造船师们向国王控诉说，正在维修的舰只被拆毁。军官们把已经死去和根本没有的士兵填上名单以吃空饷。事务官由于克斤扣两而臭名昭著。据说凡任司务长的没有一个老实人。这是一种恶性循环：无论多么艰难地积攒多少钱，立即就从贪污腐化的排水孔中漏走了，费用增加了，债务却永远无法偿还。
在克伦威尔的严厉统治下，海军部门有了一些改进，并在一定时间内具有相当成效。克伦威尔严正清廉，他在海军的高级职位上安排了一些刚正不阿的人，希望以此改变风气，但这仍不足以完全清除诈骗和贪污。明目张胆的白日劫掠之风消除了，但在一些被人忽略的环节中，官员们继续为个人谋财致富。这些事情人人都知道，但却没有人可以制止。上级不愿指责下级，因为害怕自己的罪行也会被揭露。
这就是查理二世在恢复王位时所继承的产业，佩皮斯后来升任海军中的要职——书记官，他立即采取行动，解决海军的贪污问题。书记官是“海军局”的四名成员之一，“海军局”管辖海军的岸上机构，并负责国王所有舰船与船厂的建造与维修。
英国的下议院，在战场上打败了国王，现在成为不可抗拒、无可争议的英国统治机构，查理一世曾经同意的王权限制条例，现在继续生效，1641年的一切法令或文件也都有效。更主要的是，这时每个英国人都理所当然地认为，王权是国会的工具，国王是臣民的公仆。
国王的神圣权利又得到了承认，但他的绝对权利却遭到否定。枢密院的刑事司法权、星室法院和宗教法庭已被取消。国王未经国会批准或以非法手段进行征税的做法遭到禁止。从此，制定一切法规都要根据通过合法选举产生的国会的多数意见，国王的任何命令不能抵制或代替法规。王政复辟实现了皮姆和汉普登最初寻求的目标，而排除了他们的过激倾向。下议院和习惯法取得了长期的胜利。
新的君主观念已经形成。在早期同查理一世及其父亲的斗争中，议员们并没有想彻底废除王权。下院议员中的律师们在斗争中发挥了重大作用，他们为之奋斗的主要目标是习惯法的原则。他们为了使国王受到法律的约束而进行斗争。这种法律指的是《大宪章》所体现的原则，即习惯法。它使英国人免遭任意逮捕和处罚。习惯法法庭几百年来所执行的正是这种法律。国会没有为自己谋取无限的权力，也没有设法摧毁国王的传统权力，它只是努力监督这种传统权力的执行情况，以便使国会和个人的权利得到保护。
同以往任何时期一样，王政复辟时期的财政状况是一个棘手的问题。除了一般支出，还需要大笔款项来偿还国王在流亡期间欠下的债务，补足军饷以解散军队。国会坚决拒付查理二世流亡时欠下的债款，不过，国会拨给他一定的年金，加上他的祖遗地产，每年收入估计可达120万英镑，这使他受到束缚，但这个数目还是相当可观的，查理二世表示满意。
经过长期的劫难之后，英格兰的大地一贫如洗，使税收工作难以进行，因此对国王的收入作出固定安排是必要的。至于额外的开支，查理二世必须依赖国会，他和克拉伦登都接受了这一现实。王权将受到国会的限制。
同时，国王和国会均将摆脱军队的威胁。那支发展到4万人、战斗力堪称天下第一的大军即将解散，无论如何不能再建立这样一支大军了。“不要常备军”——这是各个派别的共同口号。
除了军人之外，大家都赞成解散军队。能够解散军队而不发生流血冲突，似乎可以说是奇迹。铁甲军曾经立下汗马功劳，可是现在，他们的作用已经结束，应该立即消失，他们顺应了社会舆论的潮流。他们如数领到军饷，解甲还乡，重操参军前的旧业。几个月之内，这支威力无穷、不可战胜、随时可能吞噬不列颠王国和社会的军队消失在平民之中，消失得无影无踪。他们从此又回到人民中间，勤劳工作，安分守己地生活。
保王党感到愤愤不平的是，他们的事业虽然证明是正确的，但他们受到的经济损失并没有得到纠正，实际上也无法纠正。《赦免与保护法案》使得只有直接判处查理一世死刑的人才受到惩罚，而那些在战斗中打垮国王并对保王党大肆报复的人，却逍遥法外，甚至发了横财。保王党虽然感到万分愤慨，但他们的抗议毫无效果。理智的英国民族，并没有将所有旧账都一一清算，而是团结起来朝前看，这是大部分人的选择。
在签署查理一世死刑判决书的大约60人中，有三分之一的人已经离开人世，三分之一逃往异乡，剩下的仅有20人。查理二世主张宽待杀害他父亲的凶手，坚决抵制忠于他的国会，尽量减少死刑。
在首席大臣海德的斡旋下，只处死了九名签署其父王查理一世死刑命令的圆颅党人。
他们几乎个个为自己的行动而感到自豪，哈里森和其他军官走上断头台时确信，后人将为他们的牺牲而俯首致哀。
