1549年6月10日，圣灵降临节，玛丽家中小教堂的教士们穿上白色和金色的圣袍。摄政集团——护国公萨默塞特公爵、大主教及其盟友——已经对圣灰星期三的灰和圣枝主日的棕枝下了禁令。一纸禁令熄灭了教堂的所有蜡烛，只留两支在圣坛上。如今，国家命令人们遵行一种全新的宗教仪式。法令以英文书写，表达了这样的观点：在祝过圣的圣餐与圣酒中并无基督圣体和圣血的临在。这是在攻击天主教信仰的核心与灵魂。玛丽一直主张在爱德华六世成年前父亲的宗教和解不可被推翻。而处于这一方案核心位置的便是弥撒。对玛丽而言，是该有一些挑衅行为的时候了。她在诺福克肯宁霍尔(Kenninghall)的家中公开举行了完全遵循亨利八世规定的弥撒，依照的是在不列颠诸岛沿袭了500年的塞勒姆规仪(Sarum Rite)。
在英格兰全境，另一些会众听着新版《公祷书》(Book of Common Prayer)的字句，怒火与日俱增。他们自小被教导要顺服国王的指令，这是一项宗教义务，因为国王是受神的委派来统治他们的。但现在他们的国王只不过是个小男孩，而他们被要求做的事是亵渎神圣的。第二天，在德文郡的萨姆福德考特尼(Sampford Courtenay)，村民强迫村中教士再念弥撒。这些人发动了暴动。暴动扩散得很快，到7月2日已经横扫整个中部、家乡诸郡、诺福克郡和约克郡，而西面的埃克塞特也被围困。短短十天过后，诺里奇也陷入险境，1.6万名参与暴动者兵临城下，但在此地加入暴动的多是接受新宗教理念者。亨利八世没收教会土地时得过好处的那些大人物后来又继续扩大各自的产业，那些让无地者在无人雇用的日子里不至于饿死的公地也正在被这些人圈占。“那些大人物的傲慢已然不可忍受，我们却处于水深火热之中，”造反控词如是说，“我们宁愿揭竿而起，搞他个天翻地覆，也不要忍受如此的暴虐。”
暴动最后被花钱雇来的外国雇佣军镇压了。西部约有2500名青年农民丧命，东部则有3000名：沃里克伯爵约翰·达德利在这里用上了干惯脏活累活的德意志兵。这年夏天的死亡人数达到全国总人口的1%，相当于第二次世界大战期间英军的总伤亡数。暴动之后，全国大部分人都噤若寒蝉，但到了10月，萨默塞特公爵意识到，昔日摄政委员会中的盟友也对自己构成威胁。这些人认为，暴动之所以造成如此大规模的破坏，是因为公爵迟迟不动用武力，又不听建议。就连亨利八世昔日的私人秘书，在老国王行将就木时密谋助他得权的威廉·佩吉特的话他也置之不理。
一场政变正在酝酿，对刚满12岁的爱德华六世而言，这是一次骇人的经历。萨默塞特公爵告诉男孩，如果密谋者的计划得逞，他俩就会死在这些人手中。人们看到爱德华六世同舅父一道离开汉普敦宫赶往温莎，坐在马上的他挥着一把小小的剑向路人们发出请求：“我的臣仆啊，那些人想杀我，你们愿助我抗击他们吗？”待到温莎来逮捕萨默塞特公爵的侍卫走进爱德华六世的房间时，他吓坏了。不过他的疑心很快被消除了，人们将萨默塞特公爵关进塔中，暂时还不打算处死他，他只是被枢密院顶替了。几个月后，主持枢密院的约翰·达德利改称“议长”(Lord President)。
