舆论认为，詹姆斯的随从们，对军事一窍不通，对战争厌倦，胆小怕死，如果没有他们的干扰，当时战争就可以一劳永逸地结束了。战争已经给荷兰人带来毁灭性的失败：他们至少损失了5000官兵，约30艘舰只和3名将领。英国人只损失两艘舰，约800名官兵。荷兰实在不能再战了。
荷兰人侥幸逃回国内。尼德兰国内，怨气冲天。三名舰长被枪决，三名被放逐；三名降级并自海军除名。小特朗普希望任统帅之职，但这个职位要等待自非洲返回本土的米歇尔德·路特来担任。因此小特朗普怒气冲天，后来，他以行动向米歇尔德·路特发泄了他的极度愤懑。
与此同时，在英国，王弟詹姆斯已经赢得胜利，满足于已有的荣誉，回汉普顿宫休息。查理二世任命桑德威奇为统帅。
7月27日，桑德威奇率领舰队向北行驶以搜寻一支荷兰“东印度公司”的船队。据报这个船队已到挪威海岸，绕道返航以避开英国人。而荷兰的米歇尔德·路特已于8月6日返回荷兰。8月18日他又以荷兰海上统帅的身份再度出海，受命护卫首途回国的“东印度公司”的船队，如果有可能就截住英国人。
两支作战舰队以近1个月的时间，互相寻找，找遍了整个北海，远至设德兰群岛 。桑德威奇找不到米歇尔德·路特。
9月13日，风暴过后，桑德威奇和他的舰队的艰苦之行终于获得了报偿。在一场暂短但极为猛烈的战斗后，他们俘获了头一天被狂风吹离荷兰舰队的两艘“东印度公司”的商船和四艘战舰。只有装有22门炮的“赫克托”号被对方击沉。由于找不到敌方商船的大船队，桑德威奇继续搜寻。第二周，在最后决定将战利品带回泰晤士河之前，英国舰队又俘获了四艘战舰和一些商船。
但是好事变成了坏事。这成了一场代价极为高昂的胜利，桑德威奇本来应当将俘获物上交“战利品委员会”，但他不愿等候“战利品委员会”对战利品冗长而乏味的处理，于是他打开货舱，把大部分财富分给了舰队的舰长和他的友人。桑德威奇胆大妄为，竟将大量财宝卸在内河行走的小商船上，由它们直接送到他乡下的庄园。
如此明火执杖，即使在习惯于贪污和盗窃的那个年代，也未免过于恶劣了。英国舆论哗然，最后不得不解除桑德维奇海军上将的职务，派到国外去充当驻西班牙的公使。因此英格兰又失去了一位海军将领。鲁珀特亲王奉召前来，补任此缺。当他率领舰队出征时，在前头遇到的是重新武装的强大的敌人，在身后则是一个更凶恶的敌人：瘟疫！恐怖的黑死病！这些疾病从4月开始流行。这一次，它赦免了欧洲大陆，却蹂躏着伦敦。
整个英国海军官兵，特别是伦敦官兵，这一年来在航行和作战中忧心忡忡。因为他们的家人比他们自己更为危险。伦敦在1665年下半年成了一座死亡之城。一切有办法的人都逃往乡下去了——几乎人人如此。塞缪尔·佩皮斯虽不是出于英雄行为，但他却是少数几个有意冒瘟疫之险的人中间的一个。他送走了妻子，自己仍旧留守在海军局的岗位上。
1665～1666年冬季为人们带来了暂时的喘息。无论战争还是瘟疫，在冬季都不那么令人恐怖了，英国人利用这段时间重新加强、装备和补充舰队——费用是大量向英国“东印度公司”借贷的。而荷兰则以1100万盾建设了一支新的舰队。100万盾也是来自荷兰的“东印度公司”。这个冬季荷兰还获得一个同盟国。1666年1月，法国人决定赏面子同荷兰签订一项协定，向英格兰宣战。法国本来是个半心半意的盟友，尽管法国有一支海军，但在战争到来时却没有发一枪一炮。不过，它的海军却给英国带来了一场惊扰，在那一场为时最久、战事最烈的战役“四日战争”中，它引起了英国战略上的错误和失败。
冬尽春来，鲁珀特亲王和阿尔比马尔公爵登上现在装备着82门火炮的巨舰“皇家查理”号，以指挥驻在肯特海岸外，停泊在当斯的80艘大战舰，迎接新的战斗季节的来临。
荷兰的德·路特也作好了准备，荷兰舰队的85艘大战舰，从来没有像现在这样的团结一致。
英国正在准备战斗，忽然接到情报，说有一支有36艘战舰的法国舰队从地中海驶出，已经抵达英吉利海峡口了。英国人决定把舰队分为两路，鲁珀特亲王乘有装备78门火炮的“皇家詹姆斯”号大舰，率三分之一的战舰直下海峡，迎战法国人。留下三分之二兵力给阿尔比马尔以追逐荷兰人。
这是一个历史性的错误决断，英国人不是以强大的舰队全力迎战，而是将它一分为二，分兵把口。而进一步的错误还在继续。
英国人很快发现情报有误。这一支不明的舰队不是法国的，而是西班牙的，它并没有从海峡向英国靠近，而是在葡萄牙海岸专心致志于自身的商务。这一消息立即派人传给鲁珀特以召他返航。但在惊慌失措中，这一消息没有以专邮传递，却交给了普通驿车，一周后才传递到威特岛海岸之外鲁珀特本人手中。
