一九八○年代是个通往黑暗的螺旋。革命原本应该产生一个公正而独立自主的伊朗，结果却陷入战争、贫困与完全孤立。政治上的公开争论由于巴尼－萨德尔遭到驱逐而终止，而伴随着政治斗争、泄密与诉诸公众舆论而来的宣传战也跟着结束。现在，伊朗的政治消失在不透明的帷幕之后。
伊朗在国际上遭到孤立，深受经济封锁之苦，而且在伊拉克前线流干了年轻人的鲜血。几年后，许多伊朗决策者宣称他们在霍拉姆沙赫尔战役收复失土后曾反对继续与伊拉克作战。但伊朗官方的政策却是「战争，战争，直到胜利为止」，或直到萨达姆．海珊无条件投降为止。根据伊朗官方的统计，伊朗战斗部队至少有百分之八十四来自于巴斯基民兵，而到了一九八○年代末，战死的十九万人中也有百分之四十三来自于巴斯基民兵1。巴斯基民兵主要由青少年构成。这些阵亡者长眠于德黑兰南部的贝赫什特．札赫拉公墓，墓地上的玻璃框放着还未长出胡子的男孩照片，一排接着一排，宛如散发着鬼魅气氛的毕业纪念册。
从一九八四年开始，伊拉克的飞毛腿飞弹定期落在德黑兰与其他伊朗城市。一名住在日托中心附近的伊朗年轻妇女永远忘不了有一天她离家的时候发现家门前的人行道散落着小手。在断断续续进行了八年的战争里，大约有一万七千名平民死亡。但这个数字并未包括往后数十年因芥子毒气的残存影响而死亡的数万条性命。伊拉克人使用这种武器打击军事目标与平民，但全世界却无视这种行为，而美国还继续提供伊拉克政权关键的军事情报。
伊朗的经济如自由落体般直线下坠，其状况之惨烈既能说是空前，也可说是绝后。战争、通货膨胀、政治不稳定与外国禁令共同造成经济的严重破坏。此外，经济计划也成为竞争的政治派系争论的焦点，导致政策缺乏连贯性；而非常仰赖石油收入的伊朗恰于此时遭逢世界石油供过于求造成的油价崩跌。到了一九八八年，伊朗的人均国内生产毛额只有一九七六年的一半2。贫困人口大幅攀升。这种规模的衰退不仅在伊朗是第一次见到，如伊朗主要经济学者指出的，在现代史上也是罕见的3。
一九八一年十月二日，在紧张与暴力的笼罩下，总统大选使阿里．哈梅内意取得权力，也巩固了一党专政。在伊斯兰共和党几个最知名的创党元老中——贝赫希提、拉夫桑贾尼与哈梅内意，哈梅内意担任总统，拉夫桑贾尼担任国会议长，贝赫希提派他的爱将三十九岁的米尔．侯赛因．穆萨维担任总理。这是伊朗这段时间最统一与最稳定的政府。现在，唯一重要的政治活动来自于伊斯兰共和党的内部派系，尽管这些派系之间只有些许程度上的差异。
一九八○年代，以这三个主要政治人物为首，开始出现派系。总统阿里．哈梅内意与日后被称为伊斯兰右翼（Islamic Right）的派系合作。这个伊斯兰共和党内的传统保守派系支持私有财产权与反对经济中央集权。总理米尔．侯赛因．穆萨维的派系称为伊斯兰左翼（Islamic Left），这个派系与曾经占领美国大使馆的学生以及担任打手的伊朗真主党结盟。这个激进派系支持国家控制经济与将伊朗革命输出海外的强硬外交政策4。阿里．阿克巴尔．哈什米．拉夫桑贾尼的派系走实用主义路线。他的派系倾向于左翼还是右翼全凭感觉决定，拉夫桑贾尼善于经营三角关系，他知道如何在对手之间进行挑拨，而且运用自己庞大的政治影响力游走于派系之间，他常无预警地采取行动，有时会秘密策动对手相争来从中得利。这三个政治首脑以及他们之间的合纵连横，在可预见的未来形塑了伊朗的政治戏码。
阿里．哈梅内意，一个与诗文圈有往来的马什哈德教士，同时也是喜爱约翰．史坦贝克与维克多．雨果的文人，他在革命前与世俗知识分子有着紧密连系。哈梅内意也与阿亚图拉何梅尼关系密切，一九六○年代初，他曾在库姆与何梅尼一起学习。哈梅内意吸收了左派的反帝国主义与埃及穆斯林兄弟会的伊斯兰主义，他也将穆斯林兄弟会的意识形态倡导者赛义德．库特布的作品翻译成波斯文。
当时，侯尚．阿萨迪是共产主义伊朗人民党的成员，他宣称自己在巴勒维国王执政时代曾与哈梅内意一起关在同一间牢房里。他的说法受到质疑，但如果他说的是真的，那么从他的陈述中可以看出哈梅内意年轻时那人性化的一面5。阿萨迪回忆哈梅内意是个温和而虔诚的人，对文学充满热情而且包容不同的政治立场。阿萨迪写道，当他感到沮丧的时候，哈梅内意会邀他散步。两个人绕着牢房走动，假装自己走在童年时期的风景中，并且交换彼此对文学与政治的看法。哈梅内意与阿萨迪曾想办法让牢房里第三名狱友存活下来：一名十几岁的马克思主义游击队战士，他被打成重伤，而且快要饿死，然而除非施加威胁，否则他不愿意张开嘴巴。阿萨迪于是设法威胁这个年轻人，让哈梅内意将细碎的肉片从他的齿缝塞进去。在经过几个月奇怪的同志情谊之后，当阿萨迪被移往不同的牢房时，他看见哈梅内意在发抖，于是在离去时将自己的毛衣送给哈梅内意。两人拥抱；据说哈梅内意流着泪对阿萨迪说：「在伊斯兰政府统治下，无辜的人不会流下任何一滴眼泪。」