约翰·达德利之父埃德蒙·达德利是亨利七世最为声名狼藉的亲信之一，但约翰本人则忠实顾家，深受妻儿的敬爱，尽管他有时的所作所为也极为骇人。他父亲在亨利八世执政之初被处死，他在父亲死刑的阴影下历尽艰辛，一路奋斗到今日的位置，后来人们传说他“相当有头脑，甚至若不先想好三四个目的，就不会着手做一件事”。帝国使节认为他是个实用主义者，并且盼着玛丽能因护国公的垮台而获益。11月7日，玛丽迟疑地告诉约翰：“议员们还没有逼过她，也还没有违背她的意思强迫她做过什么……因此……她正在等待最终的结局，且不无忧虑。”与此同时，11月 26日，表妹弗朗西丝·布兰登与女儿们一同到访，住进玛丽在埃塞克斯比尤利(Beaulieu)的带塔楼的家中。
弗朗西丝身材苗条，举止优雅，是玛丽已故的姑母（法兰西王后）的长女，她只比玛丽小几个月。弗朗西丝曾在公主家中服侍过，当时她的长女简·格雷小姐还在襁褓中。想起弗朗西丝的母亲曾支持阿拉贡的凯瑟琳，反对安妮·博林，玛丽依然心怀感激。但弗朗西丝认为瑞士和德意志宗教改革者的主张很是鼓舞人心，玛丽所反对的一系列宗教变革正是她那群人热切欢迎的。弗朗西丝已经仔细抹除了母亲传下来的一本祷告书中所有提到教宗和托马斯·贝克特的段落，而此刻，所有圣徒画像和敬拜圣母的祷告书都开始令她反感，以致翌年她将这些东西悉数送人。弗朗西丝的3个女儿——12岁的简·格雷、9岁的凯瑟琳·格雷、4岁的玛丽·格雷——所受的都是我们今天称为新教徒的教育。弗朗西丝与简尤为亲近，还亲自辅导她学习。简聪明过人，也正在显露出对自己信仰的热忱。据新教殉教史学者约翰·福克斯说，在比尤利做客时，简甚至故意侮辱过玛丽对基督在圣餐中真实临在的信仰。
比尤利的主礼拜堂附有一个与之垂直的前厅，厅中的圣坛上陈设着祝福圣礼(Blessed Sacrament)——在举行弥撒后将祝过圣的圣体存于一个被称为“圣体匣”(monstrance)的其主体呈旭日形的台座内。在玛丽看来，圣体经过转化，已经是基督的身体。在简看来，这只不过是对一块未发酵的面饼的圣像崇拜罢了。一次，玛丽的一名女仆在走过礼拜堂时单膝跪下行了屈膝礼(genuflection)，简挖苦地问她：“莫非玛丽小姐在那里？”女仆不客气地回答说，自己是在“向造了我们所有人的神”行礼。“嘿，”简尖酸地表示，“那东西（既然）是烤面饼，是人造的，它又如何造了我们所有人呢？”
11月29日，弗朗西丝同女儿们来比尤利三天后，女儿们的父亲多塞特侯爵哈里·格雷10当上枢密院议员。人们说他是“一名广受爱戴的显赫贵族”，他学识渊博，而且慷慨资助学者，因此所受赞誉颇多。但他那空想家的傲慢也相当突出，帝国使节说他缺乏理智。他先前从未坐上过议员的位置，而约翰·达德利此刻给了他这个职位，这被人们（正确地）解读为达德利决定让最热忱的改革者作为自己统治的基础。同母亲简·西摩一样，爱德华六世也生性渴望讨好别人，达德利发现国王的老师们已经成功地培养出一个改革派的国王，而对进一步推动改革的热心能帮助他获得国王的信任。一个月内，指令相继发出：要毁掉所有用拉丁文写的祈祷书。到翌年的1月中旬，帝国使节已经开始表示，担心“为了消灭（天主教）信仰……这一政权会让玛丽小姐永无宁日”。
在接下来的几个月里，改革迅速而有力地推进，枢密院的哈里·格雷和约翰·达德利为战斗开路，与二人一道的还有凯瑟琳·帕尔的弟弟北安普敦侯爵(Marguess of Northampton)威廉。准许神职人员结婚的法令通过了，石制圣坛被砸烂，换成了朴素的木制圣餐台，教堂中的管风琴被拆掉，繁复的音乐也被清理，而牛津的几场“爱德华时代篝火”似乎差不多把大学图书馆中的所有藏书都烧尽。因为继续在自家礼拜堂公开举行弥撒，玛丽也开始受到攻击，但她决意坚守信仰。除了英格兰王室中最年长的她，还有谁更能保卫她兄弟臣民的天主教信仰呢？干掉她可不像解决诺福克和德文郡的农民那么简单。她必须表现出勇气和期盼——盼着某一天（这一天不会太远）自己的兄弟能打倒他昔日的监护人。
