伊丽莎白一世邀请玛格丽特·道格拉斯到宫里共度圣诞节，这令她“大为惊恐”。玛格丽特对政治上一切异常的迹象都高度敏感，她意识到自己寄去苏格兰的信一定被截获了。她怕自己被关进塔里，更怕连儿子也会性命不保。但她也相当倔强。她做错了什么？她问西班牙使节。她不过是就婚姻问题给自己的外甥女提了建议，更何况苏格兰女王玛丽和达恩利勋爵结婚还可以保证伊丽莎白一世去世后英格兰不会陷入内战。德夸德拉知道答案是什么。伊丽莎白一世已经28岁，这个无儿无女的女人指望“稳坐江山，因为民众即使厌倦了她的统治，也找不到确定的继承人”。
圣诞季来了，又过了。伦诺克斯伯爵全家都在宫中过节。人们一定都感到了这年的圣诞节相当恐怖，伊丽莎白一世也不例外，她几乎一辈子都在与那些计划着在她死后如何行动的人周旋。除了伦诺克斯伯爵一家，她还要面对凯瑟琳·格雷的儿子构成的威胁。1562年2月10日，女王成立了一个教会委员会(Church Commission)，以“对凯瑟琳·格雷小姐同赫特福德伯爵之间无耻的谈话和虚假的婚姻做出调查、审讯和判断”。根据教会法，只要新郎和新娘在见证人面前表示愿意彼此结合，其后发生性关系，婚姻即为有效。二人结婚时唯一的见证人简·西摩已死，到场的神父也寻不到了，这使委员会的工作变得相当简单：婚姻被判无效，凯瑟琳的儿子成了私生子。如此一来，女王得以再次集中精力对付来自伦诺克斯伯爵一家的威胁。
从伦诺克斯伯爵从前的秘书，一个名叫托马斯·毕晓普(Thomas Bishop)的专业探子那里，塞西尔收集到大量“罪证”，其中包括他们与西班牙使节的联系。但在宫中看到毕晓普的一个手下后，玛格丽特对毕晓普起了疑心，并开始攻击他的人品。她警告塞西尔：这人是个胆小鬼，是个下流胚，是个贼，还是个麻烦制造者，他甚至在她刚和伦诺克斯伯爵结婚时企图插足，惹得亨利八世大发雷霆。毕晓普极力为自己辩护，声称玛格丽特一直有心败坏他的名声以便“掌管”自己的丈夫，又说她对他的毁谤甚至惹恼了亨利八世，所以亨利八世的遗嘱才没有提及她的名字。没有人把这话当真，但毕晓普大肆中伤这家人，他甚至声称1554年伊丽莎白被玛丽一世送进塔里是玛格丽特在幕后操纵的。而有些毁谤开始流传。
伦诺克斯伯爵被案卷主事官派来的人看守起来，接着于3月11日被送进塔中。4月2日，玛格丽特和两个儿子也成了阶下囚，被关进了位于希恩的曾属于加尔都西会的修道院。伦诺克斯伯爵和赫特福德伯爵都进了塔，二人的妻子和孩子也都被囚。对此西班牙使节不由得表示：“监狱很快就会满是离王冠最近的人了。”对伦诺克斯伯爵的看守极严，“几乎像”关犯人一样，而让伦诺克斯伯爵恼火的是，赫特福德伯爵却获得了一些特权，还能托人送信给凯瑟琳。玛格丽特·道格拉斯认为，这是伦诺克斯伯爵坚决为他俩的行为和名誉辩护导致的。然而，她才是在人们看来更难对付的那一个。审问玛格丽特的人抱怨，针对当月对她的新指控，她“回答议会问题时表现得相当顽固”。
