伊丽莎白是从赫特福德郡阿什里奇(Ashridge)的家中被召来的。1554年2月23日，她来到白厅，那天也正是哈里·格雷被砍头的日子。死前他曾供认，反叛者原本打算立伊丽莎白为王。人们进一步又发现，其兄弟托马斯·格雷曾往她家致信说明他们的谋划，而伊丽莎白收到的其中一封信的副本在法兰西使节的外交邮袋中被发现。这表明反叛者至少在伊丽莎白家中的关键人物中有一些朋友。玛丽一世不愿向自己的妹妹下剥夺令，比起二人的父亲亨利八世，她更尊重法律。但人们正在审讯怀亚特和其他被捕的反叛者，以进一步搜集证据，好在审判时定伊丽莎白的罪。
三周后，哈里·格雷的遗孀弗朗西丝·布兰登嫁给了自己的骑兵统领，此人是个狂热的新教徒，名叫阿德里安·斯托克斯(Adrian Stokes)。与平民结婚确保了弗朗西丝不会被指控觊觎王位，而她的惧怕不无理由。西班牙人正议论纷纷，称为了保护天主教，必须对格雷家族的男丁斩尽杀绝。3月9日，托马斯·格雷被判死刑，那天也是她同斯托克斯结婚的日子。托马斯是怀亚特叛变后被处决的近百人之一。人们正在秘密筹备出版简的信件和文章，包括她写给弗朗西丝的次女凯瑟琳的信，因此，正照管凯瑟琳的弗朗西丝更需要与反叛者撇清关系。伊丽莎白一世年间的威廉·卡姆登后来曾表示，嫁给斯托克斯是“（弗朗西丝的）耻辱，但这是为了保住她的性命”。
3月前几周时间的剑拔弩张在17日达到顶点：伊丽莎白得知自己会被送进塔中。20岁的公主给女王写了一封信，慌不择言地赌咒发誓，称自己对反叛之事一无所知，又乞求见她一面。伊丽莎白告诉女王，她听说护国公萨默塞特公爵曾表示，弟弟托马斯·西摩被捕时萨默塞特公爵要是见过他的面，必不会杀他；但萨默塞特公爵听信了别人的话，认为只要弟弟还活着，他的生命就有危险。“我谦卑地求您，您只需亲口回答我一句。”她央求女王说，“陛下最忠实的臣仆（起初是，现在是，至我身之终也将一直是），伊丽莎白。”玛丽一世没有回信，而且因人们竟允许伊丽莎白给自己写信而极为恼火。
玛丽一世的恼火是有理由的。伊丽莎白在信中以托马斯·西摩自比，实际上暗含威胁之意。托马斯·西摩是在同伊丽莎白的仆人们密谋娶她之后被捕的。伊丽莎白是在宣称，自己家的人又一次背着她行动，给她带来了生命危险。而伊丽莎白重提托马斯·西摩的事也是在发出警告。1552年萨默塞特公爵被一纸剥夺令定罪后上了断头台，玛丽一世相信这是神在惩罚他，因为1549年他杀害了自己的弟弟托马斯·西摩。而女王真的要重蹈萨默塞特公爵的覆辙，冒着触怒神的风险处死亲妹妹吗？这一弦外之音女王不会读不出。
第二天，伊丽莎白到了伦敦塔，住进母亲上断头台前住的王室套房。然而，她并不会有性命之忧。怀亚特利用自己在绞架下的讲话为她开脱罪责。而关于是否以叛国罪起诉伊丽莎白，枢密院的人们意见不一。处死年仅16岁的简·格雷后，让陪审团定公主的罪就更难了。玛丽一世决定相信伊丽莎白构成的最大威胁已是过去式。5月19日，伊丽莎白被提出塔，转而软禁于牛津郡的伍德斯托克宫。女王认为，伊丽莎白很快会变得无关紧要：她已经做好与腓力结婚的准备，而蒙神的祝福，二人很快就会有孩子了。
7月20日，27岁的腓力在英格兰登陆。四天后，女王在温切斯特见到自己的王子。人们手持火把领他去大教堂的教长家中，“走在他前面的是一众贵族，整整一条街上都站着身穿华美外套的女王侍卫”。玛格丽特·道格拉斯之夫的一名仆人记下了他的模样：“论及容貌，他相当俊美，前额宽阔，一双灰眼睛，鼻梁挺拔，面孔充满阳刚气”，而且“身体、手臂、腿并其余一切肢体的比例均极佳，简直再不能有比这更完美的身段了”。晚上10点，用过晚餐，人们领着腓力沿一条“秘密的路”去见女王，她“相当亲切地，而且几乎是极为喜悦地接待”他。然而，与年长自己11岁的新妇见面时，腓力所怀的与其说是喜悦，不如说是一种责任感。腓力是顺从父亲查理五世的意愿接受这门亲事的，而很明显，女王是一个会令他尊敬的女性。一名外交官表示，“她不仅英勇无畏”，而且有“一种令人赞叹的庄重和高贵，同听命于她的政治家中最高明的那些人一样，她晓得对一位君主而言什么是合宜的”。可惜过去这20年的辛苦都写在她的脸上，她“满脸皱纹，与其说是因为年龄，不如说是焦虑所致”。然而，腓力非但没有表现出丝毫失望，反而颇费心思地讨在场的人欢心，甚至还说了几句英语。这就足以为他赚得“意气风发，幽默机智，性情极为温和”的评价了。玛丽的王国需要一个国王，虽然出了名仇外的英格兰人更想要一个有着王室血统的英格兰人当国王，但作为冈特的约翰的后代，腓力比吉尔福德·达德利要好多了。甚至当他的同胞已经不再受英格兰人待见时，腓力在英格兰却依然相当受人尊敬。