亨利·文爵士性情倔强，不屑于求饶，他精神饱满地为自己辩护。阿盖尔侯爵则是王政复辟时被处死的唯一的苏格兰重要人士。克伦威尔和艾尔顿的尸体被人在他们几年前隆重下葬的威斯敏斯特大教堂从棺材里拉出来，装在囚笼里沿着大街拉到泰伯恩绞刑架，在三角形绞刑架上吊了24小时，然后，他们的头颅被钉在议会大厅的廊柱上，很长时间以后才被移走，剩下的残体被扔在粪堆上。皮姆和其他20名议员的尸体也被挖掘出来，埋到一个土坑里。同死人进行的这场残酷斗争是出于社会舆论的凶狠压力，为了满足社会的要求，查理二世愿意抛出死尸而挽救活人。
克伦威尔的头颅被多次进行买卖，直到1960年才最终找到一个下处埋葬，被葬在了剑桥的苏塞克斯学院地下。
查理二世复辟后，英格兰历史上为期最长的一届国会组成了，它维持了18年。它一直被称为“保王党国会”，更确切地说，应该称为“领取退职金者的国会”，因为成员中多是老态龙钟之辈和退伍军人。它最后解散时，除了200人之外，其他议员均已在补缺选举中被淘汰，取代他们的往往是曾经反对国王的圆颅党人及其后代。
这届国会从诞生之日起，主要是在口头上拥护国王。它将一切荣誉归于国王，但并不想接受国王的统治。连那些效忠国王的地主，也不想放弃议会的权利。他们作出规定，把保卫国家的任务交给民兵，这样，不仅国王手里没有军队，国会也是如此。各郡的望族和绅士成为当地武装力量的核心。“保王党国会”根据过去的教训并且经过长期的考虑以后确认了这一点。此后，大家致力于宗教问题，尤其重视宗教对政治和社会的影响，同时也十分关心自己的利益。
从伊丽莎白时代到内战时期，各代国王都力图在《祈祷书》和主教制的基础上建立全国统一的国教教会，他们还希望统一英格兰和苏格兰的生活方式和宗教信仰。克伦威尔用刀与剑残忍地实现了这个目标，甚至在爱尔兰也达到了这一目的。现在，教会和国会力图继续推进这个目标。
由于克拉伦登伯爵海德在政府中担任具有起主导作用的首席大臣，一系列法案均以他的名字命名。这些法案重新确立圣公会为国教。
2.安逸生活
与前朝帝王不同，查理二世是一个没有宗教热情的人，他喜欢享乐生活，至于宗教问题，他并不在意，所以，他主张采取宽容政策，克拉伦登也主张采取谅解政策。但是，“保王党国会”、从流亡中归来的劳德信徒以及不顺从的长老派领袖，从各自的立场出发，都不同意他们两人的政策。
结果，强硬的国会反而使其他非国教派别形成强有力的政治力量，这股政治力量的目标首先是宗教自由，它在后来的1688年革命中最终实现了这一目标，其次是要废除国教的特殊地位。到了19世纪，当工商中产阶级成为政治力量中的决定性成分时，第二个目标最终得以实现，人们真正享受到宗教自由。
英国的主教团不知不觉地成为与非国教的其他一些新教教派并列的教派。而不是处于全国统一教会的领导地位。
查理二世也不希望出现分裂，实际上，信奉罗马天主教最能使查理二世感到满意。但是，英国国教圣公会却又是英国王位的重要支柱，所以，查理二世希望一切宗教狂热都冷静下来，有所减退。何必为了未来的世界而削弱当代世界呢？至于有人不同意别人信奉各种值得争议的说教，又何必要去迫害他们呢？斐特烈大王有个直截了当的主张：“每个普鲁士人都必须以自己的方式进人天堂。”查理二世一定比斐特烈大王更早地产生了这种看法，只是，他不想让自己的个人看法惹出麻烦。他在每个阶段都尽量采取宽容政策。
在当时，信奉英国国教的“保王党国会”坚决不同意这种自由政策。他们颁布的《克拉伦登法典》包括一系列法规，这个法案的目标是，只有站在国王一边的圣公会教徒才有机会担任市政职务，而这些职务同下院议员的选举有密切的关系。
《克拉伦登法典》是保王党的胜利，尽管他们曾经在战场上被彻底打败，对于斯图亚特复辟也毫无贡献。
除了这个区别，另一条鸿沟正在出现。在政治上，保守派和激进派分为两大阵营，这两大阵营到后来一直存在着。两大政党互相斗争的局面已经开始，他们不久得名为“托利党”和“辉格党”。两大政党决定着不列颠帝国的命运。
虽然在宗教上，查理二世比前朝帝王开明得多，但是，查理二世也并不能算是一代明君，因为他的宫廷生活荒淫无度。他有两个主要的情妇，一个是巴巴拉·维利尔斯，另一个是路易丝·德凯罗埃莱，都封为女公爵，这两个女人伴着查理二世恣意行乐，并且插手外交事务。
查理二世同葡萄牙公主——布拉干萨的凯瑟琳结婚以后，仍然没有停止他那放荡的生活。凯瑟琳带来了惊人的嫁妆，有80万英镑的现款，还有丹吉尔（摩洛哥北部的港口）和孟买（印度西部的海港）这两个海军基地。