1550年圣诞节，玛丽入宫面见国王，当时哈里·格雷和威廉·帕尔(William Parr)都在爱德华六世身边。13岁的爱德华六世正在长大，同父亲一样，他也衣着华美，而且钟爱装饰着珍珠的红色、白色和紫色衣料。这有助于掩盖他体格上的缺陷：他比同龄人个头小，身子也瘦弱，而且和理查三世一样，一边肩膀明显高过另一边。爱德华六世曾对玛丽说，她是自己爱得“最深”的人。但等待玛丽的不是手足之吻，而是一连串激烈的攻击——爱德华六世质问她为何仍在礼拜堂中举行弥撒。玛丽深感震惊，落下泪来。爱德华六世见此也哭了。他情愿她更清楚她对他的义务，以省去二人的争吵。玛丽其实很明白，但她确信爱德华六世是受人唆使才说这些话的，而正是为此，他相当恼火。
在接下来的一年里，玛丽继续利用自己的影响力捍卫父亲的宗教和解方式，而她的影响不可小觑。在仆人和亲属眼中，玛丽是个近乎神圣的人物。作为统治他们的公主，她关心他们的身体和灵魂，每日为他们断案。她坐在华盖之下，寓所中悬挂的挂毯彰显着她的王室血统。玛丽的祖父母和外祖父母中有三个做过君王，而且四人都是各自王室的杰出代表。最重要的是，她还是王位继承人。1551年3月，爱德华六世又召玛丽来威斯敏斯特王宫，预备再训斥她一顿。玛丽到了伦敦，而且带了一大班人：“前有50名骑士和绅士，穿着紫色外套，戴着金链，后有80名绅士和贵妇。”这些人手持已经被禁的《玫瑰经》念珠，相当显眼。
然而，玛丽很快发现自己威胁这一政权的尝试并不成功。爱德华六世这年就满14岁了，根据习惯法，男孩到这个年纪就可以结婚了。约翰·达德利和枢密院已经明确，结婚将标志国王的成年。言下之意是，她的挑衅从此将不再是在违逆他们，而是在违逆国王。1551年复活节，几个朋友在玛丽家中参加弥撒之后遭到逮捕。7月，她已经担心自己就要被囚禁甚至被杀了。1551年8月，爱德华六世开始出席枢密院会议，与此同时，事态到了紧急关头。玛丽的三名仆人接到命令，要阻止家中其他人听弥撒。三人拒绝从命，并因此进了监狱。玛丽不得不让步。正如她自己所说，如果人们连她的几个神父也逮捕了，那么她再也没有弥撒可听了，不管她多么不服气。然而，玛丽也清楚地表示，要让她听公祷书敬拜，她情愿先引颈就戮。
到了秋天，对玛丽的疯狂攻击神秘地消退了。其原因并非一目了然，但在幕后，约翰·达德利正面临他不得不全神贯注对付的威胁。爱德华六世在夏天时生了一场病，虽然很快便康复，人们却因此想到，玛丽距离王冠仅有一步之遥。这位王位继承者的遭遇已经开始令一些政治精英感到愤怒。已于1550年2月获释出塔的护国公萨默塞特公爵指望利用这一愤怒推翻达德利的政权。而达德利则预备叫萨默塞特公爵的指望落空——他要首先发动攻击。
1551年10月的第二周，少年国王收到一条骇人的消息：舅父萨默塞特公爵正密谋杀害达德利和凯瑟琳·帕尔的弟弟威廉·帕尔。爱德华六世当即给了达德利更大的权力，册封他为诺森伯兰公爵，又册封其支持者哈里·格雷为萨福克公爵，册封威廉·帕尔的妹夫威廉·赫伯特为彭布罗克伯爵。威廉·帕尔则已贵为北安普敦侯爵。五天后，爱德华六世见舅父到白厅来了，在日记中写道，他“比平时来得迟，且是独自一人”。接着又加上一句令人毛骨悚然的话：“晚餐后人们逮捕了他。”前护国公又被送入塔中，这次再未获释。萨默塞特公爵于次年年初被处死。