这时，阿尔比马尔已探明德·路特及其85艘大战舰的航迹，并决定以自己的56艘大战舰，不顾众寡悬殊地出海迎战。
阿尔比马尔与荷兰人战斗了三至四小时之久。数量占据优势的德·路特把阿尔比马尔逼得走投无路。英国人不得不改变航向，他们前面是陆地，后有追兵，唯一的航向是掉转头朝向来时的方向。于是他向舰队发出了全部军舰掉头的信号。在荷兰人猛烈的交叉火力的打击下，每艘英国舰都受了损伤。三至四艘战舰被迫脱离纵队，立即成了荷兰人手下的牺牲品。
具有多年海战传统的强悍的英国海军，即使是落于被动，也仍然有奇迹出现。有65门火炮的大舰“亨利”号，是约翰·哈曼少将的旗舰。这艘舰被包围时，受到了荷兰战舰四面八方的轰击，荷兰人力图摧毁它，“亨利”号被打瘫痪了，帆缆索具搅成一团。荷兰人当即派出一艘火攻船钩住它并焚毁它。“亨利”号上的一名上尉跳上火焰腾腾的火攻船设法松脱了全部铁钩，然后无损地跳回本舰。
荷兰人又派出第二艘火攻船，自另一侧钩住“亨利”号，将它的帆引着了火。这一举动使舰上一片混乱，约50名船员越舷跳海，这时哈曼抽出剑，在甲板上急跑，并威胁说，如果再有人企图离舰就要处死。于是舰员们重整旗鼓。正在少将将火势控制住时，一根大桅倒下，打断了他的踝骨。
一名荷兰将领乘一艘攻击舰驶向这艘已经不能动弹的英舰，呼唤哈曼投降。但哈曼高声回答道：“还不到投降的时候。”他放出一排舷炮，打死了荷兰将军。这一行动挫伤了荷兰人的锐气。他们停止了射击，离开英舰，想让受重伤的”亨利”号在海上自生自灭，估计被打成这样，也支撑不了多长时间。但是在英国水兵们那种令人惊叹的力量鼓舞下，“亨利”号上又升起了应急风帆，硬是将军舰驶回英国的哈威奇港。在港口，水兵们将伤员送上陆地后，又回舰修理，使它重新加入战斗行列。次日黄昏，它令人难以置信地作好了准备，哈曼带着打坏了的踝骨，将“亨利”号驶到海上，重新参加战斗。
第一天交战结束时，阿尔比马尔统计了他的伤亡数字。他发现56艘舰中只有43艘还可以战斗，就是在这些可以作战的战舰上，也有许多人牺牲了，许多人痛苦的呻吟着躺在下甲板上。
晚上，阿尔比马尔召集舰长们举行了一次作战会议，作了一次值得纪念的讲话，他说：“我们的舰数与敌人的相比较虽然处于劣势，但我们在其它方面却占有全面优势。要使敌人知道，我们的舰虽然分散，但我们的士气却很高。即使情况最坏，我们一同勇敢战死，也比落在荷兰人手中受羞辱要光荣。战败是战争的命运使然，而逃跑则是懦夫的行为。”
次日，他们与荷兰舰队重新开战，荷兰舰队仍旧拥有80艘大战舰——双方几乎是二与一之比。这是一次优良战斗作风的表演，它甚至博得荷兰人的赞扬。他们的伟大政治家约翰·德·威特在以后说，“我们自己的舰队也决不会在第一日战斗后，有这样好的表现。荷兰人已经认识到，英国人可能被杀，战舰可能被焚，但英国人的勇气却不可战胜。”
不过，勇敢归勇敢，但是，次日在力量悬殊的情况下进行的战斗中，英国战舰虽然没有被击沉，但许多舰只都被打残了。夜幕降临，阿尔比马尔可以凭借的仅只是还能作战的十六艘大战舰，而荷兰却仍然是接近八十艘大战舰。荷舰虽然也受到了重创，但荷兰舰在数量上毕竟始终占着优势。英国人再这样战斗下去，等于自杀。阿尔比马尔开始将战斗引向英国海岸。
虽然风力减弱使行动困难，但阿尔比马尔指挥得当，调度有方。受重创的舰只驶在前面，16只还能作战的舰只在后面组成保护队形。荷兰人紧迫不舍。两支舰队缓慢而艰难地朝北，向泰晤士河口行驶，荷兰人不时试图突破英国舰队的屏卫。
第三日午后，另一支舰队出现了，它们下驶至多佛海口西南。阿尔比马尔认为它们可能是鲁珀特赶来救援的，但也可能是法国人驶来帮助荷兰人歼灭他的。
午后的一段时间里，人们心神不定，焦躁不安。最后，薄暮前，才辨明是鲁珀特的舰队。但是，英国人还来不及高兴，就又出了问题，英国舰队开始向鲁珀特他们靠拢，这时却由于领航员的无能发生了错误，皇家查理号撞在沙洲上，另几艘也搁了浅。太子号是舰队最大的舰，吃水最深，一下子就搁浅在上面了。其余舰只都设法离开了沙洲，惟有该舰仍单独搁下，其他舰不敢留下来援助它脱险，惟恐更多的巨舰会搁浅。
