尽管以撒哈顿没能抓住塔哈尔卡本人，但他还是斩获了库什国王的三座雕像，作为活人的替代物，运回了他的亚述王国都城尼尼微（Nineveh）。同时俘获回去的，还有塔哈尔卡的王后和儿子，连同埃及最一流的手工艺人。
塔哈尔卡向南方逃生了，但他后来又返回孟斐斯继续战斗。不过，虽然以撒哈顿已经亡故，他的儿子亚述巴尼帕（Ashurbanipal）却迅速即位，并在公元前667年对埃及发动了第二次入侵。这一次，亚述人进一步向南推进，迫使塔哈尔卡逃回努比亚。公元前664年，塔哈尔卡在家乡离世，入葬于他在努里的金字塔中。
塔哈尔卡任命在北方的利比亚藩王都遭到了亚述人的处决，只有赛伊斯的亲王尼柯（Necho）除外。尼柯被立为代理国王，替亚述人统治埃及。按照亚述国王的说法：“我给他穿上了彩色袍服，让他戴上金项链；这些是他君王身份的象征物，是我为他定制；我在他手指上套上金戒指；在一把嵌有黄金装饰的铁剑上，我刻下我的名字，交付给他。”
不幸的尼柯扮演新角色之后却没能维持多久，他于公元前664年被杀害身亡。当时，塔哈尔卡的侄儿与继承人坦塔蒙（Tantamen，公元前664—公元前656年在位）重又收复了埃及。按照亚述人的情报资源所说，坦塔蒙“把底比斯与赫里奥波利斯变成了他的军事要塞，将他的军事力量都已集结起来”。
但亚述人已经觉得忍无可忍，于是凶猛反扑。他们出动了全部可调用的兵力，于公元前663年侵入和洗劫了埃及，向南一直攻入底比斯，在全城大肆抢劫，甚至做出了无法想象之事——将卡纳克大神庙抢了个一干二净。
坦塔蒙亡命逃窜，回了努比亚，并一去不复返。努比亚对埃及的控制权实质上已完全沦丧，第二十五王朝就此戛然而止。
尽管埃及现在属于亚述人，但他们的荣耀时刻也只是转瞬即逝。由于巴比伦爆发了严重的起义叛乱，他们全部的注意力和精力不得不回撤转移到东方。尼柯的儿子萨美提克斯（Psammetichus）在孟斐斯被任命为代理国王之后，亚述人便离开了埃及，萨美提克斯从此获得了独立，得以自主行事。
他娶了赫里奥波利斯最高大祭司的女儿梅特恩维丝赫特（Mehtenweskhet），强化了其在三角洲的权势基础，逐渐被认可为埃及的法老，于是拉开了那非比寻常的第二十六王朝（公元前664—公元前525年）的帷幕。
赛伊斯是新王朝在三角洲的首府，持续一个多世纪的本土复兴也以此城为中心。宏伟的城墙围着宫殿，还有一座辉煌的神庙，献给赛伊斯的主神奈斯。赛伊斯君主们指称这位女神时，都敬呼其为“陛下”；在奈斯雕像前，他们五体投地，趴伏敬拜。萨美提克斯一世与梅特恩维丝赫特甚至为女儿之一起名叫尼托克丽丝（Nitocris），变体拼写就是Neith-ikret（奈斯—伊克里特），意即“奈斯卓越非凡”，而这个姑娘成了他父亲统一两方土地的秘密武器。
公元前656年，埃及名义上的国王坦塔蒙在库什亡故，底比斯权力阶层便觉得可以在官方层面公开指认萨美提克斯为本国君王。为充分把握这一时机，萨美提克斯将时年十岁的尼托克丽丝派往南方，由赛伊斯的舰队伴随驶向底比斯。沿途经过的每个地区（省份），他们都稍作停留，来接受当地统治者对国王的效忠宣誓，并收取给阿蒙的朝贡。
尼托克丽丝抵达卡纳克，排场盛大，威仪凛然。皮耶的女儿希佩恩维佩特二世，这位现任的“神之妻”，以及她的顺位直接继承人，即塔哈尔卡的女儿阿蒙尼尔迪丝二世，都别无选择，只有接纳年幼的赛伊斯公主来担当她们最终的继任者。尼托克丽丝在这里扎下根来，直到公元前585年去世，活到了八十多岁，并在其漫长的一生中都维护了赛伊斯在南方的权益。