查理二世对待他的妻子极为无情，竟然强迫她接受巴巴拉等人为宫廷女侍。有一次这位文雅、虔诚的葡萄牙公主气得鼻孔出血，昏迷过去，被人抬出宫廷。后来，国王又添新欢，把美貌绝伦、性情温存、被老百姓骂为“新教徒婊子”的内尔·格温，纳入宫中。淫秽、放荡的宫廷生活中格外丑恶的一角，玷污了基督教国家的王位。
查理二世的淫乱行为在道德上产生了广泛的不良影响，他的这种做法引起了很多人的不满，特别是清教徒，他们不能容忍查理二世种种违反道德准则的行为，他们把1665年伦敦大瘟疫和1666年的伦敦大火，看作是对查理二世的惩罚。
克拉伦登伯爵海德和后来受封为沙夫茨伯里伯爵的阿什利，他们两人左右着枢密院。他们的性格截然不同，但都是很有才干的人。他们是查理二世时期英国的重要政治家。沙夫茨伯里18岁的时候，就参加了“短期国会”的革命。他在圆颅党的军队里战斗过，同克伦威尔合作过，并且作为长老派的领袖，在斯图亚特复辟的活动中对蒙克施加影响。
在无政府的混乱时期，沙夫茨伯里带领长老派反对军队，他比任何人都更理解这些独立派的思想。他在枢密院中极力主张采取宽容政策，他的努力是对国王的有力支持。
在查理二世统治的最初七年里，克拉伦登一直担任首席大臣。这位睿智可敬的政治家，同国王和宫廷里的放荡生活、国王情妇们的阴谋活动、岁入不足的糟糕财政状况以及下议院的残酷政策，进行了顽强的斗争。他还必须对付查理二世的宠臣亨利·贝内特的种种阴谋。
克拉伦登的女儿嫁给了约克公爵詹姆斯。首席大臣克拉伦登成为国王之弟的岳父，他的外孙也许有机会继承王位。贵族对此非常嫉妒。克拉伦登同国王联姻之后感到自己的地位更非他人所能匹敌。
约克公爵詹姆斯有一个情妇阿拉贝拉，她的弟弟约翰·丘吉尔，是英国历史上大名鼎鼎的人物。约翰·丘吉尔后来受封为第一代马尔博罗公爵，爵位世袭罔替。约翰·丘吉尔1650年生于英国德文郡，其父亲是温斯顿·丘吉尔爵士，当时处于英国内战以后的克伦威尔护国公政府时期，而老丘吉尔是一个保王党，家道已经败落。马尔博罗小时候家境相当贫穷。1660年查理二世复辟后，丘吉尔一家才算有出头之日。不过，像丘吉尔这样的平常出身，要爬到英国军队的高层，在那个时代是不容易的，个人才华只是一个非常次要的条件而已。好在丘吉尔有一个姐姐，丘吉尔的姐姐阿拉贝拉，为约克公爵詹姆斯生了一个私生子，这孩子日后长大成人，投奔路易十四为法国效力，一直做到法国元帅，受封贝里克公爵，在西班牙王位继承战中，为法国连连获得胜利。他和舅舅丘吉尔一样，都是名将，只不过是各为其主。年轻的约翰·丘吉尔，靠了姐姐的关系，成为王储约克公爵的心腹，蹿升得很快，也不可避免地引来不少嫉妒之人的闲言碎语，不过他总是能够用战场上的表现来证明自己。1762年，丘吉尔跟随约克公爵参加第三次英荷战争，晋升上尉。因为当时英法是盟国，共同对荷兰作战，丘吉尔又赴欧洲大陆，在法国军队中服役。路易十四注意到了年轻的丘吉尔，路易十四轻率地下了评价说，此人虽然勇敢，但是过于沉湎于宫廷社交生活，是个小白脸式的人物，日后终难成大器，谁也不会想到，后来路易十四在战场上被马尔博罗一次又一次击败。
丘吉尔回到英国以后，继续作他的风流美少年，甚至和国王查理二世的情妇有染，以至于有一次被国王堵在情妇的卧室里，不得不跳窗逃走。据说后来国王得知真相，不但没有生气，反而哈哈大笑着对别人说：“我才不来怪他，他找情人恐怕是生活需要呢”。丘吉尔几次到大陆，最终于1675年离开法军，因为作为一名英国军官，在法军中的晋升前景并不光明。回英国以后，丘吉尔认识了15岁的贵族小姐萨拉·詹宁斯，两人于1677年不顾双方家长的反对秘密结婚。这位未来的马尔博罗公爵夫人在宫廷中有不少关系，对日后马尔博罗的升迁和解职，都有重要影响。
摩洛哥的丹吉尔作为葡萄牙公主凯瑟琳的一部分妆奁落入英格兰手中之后，英格兰政府便把注意力转向地中海和东方的贸易。由于经济拮据，英国只有厉行节约，才能在摩尔人面前守住丹吉尔，在海盗的骚扰中保护地中海的贸易。克伦威尔占领法国的敦刻尔克以后，皇家国库每年被迫为此支出12万英镑，这个数目占国家正常税入的十分之一。克伦威尔企图大力支持欧洲大陆的新教运动。敦刻尔克对他来说似乎是非常宝贵的桥头堡。但是斯图亚特朝复辟以后，托利党的注意力已经不在欧洲，而是集中在大洋彼岸的“贸易和种植园”。查理二世根据克拉伦登的建议，将敦刻尔克以40万英镑的价格卖给法国。这笔交易受到英国人强烈的谴责。克拉伦登受到接受重金贿赂的指责，他在伦敦为自己建造的府第被人挖苦地称为“敦刻尔克公馆”。
