安妮是在伦敦塔的国王厅被判处死刑的，紧邻国王厅的便是她被囚期间的住所。在宣读可怕的详细报告时，审判官之一，安妮的前男友诺森伯兰伯爵晕倒了。有2000人目睹了这一幕——他们聚在新搭的看台上，看着他被扶出房间。国王当时在宫中，而且心情愉快。帝国使节觉得从来没有谁如此乐意宣传自己被戴了绿帽子，也从来没有谁表现得这么满不在乎。亨利八世宣称他听说安妮与100多个男人睡过时的语气简直像在自吹自擂。
5月17日，被指控同安妮有染的几个男人被押至陶尔希尔受刑。宫中后来流传的一首匿名诗记下他们每个人的名字：卖俏的诺里斯、风趣而傲慢的乔治·博林、“和蔼又年轻”的韦斯顿、深受朋友喜爱的布里尔顿，还有马克·斯米顿——他享受过奢华的生活，而他的自白毁了他们所有人。“死得其所，数你第一”，诗歌以这句诅咒结尾。在这些人受死的同一天，大主教克兰默宣布安妮与亨利八世的婚姻无效，理由是亨利八世与安妮的姐姐玛丽·博林的情爱关系在先。安妮将不久于人世，所以这一裁定的主要目的是宣布两个人的女儿伊丽莎白为私生女。
公主两岁半了，她的女家庭教师称“此生从未见过比她更温柔的孩子”。尽管地位被降低，但她没有失去父亲的爱。诚然，在夏末，她的衣服开始穿不下时，女家庭教师不得不提醒克伦威尔需要给她做新衣服了，但这不过说明她没有了母亲的照料。伊丽莎白每天依然正式用晚餐，她的女家庭教师反倒请求取消这样的正餐，因为这意味着她无法阻止蹒跚学步的公主伸手拿酒喝或随心所欲地取用食物。伊丽莎白做不了什么能惹怒父亲的事。而亨利八世决定只重新承认女儿玛丽——其母是王族出身，而且忠贞不渝——是伊丽莎白的姐姐。正如沙普依所言，对亨利八世来说，比起让人宣布他和安妮的婚姻无效，裁定伊丽莎白是诺里斯所生要简单得多。但他并未这样做，而这意味着他相当确信伊丽莎白是自己的骨肉。这也表明他虽然宣称安妮是个色情狂，但内心并不真的这样认为——安妮的过错在于引诱他走入一段遭诅咒的婚姻。
虽然亨利八世在性事上的缺陷在法庭上被示众，但既然婚姻是遭诅咒的，交合无能便是他唯一恰当的反应，如此他也能聊以自慰。克兰默要他放心，称安妮的通奸行为“带来的耻辱”当然“只会是她的，而不会是您的”。尽管如此，亨利八世仍然感到有必要宣扬自己的阳刚之气，于是他常常彻夜不归，与美貌的姑娘们共赴宴会，仿佛满怀“放浪的欢乐”。但在私底下，他采用另一种方式来安慰自己——他密切关注安妮将死的各种细节。在托马斯·马洛里的《亚瑟王之死》中，犯了通奸罪的王后吉尼维尔(Guinevere)被亚瑟王判处火刑，但最终没有执行。亨利八世已经做出决定：安妮将被以剑斩首。这是法兰西处决贵族的首选方式，而少女安妮曾在法兰西度过许多快乐的日子，因此人们普遍认为斩首是安妮要求的。但这一猜测并没有事实根据。剑是卡美洛的标志，是合法国王的标志，也象征着阳刚之气。选择以剑行刑完全是亨利八世的意思。他还仔细研究了绞架的方案。控制除掉安妮这一过程中的各种细枝末节使他相信，自己没有因她的死而声誉受损，相反更有力量了。
5月19日早晨，安妮走向亨利八世在伦敦塔的四壁间为她设计的绞架。她穿着灰色的锦缎衣服，一如既往地优雅。诗人托马斯·怀亚特一度是她的倾慕者，此刻被囚于钟塔内的他正从窗口向下望，寻找送她上刑场的队伍。怀亚特的文学前辈杰弗里·乔叟(Geof frey Chaucer)著有一篇《骑士的故事》(The Knight's Tale)，讲述主人公从塔中望向窗外，见到一名美貌的少女——故事也是发生在这样的一个早晨。怀亚特虽然不可能看见安妮，却能看见人来人往，为接下来的事情做着各项准备工作。他可以想象接下来要发生的事情。“塔楼上的一望/叫我昼思夜想”，他写道，“王座四围，惊雷滚滚(circa regna tonat)。”