巨舰“太子”号在五十六年的服役期间，曾经经历了十多次严酷的战斗而幸存下来。它重新装备了九十门火炮，较开始时多二十六门。它的搁浅对于力量已经削弱了的舰队说来，是莫大的损失。荷兰人围住它，毫不留情地袭击它，舰上的英国人投降。小特朗普相信他能将“太子”号拖出沙洲，作为战利品带回国内，但是，德·路特则认为这时正需要与另一支英国舰队作战的时候，不能浪费时间，因此坚持必须焚毁该舰。因而该舰火药舱被点燃，在一阵雷鸣般的爆炸声中毁灭了。
鲁珀特亲王此时带着自己的24艘战舰加入了阿尔比马尔受创支队的行列。在后撤时，17艘受创的战舰已被修复，仍可作战。阿尔比马尔因而自己已拥有33艘战舰。再加上另有三艘自泰晤士河驶出的战舰，使英国舰队舰只增至60艘。阿尔比马尔登上鲁珀特的旗舰“皇家詹姆斯”号，召集了一次会议。他已经精疲力尽了，全舰队的官兵在三天作战，三夜修船之后也是疲备不堪。但是鲁珀特支队却是一支生力军，他们对于驶回海峡的行动，深以为耻。两位海军将领都同意，虽然他们在数量上大大少于敌人，但应该再次战斗：这是最后一次挽回面子的机会。
荷兰人也已精疲力尽，完全应该从胜利到手后撤出来。但是，日出时，荷兰战舰向英舰疾驶而去，战斗重新开始了，双方猛烈射击，大量人员伤亡。
舰队开始投入战斗时，决心排成纵队迎敌。但是在强劲的西南风中，受伤战舰上那些精疲力尽的舰员们却无法保持队形，四面八方，炮声隆隆，又出现了一场混战。战斗极为艰苦地延续到午后四时，英国的战舰开始向英国海岸撤退。雾霭愈浓，海上已经黑了，荷兰舰队没有迅速追逐英舰，他们完全和英国人一样，苦于再战，极愿意脱离战斗。天赐大雾，双方已战至不能再战了。他们急需找到体面的借口以休战，大雾确助了一臂之力。
伦敦得到了错误消息，把战败说成获得了光荣胜利，说荷兰人大败而逃。
英国人全被这一胜利消息激动了，海军大臣詹姆斯带着这一消息去找查理二世，查理二世去了大教堂。宫廷沉浸在狂喜中，上下一片欢腾。街头巷尾，人们升起狂欢的营火。
次日，真实情况传来，由于错误的庆祝而使人们陷入更深的沮丧中，战争的失败似乎更使人觉得不光彩。他们发疯似地寻找替罪羊。大多数舰长及其他许多人都谴责阿尔比马尔。而阿尔比马尔却归罪于舰长们。但没有人敢指责查理二世或海军大臣詹姆斯，这一切的根源，本来出于他们战略上的错误，是他们下令分兵作战的，从而削弱了皇家海军的力量。海军中唯一没有受责备的是水兵，这些典型的英国水兵，他们一如既往，坚强不屈，顽强战斗。
毫无疑问，胜利属于荷兰人，但很难说是决定性的胜利。八十艘战舰的英国舰队，虽然受伤严重，但仅有四艘由于作战受创而损失。另有六艘被俘。荷兰一方，八十艘战舰中，损失四艘。
两军人员的伤亡远比舰只更为严重：英舰中两名将军与十二名舰长阵亡，约二千五百名水兵或死或伤，另有二千名被俘。荷兰方面则有三名将军，二千五百名官兵伤亡。当然，双方都对战舰看得比人员更重要。双方知道，必将进行另一场战争，而且战争即将到来。
那些年代，木船修复之迅速，令人惊讶。英国舰队的战舰几乎都受了损伤，大量战舰需要完全更换新船桅、缆具、风帆。然而只用了六周，舰队就作好了出海准备，投入另一次战斗。荷兰人则更快一些。
由于战争结束于泰晤士河河口，因此绝大部分维修任务都由座落在梅德威河的查塔姆船厂承担。这个船厂延伸到泰晤士河口的南岸。这儿有可供造船、维修之用的干坞，有放置在敞棚中用以进行干燥的成堆木材，有自河中飘送来的可用于船桅及帆桁的大圆木，它们贮积在池塘中。还有锯木厂、铁工场、制帆棚以及长达四分之一英里的制绳索的走道。在这里，人们在机械上用手摇制各种规格的绳缆。这儿还有各类航海技工，他们许多人对舰船的一切了如指掌。负责这个船厂一切事宜的是菲尼斯的儿子彼得·佩特，他的职称是总管。
工人们的工资已经拖欠了一年多。使人惊讶的是，他们却完成了全部任务，每当被打得遍体鳞伤的舰只随着海潮成队地蹒跚航来时，这些因未付工资而不满的船工们却能通力合作努力完成任务。
在这紧急时期，新舰的建造已经停工了，一支技术人员的队伍——可能总数达1000——投入了维修工作。每艘战舰都有自己的木匠、缆工和制帆人员。每名水兵都懂得怎样接绳，拼板以及给漏水处捻缝。每个人都了解，北海彼岸的荷兰人也正在有效地做着这同样的工作，一旦做完，他们就立即驶返海上。
查塔姆的狭窄河道中，舟船穿梭来往，装载着人员与物资送上锚泊中的战舰。在舰上的吊架下，将桅杆的残桩吊出，并在原处换上新桅。一伙伙人攀附而上，在桅上重新安好索具。岸上的制绳走道内，机械咣啷作响，拧制成英里长的绳索。在制帆工棚里，有耐心的人盘腿而坐，用棕绳和针缝帆布。声音最大的莫过于木匠、捻缝工、铁匠的槌击声。最后，一艘接一艘的舰只扬起新帆启锚，顺流而下，又组成一支舰队。