3.英荷战争
英格兰同荷兰在贸易和捕鱼方面进行的海上争夺已经白热化，荷兰人在同克伦威尔的战争结束以后恢复了元气。东印度群岛的货物源源不断地运到阿姆斯特丹，西印度群岛的货物不断流到弗利辛根，英格兰和苏格兰的商品则通过荷兰的多德雷赫特和鹿特丹不断转到欧洲大陆。在苏格兰沿海捕捉的鲟鱼为荷兰国会带来了大量收入。荷兰的东印度公司收集了东方的财富。孟买的葡萄牙总督拒绝把孟买作为凯瑟琳公主的嫁妆交给英格兰，所以英格兰人在印度尚无可靠的基地。
在此期间，荷兰的庞大船队每年几次满载货物绕过好望角。荷兰在非洲西海岸的领土也有所发展，他们的殖民地和贸易点不断扩大。他们还挤入新英格兰开辟领土，在赫德森河畔拥有了一块殖民地。这些行动真是咄咄逼人。
尽管克拉伦登一直让英国人偃旗息鼓，他还提醒国王．不能中断贸易，“只有依仗贸易，才能使大部分国民收入增加。”但是，两国毕竟是商业竞争对手，冲突与矛盾，一直非常严重，两国经常指名道姓地在报纸和国会中相互愤怒谴责，双方舰船在远方贸易的航途中也不断发生小冲突，单是在1664年，英国半官方的海盗船在世界各地对荷兰船只就进行了一百多次袭击。
商人说服了英格兰国会，查理二世的胸中点燃了爱国主义的烈火，海军大臣约克公爵詹姆斯，渴望在海上冒险中立下辉煌的战功。国会拨出250万英镑的巨款。一百多艘新舰艇建造起来，上面配置了新式大炮，以前的保王党军官和铁甲军军官摒弃前嫌，共同接受国王的委任，并肩战斗，对付荷兰人。鲁珀特亲王和蒙克各自指挥一支分舰队。1664年，英荷海战在非洲西海岸开始，第二次英荷战争爆发。翌年战火蔓延到英国领海。
说起来，作战英勇的皇家海军，当时的内部问题很多，贪污腐败严重。
且说那位海军书记官佩皮斯上任以后，立即着手改造海军岸上机构的混乱状态，渐渐整顿得有条不紊。英国海军部门的工作来往中，第一次有了真正的效率，树立了信誉。佩皮斯促成了海军第一次建立了有认真记载的海军档案；他使海军供应采用了节俭而善于经营的采购形式；他还负责为海军人员建立了一所训练学校，教学内容包括从枪炮、弯刀近战直到操舵和结绳。
佩皮斯年轻有为，很快就成为舰队司令蒙塔古在“海军局”里的心腹。他选对了人，佩皮斯的勤奋与努力，使这个职务变得越来越重要。当然，这个职位原本也是很有权力的，就在佩皮斯就任的那天，一位女士送来5镑银币，求他利用他的影响，为她的丈夫捞到好处。而且，他回到家中时，“发现有人给我留下了大量巧克力，我不知道是什么人送的。”一周后，有人愿出500英镑购买他的职务。不言而喻，海军是可以卖官鬻爵的。价格高低不依爵位的薪俸多少而定(佩皮斯的年棒为350英镑)，而是看这官爵的财路，及将官爵卖出或赐给亲戚朋友时能得多少钱而定。一两个月后，佩皮斯官位的价格涨到1000镑，他写道，“它使我馋涎欲滴”。但他决心不卖。他在日记中写道：“机会和我无缘，在这样多的懒汉中，只有勤劳才能、并且必将使我获得生路。”
佩皮斯可能收受过礼物，这类现象在当时已牢牢地深入于社会的结构中，事实上如果他不这样做，也不能立足于社会。但是，佩皮斯与他同时代的绝大多数人的不同之处在于，他对职务的态度也和他对个人的利益一样的孜孜以求。他下定决心要使海军岸上机构发挥应有的作用。也正是由于这样，海军才得以越来越富有。
“海军局”的工作的很重要的部分包括，与伦敦商人签订合同购买木料、麻、沥青、帆布、蜡烛、食物等，用以供应海军，与国会商洽增加拨款以购买这些物品，并直接向海军大臣约克公爵回答有关本局工作的问题。
面对查理二世继承下来的惊人国债，海军局1660年的主要任务是封存舰只，裁减人员以减缩舰队的规模与开支。削减开支，由循序渐进渐渐变得大刀阔斧，首先是省却泰晤士河口的领港人员，然后规定必须按照海军大臣的命令而鸣放礼炮，不得滥放，以节省火药。之后，及时而有力的措施越来越多，越来越严厉，比如1664年，有几千名人员被船厂临时解雇。