安妮被斩首的过程严格遵循传统规范：罪犯要发表临终演讲，向众人宣布自己是依照国家的法律被判有罪的，所以甘愿依照法律的规定去死。即使无辜，也明白是神在为一些事情惩罚自己，因而毫不怀疑自己该死。末了，他们会请求宽恕，并祝福君主的国长治久安。安妮受刑时也遵循这一惯例，谈到亨利八世时她说：“再没有哪个王比他更慈悲、更和善，对我而言，他从来都是善良、温和而至尊的主。”她没有坚称自己无辜。她希望自己死得干脆利落，早些时候还打趣说自己的“脖子就那么一丁点儿”。她仔细地将裙裾在脚周围掖好，以便在身子倒下时还能保持端庄。随即一剑斩下，人头落地。头落在稻草中时，她那双出了名的黑眼睛和双唇还在动。当天她便入土，葬在塔区的圣彼得锁链堂(St.Peter ad Vincula)。
大主教克兰默早已发出特许令，使亨利八世得以与自己的五代表亲简·西摩结婚。亨利八世仍然需要一个男性继承人，也需要证明自己的男子气概。1536年5月30日，安妮死后十一天，他举行了第三次婚礼：为简·西摩托裙裾的是他的外甥女玛格丽特·道格拉斯。和安妮的其余女官一样，在审判前的一系列讯问中，玛格丽特也受了不少苦。怀亚特写道，人“成了工具/用来陷害他人”，他这话被人们抄入那本诗集里：“我成了伤人的工具/用来陷害他人，我自己也遭诓骗/但理性对我的愚蠢报以微笑/且宽恕了我。”然而，这年夏天的恐怖事件还远未结束。
很多人以为，安妮死后，亨利八世会恢复玛丽的合法地位，但他并无此意——这一事实在6月22日变得相当明显。安妮被处死不过5周，玛丽便受到威胁：除非她承认国王的至尊并接受自己私生女的身份，否则她和朋友们（人们提到了几个人的名字）都难逃一死。帝国使节建议玛丽直接签字，不要细读，好叫那些令人无法承受的条款变得可以忍受。20岁的公主对此相当反感，但面对威胁，她屈服了。她正在学习如何在险境中生存。她写了一封自轻自贱的信，字斟句酌地努力挽回父亲对自己的青睐：“我随信奉上自己可怜的心，愿它留在陛下手中，常为您使用、引导、塑造……全随您的喜悦。”
玛丽和伊丽莎白成了私生女，根据长子继承权的惯例，苏格兰的詹姆斯五世成了亨利八世的继承人，玛格丽特·道格拉斯则排在哥哥之后，位居第二。然而，如果玛格丽特嫁给一名英格兰贵族，那么比起苏格兰人詹姆斯，英格兰人就有可能——甚至极有可能——倾向于由她继位。值得注意的是，亨利八世当时在新的继承法案中加上一条：他死时若没有合法的儿女，就可以指定继承人。因此，只要他愿意，詹姆斯五世就会被排除在外。令人惊讶的是，7月4日，当新的法案准备就绪时，亨利八世却选择了不提名继承人。法案解释称，他担心“获提名的人可能会心高气傲、自以为是，从而变得不顺从，甚至陷入反叛之境”。法案还声称，若有人不顾他未来可能指定的继承人而要求继位，则此人不仅会被判定犯叛国罪，其继承人也将丧失一切继位权。这反映出亨利八世的极度焦虑，担心自己的意图无法实现——眼下他正考虑在自己姐妹所生的合法王族后继之外指定自己的私生子（女）为继承人。
有谣言传到外国使节们的耳中，称里士满公爵亨利·菲茨罗伊会是亨利八世遗嘱的首要受益人。6月初的摄政委员会会议上，人们提到了菲茨罗伊的名字，说国王的3个私生子（女）中，这一位至少是个男丁。但菲茨罗伊患了“极重的痨病”，已经时日无多。这为玛丽扫清了障碍，她的顺服，包括写给父亲的数封字斟句酌的信，仿佛预示她的地位恢复了。7月6日，亨利八世和简·西摩探访了公主，给了她1000克朗“聊表心意”，还送了她一颗钻石。亨利八世还许诺很快会恢复她的府邸，而且会接纳她入宫。在认为她证明了自己的忠心之前，亨利八世不会再有更进一步的表示。然而，他依然盼着能有一个儿子。
两天后，亨利八世得知玛格丽特·道格拉斯订婚的事。他的两个女儿既是私生女，又没有婚配，要是具有合法地位的玛格丽特·道格拉斯嫁入强大的霍华德家族，夫妻二人在继位一事上将很难有竞争对手。就算自己有了儿子，其地位在成年之前依然会相当不稳。于是亨利八世下令将这一对小夫妻逮捕，并关进塔中。25岁的托马斯·霍华德向审讯者承认，自己与玛格丽特·道格拉斯相恋已有一年，并承认他们已经在复活节订婚，他也已经将玛格丽特当作自己的“娇妻”。玛格丽特也讲述了自己送给他的礼物。两个年轻人天真地指望国王在怒气平息后会接受他们的订婚，毕竟根据现行法律，他们并没有犯任何罪。塔中的托马斯·霍华德写下一些多情的诗文，描述自己看见“每日我深爱的她忍受那巨大而无法承受的伤痛”的痛苦。玛格丽特则为拥有“世上最忠诚的恋人”而欢欣，而且留下托马斯·霍华德的几个仆人服侍自己，以表明自己的乐观。但二人很快就会发现亨利八世有多么愤怒和恐惧。