埃及统一之后，萨美提克斯一世从爱奥尼亚和卡利亚招募了三万名“穿青铜”（铠甲）的雇佣兵，将他们驻扎在狄芬尼（Defenneh）一带的军营中，而那里紧靠埃及的东北边境。另有其他士兵的驻扎地更靠近赛伊斯，就在诺克拉提（Nokratj），此地在希腊文中被写为瑙克拉迪斯（Naukratis）。由于其处于尼罗河柯诺普斯支流（Canopic branch）上的绝佳位置，因此很容易到达埃及在海岸边的主要出海点索尼斯（Thonis）。
在萨美提克斯一世的儿子和继承人尼柯二世（Necho Ⅱ，公元前610—公元前595年在位）的手下，这些希腊雇佣兵成为埃及军队的一支关键力量。他们不仅为埃及提供了急需的保护，去抗击在东方接管和取代了亚述王国的巴比伦人，而且跟随尼柯二世远征黎凡特，在美吉多击溃了犹大王国。埃及人向北方进击，远至卡尔凯美什，让尼柯二世成为自从图特摩西斯三世之后跨过幼发拉底河的第一位法老。他所穿的戎装被送去位于爱奥尼亚的米利都（Miletus）的神庙，向希腊的阿波罗表示供奉，而希腊的太阳神阿波罗正等同于埃及的荷鲁斯。
尼柯二世的胜利只是短暂的成功，因为巴比伦人在公元前605年又夺回了黎凡特。公元前601年，他们试图入侵埃及本土，但被尼柯那忠心耿耿的希腊雇佣军奋勇击退了，埃及也趁此在加沙建立了边境防务。
按后世所描述的，尼柯二世是“一个彻头彻尾的行动派，拥有极大的想象力，大概远超他的同代人”，他利用那些来自爱奥尼亚的希腊士兵组成了埃及史上第一支海军。三重桨座的战船是当时最先进的战舰，这支海军游弋巡航在埃及的地中海和红海沿岸。
古希腊的一个文献甚至记载，尼柯曾派出配备有来自腓尼基的船员的数艘新船环绕非洲航行了一圈。环航历时三年，沿红海下行，经过蓬特古国，顺着印度洋海岸一路向南，接着绕过好望角。记录还说，船员们注意“保持太阳在他们的右侧——他们就这样向北行进”，直到经由直布罗陀海峡返回埃及。
因为这发生在达·迦马航海之前的两千年，所以很多人对此说法表示怀疑。尽管，此前“那些去往蓬特的航程已经表明了古埃及人对付大海、劈波斩浪的必要技能，也体现了他们为寻求珍稀货品不惜长途远航的意愿”。但是，尼柯二世在船上配备腓尼基船员却是有意而为之，因为就像希腊人一样，腓尼基人在整个地中海周边都有商贸站点，他们勇于冒险，将船驶出直布罗陀海峡，远航至不列颠群岛。
尼柯二世意识到这种大规模贸易的潜力和前景，便允许希腊贸易商在瑙克拉迪斯设立店铺，由此改变了埃及的经济形态。他还重拾起中王国时代的一个计划，开挖了一条运河，将尼罗河和三角洲与红海连通起来，这似乎预言了两千四百多年后的苏伊士运河。另外，他还开通了一条道路，从东方进口奢侈品货物，其中就包括来自士巴王国（Saba，或拼为Sheba，位于今日之也门）的没药——这是从一条陆地商贸线路向北方运送，途中经过佩特拉古城。佩特拉那长翅膀的天狮神庙中，曾发现一尊雕像，那是赛伊斯王国侍奉奥西里斯的一位祭司。而到了此时，埃及风格的木乃伊制作手法也在阿拉伯半岛范围内得到了采用。这些都是更进一步的证据，表明两个地区之间有着长期的接触。