对玛格丽特的新指控几乎不可能更重了。人们说她在最近与苏格兰的战争中犯了叛国罪，又说她在与一位外国君主（苏格兰女王玛丽）以及法兰西和西班牙使节秘密通信。人们还称有“证据”表明她“不爱女王”。仆人们说，她在提到伊丽莎白一世时称其为私生女，而在约克郡的纽塞姆神庙，她的弄臣知道她厌恶女王和罗伯特·达德利，常常毫不掩饰地模仿、取笑二人。她曾将达德利及其兄弟称为“叛徒的鸟儿”，还说达德利是个浑身长着杨梅疮的杀妻犯。
但对玛格丽特而言，最危险的是她被控试图施法术取女王的性命，就像上个复活节被塞西尔逮捕的那些天主教徒一样。塞西尔已经计划在1561年密谋的基础上制造一起更恐怖的阴谋。他要通过恐吓伊丽莎白一世，让她相信苏格兰女王玛丽是这一系列索她性命的恶魔阴谋的核心人物，达到使伊丽莎白一世反对苏格兰女王玛丽的目的。红衣主教波尔的侄儿亚瑟·波尔（Arthur Pole，曾被逮捕，后于1561年获释）已经被安排指认苏格兰女王玛丽。玛格丽特也面临被人如此利用的危险。人们发现玛格丽特是个天主教徒，常听“一位年轻的威廉爵士”念弥撒。不仅如此，人们还称她与“巫师和占卜师”有来往，甚至还说1561年基督圣体节时烧毁了圣保罗教堂尖塔的雷霆是她弄出来的。
国会中弥漫着恐惧和偏执的氛围，也正是在此时，国会习惯法将巫术确定为一项罪行。同样，国会正准备恢复一项针对“不切实际、捕风捉影的预言”的法律，这也会给玛格丽特带来麻烦。玛格丽特的仆人们揭发称，第一个儿子夭折于襁褓中时，曾有人向她预言说达恩利勋爵有一天会统一英格兰和苏格兰，而她因此颇感安慰。玛格丽特请求面见女王为自己辩护，她引用了一句古老的谚语：一个人离宫廷越远，对他的毁谤中伤就会越猖獗。伦诺克斯伯爵也加入进来，称指控他们的人不过是些“剥削者、受雇者与其他异想天开的人”。但最让玛格丽特生气的还不是有关叛国和行巫术罪名的指控——她也知道女王不会对此穷追不舍（女王怀疑她是被人操纵了）——而是已经策划一年有余，对她婚生地位的攻击。伦诺克斯伯爵不忠的旧仆托马斯·毕晓普说玛格丽特“不过是个杂种”，对此她在盛怒之下给塞西尔发了一封措辞激烈的信，提醒他“正如我是神所造，我也是苏格兰王后（玛格丽特·都铎）和安格斯伯爵的合法女儿，即便我父母仍然在世，也不能废掉我这地位而不失义”。
再没有人控告玛格丽特了。但入秋以来，伦诺克斯伯爵的健康状况开始越发令她担心。她一次又一次地要求塞西尔，要么将他送来和自己关在一处，要么就将他俩一并释放。玛格丽特的忧虑不难理解。她的初恋情人，安妮·博林的舅父托马斯·霍华德勋爵就是在塔中死掉的，当时是1537年10月，而他比如今的伦诺克斯伯爵要年轻得多。10月25日，玛格丽特再度写信，央求塞西尔“向女王说情，求女王念及她丈夫身陷囹圄已久……再加上他还是被关在塔中，冬天又要来了，而那地方既不卫生又太冷”。可惜当时的伊丽莎白一世已是爱莫能助。
1562年10月10日，在汉普顿宫的伊丽莎白一世开始感觉不适，头部和背部疼痛不止。她决定洗个澡再散散步，以为借此可以消除不适。然而，回到自己的私室后她开始发烧。医生被召来。让伊丽莎白一世恼火的是，医生诊断她患了天花——这病极可能致死。因为尚未出现水疱，她拒不接受这一诊断，但接着她开始呕吐、腹泻，并出现谵妄症状。10月16日，女王已经说不出话了。17日，她陷入昏迷。