7月18日，一份剥夺财产和公民权利令定了托马斯·霍华德的罪，称其“有重大嫌疑，且可以认为”（也就是说没有证据），“在魔鬼的引诱下”，“凭借狡猾、谄媚、阿谀奉承的话语，心怀轻慢和不忠，同玛格丽特·道格拉斯小姐订了婚”。据裁定，其目的是篡夺王位，因为他确信相比玛格丽特的同母异父的兄长苏格兰国王（“人们对苏格兰人没有，也从未有过任何好感”），人们会更倾向于在英格兰出生的玛格丽特。议会飞速通过了剥夺令，而且制定了据以定托马斯·霍华德罪的法律。与有王室血统者成婚，包括有王室血统者未获国王允准成婚，如今都成了叛国罪。7月23日，沙普依报告称，托马斯·霍华德已经被判死刑，20岁的玛格丽特·道格拉斯则逃过一劫，原因仅仅是二人尚未圆房。事实上还有更深一层的原因。玛格丽特父母的婚姻虽已废除，但她的合法地位却未受损害。尽管如此，剥夺令中却数次将玛格丽特·道格拉斯称为其母的“私生女儿”。这明显是要在继承位次上降她的级，同时确保亨利八世子女的优先地位。而亨利·菲茨罗伊不久前去世了，这更是令亨利八世在此事上加倍敏感。极力要淡化此事的亨利命令诺福克公爵（菲茨罗伊的岳父）将爱子的尸首装在一辆封闭的大车中运出伦敦，没有举行任何公开仪式便下葬。
玛格丽特的父亲安格斯伯爵在英格兰靠领国王的补助度日，帮不了她什么忙，可能也不想帮。但她的母亲玛格丽特王后于8月写信给亨利八世，生气地表示她相信自己女儿订婚是“顺从陛下您的建议”而为的。她不明白，为什么亨利会介意“有这样的愿望或许诺”。她还提出，既然他生她女儿的气，便应当立即将女儿送回苏格兰。亨利八世没有这么做，反倒派克伦威尔去给玛格丽特·道格拉斯提建议。玛格丽特认为国王之所以决定不定她的罪是因为克伦威尔，所以她极为用心地听他说话。二人会面后，她答应遣散托马斯·霍华德的仆人，并承诺自己会确保没有人会再认为“我对此人有什么妄想”。11月，关在塔中的玛格丽特病了，亨利八世的情绪已经平复许多，甚至准她出塔，住进附近的西翁修道院(Syon Abbey)接受修女们的照料。接下来的一个月里，他又批准送去若干包“深红色丝绸”“银色流苏”和“深红色天鹅绒”，好为她装饰一把合适的座椅。亨利八世向玛格丽特王后保证，她的女儿会继续得到不错的照料，前提是她要“让人省心”。但她依然未获自由，因为亨利八世正面临重大的政治危机：一系列继位问题及他与此相关的宗教政策此时引发了动乱。
支持教宗管辖权已经成了一项罪行，告发可疑分子的行为受到鼓励。人们必须接受基督祈祷同向圣徒祈祷一样有效。“炼狱”这个词已经不再为人提起，为逝者祷告虽然得到认可，但已经不再是作为帮助灵魂赎罪并升入天堂的途径，而更多的是出于一种“风俗”。前一年亨利·欧文之子大卫·欧文爵士过世时曾留下一大笔钱，预备供应弥撒的花销：人们要为他的灵魂、为他父母的灵魂、为他的同父异母的兄弟埃德蒙·都铎和贾斯珀·都铎的灵魂，也为他的侄子亨利七世的灵魂做弥撒。这笔钱已经大半白费了，他遗赠给自己所葬之地伊斯伯恩隐修院(Easebourne Priory)的其他财物也一样：镀了金银的十字架，银制的钟和烛台，精美的圣餐杯，仿皮纸、纸并羊皮纸装订的弥撒书，供圣坛帷幕和圣袍用的绣着红玫瑰、燕子和狼的华丽的绿色锦缎。隐修院已经关门，于1536年7月转到王室财务主管威廉·菲茨威廉爵士(Sir William Fitzwilliam)手中。