佩皮斯作为书记官，本是海军局四名军官中职位最低的人(其余三人为财政、审计和督察)。开始，他只是在海军局成员两周一次的会议上，做一些会议决议的记录工作。但是，出于对工作的负责，他不断去探索他自己的本职工作。不久他就多次去视察了德特福和伍尔威奇的船厂。在船厂中，他获得了切身体会，有一次视察过德特福后他在日记中写道：“我现在才知道，我的地位居然有这样大的权力。舰队的舰长们向我们举手敬礼。”回到伦敦，他在泰晤士街头漫步，比较着各商店的沥青、麻、木料、布的价格——发现供应海军的旗帜，要价竟高达3便士一码。他下定决心，不把自己的工作仅限于抄抄写写海军局的合同，还要去签署客商的账单。海军局的其他成员只是满足于收取他们利用权位获得的酬劳，佩皮斯并不干涉他们，但决心尽可能把海军局的事情做好。
旗帜的问题只不过是佩皮斯感兴趣的小事。他听说那种粗糙劣质的覆盖布磨损英国军舰上的桅杆，就动手研究大麻织品，为此，他专门到一家小旅馆中去会见一些善于动脑筋的荷兰造船大师们，因为他听说荷兰的绳缆甚为优良。他掌握了波罗的海和北美地区的木材的不同优点，例如它们的长度与直径的固有比例，以及在采用前保存木材的特殊方法。而且他很快就较海军中任何人更为了解了关于装玻璃、油布和提灯的情况，更了解关于商人们以及这些商品的价格的情况。因而他由单纯的记录合同进而自己介入了谈判。
1663年9月，佩皮斯和一位社团中的友人威廉·沃伦签订了一项购置3000英镑用波罗的海木材制造桅杆的合同，与以往的合同相比，价格便宜百分之五至七，这项合同是过去25年来海军最好的一笔交易。
随着岁月流逝，佩皮斯不断地把海军局的事务集中于一身，在此过程中，佩皮斯也不拒绝礼物。佩皮斯的权力之大，使得他可以从贿赂中得到想象不到的财富。在当时的风气的影响下，即使有志改变英国海军腐败之风如佩皮斯之辈者，有时也难免俗，可见当时英国海军贪污风气之盛。
佩皮斯写道：“上帝知道，我要是个无赖，会干出什么事来。”佩皮斯肯定不是无赖，但他也不是个圣人，每次进行一项工作，签署一个文件或是起草一份合同，那些从中获得好处的人总去送给他礼物。礼物中常常有些是送给他妻子的小礼品，但是肯定还有送给他的一份报酬。
不过，佩皮斯总得来说还是节制自己，适可而止，并遵守一定的道德观念。当他一次向海军供应廉价的旗帜，荷包中装进50英镑时，他心地坦然地写道，在这笔交易中他为国王节约了两倍于此的数目。佩皮斯按一般情况估计，如果他贪得无厌地任情拿取，则塞进腰包的1英镑本可以是10英镑。他认为，收受这点报酬，同那些伪造账簿、偷窃补给品之类应受谴责的行动，是大为不同的。
至于其他方面，他认为首先受谴责的应是懒惰和因循苟且。因而他致力于扫除海军中的这一陋习。例如，1662年夏季的一天，佩皮斯在伦敦伍尔威奇船厂登上一艘装备有24门火炮的战舰“罗斯布希”号，佩皮斯写道：“乘上小艇，直奔‘罗斯布希’号，登舰发现一切都混乱无章，在对军官们威胁一通之后，命令他们迅速行动进行整理，从岸上到码头，并且以后都照此办理。对于其他舰只上的懒惰的军官们也这样办理。”他保持着一种习惯，经常不打招呼就突然出现在船厂中，有时很早就来，把负责人从床上轰起来。
甚至佩皮斯的上级们也因为他揭发的暗示而惶恐不安。当佩皮斯发现海军局的督察威廉·巴顿爵士正在设法侵吞“查塔姆公款”——每名穷苦的水兵从微薄的津贴中每月捐出六个便士，用作伤员的基金的款项时，佩皮斯用相当出色的宣传力量，说服海军大臣约克公爵詹姆斯，组成一个委员会加以监督，以管理这笔公款。有关解决这类特殊问题所采取的行动虽然迟缓，但一旦实施，都很有成效。在有志于改变英国海军现状的人们的努力下，英国海军从足以使之瘫痪的盗窃和贪污的重负下渐渐解脱出来。
佩皮斯这个“旱鸭子”对海军的全部贡献还不止于此。他认为，从长远说来，海军应该拥有一支在各方面具备熟练业务水平的永久性的军官队伍，他们愿以海军为职业。按照佩皮斯的改革方案，任何愿成为军官候补生的人，都必须具有两年海上工作经历，一名少尉必须有三年海上役龄，其中一年如同军官候补生一样，应通过测验以证明其具有操纵舰船的基本知识。根据佩皮斯的这些规定，海军产生了实施严格训练的守则，这些措施使得英国海军军官成为一支精良的专业化队伍。
在北海对岸，虽然受到挫折，但仍为世界头等大国的荷兰，其庞大舰队这时拥有为数约135艘大战舰，配备有约2万名官兵，荷兰商船中还有100多艘船可以用于作战。但是，在这样庞大舰队的背后，荷兰人也有不少问题。
最大的问题之一是，地方各自为政，各行其是，这是这个头等海上强国的首要问题。荷兰共和国作为一个有七个省邦的联邦国家，它的海军岸上事务不是由一个海军部而是由五个海军部所管辖。弗里斯兰省和泽兰省，他们各有自己的海军部，而主要省份——荷兰省，则竟然有三个海军部：一个在阿姆斯特丹市，一个在鹿特丹市，还有一个是代表北方各城市的。从理论上说，五个海军部都服务于同一共和国，而且，从一切方面说，他们共同对舰队负责，但是，他们却被地方主义的狭隘思想所缠绕，为政治上的权术所妨碍。