伊丽莎白一世在位已近4年，比姐姐当政的时间仅少1年。她要是死了（许多人都认为她必死无疑），关于她执政的日子人们会记住些什么呢？伊丽莎白一世制定了宗教方案，但除了她本人，没人认为宗教问题就此得到解决。连她自己的一位主教也说这方案“既沉闷又平庸”。在军事方面，人们虽然仍记得玛丽一世如何丢掉了加来，却已经彻底忘记了伊丽莎白一世以失败而告终的努力——她曾试图攻取勒阿弗尔(Le Havre)并以此为谈判筹码去收复加来。1562年8月，勒阿弗尔战役结束，英格兰人伤亡惨重，多达2000人丧命。然而，当时最令人不安的是接下来会发生什么的问题：玛丽一世本人虽然对妹妹没有好感，但依然指定她为自己的继承人，王位从而得以和平传承；而伊丽莎白一世至今依然不肯指定任何人。在醒过来的片刻，认定自己行将就木的她反要人立罗伯特·达德利为护国公，还为他安排了一笔2万英镑的年金。议员们承诺会实现她的愿望，背地里却开始激烈地争论起继承一事到底要如何继续。
伊丽莎白一世的继承人中位次靠前的都是女性，故而一些人依然有意在都铎家族以外寻找人选，以便可以将王位直接传给男性。塞西尔早就为此担忧，所以先前才做了那些“巫术”的把戏。作为爱德华四世的弟弟克拉伦斯公爵的后人，亚瑟·波尔和兄弟埃德蒙已经遭到逮捕并被关进塔中，二人的继承权从而被否定。也有一些人准备考虑克拉伦斯公爵的另一位继承者——信仰新教的亨廷登伯爵亨利·黑斯廷斯。但议会中绝大多数人并没有考虑白玫瑰的残枝余叶，而是把目光投向都铎家族。
议员们吵得发了狂。与此同时，伊丽莎白一世身上开始出现天花水疱。最初是在喉咙和嘴里，接着向外蔓延到面部和身上。她却感觉好些，而且几天以后又能说话了。11月24日，女王下令放伦诺克斯伯爵出塔，他获准去希恩与玛格丽特相聚。任他死在塔中将成为一桩丑事，而这是再度面临解决继承问题压力的女王想要避免的。议会已经决心在接下来国会开会期间彻底解决这一争端，而女王最担心的依然是来自凯瑟琳·格雷的威胁。
1563年1月12日，在国会开幕大典的游行仪式上，女王穿戴得极为华丽，纯金色的头发，穿一身红色天鹅绒。明智的女王“装扮得极富王者风范……因为她相当清楚浮夸的仪式之中深藏治国的奥秘：人们总是自然而然地为外在表现所吸引和控制。华美的服饰、装饰、美好的仪容……抓住了人们的眼睛和心灵，他们在满足和景仰之间目眩神迷”。但女王身上也留下天花的疤痕，让人想到当时命悬一线的不仅是她，还有她的王国。
于是议员们立即开始讨论继位问题，并很快拟好一份请愿书，谦卑地请求女王结婚，同时坚决要求她就算结了婚也必须指定一名继承人。在对上议院议员们的回复中，女王措辞激烈地表示，天花在她脸上留下的是疤痕而非皱纹，而和施洗约翰的母亲圣伊丽莎白一样，自己也依然能生儿育女。她警告众人，若是她宣布了继承者，“便会叫英格兰流许多血”。然而议员们依然争论不休，正在这时，惊人的消息传来：22岁的凯瑟琳·格雷就要生第二胎了。
