苻生十分愤怒，认为这是妖言，把他摔死。
特进兼御史中丞梁平老等人对苻坚说：“主上丧失道德，上下怨声载道，人心各异，燕、晋二朝，伺机而动，恐怕灾祸出现之日，宗族、国家都要灭亡。这是殿下的大事，应该及早图谋！”
苻坚内心同意，但又畏惧苻生的勇捷凶猛，没敢作声。
苻生夜里对服侍他的婢女说：“苻坚、苻法兄弟也不可信赖，明天就应当把他们除掉。”
婢女把这一消息告诉了苻坚以及他的哥哥清河王苻法。苻法、梁平老以及特进光禄大夫强汪率领勇士数百人潜入云龙门，苻坚和吕婆楼率领手下三百人击鼓跟进，守卫王宫的将士们全都丢掉武器归顺了苻坚。
苻生这时还醉倒大睡，苻坚的士兵来到后，苻生惊慌地问周围人说：“这是些什么人？”
周围的人回答：“强盗！”
苻生说：“为什么不叩拜？”
苻坚的士兵全都笑了。
苻生又大声说：“为什么不赶快叩拜，不拜者杀头！”
苻坚的士兵把苻生带到别的房间，废黜他为越王，不久就把他杀了，定谥号为厉王。
苻坚把王位让给苻法，苻法说：“你是嫡传嗣子，而且贤明，应该立为王。”
苻坚说：“哥哥年长，应该立为王。”
苻坚的母亲苟氏哭泣着对群臣说：“朝政事关重大，我儿子自知不能胜任。以后大家如有悔恨，过失在诸君身上。”
群臣全都叩头请求立苻坚为王。于是苻坚就去掉了皇帝的称号，称为大秦天王，在太极殿即位，杀掉了苻生的宠臣中书监董荣、左仆射赵韶等二十多人。
王猛灭燕
晋海西公太和五年（370）
正月，前秦王苻坚任命王猛为司徒、录尚书事，封为平阳郡侯。
王猛固执地辞让，说：“如今燕、晋尚未平定，战车正在行驶，刚刚攻下了一城，我就接受了三公这样的奖赏，如果攻克了燕、晋二敌，那将再怎样奖赏呢？”
苻坚说：“朕假如不暂时有所让步，何以显示出你谦虚风范的光彩？我已诏令有关部门暂且就保持你现在的职位，至于赐封爵位，是酬劳战功，你就勉为其难服从朕的决定吧！”
三月，苻坚任命吏部尚书权翼为尚书右仆射。
四月，苻坚又任命王猛为司徒，录尚书事。王猛坚决推辞，这才作罢。
苻坚派王猛督领镇南将军杨安等十名将领的步、骑兵六万人讨伐前燕。
六月十二日，前秦王苻坚在霸上为王猛送行，说：“如今把关东的重任委托给你，你应当先攻破壶关，平定上党，长驱直入夺取邺城，此所谓‘迅雷不及掩耳’。我要亲自督率数以万计的兵众，紧随你星夜出发，车船运粮，水陆并进，你不必再有后顾之忧。”
王猛说：“臣仰仗您的声威，遵照您的成熟的计划，涤荡残胡，如风扫落叶，愿不必麻烦您的车乘亲自披尘出征，只愿您能尽快命令有关部门预先安排好鲜卑的官府。”
苻坚听后十分高兴。
七月，前秦王猛攻打壶关，杨安攻打晋阳。
八月，前燕国主慕容暐命令太傅上庸王慕容评统率宫廷内外的精兵三十万人以抵抗前秦。
慕容暐对前秦的进犯深以为忧，召来散骑侍郎李凤、黄门侍郎梁琛、中书侍郎乐嵩问道：“秦国的兵力到底有多少？如今大军已经出发，秦国能够交战吗？”
李凤说：“秦国国小兵弱，不是国王军队的对手；王猛是一般的人，又无法与太傅相比，不值得忧虑。”
梁琛、乐嵩说：“胜败在于谋略，不在兵力多寡。秦国远道而来进犯，怎么肯不交战呢？再说我们应当用谋略以求胜，怎么能希望他仅仅不交战就行了呢！”
慕容暐不高兴。
王猛攻克壶关，抓获了上党太守南安王慕容越，所经过的郡县，全都闻风归附投降。前燕人十分震惊。
九月，前秦杨安攻打晋阳，晋阳兵多粮足，久攻不下。王猛留下屯骑校尉苟长戍守壶关，自己带兵帮助杨安攻打晋阳。他们挖了地道，让虎牙将军张蚝率领勇士数百人潜入城中，大声呼喊着冲破了关卡，接秦兵入城。
初十，王猛、杨安进入晋阳城，抓获了前燕并州刺史东海王慕容庄。太傅慕容评惧怕王猛，不敢继续前进，驻扎在潞川。
十月初十，王猛留下将军武都人毛当戍守晋阳，自己进军潞川，与慕容评相对峙。
二十一日，王猛派将军徐成去侦察前燕军队的布阵要略，要求他日到中天时返回，而他到了黄昏时分才回来。王猛大怒，要把他杀掉。
建武将军邓羌向王猛请求说：“如今敌众我寡，明天一早将要开战。徐成是大将，应该姑且宽恕他。”
王猛说：“如果不杀掉徐成，军法就无法确立。”