英国的88艘大战舰，由鲁珀特和阿尔比马尔联合在“皇家查理”号上指挥，当德·路特于7月22日率领89艘大战舰越海而来时，他们正等在泰晤士河口。三天来，双方舰队在埃塞克斯岸外的潮涌中随波逐浪，等待更利于作战的天气。双方都不那么急于在劲风中作战，疾风大浪曾经搅乱了上一次战斗。
7月24日，海上起了一阵轻微的北风，双方战舰都向公海驶去。次日，他们在海上遭遇了。这一天是圣·詹姆斯节。
英国称这次战斗为“圣·詹姆斯之战”。这次战斗，历史上第一次有一位目击者——詹姆士·皮尔斯，舰队中的医官——绘制了一系列作战现场序列图。它们质朴地表现了从战斗一开始即采用的古代战术：双方舰队均逆风换抢，列成纵队航驶，直到两舰队的先头舰进入射程内时，纵队才相互可见。
上午10时，响起了第一排舷炮，双方的前锋支队不久即相互猛烈射击，双方一字排开向东驶，每艘舰都与自己相对的舰决一死战。1小时后，两支中央支队进入战斗，德·路特乘坐装有80门炮的巨舰“泽文”号，鲁珀特和阿尔比马尔乘坐装有82门炮的巨舰“皇家查理”号。荷兰后卫支队由小特朗普率领。当他进入射程时，突然率队改变航向，向右航行穿过英国纵队。这一行动使得人人惊讶。每个人都认为，他采取这一行动的唯一原因，是出于对德·路特的抗拒，要求独立进行作战。德·路特茫然无措，极为愤怒，因为当荷兰正在追击英国人时，殿后的三分之一的兵力却背道而驰，脱离了战斗。
荷兰舰队与他们的足球队一样，不团结，各行其是。
不久，战事立即发展为万炮齐轰的决战，英国人处于优势。英国在第一次荷兰战争中颁发的严厉的海军纪律守则，由佩皮斯制定的较严格的初级军官遴选制度，加强训练的规定，以及与荷兰的多国籍混编的官兵队伍完全相反的单一国籍的英国官兵队伍等，这些，都有利于构成英国炮火的优势。英国炮手装弹快，射击较荷兰对手准确。同时，他们还具有另一种优势，这就是他们拥有较多的发射33磅和48磅重炮弹的火炮，它们可以在远距离射程给对方带来巨大的破坏。在英荷第二次战争中，在以双方各自纠缠进行混战为特点的初期战斗中，这些优势在某种程度上确无用武之地。但到此刻，在炮群齐射的单列纵队作战的规范的战术中，这一优势则大为有利，英国人在炮火上的优势取得了明显突出的效果。
荷兰人虽具有超人的勇敢精神，但在炮弹直接命中的打击下，他们迅速被挫败。到中午，参战两小时后，荷兰前锋支队的七名将军中就有三名阵亡。支队的各舰都被打残了。
英荷两个中央支队在战斗中旗鼓相当，势均力敌，荷兰的中央队由德·路特率领，舰长和官兵为他的勇气所鼓舞。“皇家查理”号被荷兰人打成重伤，鲁珀特和阿尔比马尔不得不换乘旗舰。他们乘划艇登上“皇家詹姆斯”号，这艘拥有七十八门炮的大舰仍处于良好状态。曾在“四日之战”中作战突出的“亨利”号，再次表现突出。这次，该舰由火爆性格的罗伯特·霍姆斯——他曾因掠夺非洲海岸而声名狼藉，现封为霍尔斯爵士——指挥。该舰与德·路特的旗舰作战，进攻凶狠，打得“泽文”号的船桅全部断落，不得不升起应急桅帆，掉头而去。
到午后，双方都遍体鳞伤，精疲力尽不能再战。双方总共约有60艘舰，难解难分挤成一团，无法控制地随波逐浪向南飘流。在支离破碎的舰船上，那些还活着的舰员竭力挣扎，使舰只保持航行。到晚上，英国战舰努力排成一个不整齐的纵队，再次投入战斗。德·路特也重组支队，以伤势不重的战舰组成防卫阵形，正像“四日之战”中阿尔比马尔曾经用以护防受重创的战舰回港时的情况一样。战斗延续了一整夜，打得乱无章法。荷兰两艘巨舰被弃，被焚毁在海上。英国人继续追击，直到天明，才发现舰队已经驶近荷兰海岸外的海峡浅水域。英国人由于没有能干的领航员，终于停止了战斗。
这一天，在远方水线处，鲁珀特和阿尔比马尔看到了小特朗普的支队。小特朗普从一艘交通艇得知，他的支队离开舰队后，舰队的其余舰船已被打得一败涂地。而这时他在大获全胜的整个英国舰队面前，独自在海上完整无恙地出现，是由于得到浅水海域的庇护。
现在轮到荷兰人自己相互攻击、强烈指责了，德·路特指控小特朗普不服从指挥，未经命令即脱离主要战斗序列。小特朗普则给予反驳，指控德·路特没有能保护舰队中被歼灭的前锋支队。双方都表示不能再和对方共事。但小特朗普的错误极为明显，因而被撤职。