原来，5月时，赫特福德伯爵贿赂了两名守卫，守卫给他开了门，又开了附近凯瑟琳房间的门。24日，夫妻二人在凯瑟琳床上织锦的被褥间云雨一小时。四天后他又来了，夫妻二人再度同寝。接着守卫不愿再这么干了，也可能是上面的某个人听到了风声。第三次，赫特福德伯爵又趁天黑过去，却发现凯瑟琳房间的门被锁了。他没能同妻子相会，但显然之前的两夜已经足以让凯瑟琳怀孕。此时已很难否认他们的婚姻。他们被坎特伯雷大主教审问，又受了高级议员的讯问，在所有人面前他们都说视彼此为夫妻。根据教会法，有这样的声明，接着又发生了性关系，婚姻便合法成立了。
1563年2月10日上午10点15分，凯瑟琳产下一子，即托马斯·西摩勋爵。女王下令将看守伦敦塔的中尉囚禁在他自己的房间里，因为他没有把赫特福德伯爵看好。百姓却开始要求解释“为什么要（阻挠）夫妻二人结合”。然而，女王继续坚持不承认二人的婚姻。到了夏天，伦敦瘟疫肆虐，女王趁机将二人提出塔送去城郊，关进两栋相隔很远的房子里。
凯瑟琳想念赫特福德伯爵想得发了狂。“我渴望与你一道快乐，我晓得你也如此渴望，就像我俩在塔中孕育我们可爱的宝宝（托马斯）那时的快乐，”她写到二人的春宵一刻，“当你第三次来到我门前，门却锁着，那时的我有多难过啊——我有多少难过，便愿你照样有多少快乐。你以为我会忘记我们之间的点点滴滴吗？我不能。我想起这一切的时候之多超乎你的想象……我甜美的床伴啊，我爱你无尽无穷，我曾怀着喜悦的心与你同寝，也会再度来到你的榻上。”凯瑟琳央求女王宽恕她，但女王不仅不让她见赫特福德伯爵的面，还将她的长子也带走了。
大约在这一时期，宫廷女画师勒维纳·特林克(Levina Teerlinc)为凯瑟琳和襁褓中的博尚子爵画过一幅微缩画，至今仍是所知最早的英格兰的母子画像。对凯瑟琳而言，这画像是个悲伤的纪念，诉说着她所失去的一切。但在他人眼中这幅画却是代表未来的圣像，是圣母马利亚怀抱着耶和华的受膏者——英格兰的下一任君王。人们制作了不少这幅画的副本，甚至450年后依然有一些存世。凯瑟琳和赫特福德伯爵的许多朋友依然指望能逼女王确定凯瑟琳或她的一个儿子为继承人。
支持凯瑟琳的人当中有一位名叫约翰·黑尔斯(John Hales)的国会议员，他在后来的几个月间写了一本书，阐明何以凯瑟琳有权继位，而苏格兰女王玛丽无权继位。他的最成功之处在于发掘了一条可追溯至爱德华三世统治时期的法律——出生于王国以外的人不可继承英格兰的土地。1564年春天，黑尔斯写书的事被女王知道了，人们称她的反应堪比一场暴风雨。约翰·黑尔斯为此在塔中蹲了一年，接着又被软禁四年。令女王尤其不满的是“此书全然是为否定苏格兰女王的权利而写的”。而这妨碍了她以阻挠苏格兰女王玛丽再婚为核心的最新防守计划。
伊丽莎白一世可以宣布凯瑟琳的两个儿子为私生子，但苏格兰女王玛丽要是结婚，她便不能再如法炮制了，所以她必须尽可能地在此事上拖延，最好是一直拖到玛丽生不了儿子为止。伊丽莎白一世计划让玛丽相信，要得到英格兰的王位，她只需嫁给自己唯一信任的人——罗伯特·达德利。要说服玛丽嫁给区区一介英格兰臣子需要时间，伊丽莎白一世的计划是，一旦成功说服玛丽，就在最后关头再制造一些障碍，让她所力促的婚事无法成真。伊丽莎白一世虽然已经接受自己嫁不了达德利的事实，却一如既往地认为他完全为自己所有。