邓羌坚持请求说：“徐成是我邓羌本郡的将领，虽然说延误了期限应该斩首，但邓羌愿意和徐成一起效力决战以赎罪。”
王猛不同意。
邓羌大怒，回到军营，急促地敲响战鼓，率领着士兵，将要攻打王猛。
王猛询问邓羌这样做的缘故，邓羌说：“我们接受诏令讨伐远敌，现在却有近敌一味地要自相残杀，我想要先把他除掉！”
王猛赞扬邓羌仗义而又勇敢，派人去告诉他说：“将军别这样干了，我现在赦免徐成。”
徐成获免以后，邓羌到王猛那里谢罪。
王猛拉着他的手说：“我这是考验将军罢了，将军对本郡的将领尚且如此，何况是对国家呢，我不再忧虑敌人了！”
前燕太傅慕容评认为王猛孤军深入，想用持久对峙的办法来制服他。慕容评为人贪婪鄙俗，命令封山禁泉，自己则贩柴卖水，从中渔利，积攒的钱帛堆积如山，士卒们都怨恨愤慨，没有人心怀斗志。
王猛听说后笑着说：“慕容评真是个奴才，就是有亿兆兵众也不值得害怕，何况只有数十万呢！我今天在这儿打败他是肯定的了。”
于是，他就派游击将军郭庆率领五千骑兵，趁夜顺着小路出现在慕容评军营的后面，焚烧了他的轻重装备，火光在邺城中都能看到。
前燕国主慕容暐十分害怕，派侍中兰伊责备慕容评说：“你是高祖慕容廆（wěi）的儿子，应当为宗庙国家担忧，为什么不安抚战士反而贩柴卖水，只执迷于钱财呢？府库里的积蓄，朕与你共享，哪里有什么贫穷可忧虑？如果敌人最终进占，家国全都灭亡，你拥有钱帛又想往哪里放呢？”于是命令把他的钱帛全部发给军中士兵，而且督促他出战。
慕容评十分害怕，派使者去和王猛请战。
二十三日，王猛在渭源布开战阵并告诫士兵们说：“我王猛接受了国家的厚恩，肩负朝廷内外的重任，如今与诸君深入敌境，应当竭尽全力，殊死战斗，有进无退，共立大功，以报效国家。凯旋后接受贤明君主的封爵，在父母面前举杯庆祝，不也是很美妙的事情吗！”
兵众全都踊跃争先，破釜弃粮，高声呼喊着竞相前进。
王猛望见前燕的兵力众多，对邓羌说：“今天的战事，非将军不能攻破强大的敌人，成败的关键，在此一举，将军为此尽力吧！”
邓羌说：“如果能委任我为司隶校尉的话，您不必为此担心。”
王猛说：“这不是我所能做到的。我一定任命你为安定太守、万户侯。”
邓羌不高兴，退走了。
不一会儿，双方军队交战，王猛召唤邓羌，邓羌沉默不答应。
王猛策马跑到邓羌身边，答应了委任他为司隶校尉的要求，于是邓羌就在军帐中畅怀大饮，然后与张蚝、徐成等跨上战马，挥舞战矛，奔向前燕军阵。四番出入，旁若无人，杀伤数百人。
到中午时分，前燕军大败，被俘获斩首的有五万多人，前秦军乘胜追击，前燕被斩杀和投降的又有十万多人。慕容评只身匹马逃回邺城。
前秦的军队长驱东进，二十六日，包围了前燕都城邺城。
王猛上疏称：“臣在甲子（二十三日）那天，痛歼敌人。顺承陛下仁爱的心志，使六州之内的官吏百姓，在不知不觉中就改换了君主，除非执着迷误，违背命令的人，对官吏百姓一无伤害。”
前秦王苻坚回复王猛说：“将军此次出战时间没超过三月，而首恶元凶已被攻克，功绩震古烁今。朕现在亲自率领六军，星夜启程，火速赶赴。将军可以让士兵休整一下，等朕赶到以后，再攻取邺城。”
十一月，前秦王苻坚留下李威辅佐太子守卫长安，让阳平公苻融镇守洛阳，自己率领十万精锐士兵奔赴邺城，七天后抵达了安阳，宴请祖父、父亲时的故旧相识。
王猛悄悄地来到安阳谒见苻坚，苻坚说：“过去周亚夫不迎接汉文帝，如今将军面对敌人而抛下部队，为什么呢？”
王猛说：“周亚夫不迎接汉文帝是为了求取名声，我私下里很看不起他。而且我承奉陛下的声威，攻击行将灭亡的敌虏，就像釜中抓鱼，哪里值得多虑！太子年幼留守，君王乘远行，万一有不测，后悔莫及！陛下忘记了臣在霸上所说的话了吗？”
当初，前燕宜都王慕容桓率领一万多兵众驻扎在沙亭，作为太傅慕容评的后继部队，听说慕容评失败后，他带兵移驻内黄。苻坚派邓羌攻打信都。
初六，慕容桓率领五千鲜卑人逃奔龙城。初七，前燕散骑侍郎余蔚率领五百多扶余、高句丽及上党的人质，趁夜打开邺城北门让前秦的军队进入，前燕国主慕容暐与上庸王慕容评、乐安王慕容臧、定襄王慕容渊、左卫将军孟高、殿中将军艾朗等逃奔龙城。初十，前秦王苻坚进入邺城的王宫。