不到几年的时间，一九七九年革命将哈梅内意的团体推上权力宝座，而阿萨迪的团体则被驱赶到灭亡边缘。哈梅内意先后担任国防部长、革命卫队长官与德黑兰市主麻日领袖。虽然哈梅内意属于革命的核心圈子，其政治影响力却无法与拉夫桑贾尼以及贝赫希提相比。
哈梅内意于一九八一年担任的总统职位被削除了许多权力。巴尼－萨德尔担任总统时，教士故意弱化这个职位，使权威朝总理倾斜。哈梅内意与总理相处不睦。经济歧见是双方争论的主因，而令哈梅内意反感的是，穆萨维公开宣称自己才是政府实际的领导人，总统不过是名义上的领袖。哈梅内意两度向阿亚图拉何梅尼要求找个比较圆滑的人来取代穆萨维，但两度遭到最高领袖拒绝。基于某种理由，穆萨维被视为是阿亚图拉何梅尼得宠的儿子以及哈梅内意的对手。
穆萨维是一名年轻的世俗知识分子，曾担任过建筑师与报社编辑。他的妻子札赫拉．拉赫纳瓦尔德是著名艺术家，与沙里亚蒂关系密切。一九七○年代，穆萨维也是侯赛因宗教会所的常客，但并不认同沙里亚蒂的反教士思想，因此他不像圣战者组织以及其他追随沙里亚蒂反教士思想的人那样走向灭亡。相反地，穆萨维成为贝赫希提的盟友与副手。革命后，贝赫希提带头攻击自由派人士并协助将「宗教学者的政治管理」写入宪法。教士们多次逼迫巴尼－萨德尔任命穆萨维担任外交部长，但巴尼－萨德尔以穆萨维是激进分子而且是敌对阵营的成员为由加以拒绝。巴尼－萨德尔流亡后，穆萨维短暂主掌外交部，他最著名的事迹是引进教士的禁欲风格，移除了手工地毯与会议桌椅6。
穆萨维是民粹主义者，他要求更公平地分配商品与劳务，包括教育与医疗。他不顾市集商人的反对，支持将所有对外贸易国有化，而哈梅内意代表的正是市集商人的利益7。穆萨维担任总理期间，与他共事的人回忆穆萨维虽然无趣，却是个有效率的官员，他在一个杂乱的体制里致力推动政策，这个体制有部分是国会，有部分是神权政治，而且还充斥着阴谋诡计。
穆萨维在公开场合的形象较为鲜明。他是阿亚图拉何梅尼激进外交政策的门面，拒绝联合国调停与伊拉克停火，而且威胁邻近的阿拉伯国家，如果它们继续对抗伊朗，「战火将会延烧到它们身上」8。穆萨维还表示，以色列是个「恶性肿瘤」9。一九八五年，苏莱曼．哈特，一名埃及边境警官，他在西奈射杀了犹太观光客一家人，四名孩子、两名妇女与一名老人死亡。后来哈特在狱中上吊自杀，伊朗国家广播电台引用穆萨维的话说：「为了表彰这个伟大人物的勇敢抵抗，我们将以他的名字为德黑兰的街道命名。」10在学生攻占美国大使馆四周年纪念日上，穆萨维站在大使馆围墙岗哨的屋顶上发表演说，赞扬学生公开文件揭露革命的「自由派」敌人，他指的肯定是阿拔斯．埃米尔恩特札姆11。
但是，穆萨维这一切的作为并未使他在政治同侪中胜出。他担任的职位都很一般，有时他高喊的口号不过是重复阿亚图拉何梅尼说过的话。不仅如此，在他担任总理期间，没有人想得到日后他会成为已经消逝的革命希望以及民主改革运动的象征。他的转变呈现的与其说是米尔．侯赛因．穆萨维本身，不如说是伊朗历史快速转换的潮流，这股潮流不止一次而是两次，透过穆萨维呈现在世人面前。
在穆萨维、哈梅内意与搅局的拉夫桑贾尼之间，阿亚图拉何梅尼扮演的角色非常类似前南斯拉夫的狄托元帅：他不是大公无私的仲裁者，而是巧妙的平衡者。何梅尼的视角就像奥林帕斯诸神，不是来自于人类的才智或政治的中立，而是来自于他对自己一手创立的政府形式的持续与稳定有着超乎一切的关心。即使何梅尼未将胜利交给对手，也没有任何派系能取得胜利。在经济上，何梅尼从左翼转向右翼，又从右翼转回左翼，他关注的与其说是最终的经济结构，不如说是确保这三个权力掮客都能在政治上存活下来而且没有任何一个人能取得胜利。
总之，不管对派系领导人还是对何梅尼来说，一九八○年代都是逆转与妥协的十年。革命分子没有统治经验。他们带着意识形态热忱担负起任务，最终却无法对急迫的实际问题提供解决办法。政治胜过了意识形态；但政治人物努力用革命的色彩来包装自己的实用主义，藉此消除已动员群众的疑虑，并且防止群众的矛头转向政权本身。