结婚庆典于1554年7月25日在温切斯特大教堂举行，夫妇二人穿着白色和金色的礼服，浑身的钻石闪闪发光。音乐人人都爱，而婚礼上唱的弥撒则被认为优美绝伦。但观察员们报告的最重要的细节都是关于位次的。根据同西班牙的婚约，腓力不会得到头衔或者土地，就算女王死时无儿无女，他也不能接手英格兰。国会已经确认玛丽享有国王的一切权力，在婚礼上玛丽也站在腓力的右侧，这表明她的地位更高。温切斯特主教斯蒂芬·加德纳向参加婚礼的众人展示了婚约，这是在表明婚事是经国会认可的。玛丽要顺从王国的意愿结婚——照着怀亚特反叛期间她在市政厅演讲时所做的承诺。而此刻她要做的就是为自己的王国，也为自己的夫君生下他们所期盼的继承人。
接下来的几周时间里，一个西班牙人记录称，腓力和玛丽仿佛“世上最幸福的一对儿，二人的爱超乎言语所能描述。腓力寸步不离女王，在路上时他总是在她身侧，帮她上马下马”。简而言之，腓力继续完美地扮演着自己应当扮演的角色。11月，女王确信自己已经怀孕。27日，她为出席国会开幕式穿上天鹅绒和貂皮长袍，由仪仗队护送着走进白厅的谒客室坐下来，“穿得相当华美，且显出肚子来，好叫所有人看到她怀孕了”。
玛丽一世的孩子和她的王国要在天主教会中开创未来。爱德华六世在位期间的事实已经表明，国王至尊难以保护英格兰不受异端侵扰。流亡20年后，红衣主教波尔回来了，女王昔日的女家庭教师索尔兹伯里伯爵夫人的这个儿子将协助她与罗马重修旧好，而国会则要在其中发挥关键作用。29日，国会两院议员再次来到白厅。曾经激烈反对玛丽天主教信仰的人此时都不作声。一些人向国王和女王呈上一份请愿书，请二人代他们向波尔说情，好让英格兰能在对圣教会的“全然顺服”中服侍“神和国王、女王陛下”。波尔接受了请愿，与罗马的决裂成了历史。当时有人写道，“打这天起，一切出错的、失序的事都开始合乎规矩了”。
复辟受到普遍的欢迎。在伦敦以外，一个教区立刻卖掉“在邪恶的分裂期间教堂里领圣餐用的台子”，换上圣坛；在其他教区，居民们将先前藏着不让国家官员发现的圣像和圣袍送回教堂，或者另买了一些。人们重新建起了唱诗班，又开始了狂热的游行。但时针并非简单地拨回当年。此刻，女王正准备启动一场英格兰的反宗教改革运动。在她的支持下，波尔以教宗使节的身份，后来又作为坎特伯雷大主教，在英格兰实现了人文主义者憧憬的天主教改革教会。他委托人重译《新约》；支持印刷其他宗教文本，既有拉丁语的，也有英语的；鼓励培养神职人员；高度重视仪式，尤其礼拜是音乐仪式。
上教堂的人和投身神职者的数量在亨利八世在位期间大幅下降，爱德华六世在位时甚至急剧下滑。玛丽一世的一系列改革带来了一股全新的能量。英格兰天主教复兴绝非因循守旧，其改革中的许多措施都预表了特兰托公会议的决策，但直到玛丽一世去世后，1562年至1563年开最后几场会时，这些措施才被整个天主教会正式采用。
宫中也充满了活力和生机。有腓力在女王左右，人们常能享受假面舞会和比武。女王身边绝非如某些传说所言仅有虔敬的天主教徒。很快，她甚至向格雷一家敞开大门，安排简的妹妹凯瑟琳·格雷进了自己的枢密室。在她的旧敌中，吉尔福德·达德利的几个兄弟有时也会上场比武。然而，所有人都必须信仰国教，顽固不化者均被劝离英格兰。没有走或走不了的则依照1555年1月恢复的与异端相关的法律处置。女王本打算只惩戒几个异端杀鸡儆猴，结果却南辕北辙。新教徒尽管仍是少数，但信仰极为坚定，在英格兰东南部尤其如此，当地的人们曾热情高涨地接受了爱德华六世的宗教改革和圣像破坏运动。玛丽一世在位期间，有284人勇敢地坚守信仰，被烧死在火刑柱上，其中绝大多数是普通百姓。这为她赚得“血腥玛丽”之名，这一17世纪末发明的绰号已然成了她的代名词。
