安妮，她的丈夫是审判官之一。若干年后有人做过专案研究，指出当时还有第三个证人，即乔治·博林的妻子罗奇福德夫人(Lady Rochford)简，而且她做证告发的是自己的丈夫。然而，这一猜测所依据的并非当年的事实，而是后世的八卦。事实上，几乎没有什么证据表明安妮的女官当中有谁故意背叛她。这些女人都相当害怕：人们对她们紧紧相逼，问她们看到了什么、听到了什么。唯恐被指控包庇的她们复述了安妮和弟弟拿国王的不举及其花哨的衣衫和乏味的情歌打趣的玩笑话。伍斯特伯爵夫人当时有孕在身，审判前的讯问令她痛苦不堪，安妮·博林甚至因此担心她的朋友会流产（她后来生下一个女儿，起名叫安妮）。
法庭上，安妮关于国王作为情人的能力的牢骚话使人不费吹灰之力便得出结论：她在别处寻得了性满足。有人说，乔治·博林曾在安妮的枢密室与她共舞，又把她送到别的男人怀里，还与她接吻。这种姐弟之间的亲昵在律师那里成了性变态：乔治把舌头探进安妮口中，而他送姐姐到别人怀中不单是为跳舞，更是为了云雨。正如一名审判官所言，“所有证据都下流且淫荡”。1536年5月12日，星期五，4名平头百姓被定罪，罪名是阴谋处死国王并计划由其中一人取而代之。拉下来的星期一，乔治·博林和他的姐姐被判死刑。所有人都在劫难逃。