伊斯兰共和国悄悄进行实用主义的最清楚明证或许是伊朗门事件，在这起事件中，缺乏美制武器零件及新机型的伊朗与美国和以色列秘密进行交易。美国人透过以色列人提供武器给伊朗，换取伊朗协助确保伊朗代理人在黎巴嫩劫持的美国人质获释。当秘密协议的内容曝光时，穆萨维与拉夫桑贾尼极力否认报导的细节，并且宣称他们对于伊朗的两个死敌有着难以平息的仇恨。
伊斯兰共和国一直以来的趋势在一九八八年形成政策，阿亚图拉何梅尼发布伊斯兰教令，明确将政治置于意识形态乃至于宗教之上。何梅尼宣称，「宗教学者的政治管理」的存续是伊斯兰共和国的首要之务。在统治者的裁断下，政权的利益甚至凌驾于斋戒、礼拜与每年到麦加朝圣这些伊斯兰教的指示之上。何梅尼的伊斯兰教令是个赤裸裸的权力主张。
何梅尼肯定觉得自己即将面临一个岌岌可危的时刻。伊朗的资源已经枯竭到了极限——穆萨维估计军事预算将会归零，而军事领袖私底下告诉何梅尼，伊朗需要现役军队七倍的数量才能击败伊拉克拥有西方武器装备的军队12。此外，波斯湾的一艘美国军舰才刚击落一架伊朗民航机，机上二百九十人全部罹难。美国宣称这起事件纯属意外，但德黑兰方面则不这么认为——伊朗政治人物怀疑，这起事件很有可能是美国直接介入战争的前兆，这将使战争更加昂贵与更难以取胜。伊朗当局是否真的相信这一点，抑或只是利用这个说法来做内部宣传，至今仍有争议。因为此时的何梅尼不让民众讨论这场被他神圣化的战争。为此，他不仅需要掌握所有的权力，还要能说服民众相信国家利益要比神圣命令来得重要。
一九八八年七月二十日，何梅尼接受联合国安理会的要求，与伊拉克停火。在向民众解释他的决定时，最高领袖吟咏说，我们本来是更能够忍受死亡与殉难的，但政治与军事专家却认定这场战争已无法支持下去。「我知道这对你们来说难以接受，」他对他的「革命儿子们」恳求说，「但这对你们的老父亲而言不也同样难受？」13何梅尼强调，他不仅以伊朗的国家利益之名，也基于他的宗教责任同意停火：「做这个决定要比吞下毒药更致命，」何梅尼说道，「我服从真主的意旨，并且喝下这帖毒剂以符合祂的心意。」14
阿亚图拉何梅尼不知道的是，从一九八八年六月开始，他已迈向生命的最后一年。但八十五岁高龄的他，随着癌症病情的恶化，肯定知道自己来日无多，而随着他的逝去，所谓的后革命伊朗第一共和时代也将终结。
战况的危急与人员战死的稀松平常，已无法激起或唤起民众为国牺牲。革命卫队与巴斯基将返回后方，他们必须恢复正常生活。经济需要大规模重建，甚至可能需要外国投资。面对这些状况，激进主义完全帮不上忙。何梅尼需要社会与伊斯兰左翼停止争端。但他也必须安抚这些力量，因为伊斯兰共和国仰赖这些力量与国家的统一。
因此，何梅尼生命的最后一年也是他采取两个最显眼而极端的行动的一年。其中一项行动是对外公开的，那就是一九八九年二月颁布的伊斯兰教令，要求处死写下亵渎小说的小说家萨尔曼．鲁西迪。这个教令在西方激起强烈的反对声浪，也让穆萨维派系士气大振，他们在国会立法要求终止与率先出版该小说的英国的外交关系。但是，就伊朗国内政治的脉络来说，鲁西迪事件与其说是为了肯定革命的坚定态度，不如说是一场用来转移注意力的余兴节目，好让国家能顺利过渡到由技术官僚主导的重建时代。
何梅尼另一个从结果来说影响更为深远的极端行动发生在伊朗监狱铁丝网高墙内。这个行动发生的时点与极端性将使历史学家困惑不解，也在伊朗全民心中留下创伤。
在德黑兰最西北部的地区，在一个住宅巷弄陡峭与道路蜿蜒的怡人中产阶级小区里，埃温监狱宛如幻象。这座巨大监狱建筑群所在的地点笼罩在一片褐色阴影之中，这块外观鄙陋的无人地带，看似毫不引人注意，却长满植物，从外围到监狱本身，甚至还要走上一大段路。从灌木丛的缝隙隐约可见栅栏与守望塔，但这些设施也可能被误认成别的东西。走了一会儿，道路便开始爬升到山腰的一处公园，这座公园被小溪一分为二，溪边搭起了一排排闪闪发亮的水果摊与铺有地毯的露天茶馆。
一九七一年，当巴勒维国王察觉自己的政权正处于危急存亡边缘时，他在此地兴建埃温监狱，关押了三百二十名囚犯。一九七○年代初，巴勒维国王在全国各地总共囚禁了多达七千五百名政治犯。在这些政治犯当中，许多人未来将成为伊斯兰共和国的领袖人物。巴勒维国王的监狱严酷凶残，而且还变本加厉，埃温监狱尤其恶名昭彰。讯问者用打结的电缆抽打犯人的脚掌，这种刑罚称为笞刑。神经电击可以从脚底一路传到大脑，永久性地损害肾脏与神经系统。遭受刑求的受害者无法想象世上还有比伊朗监狱更糟糕的地方。