前燕国主慕容暐逃出邺城的时候，尚有一千多骑兵侍卫，等到出城以后，他们全都逃散，只有十多个骑兵跟随。前秦王苻坚让游击将军郭庆追击他们。当时道路艰难，孟高搀扶侍奉慕容暐，还要跑前跑后地保护乐安王慕容臧和定襄王慕容渊，辛劳非常。途中遇上强盗，只得边打边走。
几天以后，他们走到福禄，靠着坟墓休息时，突然来了二十多个强盗，全都手持弓箭，孟高挥刀与他们搏斗，杀死杀伤了数人。
孟高疲劳至极，自觉得必死无疑，于是就冲上前去抱住一个强盗，把他打倒在地，大喊道：“男儿完了！”
其他强盗从旁边向孟高射击，射死了他。艾朗看到孟高独自搏斗，也返回来冲向强盗，一并被射死了。
慕容暐失去了马匹，只好步行，郭庆在高阳追上了他，部将巨武正要把他捆绑起来，慕容暐说：“你是哪里的小人，胆敢捆绑天子！”
巨武说：“我接受诏令追击盗贼，管你什么天子？”然后押着他到了前秦王苻坚那里。
苻坚责问慕容暐为什么不投降而逃跑，慕容暐回答说：“狐狸要死在自己的洞穴，我想归葬于先人的墓地罢了。”
苻坚为他感到悲哀，释放了他，命令他返回王宫，率领文武大臣出来投降。慕容暐向苻坚称颂孟高、艾朗的忠诚，苻坚命令对他们加以厚葬，提升他们的儿子为郎中。
各州州牧、太守以及六夷首领全都向前秦投降，前秦共得到一百五十七郡，二百四十六万户，九百九十九万人。
苻坚将前燕的宫女、珍宝分别赏赐给众将士，下达大赦诏令称：“朕以寡薄之德，辱承尊命，不能以道义安抚远方的民众，以怀柔征服天下，以至于使战车屡屡出征，有害于百姓，虽然这是百姓的过错，然而也是朕的罪行。现在大赦天下，与百姓一起从头开始。”
苻坚任命王猛为使持节、都督关东六州诸军事、车骑大将军、开府仪同三司、冀州牧，镇守邺城，晋升爵位为清河郡侯，将慕容评宅第中的东西全都赐给了他。赐封杨安博平县侯爵位。任命邓羌为使持节、征虏将军、定安太守，赐封真定郡侯爵位。任命郭庆为持节、都督幽州诸军事、幽州刺史，镇宁蓟城，赐封襄城侯爵位。对其余将士的赐封奖赏各有等差。
苻坚任命韦钟为魏郡太守，彭豹为阳平太守，其余州县的牧、守、令、长，全都根据过去的人选加以任命。
苻坚任命前燕的常山太守申绍为散骑侍郎，让他和散骑侍郎韦儒一起作为绣衣使者，巡视关东州郡，观察风俗民情，劝勉农耕蚕桑，赈济抚恤贫困，收殓安葬死者，表彰节义行为，前燕的政令有不利于百姓的，全都加以修改、废除。
十二月，前秦王苻坚把慕容暐以及前燕的王后、妃嫔、王公、百官连同四万多户鲜卑人，一起迁移到了长安。
淝水之战
晋孝武帝太元八年（383）
七月，前秦王苻坚下达诏令，开始大举入侵东晋。百姓中每十个成年人选派一人充军，良家子弟中年龄在二十岁以下，有才能勇气的人，全都授官羽林郎。
苻坚说：“晋朝任命司马昌明为尚书左仆射，谢安为吏部尚书，桓冲为侍中。以此形势来看，凯旋的时间不会太远，可以先行起身于家，出任官职。”
良家子弟应征的有三万多骑兵，苻坚任命秦州主簿赵盛之为少年都统。
这时，满朝大臣都不想让苻坚出征，唯独慕容垂、姚苌及良家子弟对此加以劝勉。
阳平公苻融向苻坚进言说：“鲜卑、羌族的虏臣[1]，是我们的仇敌，经常盼望着风云变化以实现他们的心愿。如今陛下相信并采纳了他们的话，轻率地进行大规模行动，臣恐怕既不能成就战功，随之还会产生后患，悔之不及！”
苻坚没有听从。
八月初二，苻坚派遣阳平公苻融督帅张蚝、慕容垂等人的步、骑兵二十五万人作为前锋，任命兖州刺史姚苌为龙骧将军，督益、梁州诸军事。
苻坚对姚苌说：“过去我靠龙骧将军的官位建立了大业，未曾轻易地把这个官位授予别人，你努力干吧！”
左将军窦冲说：“君王无戏言，这话是不祥之兆！”
听完，苻坚沉默不语。
慕容楷、慕容绍向慕容垂进言说：“主上的骄纵傲慢已经非常严重，叔父建立中兴大业，就在此行！”
慕容垂说：“对，除了你们，谁能和我一起成就大业呢？”
初八，苻坚发兵长安，将士共有六十多万，骑兵二十七万，旌旗战鼓遥遥相望，绵延千里。
九月，苻坚抵达项城。凉州的军队刚刚到达咸阳，蜀、汉的军队正顺流而下，幽州、冀州的军队到了彭城，东西万里，水陆并进，运输军粮的船只多达万艘。阳平公苻融等人的部队三十万人，先期抵达颍口。