而荷兰与英国共有的问题则是，强征赋税以支持海军。荷兰省由于有三个海军部，因而承担着海军开支的巨大负担，付给海军的费用达到该省财政支出的百分之五十。荷兰及其他各省的公民需要缴纳一系列不堪负担的赋税以支付海军的款项。
荷兰的腐败状况，并不逊色于邻居的英国。1640年，阿姆斯特丹市海军部被一桩丑闻而震动了，海军部的财务官承认他贪污了几近20万荷兰盾的款项。以后，唐宁大使写信回英国说：“很少有人进入国会而不从中为自己敛聚财富，同时又被人收买的。”一位葡萄牙特使也写下了荷兰人收送贿赂的微妙办法。一个荷兰商人急欲获得另一个商人的照顾时，他就到这个人家中作一次社交性访问。在谈话过程中，葡萄牙人写道：“他好像是出于偶然，将一颗约值1000克鲁赛的宝石掉在一个孩子手中。”绝不会有人要这娃娃把宝石退还，于是贿赂就在和一个无知的孩子游戏的掩饰下，巧妙地完成了。
与佩皮斯的海军办公室的严谨不同，阿姆斯特丹市海军部的记账，完全是一笔糊涂账，非常混乱。国会反复要求将收支情况加以总结并报告时，海军部总是含糊其词地回答说“必需的资料不见了。”还有一件有关腐败的更为有力的证据：这就是居然任命一个出身高贵门第的15岁的孩子担任酬劳优厚的第一书记官的职务。当时这孩子还在校念书，所以就找了一个人顶替。七年之后，这孩子长成22岁青年时，才终于就任了这一挂名的职务。
不过，荷兰海军尽管有一切不足之处，但至少有一方面胜过它的英国伙伴。各海军部都尽力按时按合同付款——同时也付款给船厂工人和海员。这主要是由于荷兰人的费用低廉，以及造船师和售货商较英国的同行们所索的款项低百分之三十至百分之五十的缘故。虽有贪污存在，但却不存在像英国那样的批发商的大宗诈骗，荷兰人对他们新独立的共和国有较强烈的责任感。
荷兰水兵的工资也是微薄的，大致上和英国船员保持一致，每月不到30先令，但是按时、可靠的薪金发放，大有助于使荷兰海军具有吸引力。结果，荷兰人不但无需使用英国海军的那种天怒人怨的“抓壮丁”手段，志愿人员实际上还绰绰有余。这里所说的荷兰水兵不仅包括荷兰人，而且包括德国人和斯堪的纳维亚人，甚至还包括英国人。1651年至1665年间——包括两次英荷战争期间，阿姆斯特丹市的结婚登记册中有57.5%的新郎的职业为荷兰海军，他们都是外籍人员，其中，4%为英国人。
荷兰就是依靠这支多国成员组成的庞大海军，与英国人作战的。
在另一个重要的方面荷兰海军也是混编的，这就是舰队的上层指挥，这个层次的混编，却是有害的。七个互相竞争的省份坚定不移地认为，各自都应有海上代表力量。因而舰队出航时编成七个支队，每个支队又再分为三个分队，总数为21个——并拥有21名将领。英国的前中后三支队编制提高了战术机动性和指挥能力，而荷兰的七个支队则完全出于各省份的要求，减少了责任感，影响了工作效率。
这是一种使舰队难于协同配合的编制，其结果是各支队发出互相冲突的命令而产生混乱。在和英国的第一次战争中，荷兰拥有海军上将马登·特朗普，由于他英明练达，指挥若定，足智多谋，所以能将所有荷兰舰队统一起来。而另一位英雄米歇尔·艾德里安森·德·路特则要在下一次海战发生时才会出现。
到十七世纪六十年代中期，战争风云一天天迫近。英国海军局的书记官塞缪尔·佩皮斯在1663年行将结束时，在日记中忧心忡忡地写道：“我希望在战争爆发之前，我们能具备良好的条件。大家似乎都认为我们当前的条件胜过他们；至于我，则对此感到担心。”
是在相对的和平条件下与荷兰经商更为有利呢，还是从战争胜利中谋取利益更好，当时，被称为主战派的人们，声嘶力竭地叫嚷着战争，海军当然更是急于以自己的军舰与荷兰一战，急于作战以发展自己的战术。不断增长的战争叫嚣，使得查理二世左右为难。因为路易十四是荷兰名义上的盟友，对荷开战就意味着对法开战，但查理二世极不愿意对法国的路易十四挑起争端，但是，他的复辟又应归功于国会，而商人却和国会中的代表一起大叫战争。查理二世是一位精明的君王，他多谋善断，经过绞尽脑汁的一番思索，他竟然找到了走出这一窘境的途径。