到了一九八三年，在伊斯兰共和国统治下，略微扩大的埃温监狱监禁了一万五千名犯人。原本只能容纳十五人的牢房，现在却关押了七十五人；就连走廊也挤满蒙上眼睛的犯人。巴札尔甘的前副总理阿拔斯．埃米尔恩特札姆有两年半的时间待在一间囚室里，囚室挤满了人，因此大家必须轮流在地板睡觉，每个人一天只能睡三个小时15。
这些不幸堡垒的住民有着新的入住理由。伊斯兰共和国认定某些行为是犯罪行为，甚至针对这些行为制定了死刑，例如叛教、喝酒、「侮辱先知」与「违反贞洁的罪行」，包括婚外性行为与同性恋等等诸如此类。被指控「播下腐败的种子」或「向真主宣战」的犯人也要面临处决的命运。其中后者被伊斯兰律法定义为持有武器造成国内不安，但在伊朗刑法下，它的定义被扩张到包括任何武装异议团体的成员，即使被告从未持有任何武器。巴哈伊教信徒是伊朗人数最多与受迫害最严重的宗教少数群体成员，他们被冠上捏造的罪名，被判处长期徒刑。许多人遭到处决16。
阿萨多拉．拉杰瓦尔迪是埃温监狱典狱长兼德黑兰检察官，他过去是一名布匹商人，曾在巴勒维国王执政时代因试图炸掉以色列航空（El Al）办公室而被送到埃温监狱服刑。拉杰瓦尔迪戴着超大的塑料框眼镜，眼镜刚好遮住他那两道拱形的黑色浓眉；他跟真主党信众一样满脸胡渣，五官似乎朝着下巴的方向集中。他把自己的家人全带到监狱里居住，表面上是因为他对自己管理的机构感到自豪，但之后则是为了防备可能的行刺，因为拉杰瓦尔迪这个名字已经成为十年压迫中最严酷的同义词。
与旧体制不同，伊斯兰共和国禁止刑求与强迫认罪——却允许身体刑罚与「自愿」认罪，最终还是导致相同的结果。埃温监狱的管理人员由革命卫队担任，讯问者则是年轻教士与神学院学生。他们的任务是从每个政治犯口中得到自行认罪的「访谈内容」。讯问者会抽打犯人的脚掌、剥夺他们的睡眠、将他们泡在水里以及假装要处决他们，直到他们同意接受访谈为止。他们会扭转并且打断犯人的前臂与手掌，将锐器插进他们的指甲里，并且威胁要对他们的家人不利17。埃米尔恩特札姆被单独监禁了五百五十五天，曾经三度被蒙上眼睛带到处决室。有一次，他还在处决室里坐了两天。一九九四年，他估计自己已经看到数百名犯人死亡或被逼疯18。另一名曾经被关在埃温监狱的犯人回忆自己的脚踝被绑起来倒吊在天花板，鼻子与嘴巴则被塞进自己的便盆里19。接下来几个星期，他什么也闻不到，也尝不出食物的味道；他不断地呕吐，几乎差点饿死。从一九八一年到一九八五年，有超过七千九百名伊朗政治犯被处决——至少是一九七一年到一九七九年被杀人数的七十九倍20。
除了处决，至少在一九八○年代初，认罪似乎成了重点所在。整个过程经过细心规划，在埃温监狱两层楼的礼堂里，在犯人的观看下上台拍摄，然后在整个一九八三年秋天，利用两小时的黄金时段进行播放。错过电视或广播的人可以阅读文字稿，这些文字稿被汇集成小册子，称为黑色报告卡。绝大多数认罪者是圣战者组织成员或左翼分子。他们甚至被迫抨击他们最亲近的人：丈夫、子女、父母、朋友。有些上台的人显然已经疯了，他们人格分裂、歇斯底里或狂笑不止，或恳求监狱人员杀了他们。
认罪过程不是为了用来说服，而是用来证明反对势力的破产与当权者拥有不可抵抗的力量。当知名的政治犯悔罪时，尤其会让他们的追随者颓唐丧志；有人说：「那就像看到真实的死亡一样令人痛苦。」21另一个人写道，圣战者组织的马克思主义派系领袖认罪的那天晚上，「大家的内心好像有什么东西断裂了。我们从来没想到像他这样有名望的人会在众人面前跪下。有人评论说，那就像看到一个人吃自己的肉一样令人作呕」22。
对于一些悔罪者来说，公开认罪只是他们向过去反对的政权服务的开始。此后，他们完全在监狱人员的掌控之下，与其他人一起被关在过度拥挤的牢房里，他们监视他们之前的伙伴，并且将其他的犯人送上绞刑台。这些悔罪者被称为塔沃布，他们的道德形象在刑求与共谋下遭到损毁。塔沃布要比其他犯人享有较好与较多的食物、较轻的刑期，而且可以到监狱的工场工作；狱方设立了特殊的悔罪者团体与一份称为《悔罪者讯息》的报纸23。但塔沃布为了这些小特权付出的代价却是不可弥补的。这些人成了伊朗人想象的代表人物，一个人性沦丧的图腾，大家固然对于狱方为了逼迫他们这么做而对他们施以虐待感到不平，但他们的所做所为依然引发广泛的怨恨。