东晋下达诏令，任命尚书仆射谢石为征虏将军、征讨大都督，任命徐兖二州刺史谢玄为前锋都督，与辅国将军谢琰、西中郎将桓伊等人的兵众八万人抵抗前秦，让龙骧将军胡彬带领五千水军援助寿阳。
这时前秦的军队已经非常强盛，东晋京城里的人震惊恐惧。
谢玄入朝，向他的叔叔谢安询问应对之策，谢安一副平静的样子，回答说：“已经另有打算了。”紧接着就闭口无言。
谢玄不敢再问，就让张玄重新请求指令。
于是谢安就命令驾车出游山间别墅，亲戚朋友云集，与谢玄在别墅玩围棋赌博。
谢安的棋术一直不如谢玄，这天，谢玄由于内心恐惧，在有利的形势下投子打劫，反而还不能获胜。于是谢安就登山漫游，到晚上才回来。
桓冲对国家的根基大业深以为忧，派精锐部队三千人入城保卫京师。
谢安固执地阻拦他，说：“朝廷的处理办法已经决定，士兵武器都不缺乏，应该留在西藩之地以做防备。”
桓冲对藩府参佐叹息道：“谢安有身居朝廷的气量，但不熟悉带兵打仗的方法。如今大敌临头，还尽情游玩，高谈阔论不止，只派遣未经战事的年轻人前去抵抗；再加上数量不足，力量软弱，天下的结局可以知道了。我们将要受外族的统治了！”
十月，前秦阳平公苻融等攻打寿阳，很快就攻克了寿阳，擒获了平虏将军徐元喜等人。苻融任命他的参军郭褒为淮南太守。
慕容垂则攻下了郧城。
胡彬听说寿阳被攻陷，便后退守卫硖石，接着苻融又进军攻打硖石。前秦卫将军梁成等率领五万兵众驻扎在洛涧，沿淮河布防以遏制东面的部队。
谢石、谢玄等在距离洛涧二十五里的地方驻军，由于惧怕梁成而不敢前进。
胡彬的粮食耗尽，秘密地派遣使者向谢石等报告说：“如今贼寇强盛而我的粮食已经耗尽，恐怕不能再见到大军了！”
前秦人擒获了胡彬，把他送交给阳平公苻融。
苻融便急速派使者向前秦王苻坚报告说：“现在贼寇力量不足，容易擒获，只是怕他们逃走，应该迅速率兵前来。”
于是苻坚就把大部队留在项城，带领八千轻装骑兵，日夜兼程赶赴寿阳与苻融会合。
苻坚派尚书朱序前去劝说谢石等人，认为：“形势强弱悬殊，不如迅速投降。”
朱序私下里却对谢石等人说：“如果前秦国的百万兵众全部抵达，确实难以与他们抗衡。如今乘着各路军队尚未会集，应该迅速攻击他们。如果能打败他们的前锋部队，那他们就已经丧失了士气，最终就可以攻破他们。”
谢石听说苻坚在寿阳，十分害怕，想用不交战的办法来拖垮前秦的军队。谢琰劝说谢石听从朱序的话。
十一月，谢玄派广陵相刘牢之率领五千精兵开赴洛涧，在离洛涧十里的地方，梁成扼守山涧部署兵阵以等待刘牢之。
刘牢之径直向前渡河，攻击梁成，大败梁成，斩杀了梁成以及弋阳太守王，又分派部队断绝了他们归途上的渡口。前秦的步、骑兵全都崩溃，争先恐后地逃向淮水，死亡的士兵有一万五千人，抓获了前秦扬州刺史王显等人，全部收缴了他们的武器军粮。
于是，谢石等各路军队，从水路、陆路相继进发。
前秦王苻坚与阳平公苻融登上寿阳城观望，只见东晋的军队布阵严整，又望见了八公山上的草木，也以为都是东晋的士兵。
苻坚转头对苻融说：“这也是强敌，怎么能说他软弱呢？”
他茫然若失，脸上开始有了恐惧的神色。
前秦的军队紧逼淝水而布阵，东晋的军队无法渡过。
谢玄派使者对阳平公苻融说：“您孤军深入，然而却紧逼淝水部署军阵，这是长久相持的策略，不是想迅速交战的办法。如果能移动兵阵稍微后撤，让晋朝的军队得以渡河，以决胜负，不也是很好的事情吗？”
前秦众将领都说：“我众敌寡，不如遏制他们，使他们不能上岸，这样可以万无一失。”
苻坚说：“只带领兵众稍微后撤一点儿，让他们渡河渡到一半，我们再出动铁甲骑兵奋起攻杀，没有不胜的道理！”
苻融也认为可以，于是就挥舞战旗，指挥兵众后退。
此时，朱序在军阵后面高声呼喊：“秦军失败了！”
兵众们听到后就狂奔乱逃，前秦的军队一退便不可收拾。谢玄、谢琰、桓伊等率领军队趁机渡过河攻击他们。
苻融驰马巡视军阵，想来率领退逃的兵众，结果战马倒地，苻融被东晋的士兵杀掉，于是前秦的军队就崩溃了。