受创的荷兰舰队在驶入本国港内而隐没之时，鲁珀特和阿尔比马尔已经大获全胜了。他们已经把“四日之战”中蒙受的奇耻大辱回敬给荷兰了。英国人只损失了一艘战舰，两或三艘火攻船，虽然有五名舰长阵亡，但总共伤亡不到三百人。荷兰人损失了约二十艘战舰，或被击沉或被焚毁。约七千人伤亡，四名将军阵亡，舰长牺牲的数字不能确定。阿尔比马尔和鲁珀特全面控制了北海，他们利用这一霸主地位大获其利。他们的舰队洋洋得意地在北方沿着荷兰海岸行驶，捕获商船，威胁沿岸市镇。
到此时为止，英荷之间的战争全部都发生在海上，双方都没有一兵一卒在敌方的海岸登陆。这时，英国决定袭击弗利兰岛上的小村庄。据说这个岛上有大量的政府储备。他们挑选了当初在荷兰的非洲海岸夺取堡垒的罗伯特·霍姆斯领导这一行动。
霍尔姆斯受令劫夺和焚毁市镇并带出“上等居民”——指那些看起来像有钱有势的人。但不得以暴力侵犯妇幼，也不得侵犯下层居民，抗拒者例外。但是，霍姆斯进入弗利兰和特尔谢林之间难以通行的航道时，发现前面有更有价值的目标：这目标就是数不清的船桅。在特尔谢林后面的锚泊地上泊满了商船。
霍姆斯乘上一艘改装了的游艇“方方”号(为鲁珀特所有)，大胆地在白天驶入港口，两艘快速舰及五艘火攻船随行。同行的还有一些小的双桅船和划艇，载有数百名官兵。
两艘荷兰的小型舰勇敢地迎战。但其中一艘被快速艇钩住，并被放火烧了。另一艘在泥滩中搁了浅，一艘英国的火攻船冲向搁浅的荷兰战舰，火攻船将小型舰点着火燃烧起来。
这时，港口的商船队的船员夺路乘小船逃生，岛上居民也乘小船逃生。几百艘小船发疯似地急急向弗里斯兰海岸划去。霍尔姆斯也将他全部的小艇派出，命令他们不是抢劫，而是摧毁商船队。商船队在那片划定的有限的锚地里紧紧靠在一起，此船延及彼船，直到全部商船烧成一团为止。这时，就是在海上的舰队也能看到团团烟雾。究竟有多少船只在这一天遭劫，没有准确的数字。据英国官方统计，为150余艘，荷兰承认至少有114艘。多少年后，英格兰仍不忘这场大火，称之为“罗伯特·霍姆斯之火。”
从财政方面来看，这个下午给荷兰所造成的损失，超过了英国舰队在整个战争中给荷兰造成的损失。霍姆斯还不罢休，他在烟雾弥漫的港外等候了整整一夜，当黎明时分，他下达命令：全部小艇离舰，载人员爬上岸，向弗利兰小镇中心前进。镇上绝大多数居民已经逃走。水兵们这时大肆劫掠。他们穿堂进屋，洗劫财物装满全身，抢劫的财物多得大多数人几乎因走不动而不能返舰。当然其中许多人是因为酒醉熏天。霍尔姆斯见部下这样长时间进行洗劫，迟迟不肯返航，于是这个野人带着后续部队，放火焚烧房屋，将部下赶出村来。即使如此，在最后一批小艇离岸时，那些仍在岸上的懊恼和醉酒的人的哭喊声还可以听到，一些小艇不得不划回岸去收回最后的掉队人员。
消息传到伦敦时，街头巷尾点起营火，以庆祝焚烧商船的胜利，伦敦塔也鸣枪致庆。焚船，属于海战中无可指责的行动。但是，一些人却对于焚烧市镇之举于心不安。此举确是师出无名、无端挑衅。而且，霍尔姆斯并没有焚烧指定的市镇——弗利兰岛上设有政府仓库的市镇，而是将特尔谢林镇烧了——这里并没有政府仓库。在人们心中有这样一种不安的情绪：恶有恶报，如此野蛮的行为总有一天会受到上帝或荷兰人的惩罚。
德·路特再次率领修复的舰队出海。在“圣·詹姆斯之战”中他被迫退回基地后，为时还不到三周。然而，在冬季到来之前，两国没有交战。两支舰队再次遭遇时，是相遇在法国海岸外。但是海上刮起了暴风，双方不得不奔逃躲避。德·路特躲到敦刻尔克。英国人躲到朴茨茅斯。在他们驶往锚地的途中，小艇自岸上送来了震撼全国的消息：伦敦大火。
从1665年春天开始，伦敦流行着严重的瘟疫。自从1348年的黑死病以来，还没有哪次瘟疫造成如此深重的灾害。在瘟疫最严重的时期，伦敦仅仅一个星期就死了7000人左右。王室撤到索尔兹伯里，把首都交给蒙克看管，他在任何艰难危急的局面中都能够镇静自若。丹尼尔·笛福在《大疫年日记》中生动地展现了这场瘟疫的可怕景象。
1666年9月，突如其来的一场大火吞没了备受痛苦的首都，结束了瘟疫的最严重阶段。大火是在伦敦桥附近一条挤满木板房的小街燃起的，它借着强劲东风的成势，熊熊地燃烧了整整四天。
大火吞没了整条整条的街道，它最后在商业区的城墙外面停下来时，已经烧毁1.3万多所住宅、89座教堂和圣保罗大教堂。堆满贸易物资和军用物资的仓库毁于大火，作为政府收入的重要来源的烟囱税款也化为灰烬。另一方面，大火也消灭了瘟疫。