为了表示自己对斯图亚特家族继位的全力支持，伊丽莎白一世开始对重获自由的伦诺克斯伯爵一家做出各种施恩的举动。伦诺克斯伯爵获准回苏格兰索求当年他来英格兰服侍亨利八世时失掉的权利，玛格丽特·道格拉斯和一众子女则被邀请进入宫中。30岁的伊丽莎白一世早已脱去爱德华六世和玛丽一世年间那身朴素的衣装。在这一时期的一幅画像上，她穿着一套绯红色的华美礼服，裙子是当时正流行的圆锥形，上面嵌了金线，闪闪发光。女王应当穿得像个女王，伊丽莎白一世此刻也追随起当年那个喜欢“将自己打扮得优雅而华美，超乎一切”的姐姐来。
这年夏天，光艳动人的伊丽莎白一世对达恩利勋爵关怀有加，令他受宠若惊。他会弹鲁特琴，她对此非常欣赏，9月29日，在伊丽莎白为册封罗伯特·达德利为莱斯特伯爵(Earl of Leicester)而举行的一系列仪式上（要让达德利成为一个有吸引力的郎君，赢得苏格兰女王玛丽的认真考虑，就必须提升他为贵族），达恩利勋爵又得到一份殊荣。圣詹姆斯宫举行游行，达恩利勋爵手举国剑，走在伊丽莎白一世前面，进了预备仪式开始的房间。达恩利勋爵身上有种娇生惯养的女人气，法兰西宫中的人们认定他是个“纨绔子弟”。苏格兰的密使也这么想。他也向伊丽莎白一世表达过自己的看法，即这个高挑少年“与其说是个男人，不如说是个妇人：情欲旺盛，没有胡子，又长了一张女人面孔”。伊丽莎白一世确信苏格兰女王玛丽肯定情愿选罗伯特·达德利当丈夫。当达德利在伊丽莎白一世面前跪下，低下一头黑发的头颅时，她忍不住“将她的手伸到他的脖子上，笑眯眯地挠了挠他”。
伊丽莎白一世确信，被关押的经历已经让玛格丽特·道格拉斯学乖了。塞西尔也认为有着过人魅力和智慧的玛格丽特已经同自己建立起一种相互敬重的关系——1564年7月，玛格丽特还同他女儿伊丽莎白·塞西尔一道作为教母出席过一场洗礼。玛格丽特仿佛也同被自己之前斥为浑身长着杨梅疮的杀妻犯的罗伯特·达德利成了朋友。后来的一些事件表明，伊丽莎白一世允许纨绔子弟达恩利勋爵去苏格兰与父亲相聚，部分是因为罗伯特·达德利为他说话。然而伊丽莎白一世很快意识到自己的算盘打错了，而且这是个灾难性的错误。玛格丽特和罗伯特·达德利即便没有真的交上朋友，也成了政治盟友。达德利开始明确表示自己无意离开英格兰，而1565年年初，他与所谓的配偶，苏格兰女王玛丽的亲事成了泡影。英格兰需要一位继承者，罗伯特·达德利选择与苏格兰女王玛丽站在了一起，而他在某天与伊丽莎白一世结婚的可能性依旧存在。
伊丽莎白一世意识到，在别人的劝说之下给了玛格丽特的儿子通行证，等于给人机会逼她允许其同苏格兰女王玛丽结婚并确定二人为她的共同继承人。恍然大悟的她惊慌起来，为清楚地表明自己不会因受胁迫而确定任何人为继承人，伊丽莎白一世给苏格兰女王玛丽送去一条惊人的消息：她已经决定在“结婚或宣布决意终身不嫁之前”不指定继承人。然而，这么做让伊丽莎白一世失去了对玛丽的控制，后者冷冰冰地表示：“恐怕这会叫她丢脸，而不会给我造成什么损失。”英格兰使节央求苏格兰女王玛丽的顾问们劝她不要草率行事，但顾问们打断了他。苏格兰女王玛丽很快就会结婚，而且夫君是她自己选的，她的顾问们告诉使节：“事情已成定局。”