谢玄等乘胜追击，一直追到青冈，前秦的军队大败，自相践踏而死的人，遮蔽山野堵塞山川。逃跑的人听到刮风的声音和鹤的鸣叫声，都以为是东晋的军队将要来到，昼夜不敢停歇，慌不择路，风餐露宿，冻饿交加，死亡的人十有七八。朱序乘机与张天锡、徐元喜都来投奔东晋。
晋军缴获了前秦王苻坚所乘坐的装饰着云母的车乘，又攻取了寿阳，抓获了前秦的淮南太守郭褒。
苻坚中了流箭，单人匹马逃到淮河以北，十分饥饿，有的百姓送来了盛在壶里的水泡饭、猪骨头，苻坚吃了下去，赏赐给他们十匹布帛，十斤绵。
这些人推辞说：“陛下厌倦困苦，安于享乐，自取危难。我是陛下的儿子，陛下是我的父亲，哪里有儿子给父亲饭吃还求取报偿的呢？”
赏赐的那些东西他们连看也没看就离开了。
苻坚对他的夫人张氏说：“我如今再以什么面目去治理天下呢！”说着便潸然泪下。
谢安接到了驿站传递的书信，知道前秦的军队已经失败，当时他正与客人下围棋，拿着信放到了床上，毫无高兴的样子，继续下棋。
客人问他是什么事，他慢条斯理地回答说：“小孩子们已经最终攻破了寇贼。”
下完棋以后，他返回屋里，过门槛时，高兴得竟然连屐齿被折断都没有发觉。
[1]鲜卑虏臣指慕容垂。太和四年（369），前燕慕容垂大败东晋桓温，却被慕容评忌恨排挤，于是投奔前秦。太元九年（384），慕容垂起兵反叛前秦，建立后燕。羌族虏臣指姚苌。升平元年（357），姚氏率领的羌族部众被前秦打败，姚苌投降前秦。太元九年（384），姚苌建立后秦，起兵反叛前秦。太元十年（385），姚苌杀死苻坚。
王恭叛乱
晋安帝隆安元年（397）
正月初一，晋安帝司马德宗行加冕礼，改年号为隆安，任命左仆射王珣为尚书令；领军将军王国宝为左仆射，兼管官员任免升降，仍兼任后将军、丹杨尹。
会稽王司马道子把东宫太子的兵马全部分配给王国宝，让他带领这些部队。
四月，东晋仆射王国宝、建威将军王绪等人依附于会稽王，收受贿赂，穷奢极欲，无法无天已达到了极点。他们厌恶王恭[1]、殷仲堪[2]，劝会稽王削减他们二人的兵权。
朝廷内外流言四起，人心动荡不安。
王恭等人各自都在整理兵甲，训练部队，上奏章请求北上讨伐。会稽王对他们怀有疑心，下诏以盛夏出兵妨碍农业生产为由，命令他们解除战备状态。
王恭派人去见殷仲堪，商议声讨王国宝等人的事情。
南郡公桓玄也因为未能当上大官，郁郁不得志，打算趁此机会借助殷仲堪的兵马势力制造混乱，就对殷仲堪说：“王国宝与你们几个人向来都是死对头，只怕消灭你们的时间来得不快。现在他既然已经执掌了大权，并且与王绪内外呼应，他们所想要改变的事，没有一件达不到目的。
“王恭处在国舅的位置上，王国宝不一定敢加害他，但你是先帝提拔起来的，超越常规地独领一方。人们都认为你虽然头脑清楚，有才干，却不是封疆大吏的人才。他们如果征召你回朝做中书令，任命殷觊为荆州刺史，你将如何应付？”
殷仲堪说：“我也忧虑很长时间了，你认为怎么办才好呢？”
桓玄说：“王恭为人正直，嫉恶如仇，你应该暗地里和他联合起来，约定时间，仿效战国赵鞅发动晋阳之兵马，以清除君侧之恶人的办法，东西两面一齐起兵。桓玄我虽然不成材，也愿意率领荆州、楚州两地的英雄豪杰，手拿武器充任前锋。这是齐桓公、晋文公似的功勋啊！”
殷仲堪心中以为他说得很对，于是向外联络雍州刺史郗恢，内部又与自己的堂兄南蛮校尉殷觊、南郡相江绩等人一起谋划。
殷觊说：“作为国家的大臣，应当各自坚守自己的职责，朝廷里的是非对错，怎么能是做地方官员的人可以干预的？所说仿效晋阳出兵一事，我不敢听闻参与。”
殷仲堪坚决邀请他出来一块干，殷觊大怒说：“我前进一步不会同意，退后一步不会反对。”
江绩也竭力地分析认为不可。殷觊恐怕江绩说得太激烈，招来祸患，便坐在那里从中调解。
江绩说：“大丈夫怎么能用死来威胁呢？我江仲元活了六十岁，只是没有找到值得我去死的地方罢了！”
殷仲堪忌惮江绩的坚定正直，因此任命杨佺期代替江绩为南郡相。朝廷得知了这个消息后，征召江绩回朝廷担任御史中丞。殷觊借口自己食用寒食散之后药性发作，辞去了职位。
殷仲堪去看望他，对殷觊说：“堂兄的病实在值得忧虑。”