10月1日，林肯郡最先爆发起义。教会委员们带着国王清理与圣徒崇拜相关的“迷信”活动的指示视察各教堂，成了起义的导火索。地方圣徒深受当地人爱戴，而此刻人们普遍认为亨利八世政权贪得无厌、亵渎神明，而且受了恶人的指引。劳斯(Louth)的一所西多会(Cistercian)的修道院被关闭后，距之不远的圣詹姆斯教堂会众(congregation of St James's)确信世代先祖遗赠给自己教会的财宝也将遭到掠夺。那天是他们聚会的日子，圣会仪仗队正跟在珍贵的宗教十字架后进行游行，唱诗班的一名成员愤怒地喊道：“众位，站出来！今天让我们跟从十字架吧！天知道以后我们还能不能再跟从它！”这句绝望的呼喊点燃了引线。10月末，起义已经席卷了从约克郡的顿河(river Don)到苏格兰边境的北部各郡。
反抗亨利八世的起义规模极大，自1381年毁灭性的农民起义后还从未有过。这场大规模起义——所谓“恩典朝圣”(Pilgrimage of Grace)——不仅要求取消宗教变革、打倒国王的“异端”顾问，也要求废除针对玛丽的“剥夺合法地位令”，并取消国王“借遗嘱处置英格兰王冠”的新权力。百姓和众廷臣一致将玛丽公主视作传统宗教的捍卫者，因为作为生自有效婚姻的合法子女，她象征着对脱离罗马的抵制。她也被视作国王合法的继承人。既然亨利七世和亨利八世的王室血统都来自母亲，人们相信公主也能扮演类似的角色，能同一个合适的、有王室血统的贵族结婚。起义者认为克伦威尔尤其应当对近来的各种变化担责。人们甚至传说针对托马斯·霍华德的剥夺令也是他幕后指使的结果，因为他自己想娶美貌的玛格丽特·道格拉斯。简而言之，他想要坐上王位。
10月16日，顶着基督圣伤的徽记，起义的贵族、士绅、神职人员和百姓攻入约克城。19日，赫尔(Hull)投降。朝圣者已达3万人，力量相当强大。亨利八世发现无法依靠对打击败对方，于是另辟蹊径，借着承诺宽恕和回应不满收买了他们。这对国王而言是一种羞辱，但亨利八世在等待复仇的机会。到了新年，人们发现亨利八世并不准备信守承诺，于是再度起义，但这次的起义不成规模，缺乏组织，所以轻易便被镇压。1537年春，领导起义的众士绅被送往伦敦受审。接着，首府执行了144场死刑，其中一名起义者的年轻美貌的妻子被活活烧死。在北部还有更多人被处决。亨利八世要求“一切镇子和大小村庄所有犯了罪的居民”都要被处死，且要死得“骇人”，“好让其他所有人都永远记住这可怕的情景”。诺福克公爵想尽量少杀一些人，但仍有6名修道院院长和38名修士被处死。
此刻，亨利八世已经将修道院视作反脱离的大本营，他取消了先前制订的改革计划，下令查封所有修道院——不论是大是小、是好是坏。落实命令只花了短短四年时间。到1540年1月底，所有修道院都消失了，其中的艺术品、圣物和所藏书籍不是被劫就是遭毁。伍斯特隐修院(Worcester Priory)藏书室的600册书只有6册留了下来。约克的奥古斯丁天主教方济会(Augustinian friars)被毁后，其646卷藏书只留下3卷。最大的损失则是许多英格兰教会音乐的孤本手稿遗失了。
一些空置的建筑（包括伊斯伯恩隐修院）易了主，住进了新人，一些修道院的附属教堂留了下来，或成为主教堂，或被某个堂区买下，成为地方教堂。蒂克斯伯里修道院(Tewkesbury Abbey)便是其中之一，有人花435英镑买下修道院，这价钱是为钟和铅屋顶付的——否则这些物件将被当成废铜烂铁处置，用来充实国王的金库。如今，在教堂的唱诗席处还留着一块黄铜牌子，纪念安葬于此的亨利六世和安茹的玛格丽特之子兰开斯特王子爱德华。然而总体上看，到都铎王朝末期，修道院剩下的只有威廉·莎士比亚笔下那“光秃废坏的唱诗席，向晚时鸟歌动人”。
多数修士修女领到一笔抚恤金，还了俗，但伦敦卡尔特修道院(Charterhouse Abbey)幸存的加尔都西会修士却没有那么幸运。为避免引发更多的起义，再未有过审判和公开行刑。这年5月，他们被直接送进纽盖特监狱，被关进牢房，铐在木头柱子上，留在自己的屎尿里，等着饿死。亨利八世没有在这些人身上花太多心思。1537年5月27日，在修士们被送往纽盖特监狱的前两天，圣保罗教堂唱响了祝谢的圣歌《赞美颂》，“为着王后贵胎有动之喜悦”。空等这么些年后，国王终于要等来一个儿子了。