在何梅尼的核心圈里至少有两名教士因为某种原因得以亲眼目睹监狱的生活，他们对于自己看到的一切感到不安，于是向最高领袖表达不满。其中一名是司法总监兼司法部长，他带着被刑求的受害者去见阿亚图拉何梅尼，并且描述他们的遭遇。另一个人则曾被指定为何梅尼的最高领袖继任人选。
侯赛因．阿里．蒙塔泽里或许是在世的阿亚图拉中，唯一一位地位与学识足以与何梅尼匹敌的人。蒙塔泽里也曾致力发展「宗教学者的政治管理」理论，而且游说将这个理论规定在宪法之中。但蒙塔泽里的情感或性格却与何梅尼迥然不同。蒙塔泽里成长于贫穷的农村，他一直维持着年轻时的说话腔调，因此一些受过教育的人有时会把他当成丑角。蒙塔泽里的塌鼻子上戴着看似聪明的眼镜，他面无表情时脸上也隐隐泛着笑意。他在外交政策上是个激进派，主张伊朗必须干预黎巴嫩与阿富汗。但他也是个坚定的人权捍卫者，认为人权是最基本的原则。
一九八○年代中的某个时期，何梅尼免除了拉杰瓦尔迪的埃温监狱典狱长职位，改由蒙塔泽里主掌伊朗的监狱体系。蒙塔泽里任命的监狱人员对于拉杰瓦尔迪的手下留下的烂摊子深感厌恶。有人提到前任的监狱人员「简直是疯子」24。在蒙塔泽里的监督下，联合国与伊朗国会的观察员获准进入监狱，犯人终于可以获得家人探视，可以洗热水澡与使用肥皂，有放风时间，可以抽烟，有语言课程，有文具可以书写，可以讨论政治，以及可以阅读非宗教书籍。强制的公开悔罪与礼拜改成简短的「悔过书」，为了解决过度拥挤的问题，蒙塔泽里的同事释放许多塔沃布以及已服完刑期但还没悔罪的囚犯。到了一九八六年年中，埃温监狱的政治犯拒绝因恐怖而产生的疲惫，他们组织了绝食抗议，成功要求从他们的牢房里移走更多的塔沃布与一般囚犯25。
圣战者组织成员在监狱中占压倒性多数，蒙塔泽里对这些人的责难并没有任何模棱两可之处。他的儿子在圣战者组织策画的爆炸案中身亡，当时被炸死的还有贝赫希提。但蒙塔泽里看待伊斯兰共和国的方式与何梅尼、执政党以及三大派系有明显的差异，他认为：伊斯兰共和国是公义的，也是脆弱的，它的内部纷扰不安，它参与了不可能获胜的战争，而乌托邦的希望可能维持也可能摧毁他们建立的这个太过人性化的国家。包括何梅尼在内，首脑们逐渐显露的务实主义，在外交政策上可能带来稳健的影响，但在内政层面，这种务实主义却违背了革命最深切的渴望，也就是维持伊斯兰共和国的存在，而它最终既违反了伊斯兰主义，也悖逆了共和主义。蒙塔泽里和其他人有着全然不同的想法。
一九八六年，何梅尼写信给蒙塔泽里，对于他在监狱采取的宽大做法表示不满，此时距离何梅尼指定蒙塔泽里为接班人才一年的时间26。最高领袖惋惜说，蒙塔泽里受到政权内部批评者太大的影响，而他喜欢公开谈论这些人的负面观点也不适当。此外，何梅尼暗示蒙塔泽里对于圣战者组织的态度软弱，他宣称释放圣战者组织囚犯已经导致了「爆炸、恐怖与窃盗」。
一九八七年年底，何梅尼开始将监狱重新交给拉杰瓦尔迪。昔日的监狱人员怀抱着被辞退时酝酿的报复心态返回监狱。拉杰瓦尔迪宣称，在蒙塔泽里管理期间，圣战者组织成员——强硬派用 monafiqin 这个谐音字来称呼他们，意思是「伪善者」——受到温和的待遇，「违反了伊斯兰的利益权衡」27。
事实上，这一次圣战者组织几乎完全从伊朗的国内场景消失。伊朗当局宣称九成的圣战者组织成员都被关进牢里28。圣战者组织领袖，包括马肃德．拉贾维，已经于一九八一年与巴尼－萨德尔一起逃往巴黎。这样的距离让这些领导人无法产生影响力，而圣战者组织的普通成员许多早已放弃运动，他们期盼在出狱后重拾宁静而平凡的生活。
但在一九八六年，马肃德．拉贾维做了一个重大决定。他前往伊拉克，为他所谓的伊朗民族解放军建立行动基地，这支由流亡者组成的杂牌军获得萨达姆．海珊支持。一九八八年七月二十二日，何梅尼宣布停火的两天后，伊拉克军队从北中南跨越伊朗国境，为推翻伊斯兰共和国做最后一次努力。民族解放军参与了这次行动，在伊拉克空军掩护下，据说他们派出了七千名战士，代号是「永恒之光」（Eternal Light）29。