对我们这些将死刑视作野蛮的人而言，要理解当时人们的心态依然相当困难。在16世纪，因偷盗而将人绞死是司空见惯的事。人们认为传播异端邪说的罪更重，因为这可能盗人灵魂。玛丽一世烧死的人当中，有许多在亨利八世年间都曾在别人受火刑时做过监督，而人们印象最深的一个是伍斯特主教休·拉蒂默(Hugh Latimer)。他同伦敦主教尼古拉斯·里得雷(Nicholas Ridley)一道上的火刑柱，死前留下了一句著名的话（虽然真实性可疑）：“里得雷先生，有点男人的样子吧；蒙神恩典，我们今天要在英格兰点亮一盏灯，我确信这盏灯永远不会熄灭。”然而，在亨利八世年间监督别人用一幅著名威尔士圣徒的圣像当柴烧，给一位谨行托钵修士套上枷锁，把他悬在“慢火”上烧死的正是拉蒂默本人。那位修士当年过了两小时才断气，其间，行刑的人们对其大加嘲弄，而拉蒂默却袖手旁观。至于再洗礼派（Anabaptists，主张成人洗礼，反对动武和起誓），他们就连爱德华六世统治时期也被烧过，而这些人在伊丽莎白一世年间还会再上火刑柱。总之，被玛丽一世烧死的人数量惊人：在英格兰史无前例，在欧洲也无人能比。
从前，人们一度以为女王这样做要么是受了教士的摆布，要么是在复仇，要么就是一时情急不择手段。事实上，她的所作所为正是要表明她作为都铎君王的冷血。火刑是1555年2月开始的，当时的她正处于权力的巅峰，她的思考着眼的是未来而非过去。她想要消灭的是一小股颠覆力量，而这股力量在她弟弟治下已经飞速壮大起来。人们对此反应不一：有些地方的人会把木材藏起来，让当局立不了火刑架，也堆不了柴；有些地方的人们却会兴高采烈地围观行刑，还有人在观众间叫卖草莓。尽管如此，那一堆堆燃烧的柴连同那些死去的普通人的模样依然在人们的脑海中挥之不去：一个老人一瘸一拐地走向火刑架，“义无反顾，愤怒又固执”，他身后还跟着一个失明的男孩子，也是要受死的。
然而，实现玛丽所预想的未来，最关键的是她腹中的孩子。4月，人们纷纷传说这事的进展不大正常，甚至还有人说她中了法术。玛丽一世决定对伊丽莎白严加看管，于是把妹妹召至汉普敦宫，姐妹俩表面上和解了：伊丽莎白跪下来，赌咒发誓称自己全然顺服。
22岁的公主已经长成一名年轻的女士，人们说她“与其说俊美，不如说有魅力”，“身段极佳，皮肤也好，不过是浅褐色的”。这同看上去又老又病的姐姐玛丽形成鲜明的对比。5月，人们发现伊丽莎白家的人雇了巫师约翰·迪伊(John Dee)为女王占卜。此人被逮捕了。当月又有谣言传出，称女王诞下一子，于是阖城大喜，伦敦城各处的人们都上街庆祝。之后人们发现预产期已过，却不见孩子的影子，于是又开始传说女王根本没有怀孕，只是病了。玛丽一世还是不愿放弃为人母的希望，直到8月，她才最终接受自己肚里没有孩子的事实。
我们不大可能确定是什么导致玛丽一世产生怀孕的幻觉。她月经异常已有多年，而且当时已经相当消瘦。不过，她的症状很像自身免疫性甲亢，这种病会影响患者的精神状态，一些个案记录表明，其影响也包括让人产生怀孕的错觉。
8月，玛丽一世和腓力从汉普顿宫经伦敦来到格林尼治。民众见到她大感安慰，大街小巷挤满了人，众人在她出现时高声喝彩。但玛丽一世艰苦奋斗所获得的一切都正在分崩离析。权力意志、勇气、聪明、铁石心肠，这些都不能改变她不孕的事实，也不能让她的身体好起来。此刻除了她自己，已经没有人相信她还能生下孩子，而很明显，作为玛丽一世的法定继承人，伊丽莎白终有一天会坐在她的位置上。
两天后，玛丽一世与丈夫道别——他得回欧洲大陆去。他父亲曾统治一个庞大的帝国，此刻却想退位过自己的私人生活。1555年10月，查理五世宣布放弃对荷兰的统治权，将之移交给腓力；1556年1月，他又移交了西班牙王冠。腓力建议自己痛苦的妻子把心思放到国事上，但玛丽一世晓得前面是什么，她害怕面对这一未来。敌人们嗅到了她的软弱，因为没有了孩子，玛丽一世的计划也就没有了未来。很快，她的王位和性命都将面临一次又一次的威胁。
