库恩听说戴尔之死非常高兴，很快他又得知了更好的消息。他的老对手约翰·乔丹现在掌管着两艘船，并且因为担心他的朋友纳撒尼尔·考托普，起航前往东方了。乔丹刚抵达马来半岛的一个避风港，就发现有3艘荷兰船尾随而来。它们堵住了港口入口，趁乔丹的船停泊在那里时发起了攻击。乔丹勇猛还击，但在约50名士兵战死后，他打出了停战旗，准备和谈。“乔丹出现在‘桑普逊’号（Sampson）主桅杆前……荷兰人在那儿窥视着他，非常阴险地朝他开了枪，有一枪击中了靠近心脏的地方，之后不到半个小时他就死于这处枪伤。”乔丹的死亡引起了众怒，特别是所有被问到的人都能证实，他当时正在谈判投降的事情。“我们高贵的船长在与亨利·约翰逊［荷兰指挥官］谈判时被杀。”一个船员写道。“主管提出和谈，并且正与亨利·约翰逊谈话时，却遭致命枪击。”另一个船员记录道。据其他人称，是库恩本人命令杀死乔丹的。“约翰·彼得·萨空［库恩］把一根价值1400荷兰盾的金项链送给亨利克·扬森，亲自戴在他脖子上，还送了100里亚尔给亲手开枪杀死了船长的那个人。”
荷兰东印度公司董事会被这件事搞得很狼狈，他们采取了非同寻常的程序，发布了一个正式文告陈述这一事件：
你们的船长和我们的指挥官来到舱口上面，开始协商［当时两船并排相靠］。因为时间来不及，我们的其他船只无法得知上述谈判。“晨星”号不知道双方舰队指挥官之间发生了什么，所以开了火。一枪击中了你们船长的腹部，但这一枪不是专门瞄准他的，这个不幸也可能发生在我们自己的指挥官身上，因为一发子弹［来自“晨星”号］打中了他自己的船。
无论事实是否如此，库恩的地位因戴尔和乔丹之死变得稳固了。他现在只有一个眼中钉，那就是纳撒尼尔·考托普，考托普守住岚屿堡垒的决心一如从前一样坚定。
有关托马斯·戴尔爵士舰队失败的消息很久才传到岚屿。1619年2月13日，那次海战后的一个多月，考托普发现有3艘荷兰船驶向内拉岛，“其中一艘的船头撞角被炸掉了，船身被射了40个洞”。他的情报员告诉他，库恩正在安汶岛忙着组织一支庞大的舰队，准备对雅加达发起全面进攻。不久，考托普沮丧地得知，戴尔的舰队已经驶往印度。“这令我不安，”他在日记中写道，“因为他们既不知道方向，又无储备。”很快，更糟的消息来了。考托普的老朋友乔治·马斯卡姆来信告知了乔丹的死讯，乔治本人也处在死亡边缘。“我失去了右腿（被炮弹炸断），又没有药物可敷，正忍受痛苦的折磨……我也不太看重我的生命了，支持我活下去的安慰和勇气一天天减少。”他在信的结尾说，考托普反抗的事迹远近皆知：“毫无疑问，我们那些尊敬的东家都会重视你的贡献。”他们确实是这么做的：随着颂扬考托普坚持抵抗的报告传到伦敦，董事会投票决定，每年奖励他100英镑，以表彰他对国王和公司的贡献。
当考托普得知他和手下人已经被抛弃的命运时，他最识时务的做法就是向荷兰人投降。他英雄般的抵抗早已超过了职责范围，即使现在放弃，他的荣誉也丝毫不会受损。但经历了3年多苦难，现在却要屈服，这不是考托普的个性。他要选择一条更光荣的道路，发誓要为守卫岚屿的堡垒战斗到底。他已身无分文，到了要用手下人剩下的随身物品换取基本需求品的地步，但大家的食物总是不够吃，开始有病人死去，这些病人很多是死于喝污水染上的痢疾。考托普记录了他们的惨状：“我们已经瘦得皮包骨头了。”考托普每天都把营养不良的部下召集在一起，激励他们面对野蛮的荷兰人要立场坚定。每天，大家都发誓要支持“船长”（考托普），对他的话报以大声的欢呼。他们加强防守，把大炮装满火药，等待荷兰人即将开始的进攻。
1620年10月18日，考托普得到了一个振奋人心的好消息。大班达岛土著居民举行起义，反抗荷兰人，那里陷入了混乱。据传，他们现在想加入考托普的队伍，对讨厌的荷兰人发起一次全面进攻。对于考托普来说，这条消息来得正是时候。他立刻决定造访大班达岛，向土著灌输他曾向手下的英国人灌输的那种坚决抵抗的思想。但他手下的人习惯了长期依赖考托普，很不愿意让他去大班达岛，哪怕在夜幕掩护下也不行，大家都求他三思而后行。“我求他别走，”他的副手罗伯特·海斯说，“但他拒绝了。”
“于是，那天夜里，考托普和他的侍从威廉带着步枪和武器一起出发了，他们答应5天内回来。”但大家都不知道，岚屿潜伏着一个伪装成落单逃兵的荷兰人，他把考托普的动向报告给了内拉岛的荷兰总督。总督几乎不敢相信他有这样的好运，立刻采取了行动，配备好一条武装精良的小船，并令其出海执行一项简单的命令：杀死这个麻烦的英国人。袭击者要做到万无一失，他们精心考虑袭击考托普的地方，最后选择了海峡一段变化莫测的水域，那儿的海流和潮水会让考托普没有回旋的余地。