很快，宫中再度向玛丽发出邀请，理由是11月要接待吉斯的玛丽——她是1542年过世的表兄詹姆斯五世的遗孀。玛丽婉拒了，她可能是怕被要求同国王一道参加宗教敬拜。根据爱德华六世的日记，因公主不来，他便坐在吉斯的玛丽右边，二人共用一顶华盖，另一边则是弗朗西丝·布兰登和玛格丽特·道格拉斯。弗朗西丝常在宫中，因为其夫哈里·格雷总在国王身侧。而玛格丽特和丈夫同爱德华六世及众议员也保持着友好的关系，夫妇二人的信仰倾向虽然保守，但他们对此相当低调，而伦诺克斯伯爵对爱德华六世也十分有用：他在苏格兰运作着一个高效的间谍网络。为讨吉斯的玛丽的喜欢，女人们当天都是一副苏格兰打扮，头发散开，“装饰着荷叶边，打着卷，有些打着双卷”。
引人注目的是，接待时伊丽莎白公主也同姐姐玛丽一样没有到场。最终她出现在宫中时却叫众人都注意到她的存在，因为她穿得极为朴素，以至于“叫所有人都感到难堪”。爱德华六世最近刚收到过一篇倡导妇女朴素着装的文章，伊丽莎白渴望让他注意到自己不同于玛丽，是在改革派的女家庭教师教养下长成的信新教的好公主，并且（不那么有说服力地）节制而贞洁。但这没有给她带来多少好处。爱德华六世注意到简·格雷小姐的出席，然而，在欢迎与招待吉斯的玛丽的几天中，他对自己这个姐姐的在场只字未提。伊丽莎白的处境比玛丽好不了多少：似乎人们也不鼓励他同她走得太近。
吉斯的玛丽走后，这年圣诞节期间，宫中又举行了更多娱乐活动，上演了戏剧，开了化装舞会，办了各种比武会，在最后一天，1月6日，还有一场让爱德华六世大为尽兴的骑马比武。按照约翰·达德利的安排，爱德华六世已经学过骑马和使用武器，尽管还未正式参与比赛，但他已经开始“弄枪试马，且喜爱各种运动”。达德利在如何对待爱德华六世这件事上表现得极为精明。据法兰西使节称，国王尊敬达德利简直像尊敬生父一般。但达德利相当注意强调自己这个议长只是个带头的，国王枢密院这个团队是为国王效力的，而他也正不断地引导爱德华六世深入参与国事。
从3月开始，一个由国王的高级臣仆组成的核心班子每周二都会面见国王，向他报告政务。排在日程表顶端、即将启动的是一本全新的、更为激进的祷告书的编撰工作。根据此书，圣餐将更名为“主的晚餐”；在教堂祭坛或正厅的位置要设置圣餐台，让人们可以像聚餐一样围站在台边；人们将不再以口领受无酵的薄饼，而是用手接面饼。洗礼和坚振礼的规仪也将被改写，为逝者祷告和葬仪方面的内容也将悉数删除。爱德华六世的表姐玛格丽特·道格拉斯仍在宫中，但4月初麻疹和天花流行。4月7日，她求国王准她回约克郡。连爱德华六世也病了，但所幸4月12日（此时玛格丽特已经在北上途中）他“已经恢复得差不多了”。夏天，爱德华六世又开始打猎了。
这年10月爱德华六世满15岁时，一位著名的意大利占星家被请来为国王占卜。他预言爱德华六世会再做40年国王，而且成就极大。1552年11月，修订后的公祷书出版，接着又印发了“四十二信条”——伊丽莎白一世在位期间，将四十二信条修订为三十九信条，时至今日依然是英格兰圣公会的基本信仰。未来并不会风平浪静：国家已经出现严重财政问题，其中有一部分是16世纪40年代对法兰西及苏格兰作战的后果。因为在处死萨默塞特公爵和进一步没收修道院财产等事上意见不合，克兰默和达德利二人闹翻了。但从长期来看，前景是光明的。占星家向爱德华六世保证，未来全都写在星相中了。