圣战者组织曾一度在伊朗人当中掀起消极的支持，民众认为圣战者组织是教士统治之外最有可能的选项。青少年尤其受到这个团体的吸引，他们觉得圣战者组织是唯一能制衡革命激进乌托邦主义而且愿意以武力对抗神权统治的反对力量。但是，反对革命采取的路线，乃至于躲在德黑兰街垒后面对抗真主党是一回事，与无情的外敌连手推翻自己的政府又是另一回事。圣战者组织在一场威胁伊朗将近十年的战争中与萨达姆．海珊结盟，使它彻底失去伊朗民众的支持（随着时光流逝，在沙漠烈日无情曝晒下，圣战者组织逐渐沦为不祥而危险的狂热崇拜）。
在切断补给线以及以炮舰机进行攻击下，伊朗人轻易击退了入侵者。但何梅尼与圣战者组织的冲突还没结束。何梅尼要报复的不只是战场的俘虏，还包括从过去到现在同情圣战者组织的人：那些被关在拥挤监狱里的犯人，以及那些最有可能在入侵后不久从监狱收音机听到伊拉克入侵消息的人。一九八八年七月二十八日，病弱的阿亚图拉发布伊斯兰教令，批准了一项二十世纪的重大罪行，不过这个罪行在伊朗恐怖阴暗的孤立中几乎未曾被提及。
在何梅尼的命令中，「全国各地监狱凡是仍坚定支持伪善者的人，都将视为向真主宣战并且将予以处决」。「真主之敌」将交由受信任的国家官员快速审理然后判处死刑。何梅尼在德黑兰任命了一个三人委员会进行这项工作，并且在各省选任类似的委员会。何梅尼在写给委员会的信件上说道：「我希望你们以革命的愤怒与仇恨来对付伊斯兰之敌，如此方能取悦全能的真主。负责做出决定的先生们不能有些许犹豫，不能显露任何的怀疑或担忧，必须试着以『最残暴的手段打击异教徒』。」在响应司法首长的问题时——伊斯兰教令是否涵盖尚未审判以及已经执行部分刑期的犯人，何梅尼解释说：「在上述这些案例中，如果犯人在任何阶段或任何时间仍维持支持伪善者的立场，他的刑罚就是死刑。立即歼灭伊斯兰之敌。面对这些案件，要穷尽一切手段加速判决的执行。」30
一九八八年七月十九日早上，犯人的家属蜂拥到监狱门前，他们每两天就会来这里一次，要求探视或打听自己亲人的消息。但监狱的大门紧闭，家属没有得到一句解释就被迫离开。大门另一边的犯人，没有电话、信件、包裹、电视或收音机——甚至没有药品，病人也不许送往医院。监狱的各个区块都被隔离起来，公共空间也被封闭。所有的犯人彷佛都被大地吞没了。
一个接一个，从圣战者组织成员开始，犯人被带到三人死刑委员会面前，询问他们的立场。如果犯人说「圣战者组织」，那么他就会立刻被送上绞刑台。如果他说「伪善者」，那么他们会追问他：是否愿意在摄影机面前抨击他的伙伴？是否愿意将绞索套在圣战者组织积极分子的脖子上？是否愿意揭穿虚假悔罪者的真面目？是否愿意为了伊斯兰共和国穿越雷区？只要对一个问题提出否定的答案，受害者就会被迫写下遗嘱，丧失所有个人的财物，例如戒指、手表与眼镜等等。然后他将被蒙上眼睛，送往行刑场。
左翼分子的审问排在圣战者组织之后，他们面对的问题主要是确认：他们是不是叛教者？犯人是不是穆斯林？他是否愿意公开宣示放弃历史唯物论？他是否会在斋戒月斋戒？他的父亲是否礼拜、斋戒与阅读《古兰经》？无论如何，穆斯林只有在他的父亲遵守伊斯兰的教规时，才有可能是叛教者；这表示他从孩提时期就已经拒绝养育者的教导。成长过程并未受过这类教导的人大致上可以获得饶恕，如果他们接受鞭刑与强制礼拜的话，就有赎罪的机会。女性左翼分子也是如此，因为女性不被视为是有自主权的成人，因此无须为自己的行为负责。几年后，这些幸存者的目击描述将像笔形小手电筒一样被用来探索那年夏天那几个星期被精心隐匿的事实。
在埃温监狱，根据一名前监狱官员的说法，从早上七点半到下午五点，每半个小时就有堆高机将囚犯运到六辆起重机上绞死31。一九八八年整个七月与八月都在重复这样的过程。行刑官埋怨工作过量，并且要求改以枪决方式执行，但沉默与秘密乃是这次行动的关键32。卡拉季位于德黑兰附近，有些犯人曾经被关在这里的戈哈达什特监狱，他们日后回忆，在准备行刑之前，监狱里来了冷冻货车，在监狱工作的阿富汗人不断打手势，警告他们即将遭到绞死33。根据埃温监狱的幸存者扎伊尔德．埃米尔西兹的说法，行刑的惨绝人寰甚至让狱中最狠心的刑求者也受到创伤：「哈吉．阿姆贾德是一名警卫……，以脾气暴躁与残酷闻名，在大屠杀之后，他变得沉默寡言而且不大爱理人……。另一个刑求者穆罕默德．阿拉巴赫希状况也很类似。」34