这些荷兰士兵在夜幕降临时出海，在离艾岛海岸线约两海里处埋伏下来。几个小时过去了，他们除了艾岛模糊的剪影之外什么都看不见，但“凌晨两三点时”，一盏灯进入了视线——是考托普的船。他们在一片漆黑中等待着，直到考托普的船几乎撞上他们，进入了陷阱和包围圈中，他们才突然开枪。考托普立刻还击，他带着的武器就是为这样的袭击准备的。但从一开始，这就不是一场势均力敌的战斗。尽管考托普短暂地压制住了荷兰人的火力，但他注意到还有一艘船在接近，带着“40多条短枪”。他毫不畏惧，一枪枪地还击，直到他的“枪管堵塞”，无法继续开火。他把枪扔进水里，成了瓮中之鳖——一个没有武器、没有防卫的活靶子，面对的是50多名荷兰士兵。他很快等来了自己命运的结局。“他胸部中了一枪，坐了下来……接着就跳进了海里，身上还穿着衣服。”这是他生前的最后一幕。
考托普已经“被荷兰人所杀”的消息慢慢传遍班达群岛，直到他死后一周的1620年10月27日，留在岚屿上的英国人才得知这个导致他们船长丧生的阴谋。噩耗传来，他们痛不欲生。整整4年，他们在能力卓越的考托普的领导下，忍受着极大的苦难，抵抗着比他们强大几百倍的兵力。现在考托普死了，他们前途一片暗淡。大家从最初的震撼中清醒过来之后，考托普的副手罗伯特·海斯召开了一次会议，问大家愿不愿意接受他当领导。大家没有丝毫犹豫，发出一声巨大的怒吼，“大家都说，从前船长领导他们，而现在他们都愿意让海斯领导他们”。
大家表现得十分勇敢，但考托普死后，他们已不再有那种坚持抵抗的精神，他们在岚屿上的英勇表现已近悲壮惨烈的尾声。由于很多人死于疾病，漫长的通宵守夜使这些吃不饱的幸存者情绪低落，尤其现在已经没有“船长”来激励他们了。他们的结局很快到来了。荷兰总督派了25艘船和一支大军来到岚屿，打算大规模正面进攻。“这时，土著来找海斯，问他是否愿意保卫他们，并告诉他，如果他愿意，他们就将战斗到最后一个人。但海斯回答说，他不可能也没有能力保卫他们。”
于是，荷兰人“在没有遭遇抵抗的情况下登陆”，向“岛上那些可怜巴巴的人”高谈阔论了一通。荷兰人知道这一小批英国人完蛋了，就把愤怒转移到土著身上。“他们强迫这些人拆毁大岛上两座英国堡垒的大炮，扔到下面的岩石上去。有4门大炮已经坏了，其他的都陷在沙里，完全不能用了。”接着，他们命令土著“亲手拆除岛上的防御工事……还没到晚上，就拆得一块石头都不剩了。然后他们走遍全岛，拆掉大大小小的墙壁，甚至包括土墙，连死人的墓碑也不放过”。完工后，荷兰人把所有的头领都监禁起来，逼着他们每人向荷兰人投降一次，以此当众羞辱他们，“按照本地习俗，荷兰人要求他们敬献一株盆栽的肉豆蔻树”。他们起航之前做的最后一件事，是把仍旧在村庄上空飘扬的圣乔治十字旗扯下来，换成荷兰旗，这标志着岚屿持续了1540天的围困正式结束。
英国人同样受到羞辱。他们被逼着观看拆除岛上的堡垒，然后被召集到荷兰指挥官面前，后者轻蔑地告诉他们，他们可以保留连接岚屿的沙质环礁奈拉卡岛。这个岛上没有肉豆蔻树，因此对荷兰人毫无用处。岚屿上的大炮就瞄准着这座岛，所以对英国人来说也毫无用处。海斯和手下人只在奈拉卡岛上待到看见一条过路的船，就逃到安汶岛去了。
“普罗林（岚屿）就这样丢了，”新抵达的英国舰队船长汉弗莱·菲茨赫伯特爵士写道，“在考托普的时代，由于他的决心，只用那么一点儿人就守住了这座小岛不被他们（荷兰人）占领。后来却因海斯的胆怯和犹疑不定丢了。”这段话对海斯不公平，与菲茨赫伯特船长自己的行动也不尽相符。当他带领全副武装的船只来到这里时，他仅有的几次开火是一阵短促的礼炮，庆祝了荷兰人的胜利。
考托普的抵抗最终将带来可观的回报，他的惨死却悄悄湮灭在了英国的历史中。我们徒劳地寻找着这位真正的英国英雄的坟墓或纪念碑，就连他最终的长眠地也始终是一个谜。“我不知道他后来的情况，”海斯当时这样写道，“但那些黑皮肤的人说，他受了伤还穿着一身衣服，肯定淹死了。”
然而，据他后来从一个荷兰人那儿得到的信息表明，当时荷兰人曾为这位英国船长举行了隆重的葬礼，并建立了一座与他英雄事迹相符的墓碑。“纳撒尼尔·考托普战死于船首，”这个荷兰人说，“上帝知道，我对此非常遗憾。我们以配得上他这样一个人的方式，尽可能庄严和真诚地为他举行了葬礼。”