人们毕竟勇敢地担起了重建伦敦的重任。在旧圣保罗大教堂的废墟上，雄伟的新圣保罗大教堂拔地而起，至今仍然巍然屹立着。
很多人认为，1666年的伦敦大火，是上帝对焚毁尼德兰无辜的特尔谢林小岛的行为所给的报应。如果这种看法正确，那么这一报复实在令人畏惧。这场大火，对英国来说，是灾难性的影响。它促进了英国海军财政上的破产，在即将到来的紧要关头的月份中，是造成海军不堪一击的一个重要原因。
估计死者的数字高达4000。物资损失的数字也很惊人。4天中，国王的商业中心——略小于一平方英里——已被焚毁：有1.3万栋房屋，87座教堂，44个手工场，几尔德大厦，皇家股票交易所和海关大楼、医院、图书馆、监狱。损失在800万～1000万英镑之间，超过两次与荷兰作战的全部费用。
这场灾难的余波，延及数月之久，对整个英格兰所产生的影响，也是如此。人们并不相信火灾是由事故引起的。认为它既是上帝的惩罚，也是叛国者的阴谋。越来越多的英国人断言，他们认错了作战的敌人，海军大炮最应该对准可恨的法国人。
因此，随着反法情绪的不断高涨，对荷作战的问题越来越认为值得认真商议。而更主要的是由于战争使财政陷入困境，随着这场火灾，英格兰面临破产的威胁。
第二次荷兰战争的头两年，英国耗资已经超过300万英镑。查理二世通过议会已经为此增收了土地税、关税和货物税近200万英镑，但是仍有大量未付账单的赤字，和越来越难以应付的债主。
1666年战争季节临近之时，英格兰面临的问题是，如何为1667年的海军筹措款项。国会已经明显地不能胜任这一任务，查理二世曾寄希望于向伦敦的商人和银行家借贷。但是，一切都在大火灾中毁灭了。即便从他们的商行、私人行会、船舶和同业公司的灰烬中去扒找，也借不出一文。无论如何，海军的资金还得由国会筹集。而国会，同那些债主们一样，对海军的偿还能力却越来越不放心了。
9月份以前，佩皮斯一夜复一夜地坐在他办公室桌前为应付国会的查询而准备海军的账目。但是，无论他怎样审慎地计算，也不能掩盖海军开支中近100万英镑的欠款，以及无法为被诈骗而无处查找的款项列账。10月，佩皮斯在国会的“公众查账委员会”上作答，对付了委员们的质询——他之所以如此顺利，是由于在此之前他机智地避免了一次喜剧性的错误，当时，他在宫廷门外等候查询，他曾经把一本机密账簿交给威廉·彭恩的小厮——他发现小厮将账簿递给了下议院的门房。由于办公室的一切公事都在那些收支账簿的单据中坦露无遗，因此佩皮斯心情极为紧张。然而，即使在这些主持公道的大堂上，也抗拒不了那种诱惑，佩皮斯还是向门房递上了门包，之后，终于将账簿要回来了。
以后，在国会议员的盘查之后，佩皮斯记述说：他“轮番向他们作答，比我所预料的好。”这次的收获是国会通过了国王提出的另一笔一百八十万镑的款项。但是这笔款从哪里来？一场大火使商业瘫痪，政府岁入少得可怜，而且需要用于其它项目的开支，包括重建伦敦。只有一项提议获得国会的赞同：这就是由全国各户——按烟囱数纳税之户——一次付出为期八年的整笔税款，此后可以免纳赋税。
但这也需要时间，而这时的海军，却处在债主登门、没有钱应急的情况下。一位将领向海军局乞求支款“以平息人们的哭喊和急躁，特别是他们的家属、尖嘴利舌、撒泼纠缠、犹如巫婆。”但他的乞求还是无效。由于没有钱维修舰船，致使待修船上成千上万的水手被解了职，许多水手一年多没有领到一文薪饷，当局确实没有钱发付。他们及他们的家属，连同已被解职的伤病员，都处于饥饿中。仍然留在海军服役的人，牢骚满腹，怨气冲天，抵触情绪不断增长。佩皮斯1月2日写道：“上帝怜悯我们！没有人员我们就无法调动舰只，而没有经费我们就无法获得人员。每天都向我们报来有关水兵们造反的新消息。”
“造反”一词可能不确切，但发生的事件很像罢工。水兵们不像通常那样采取暴力行动，只是坚决地拒绝再出海，除非发给他们薪饷。英国海军已面临绝境，欠债人对此早已料到，但水兵们——真正的债权人却被剥夺了债权。
查理二世面对这一切令人头疼的局面，却并不像人们所预料的那样紧张。在大火灾前，他就已秘密地派出试探和谈的人员去荷兰。而实际上在霍姆斯放火烧岛之前不久，谈判就已开始进行了。现在，国王的如意算盘是，在再次为装备海军以及在再次为夏季征募人员入伍而必须支付经费之前，应该达成和谈。他派出圣·阿尔班斯公爵，皇亲中的一位可以充分信托的人(可能是国王母后的情人)，去欧洲大陆打开和谈之门。