和以前一样，荷兰与英国在海外殖民竞争中，不断发生摩擦。这时，竞争的场所已经不是东印度公司的香料群岛，而是新大陆和西非海岸了。查理二世及其大臣精心制定了一个立即可以一箭双雕的计谋，依照这个计谋，既可以夺得荷兰在海外的财富，同时，又可以刺激荷兰打响第一枪，使英国不担挑起战争之名。
1664年3月，查理二世把北美的大片土地赐给约克公爵詹姆斯。这片广大的土地由特拉华湾延伸到康涅狄格，包括英国在北美的许多殖民地，还包括了一块被称为“新尼德兰”的领地，这一领地属于荷兰并且已经殖民。詹姆斯作为海军大臣，于1664年派遣了一支海军远征部队去占领这个领地，此行的目的是向荷兰挑衅。远征部队做好了战斗准备，耀武扬威地驶向北美海岸，但是，在抵达离北美海岸不远的海上时，他们惊奇地发现，那里的荷兰人正处在一片混乱之中，荷兰的殖民者们一方面疲于应付那些愤怒的印第安人的袭击，一方面极为愤恨他们的总督彼得·斯蒂文森的专横统治。于是，英国舰队一枪没发，就完成了新阿姆斯特丹镇的易主手续，而重新命名为新约克镇（纽约）。
荷兰殖民者只希望他们的殖民生活不受侵扰，他们并不关心这一地方属谁，但是，本土的荷兰政府对这一问题却非常关注，他们的北美领土被英国侵占了，这场不流血的占领将他们朝向宣战推进了一步。
与此同时，英国人又忙着在另一个遥远的荷兰海岸——炎热的西非制造一系列事端。英国人霍姆斯夺取了荷兰在黄金海岸的堡垒。
荷兰人对于在西非的惨败深为愤怒。荷兰海军受命准备战争，下令向各省征收的新增的海军赋税，不得拖欠。对于英国人霍姆斯在荷兰在非洲各据点公然施行袭击的行径，荷兰国会要求进行一次惩罚性的远征以报仇雪耻，荷兰海军也跃跃欲试，决心复仇。
负责指挥远征非洲海岸的是全国海军统帅，58岁的米歇尔·德·路特。现在，他的年龄和十年前的特朗普一样，也是一位行伍出身，以海军为职业的身经百战的老战士。11岁时他就随当水手长的父亲去海上，年近30岁时成为舰长，37岁升为少将，他曾参加过对西班牙的战争，并不断地和各类海盗船、私掠船作战。在第一次英荷战争期间，他是特朗普的部下，1653年8月的斯赫维宁根海战中，他的旗舰“兰姆”号受重创，被拖回基地。
德·路特和特朗普一样，在各方面都表现为普通一兵，这就使他和水兵们亲密无间。
在尼德兰，对英国的愤怒持续增长。1665年2月22日，荷兰国会向查理二世及“皇家非洲公司”正式宣战。英国的预谋终于实现了。在荷兰的非洲海岸制造事端的罗伯特·霍姆斯被任命指挥有52门大炮的“复仇”号军舰。
两国于1665年初宣战，此时已近初春，英王御弟，海军大臣詹姆斯乘专用艇自伦敦下航泰晤士河，在“皇家查理”号舰上升起了海军大臣的将旗。5月，两支敌对舰队终于陈兵海上。
荷兰派遣了一支令人畏惧的无敌舰队：103艘大战舰加上30艘火攻船和交通艇。官兵共21600人，火炮4869门。他们本想等待米歇尔德·路特回国挂帅，因为只有他才能使所有争吵不休的将领们服从指挥。但这位名将正在非洲力图收复被罗伯特·霍姆斯占领的贸易据点。由于他不在，荷兰就任命奥布丹勋爵范·奥森纳尔为统帅。他也是一位经验丰富的海军名将，在荷兰海军中的地位仅次于米歇尔德·路特。他的将旗悬挂在装有76门大炮的大舰“恩德拉希特”号上。在前次战争中荷兰人建造小型舰的原因，已经不复存在，现在的荷兰海军中大舰不少，荷兰省建造的两艘巨舰，分别装有76和78门火炮，现在，荷兰舰队的大多数舰都是装备了50至60门火炮的大舰。
1665年6月11日，在洛斯托夫特的英格兰东海岸，一大队浩浩荡荡的荷兰帆船舰队自水平线上出现。而英国的137艘大战舰，及其配备的21000余名官兵，随着英国海军大臣詹姆斯的信号，同时起锚扬帆。英国舰队驶离海岸，迎着强大的海潮，排成5公里长的纵队。火攻船和交通船也进入战位，它们跟随在庞大的旗舰身旁。
查理二世的表兄，海军上将鲁珀特亲王，乘坐在装有78门炮的大舰”皇家詹姆斯”号上率领着前锋支队。海上统帅约克公爵詹姆斯则乘坐装备78门炮的大舰“皇家查理”号，率领中央支队。舰队上校威廉·彭恩爵士与詹姆斯同舰，他的新职责是将公爵的意图用信号、旗语发布。桑德威奇伯爵蒙塔古乘坐“太子”号，率领后卫支队。这艘巨舰仍然令人望而生畏，它装备有86门炮，为双方舰队中的最大舰。在英国舰队的大战舰中，有20艘是58门至76门火炮的大型舰，皆属同一型号，它们在以后的两个世纪中，在蒸汽机出现之前，一直为制海的战斗主力。据统计，英国舰队共有4192门火炮，较荷兰舰队少677门，但英国舰炮大多数为大口径炮，射程较远。