殷觊说：“我的病至多不过是我个人身死，你的病发作却会招致灭门大祸呀。你应当深深地爱惜保护自己，不要挂念我。”
雍州刺史郗恢也不愿意一起干。殷仲堪犹疑不决。
正巧王恭派来的信使来到，殷仲堪应允了王恭的约定，王恭非常高兴。
初七，王恭便上奏章陈述了王国宝的罪状，同时发动部队前去讨伐。
当初，晋孝武帝司马曜重任左仆射王珣。后来，孝武帝突然驾崩，王珣没来得及接受先帝的委托做顾命大臣，现在失去权势，只好一言不发。
初十，王恭的奏章送到朝中，朝廷内外十分紧张，戒备森严。
会稽王问王珣道：“王恭、殷仲堪两股地方势力发动叛乱，你知道这件事吗？”
王珣说：“朝廷内部政治事务的好坏得失，我都不曾参与，王恭、殷仲堪两个人所发动的反叛，我怎么能知道呢？”
王国宝异常惶恐惧怕，不知如何是好，派了几百人到竹里去守卫，因为夜间遇到风雨大作，各自散去回家了。
王绪给王国宝出主意，让他假借会稽王的命令，召集王珣、车胤前来，将他们杀掉，先除掉有声望的人，然后以此要挟安帝和会稽王调兵讨伐两个藩臣。王国宝同意了王绪的建议。
王珣、车胤来到之后，王国宝又不敢杀害，只好再向王珣询问解决的方法。
王珣说：“王恭、殷仲堪与您素来没有什么深仇大恨，他们所要争的不过是一些权势利益罢了。”
王国宝说：“莫非要把我当成曹爽吗？”
王珣说：“你这是什么话呀？您哪里有曹爽那么重的罪过，王恭又哪里是宣帝司马懿那样的人呢？”
王国宝又向车胤问计，车胤说：“过去，桓温围困寿阳，很长时间才攻克。现在朝廷如果派兵去攻，王恭便一定会坚守。倘若京口还没有攻下，长江上游的殷仲堪又带兵突然乘虚而来，您准备怎样对付他呢？”
王国宝更加恐惧，于是上了一道奏章请求解除一切官职，前往宫门等待朝廷定罪。奏章刚送上去，他又后悔了，因此谎称安帝已经下诏恢复他原来的官职。
会稽王司马道子为人愚昧懦弱，只求暂时平息此事，便把一切罪过完全推到王国宝身上，并派遣骠骑谘议参军谯王司马尚之前去逮捕王国宝，交到廷尉那里去问罪。
十七日，安帝下诏，命令王国宝自杀，把王绪绑赴街市斩首，并派使者前去面见王恭，对自己的过失表示深深的歉意。
于是王恭带兵回京口。
王国宝的哥哥侍中王恺、骠骑司马王愉一起恳请辞职。会稽王因为王恺、王愉与王国宝不是同母所生，彼此的关系又历来不和，就都不予追究。
殷仲堪虽然已经答应王恭一起声讨王国宝，但仍然犹豫，不敢带兵东下。听说王国宝等已死，才开始上疏朝廷，调动大兵，派遣杨佺期去驻守巴陵。会稽王写信阻止，殷仲堪才回师。
王恭第一次叛乱至此平息。
会稽王的长子司马元显十六岁，聪明能干，此时在朝中担任侍中。他提醒司马道子说，王恭、殷仲堪到头来一定会成为祸患，请在暗地做好准备。
于是司马道子任命司马元显为征虏将军，把自己的卫队以及徐州的军政要员全部交给司马元显管辖。
晋安帝隆安二年（398）
二月，会稽王忌恨王恭、殷仲堪对他形成的威逼，因为谯王司马尚之和他的弟弟司马休之有雄才大略，便把他们二人当作心腹。
谯王劝会稽王说：“现在的局面是，在外方镇守的封疆大吏势力强盛，在朝中的宰相，权力反倒很微弱，您应该在外地的要职上安排心腹之人，以便为自己设置屏障和卫护势力。”
会稽王依从了他的计策，任命其司马王愉为江州刺史，都督江州及豫州之四郡军事，以此作为自己的呼应和援手。他从早到晚地与司马尚之谋划商量，等待四方出现什么空隙和机会。
七月，桓玄请求任广州刺史。会稽王非常忌惮桓玄，本来不打算让他长期居住在荆州，便根据他的请求，任命桓玄为督交广二州军事、广州刺史。桓玄接受了这个任命却不去就任。
豫州刺史庾楷因为会稽王割除了他所统辖的四个郡交给江州刺史王愉掌管，便上奏疏说：“江州地处内地，而西府历阳却在北方与贼寇相连接，不应该让王愉分管四郡。”
朝廷不批准他的意见。
庾楷大怒，派遣他的儿子庾鸿去向王恭游说道：“谯王司马尚之兄弟又独揽了朝廷的机要权柄，超过了王国宝。他们打算借助朝廷的威权来削弱地方上的实力，回想以前所发生过的事，他们将制造的祸乱，实在无法预测。现在趁他们的阴谋还没有计划完成，应该尽早地想办法对付他们。”