但谈判进行极为缓慢。到一月，特使们除商议和谈应在何地举行之外，毫无进展。
事实上，荷兰也同样盼望从战争中解脱出来，同样渴望结束战争。而且，荷兰对法国人比起对英国人来，更没有好感。与英国人一样他们也是新教教徒，命中注定与罗马天主教水火不相容。虽然已经结盟，但他们不信任路易十四，怀疑他有领土野心。现在应该是结束这场和英国人不分胜负，长期浴血的战争的时候了，应该是把注意力集中在陆地上潜伏的危机上的时候了。
4.深入敌后
荷兰人想和平，但荷兰人并不急于言和。他们还有能力支付官兵的薪饷和装备舰队，他们从他们的间谍那里，从国际上的朋友那里充分了解到，英国已经无能为力了。他们的元首约翰·德·威特是个足智多谋、精明强干的人物，他决心以实力地位进行谈判。他定计进行一次强大的突然袭击，要对霍姆斯制造的那场令人愤怒的纵火，给英国一次狠狠的报复，同时，也可以使荷兰人在谈判桌上处于强有力的地位。
约翰·德·威特于5月31日自海牙写给他兄弟柯尼利斯的信中说“需要给布雷达的英国特使以严厉的教训，以打击他们的骄横。”柯尼利斯是荷兰主要城市多德雷赫特市的市长，也是他兄长可靠的心腹和顾问。曾在海军部工作多年，富有经验。
德·威特秘密制定了一项计划，甚至对海军司令德·路特上将也密而不宣。当公使们在布雷达还在和英国人打太极拳时，约翰·德·威特即已将这一计划付诸行动了。荷兰舰队已奉命在北海的特塞尔岛外紧急集合。舰队全部驶离基地，就不存在泄露情报的可能了。约翰·德·威特亲自去旗舰，向德·路特面授机宜。他的兄弟柯尼利斯随行，作为最高司令官的私人代表，柯尼利斯将随德·路特出海，以保证在任何困难情况下，都能不惜任何代价地实施这一计划。
荷兰执政的秘密计划是，德·路特奉命，将舰队冒险地驶入泰晤士河口，然后沿梅得威河弯弯曲曲的河道溯流而上，经过所有防地，直驶查塔姆。在这里，最庞大的英舰停靠在船坞里。德·路特应在这里尽其所能地击毁这些英舰，焚烧或劫走没有能击沉的舰船。
海军人员会认为这是一个发疯的行动。这个计划的执行，必须假设全部英舰都已入坞，不能作战，还要假设英国的陆地防御薄弱而没有还击之力，就是在这种情况下，仍然存在着内河航行航道险阻的危险。众所周知，泰晤士河口到处是沙洲和浅滩，用于海战的大舰如果错过了潮汛，就会搁浅。方桅帆战舰，不能灵活地利用风向，只能顺东南偏北风进入河口——进入后，又必须等候相反的风向御风出海。
梅得威河情况比泰晤士河更糟。河口航道狭窄弯曲，大量泥滩，高潮时为河水所掩盖。而到英舰系泊的查塔姆船厂，还要上溯这弯曲的河道七英里。船只进入时必需趁东北风，驶出时则需要西南风。潮流是这样强劲，使舰船只有在涨潮时才能进入河口，退潮时才能驶出河口。如果荷兰人能够夺路进入，也必须停候在这里，进行防御，直等到风向和潮流都允许他们退出时才能退出来。
德·路特虽不赞同这一作战计划，但却毫不犹豫地奉命行事。他把这一计划向舰长们说明时，舰长们大为惊讶。但是德·威特兄弟二人，都是没有商量余地的人，随德·路特旗舰出海的柯利尼斯，拥有能裁决一切的荷兰国会的全权委托，而且约翰·德·威特又是国会的元首。因而必须执行这项袭击计划，而且还必须立即执行。这时，布雷达的和谈已开始进行。如果袭击获胜，将是对火烧特尔谢林岛行为的恰如其分的惩罚。同时将改变和谈的形势。
荷兰舰队，包括约50艘军舰，加上常备的附属火攻船和交通艇，总共约80艘，一万二千余官兵，6月17日出现在英国海岸。舰队锚泊于“国王航道”，这是泰晤士河主要入口之一。开始时，英国海军没有人对敌人的出现担心：因为荷兰舰队在锚泊中，它的出现被当作不过是显示力量而已。
英国人彻底误解了荷兰人的意图。
6月22日，荷兰舰队溯泰晤士河而上，一直开进到查塔姆船长。6月23日早晨，荷兰的火攻船向三艘英国巨舰发动了攻击，每条船都钩住他们的牺牲品。首先是“皇家伦敦”号突然燃烧起来，接着是“皇家奥克”号，然后是“皇家詹姆斯”号。英国人看到这情景后写道：“这三艘威武雄壮，战绩辉煌的战舰的毁灭，是我生平所看见的事情中最令人痛心的。每一个真正的英国人见了都会伤心泣血。”
“皇家伦敦”号和“皇家詹姆斯”号燃烧得不够快，荷兰人对此感到不满足。于是他们又用最后两艘火攻船去助长火势。腾空的烟云弥漫在查塔姆上空。血红的火光下，战舰火炮与炮台大炮响若惊雷。荷兰的小舟在纷纷下落的火烬中穿梭突进，引导着火攻船的船员们，同时载上完成任务的船员离开。