没有人知道一九八八年夏天有多少犯人被处死，但一般估计的数字集中在四千到五千人左右。唯有伊斯法罕是例外，阿亚图拉蒙塔泽里仍掌控这里的监狱体系，所以这里的犯人才幸免于难。蒙塔泽里日后估计圣战者组织成员在全国各地被杀的人数在二千八百到三千八百人之间，左翼分子大约是五百人35。加上从一九七九年以来已经处决的数千人，这个数字——以及对长期关押的人犯进行有效率而毫无道理的杀戮——已足以让民众感到颤栗与恐惧。
死者的家属在十一月开始大批接到通知，但当局不让他们进行传统的四十天哀悼仪式。许多受害者被埋在连墓碑都没有的坟墓里，而且遗体也被放在专属于被诅咒者的地方。在德黑兰，当局挖掘巨大的壕沟，然后将尸体填进去，但掩埋的位置太接近地表，有目击者回忆曾经看到地面弃置着人骨与个人物品。埋葬的地点有安全部队严密巡逻，他们禁止家属触摸或坐在地上36。
为什么，在他生命的末尾，在战争结束的那个星期，以及在他击败所有教士统治的大敌的七年后，阿亚图拉何梅尼亲自下令犯下永远让伊斯兰共和国蒙羞的人道罪行？历史学家埃尔凡德．亚伯拉罕米安猜测，监狱的大屠杀是一场「血的洗礼与自我实施的整肃」：这么做可以清除意志不坚之人，留下的统治菁英将对何梅尼设计的体制立下血的誓言37。至今还没有人想出比这更好的解释。
何梅尼与他的手下尽可能地延长革命的时刻，首先是动员支持者对抗政权的内部敌人——自由派、左派与圣战者组织，以及他们的意识形态敌人，也就是美国；之后则是动员伊朗人民发起对抗伊拉克的殉难与牺牲的战争。如果狂热、恐惧与何梅尼的个人魅力结合起来让国家气氛充满神圣目的，那么这股气氛的消散将使整个国家在除魅与揭露之后化为一片焦土。或许何梅尼害怕伊朗的复员，他觉得必须采取激烈措施才能支持伊斯兰国的存续，并且排除一切疑虑，清楚表明「宗教学者的政治管理」的永久性与全面性。
藉由监狱大屠杀，何梅尼让他的政权支持者都成了共犯。根据何梅尼预定的接班人阿亚图拉蒙塔泽里的说法，这个决定来得很突然；总统与总理都不知情。但在事情发生后，政权的核心圈便为这次行动辩护。国会议长拉夫桑贾尼宣称只有一千名政治犯被处决，这个数字既非真实，也不能为自己脱罪38。一九八八年十二月，总统哈梅内意表示，被处决的犯人与民族解放军有「连结」：「你认为我们应该发甜点给狱中那些与在伊斯兰共和国境内发动武装攻击的伪善者有接触的人吗？如果这些人与这类组织早有接触，我们应该怎么处置他们？这些人应该被判死刑，而我们将会处死他们。我们不会轻易看待这种事。」39总理穆萨维也认为，这些犯人被处决具有正当性，因为他们涉及了阴谋。
只有蒙塔泽里拒绝做出制式响应。他基于道德本能而对虐待犯人感到厌恶，而他也不做任何政治算计一贯地反对虐待的行为。一九八八年七月三十一日，蒙塔泽里写信给阿亚图拉何梅尼，信中提到处决在战场上俘掳的圣战者组织成员固然没错，但在监狱里关押数年的囚犯显然对入侵的事一无所知。他列了九个理由给何梅尼，希望他重新考虑这个决定，包括「处决已经被我们的法院判处死刑以外刑罚的人，没有任何程序或新的审判，完全漠视所有的司法标准与裁决，将对政权产生不良的影响」40。
当这封信未能阻止处决时，蒙塔泽里又在八月四日寄了一封信。这位预定的接班人向何梅尼表示，一名在省监狱担任死刑委员的省宗教官员前来见他。这名官员感到苦恼，因为一名犯人在委员会面前大力抨击圣战者组织，但当被问到是否愿意走过雷区时，他回答说：「不是每个人都愿意走过雷区！此外，你不能对我这样的新穆斯林有这么高的期待。」委员会的情报官员不顾这名宗教官员的反对，将这名犯人判处死刑。蒙塔泽里表示，这名情报部官员控制整个流程，完全凌驾于同事的宗教判断之上。蒙塔泽里写道：「阁下可以看到哪一种人正在执行您的重要指令，数千名犯人的性命因此深受影响。」41
终于，一九八八年八月十五日，蒙塔泽里直接向德黑兰的死刑委员会陈情。
蒙塔泽里写道：「我受到伪善者的打击比你们都来得大，在监狱以及在监狱以外都是如此。我的儿子因为他们而殉难。如果是为了报复，我应该比你们更为积极。但我寻求权衡利益的做法以及革命、伊斯兰、最高领袖与伊斯兰国的利益。我担心后世与历史将如何评判我们。」
蒙塔泽里提到，许多犯人因为在狱中受到虐待，因而坚决反对政府。他们的信仰不是犯罪，他们的领导人叛教不代表他们也叛教。蒙塔泽里担心他即将接掌的国家的法治状态：「我们在伊斯兰法学中学到的，在处理人民的鲜血与财产时必须小心谨慎，这些难道是错的？」他质问：「你们是根据什么标准处决一个在此之前并未被判处死刑的犯人？你们现在不准家人访视与打电话，但明天你们要怎么回复他们的家人？」