王恭也觉得是这样，把这意见转告了殷仲堪和桓玄。殷仲堪、桓玄同意王恭的意见，并且推举王恭作为盟主，约定日期，一起率领大军前往京师剿除奸佞。
这时，东晋朝廷内外疑虑纷纷，交通阻塞，水陆关卡林立，形势危急而严峻。
殷仲堪用斜纹的绢绸给王恭写了一封书信，藏在箭杆之中，然后装上箭头，涂上油漆，托庾楷转交给王恭，王恭打开信，因为绢的角上抽丝，不再能确切地辨出是殷仲堪的亲笔手书，怀疑此信是庾楷伪造的，况且想到去年讨伐王国宝时，殷仲堪曾经违反期约，按兵不发，这次也一定会同去年一样，因此便先行向都城大举进兵。
司马刘牢之劝谏他说：“将军您是皇帝的舅父，会稽王是皇帝的叔父。会稽王现在又正在当朝，掌握着国家的大政，他过去曾经因为您而杀了他非常宠爱的王国宝和王绪，后来又把王（xīn）写给他的指控您的书信送给了您。畏惧您的表象已经很多。
“他最近所作的人事任命，虽然不能说是公允恰当，但也不是什么太大的过失。把庾楷所辖的四个郡割让给王愉统领，对于将军又有什么损害呢？晋阳的兵甲战事，怎么可以一次又一次地不断发动呢？”
王恭拒不听从，向朝廷呈上奏书，请求发兵讨伐王愉和司马尚之兄弟。
司马道子派人向庾楷游说道：“过去我和你，恩情如同骨肉，在帷帐中尽情欢饮，结带密谈，可以说是再亲近也没有的了。你今天抛弃了过去的好朋友，结交了新的援手，难道你忘记王恭过去欺凌、侮辱你的耻辱了吗？如果你打算委屈自己甘愿做他的臣属，那么等到王恭一旦真的达到了目的，他一定会认为你是一个反复无常的小人，怎么能深深地亲近、相信你？那时候，恐怕你性命都还不容易保全，更何况富贵呢？”
庾楷大怒说：“王恭过去到京师参加先帝的葬礼，相王忧愁恐惧，无计可施，我知道事情的紧急，才带了兵马前来，使得王恭不敢当时发作。去年的事情，我也是随时等候命令行动。我侍奉相王，没有一点儿对不起他的地方。相王无法抗拒王恭，反而诛杀了王国宝与王绪，从那时以来，谁还敢再去为相王尽心尽力呢？我庾楷是实在不能把全家交给别人来屠杀呀！”
这时，庾楷已经响应了王恭发出的讨伐奸佞的檄文，正在征召兵马。庾楷的复信送给司马道子之后，朝廷上下一片忧虑恐惧，京城内外戒严。
会稽王的长子司马元显向父亲进言说：“上次我们没有讨伐王恭，因此才有了今天这场灾难。今天如果还像上一次那样满足他们的要求，您太宰的杀身之祸可要到了。”
会稽王此时已经慌得不知所措，把事情全部交给司马元显办理，自己每天只是痛饮美酒而已。
司马元显聪颖机警，颇晓得一些文章义理，志向气度果敢敏锐，也能把天下的安危当作自己的责任。依附于他的人，都称赞司马元显英明勇武，很有明帝的风度。
殷仲堪听说王恭已经向京师大举进兵，自己因为去年拖延了出兵的期约，也马上集结部队，尽快出发。殷仲堪素来对带兵打仗很不熟悉，把指挥军事行动的权力，完全委托给了南郡相杨佺期兄弟，派遣杨佺期统率五千水军做前锋，然后派桓玄做第二队，最后由殷仲堪自己统率兵士两万人，紧跟他们而顺流东下。
杨佺期自己认为从他的祖先东汉太尉杨震一直到他的父亲杨亮，九代都以才能仁德而著名，始终以自己的门第为骄傲，以为这是东晋的所有世家都赶不上的。有的人拿他同东晋尚书左仆射王相比，杨佺期还异常愤恨。
但是因为他们家族逃亡到江南的时间较晚，所以婚姻与仕途都不得意。杨佺期和他的哥哥杨广、弟弟杨思平、堂弟杨孜敬等人性格都很粗犷豪迈，经常受到别人的排挤打压。杨佺期对此常常衔恨切齿，慷慨激昂，正打算找一个机会痛快施展，实现自己的抱负，因此他也非常赞成殷仲堪的计划。
八月，杨佺期、桓玄突然来到湓口，王愉根本没有防备，惊慌失措，匆匆逃往临川。桓玄派遣小股部队去追赶他，并把他生擒回来。
九月初二，东晋朝廷授予会稽王司马道子黄钺，任命会稽王长子司马元显为征讨都督，又派遣卫将军王珣、右将军谢琰带兵讨伐王恭，派遣谯王司马尚之带兵讨伐庾楷。
初十，谯王司马尚之在牛渚将庾楷打得大败，庾楷单人匹马投奔桓玄。会稽王任命谯王为豫州刺史，谯王的弟弟司马恢之为骠骑司马、丹杨尹，司马允之为吴国内史，司马休之为襄城太守，并让他们各自拥有部队，来作为自己的援手。