荷兰人没有进一步向船厂进袭，也没有向桥边的舰船进攻。他们虽然适可而止，但是却给英国人留下了最后的羞辱。荷兰人没有放火烧毁英国海军的旗舰“皇家查理”号。他们派船员登上了该舰。荷兰人把“皇家查理”号拖到河道中央，然后沉着冷静地拖过断落的铁链，“趁着顺潮和顺风的时候”沿河而下，英国人承认，“即便是查塔姆最优秀的领航员也不能做到这种程度。”
沿河岸各处，聚集着英国的步兵和骑兵，向顺流而下的敌舰射击着。但是射程太远，武器火力太小，对敌舰说来，无关痛痒。
最后，在英国海军基地的心脏逗留了72小时之后，荷兰舰队全部胜利返航了，没有受到军心已经涣散的英国人的任何追击。
巨舰“皇家查理”号在胜利中被带回荷兰时，荷兰人万众欢呼，他们拥挤在岸边看着它驶进港来。不久之后，荷兰的功臣们，柯尼利斯·德·威特，米歇尔·德，路特和威廉·范·根特，每人由政府恩准赏赐了一个价值2.5万盾的金杯。荷兰执政约翰·德·威特则被赐予无比的荣誉。他写道：“赞美上帝，感谢上帝，赐予如此大的恩惠，使敌人的骄横受到挫折。使流血战争变成体面、可靠的和平。”
至于“皇家查理”号，从此就再没有出航。荷兰人让它展览了一段时间，然后搁置起来，最后到1672年，荷兰人才将船料、余物等当众拍卖——获得了5000盾。但是他们把船尾的雕刻制品：皇室盾形徽章保留下来，和船上其他珍贵的海军手工艺品储存在一起。
英国人受到重创，海军的六艘巨舰全都损失了，两艘其他的舰被俘，数艘较小的舰只全部被凿沉。他们估计全部损失接近巨额的20万英镑。由于荷兰人在一段时间内拦截海岸船运，封锁梅德威河和泰晤士河，给英国带来了相当巨大的商业损失。但这一切终于过去了，英国人并不是那种悲观的失败者。虽然这确实是一次震撼人心的失败，但失败者却佩服胜利者冒险行动的一举成功——佩服他们的勇气、能力，最佩服的还是他们的骑士精神。荷兰人没有烧毁房屋，也没有抢劫。
英国人普遍感到愤慨，甚至连保王党也说，在克伦威尔执政时期也没有发生过这样的事情。清教徒则认为，这场瘟疫、大火和海战的失败是上帝对这个时代尤其是对宫廷内道德败坏的惩罚。
布雷达的和平协定，最终签署。人们可能认为荷兰人获得这样大的胜利后会提出压倒对方的条件。但荷兰人没有这样。可能是由于对英国人的羞辱，已经对英国火烧特尔谢林岛的行为报了仇，这样就心满意足了。荷兰人不是以强凌弱的人，这种战争也不是恃强凌弱的战争。从更为实际的意义来看，英国人仍然拥有一支舰队，它仍然是令人畏惧的敌人。最后，还有法国，它的阴影不祥地笼罩在西面。因此，最好是保持这种体面的和平并了结此事。显然双方都对条款采取了克制态度。英国人在“航海条例”上作了某些微小的让步，而荷兰则仍然承认了航行在大不列颠和爱尔兰之间的海峡以及英吉利海峡时向英国致敬的要求，英国承认荷兰在其南美领土苏里南的主权，而荷兰则同意英国在西非保留要塞。双方交换了两个岛屿：荷兰获得普洛·伦岛，英国则获得曼哈顿岛。双方都表示满意。
双方同样需要和平，因而以不高的条件达成和平协议。英格兰在这场战争中的主要收获是占领了新阿姆斯特丹（纽约）。
在实力和领土方面，双方都没有占先，既没有得到什么也没有损失什么。但是两国却占有了某种财富——经验。他们获得了海上战争的科学知识，他们锻炼了各自的作战技能。他们建造了战舰——与商船有着明显区别——一种对于贸易安全至关重要的舰船。他们创造了战舰纵队排列的重要战术：按照预定的计划调遣舰只以整齐地编队投入战斗，此一战术曾经被运用达两个世纪之久，直到后世的纳尔逊公爵应用他的才华，在特拉法尔加之战中又创造一种新的战术为止。两国海军之间相互尊敬和赞扬。
第二次英荷战争，以荷兰的胜利而告结束。
5.投靠法国
战争一结束，王室与国会便开始互相指责。国会说国王在情妇身上和奢侈生活中挥霍过多。克拉伦登对双方进行规劝，结果却受到双方的攻击。他同国会闹翻，谴责国王的情妇，使国王感到厌烦。克拉伦登受到各方力量的一致弹劾，只好流亡国外。他在流亡生活中完成了《内战史》这部杰作。
克拉伦登下台以后，“保王党国会”对王室的放纵行为和巨大开支日益不满，因而认为必须扩大政府的代表性。从1668年开始，五位重要人物陆续被承认为大臣。在此之前，人们经常谈到内阁和阴谋小集团。现在，克利福德、阿林顿、白金汉、阿什利和劳德戴尔这五个人名字的第一个字母拼起来正好是“阴谋小集团”。