在无可反驳的最后一个段落里，这位激进的阿亚图拉与「宗教学者的政治管理」的共同作者提出了支持言论自由的主张。蒙塔泽里写道：「伊朗人民圣战者组织不是个人，他们是意识形态，是世界观，是逻辑形式。要响应错误的逻辑，必须使用正确的逻辑。杀戮无法解决问题，只会扩大问题。」42
虽然蒙塔泽里的陈情得不到响应，却还是不放弃。十月，他写信给总理穆萨维，提到逮捕与处决只会疏远人民，而人民是革命的资产。蒙塔泽里要求总理为此事负责，因为人称「可怕的阿亚图拉」的情报部长穆罕默德．雷沙赫里技术上来说是穆萨维的下属，蒙塔泽里写道：「我们对许多人造成的不公义将难以恢复，因为主掌安全与情报部门的官员心地褊狭、严酷与不近人情。」43
但这些反对意见不仅未能拯救任何人的性命，甚至断送蒙塔泽里自己的政治生涯。阿亚图拉何梅尼指控蒙塔泽里同情巴札尔甘底下那些被击败的自由派分子，他表示，自己绝不会让政府落入这些人手里。何梅尼剥夺了蒙塔泽里接掌最高领袖的资格，他在信中表示：「你缺乏担负最高领袖责任所需的坚忍。」44
这位一度可能成为未来最高领袖的人物退出政坛，但保留了何梅尼下令处决的伊斯兰教令，上面留有领袖个人的印记，还有他自己提出的反对信件，以做为未来历史学家研究的依据。往后数十年，虽然蒙塔泽里遭受的苦难并未停止，其行为却成为深刻而不朽的楷模，他的信件也成为围城下散发人性光辉的护身符。
阿亚图拉何梅尼在去世前两个月召开会议修改宪法。虽然激进派进行了猛烈的反抗，但保守派还是成功废除总理一职，将行政权集中在总统手里。修改后的宪法也规定，下一任最高领袖不需要像何梅尼与蒙塔泽里那样具备大阿亚图拉的身分，但必须是个伊斯兰法学家，「拥有适当的政治与管理长才」45。拉夫桑贾尼赞同这项决定，他指出，要当上大阿亚图拉需要花费将近一辈子的时间，这样会让潜在的领袖人选过于年老，缺乏必需的精力来领导国家46。于是「宗教学者的政治管理」这项制度从精神领袖的领域降格为政治管理层面，而这也引发另一个问题，在这种情况下，最高领袖具有庞大的权力却又无须负责的现象是否仍具有正当性。但眼下这似乎不是最急迫的问题。
会议处理的下一个决定是最高领袖是由一人还是由三人会议担任。这两个选项都是宪法允许的，但过去曾有一名教士对此做出解释：「我们需要一个凝聚人民感情的焦点……，人民如何能喊出『喔，领袖会议，我们是你们的士兵』这样的口号？」47当决定由一个人来接任何梅尼最高领袖的位子时，穆萨维派系的激进分子开始游说由何梅尼的儿子艾哈迈德继承他父亲的衣钵。但他们还是输了这场战争，总统哈梅内意成为同情两派的教士妥协下的候选人。由于哈梅内意不是拥有许多随从的大马尔贾——他只是称号为霍贾托尔－埃斯兰的中级教士，各方政治人物都误以为哈梅内意是个容易操弄的对象。
哈梅内意需要做出极大的努力才能追上何梅尼的威望。一九八九年六月三日，数十万名伊朗人涌入德黑兰街头，他们有些人还搥胸、划伤自己的脸颊来哀悼何梅尼的死亡。有八个人为了触摸他的遗体而被拥挤的人群踩死，更多人因此受伤。「我们成了孤儿！」群众吟咏道。群众甚至一度在推挤中让最高领袖的遗体摔出棺材，他们争抢裹尸布做为纪念品，裹尸布因此被撕成碎片。众人还跳进尚未封土的墓穴里。艾哈迈德．何梅尼被打趴在地上。最后，阿亚图拉何梅尼的遗体终于得以安息，他安眠的地方盖起了巨大的陵墓，幽暗的现代神龛将成为穿越德黑兰市郊通往机场的高速公路旁一座闪闪发亮竖立着尖塔的地标。
哈梅内意以谦卑的身段继承何梅尼的位子，这种态度不仅是文化，也是环境使然。「我是个有着许多缺点与瑕疵的人，事实上，我只是个卑微的神学院学生，」哈梅内意在就职演说上说道，「然而，责任落在我的肩上，我将尽我所能与对全能真主的信仰来履行这个重责大任。」48
在这个沉重压力下，即使是比哈梅内意更显赫的人都会被压得喘不过气来，而哈梅内意日后的发展将比许多人想象的来得更加卑微。哈梅内意也将成为一个脆弱而顽固的人——许多分析家推测，最高领袖这个角色是造成他缺乏安全感的原因。
何梅尼去世才两个月，拉夫桑贾尼就被选为总统。穆萨维已无任何行政职可以担任，哈梅内意与拉夫桑贾尼也不让国会里剩余的激进派人士担任公职。往后八年，伊斯兰左翼支持者只能在刊物、大学与报纸的政治荒野漂泊流浪。这些人在这些地方的遭遇将成为往后故事的重点。
第二部 重生