两天过去了，这两支庞大的舰队在互相接近。风吹向大陆，荷兰人占天时之利。奥布丹勋爵本应趁此时机御风急驶，向英国人发起攻击，但他没有，他没有发出任何信号。无论在荷兰或英国，人人对此都感到奇怪，究竟为什么他观望不前，没有人知道他是怎么想的。
6月12日夜晚，风向一转而向西南，奥布丹的时机已不复返。因为此刻英国人占着上风。
这时急躁情绪扰乱了双方的战斗队形。许多荷兰舰长不顾队形，顶风冲向敌舰。英国人在逆风中已经行驶了两天，几次抢风调向之后，也不严格遵守命令了。桑德威奇对此极不满意。
6月13日拂晓前，响起了第一声战斗的炮声，两支舰队相对航行。每艘舰都在经过一艘敌舰时发射炮弹，然后停射，到下一艘出现时再射击。殿后的舰只不得不在漫长的等待之后才能投入战斗。在第一次战斗航次后，双方舰队掉转航向，再进行第二航次的战斗。风不大，双方纵队是这样长，以致再次交手，所费时间竟然将近5小时。
这样的战斗消耗大量弹药。只不过是大轰大鸣一阵而已，而且可能就此持续几天而不能决胜负。双方舰队都认识到了应该如何战斗。在第二个航次之后，英国企图在荷兰抢风转舵时也同样抢风转舵。但在硝烟弥漫和一片混乱中，又一场旧式的混战发生了。在纵队阵式被打乱时，双方将军们相互角逐，展开了一场个人之间的决斗，而各支队则紧跟在后面，挤成一堆，乱成一团。
午后2时左右，奥布丹率三至四艘巨舰，一艘接一艘地一齐向英舰袭来，达2小时之久，这时，海军大臣，约克公爵詹姆斯，率舰突出在队列外，勇猛非凡地迎战奥布丹。
在“皇家查理”号上，詹姆斯站立在下甲板，一串连续射来的炮火准确地把他的扈从们打得粉身碎骨，和第一次英荷战争中英国的海上统帅理查德·迪恩牺牲时的情形完全一样。詹姆斯身上被他们的鲜血染红了，他本人的一只手也被一块飞来的头盖骨打伤了。
双方主帅的决斗，以詹姆斯的“皇家查理”号击中荷兰巨舰“恩德拉希特”号的火药舱而令人惊骇地停止了，荷兰巨舰的爆炸声可闻于60英里之外的海牙。409名舰员中，仅5人获救。奥布丹也一命呜呼。
大无畏的荷兰人仍然继续战斗，巨舰“奥兰奇”号上的舰员力图登上约克公爵的“皇家查理”号，遭到英舰“玛丽”号，“皇家凯瑟琳”号和“埃塞克斯”号的夹击。在这场力量悬殊的战斗中，“奥兰奇”号在遭到严重的伤亡后被俘。“该舰大量官兵被俘，舰只受伤严重，没法从海上拖回，在将舰上的人员带出后，就把它烧毁了。
荷兰主帅奥布丹勋爵范·奥森纳尔阵亡，使得战局发生转折。将领过多的荷兰舰队产生了混乱。地位仅低于奥布丹的是具有长期海上经验的詹·埃弗森。但埃弗森是泽兰省的将领。而5个海军部出于自身政治上的理由，曾作出规定，如果奥布丹牺牲了，荷兰省的资历较浅的将领埃柯特纳尔应该接任指挥的职务。但是埃柯特纳尔在作战刚开始时也已身负重伤了。他虽然活着，舰上仍旧挂着他的将旗，但指挥却由他的第一副手范·史汀斯特拉负责，而此时，他正在撤出战斗。埃弗森一见他撤出，就立即升起了帅旗。而柯尼利斯·特朗普——杰出的马尔登·特朗普的儿子也升起了帅旗，因为他不愿屈从泽兰省指挥官的命令。
三艘大舰同时悬挂帅旗，使得荷兰人无所适从。大多数荷兰舰长都认为埃柯特纳尔大舰的撤退是脱离战斗的信号，因此各舰纷纷撤退，陷入一团混乱中。
四艘荷兰战舰在忙乱中撞在一起，当一艘英国火攻船机智地闯入并施以火攻时，它们彼此纠缠，脱离不开。另外三艘荷兰舰也互相撞得燃烧起来。还有三艘战舰受了重创向桑德威奇投降。桑德威奇接受了它们的投降并打算把它们留作战利品，但一艘过于积极的英国火攻船，也可能是看错了信号，却冲过来把它们焚毁了。桑德威奇写道：“对这一残忍的举动，我们极为憎恶，这与基督徒极不相称。”无疑这是他对失去奖金的惋惜。火攻船船长由于攻击已经降旗投降的敌舰而被军法从事。
黑夜降临了，荷兰人全面撤退。英国人组成战斗纵队，随在旗舰“皇家查理”号的后面，向着荷兰海港追去。
但英国人没有能够再截住荷兰舰队。因为在白天战斗结束后，詹姆斯睡下了，由彭恩在舱内指挥这一追逐。而在詹姆斯熟睡时，威廉·布龙克尔伯爵向彭恩宣称公爵命令减缓速度。
彭恩大为惊异，但他没有唤醒詹姆斯询问这一命令的由来。他按命令执行。随后，舰队全部军舰也不得不照此行事以保持战位。公爵醒来时，走出来到下甲板，看见舰只行速缓慢，似乎很惊讶，一切追上荷兰舰队的希望都落空了。他就此问题询问彭恩，彭恩则查问布龙克尔，而布龙克尔无言可答。公爵否认作过这类指示，但他既没有惩罚下达这一命令的布龙克尔，也没有惩罚服从这一命令的彭恩。