十六日，桓玄在白石将朝廷的部队打得大败。桓玄与杨佺期开进到了横江。司马尚之退兵逃走，司马恢之所统领的水军全军覆没。
十七日，会稽王搬到中堂去住，司马元显驻守石头城。
二十日，王珣行进到京师北郊，谢琰则在宣阳门屯下重兵以防意外。
王恭历来仗恃自己的才能和地位傲视凌辱同僚，逼杀王国宝之后，他更自以为他的声威没人敢违逆。他既依仗刘牢之作为自己的爪牙，又只把他当作自己私人的部将那样对待，刘牢之对自己的才能很自负，感到深深的羞辱和气愤。
司马元显知道这种情况，便派遣庐江太守高素去游说，唆使刘牢之背叛王恭，并且答应他事成之后便把王恭的职位、封号全部转授给他。
高素又把会稽王的书信交给了刘牢之，向他陈说了祸福利害。
刘牢之对他的儿子刘敬宣说：“王恭过去蒙受先帝的大恩大德，今天又是皇上的舅舅，但是他不能作为羽翼拥戴王室，反而多次向京师发兵，我真不能想象王恭的野心有多大。
“他的计划一旦实现，他还能继续处在皇上和相王的手下吗？我打算遵奉朝廷的威仪与旨意，用顺乎民心的举动来讨伐叛逆，你看如何？”
刘敬宣说：“现在的朝廷虽然没有周成王、周康王当政时那么完美，但是也没有周幽王、周厉王那样的昏庸残暴。而王恭却依仗军队的威势，粗暴地蔑视、凌辱王室。
“父亲您与他在感情上既不是骨肉关系，在道义上也不是君臣关系，虽然一起共事一段时间，脾气秉性爱好也并不很和谐、投机。你今天去讨伐他，于情义没有什么干系。”
王恭的参军何澹之知道了他的打算和计划，把这些告诉了王恭。
王恭因为知道何澹之历来与刘牢之有矛盾，所以没有相信何澹之的话。
于是，他备办下酒席，宴请刘牢之，当着众人的面，拜刘牢之为义兄，又把自己的精锐部队和一切好的装备，全部配备给刘牢之，让他率领帐下督颜延作为前锋。
刘牢之来到竹里，便斩了颜延宣布投降朝廷。他派他的儿子刘敬宣和他的女婿东莞太守高雅之回击王恭。王恭此时正在城外阅兵示威，刘敬宣驱使骑兵拦腰进攻他的队伍，王恭的军队全部溃败。
王恭想要回城，高雅之已关闭了城门。王恭单人匹马逃奔曲阿。他平时不怎么习惯骑马，以致把大腿内侧磨破了。
殷确是王恭过去的下属，他用船载着王恭，打算前去投奔桓玄，刚到长塘湖，却被人告密，把他抓住，押送京师，在倪塘斩首。
王恭临死时，还在从容不迫地梳理着自己的胡须，神色像平时那样自然。
他对监督施刑的人说：“我自己的昏庸就在于我轻率地相信别人，才到了今天这个地步。不过追究我的本意，我哪里是不忠于朝廷啊？但愿百代以后的人们能知道有过我王恭这个人。”
他和他的儿子兄弟、同伙全部被处死。东晋朝廷任命刘牢之为都督兖州、青州、冀州、幽州、并州、徐州、扬州晋陵诸军事，替代了王恭。
不久，杨佺期、桓玄来到石头城，殷仲堪也来到芜湖。
司马元显从竹里飞马回到京师，派遣丹杨尹王恺等征发京邑的百姓几万人据守石头城，以抵抗杨佺期、桓玄的进攻。杨佺期、桓玄等人向朝廷呈上奏章为王恭申辩讲理，请求诛杀刘牢之。刘牢之则统率北府属下的军队迅速赶到京师，驻扎在新亭。
杨佺期、桓玄一看这种情况，大惊失色，只好把部队撤退到蔡州。
朝廷并不了解西部殷仲堪部队的虚实，看到殷仲堪等人拥有几万人，遍布京郊的山野，感到内忧外患，互为交逼。
左卫将军桓脩是桓冲的儿子。他向司马道子进言道：“西部这支军队可以做说服工作使他们分化瓦解，我知道他们内部的情况。殷仲堪、桓玄以下的人们，全都是依赖王恭，王恭既已被杀，西部这支部队一定会感到沮丧恐慌。现在如果答应用很大的好处来引诱桓玄和杨佺期，他们二人一定会心中暗喜。这样，桓玄可以制住殷仲堪，杨佺期也可能叛降过来，殷仲堪自然可以拿下。”
司马道子采纳了他的意见，任命桓玄为江州刺史；召郗恢回朝任尚书；任命杨佺期代替郗恢任都督梁、雍、秦三州诸军事，雍州刺史；任命桓脩为荆州刺史，暂时兼管左卫将军所属文武官员并到那里去镇守，命令刘牢之派一千人护送桓脩。
朝廷又贬黜殷仲堪为广州刺史，派殷仲堪的叔父太常殷茂去宣读诏书，敕令殷仲堪马上撤回部队。
十月，殷仲堪接到朝廷的诏书，勃然大怒，催促桓玄、杨佺期继续向京师进军。
桓玄等对朝廷的任命感到高兴，打算接受，正在犹豫不决。