公元前595年，尼柯二世告别人世。与他妻子希德巴贝涅特（Khedebarbenet）一样，他也被葬在了赛伊斯的大神庙建筑综合体中。他的儿子和接班人萨美提克斯二世（公元前595—公元前589年在位）娶了塔胡特（Takhut），这是来自三角洲城市艾斯利比斯的一位公主，她那原封未动的墓葬和陪葬财宝于1950年在当地被发现。
新王渴望像他父亲那样去拓展埃及的疆域，于是发起对巴勒斯坦的远征，启动了打击巴比伦王国的反制举措。不过，他的主要聚焦点还是南方，因为坦塔蒙的一位后继者在那里复兴了库什的势力。萨美提克斯二世担心此人或许会再次入侵埃及，而且也很清楚正是坦塔蒙杀害了他的曾祖父尼柯一世。因此，在公元前592年，他集结了由希腊人、埃及人和犹太人组成的一支大军，扬帆向南征伐。
萨美提克斯在阿斯旺这里登岸，他那能力超群的大将军阿赫摩斯（Ahmose）则带领军队的余部继续南行。他们到了阿布辛贝拉美西斯二世所建的古代神庙，希腊雇佣兵们在拉美西斯巨石像之一的腿部刻写了一些涂鸦。铭文宣告：“萨美提克斯大王来到巨象岛时，其他人继续驾船航行，珀塔西姆托（Potasimto）指挥外籍士兵，埃及人由阿赫摩斯统领，我们到达此地并写下这一留言。留言人为阿肯（Archon）与佩雷科斯（Pelekos）。”这成为埃及最古老的希腊语铭文。
与埃及过往遗迹的接触，让这支有众多雇佣兵的队伍感到兴奋和鼓舞。他们继续向南到了纳帕塔，与库什人对阵贴身激战，在这场战役中，“你从他们的血水中走过，就像跋涉过小河”。库什首都纳帕塔随后遭到洗劫，幸存者最终向南撤退了约300千米，在梅罗埃建立了一座新都城。
萨美提克斯二世下令，将第二十五王朝的所有痕迹从埃及抹除。他拆毁了塔哈尔卡在菲莱的伊希斯神庙，那些石料被用来作为地基，填入在原址所建新神庙的地板之下。他还让一部分犹太人士兵留守菲莱，充当卫戍部队。他们在当地用雪松木建造了一座耶和华神庙，与旁边萨蒂忒和克努姆的神庙一起，分别接受各自的信众礼拜，这一局面持续了几乎有二百年。那一地区著名的花岗岩矿藏，当然也被充分利用起来，服务于他雄心勃勃的建筑工程计划。
尽管只有六年的短暂执政期，萨美提克斯二世的建筑成果却相当丰富。赫里奥波利斯是他女儿梅尼胡巴斯特（Menekhubaste）担任女祭司的地方，他在那里竖立起了花岗岩方尖碑；在三角洲城镇塞本尼托斯附近，他也修建了一座花岗岩神庙。此外，在僻远的西部沙漠中，他在哈迦（Kharga，另译为哈里杰）绿洲建造了希比斯（Hibis）神庙，敬奉阿蒙和姆忒。
在卡纳克，他则遵循传统。公元前594年，他的另一个女儿安赫尼丝内菲瑞布丽（Ankhnesneferibre）被派往南方，到卡纳克接受姑妈尼托克丽丝的辅导，担任“神之妻”的后继人选。此前遭到亚述人的洗劫之后，卡纳克被重新添置了一些新雕像。哈普之子阿蒙霍特普虽然在几百年前就死了，但他的一座花岗岩巨石像现在矗立在了神庙入口近旁，而如今则是在开罗博物馆的大门旁边，每天依旧同样执行“迎来送往”的日常礼仪。卡纳克还多了一个造型骇人的雕塑作品，即凶暴的河马女神塔维里特，呈现其“近乎是过于完美的斩杀敌人的场景”。授意雕制此像的是尼托克丽丝一世的大管家帕巴萨（Pabasa），这一雕像的特定意图则是为了保护尼托克丽丝的神圣财产。
在卡纳克周边是人迹错杂的郊区，叫作“母牛之屋”，但在希腊文中则称之为“金色之城”。在这里，大概有四分之一的屋舍都归女性拥有，当地的一位企业家狄耶赫伊（Djekhy）与儿子经营的生意相当兴旺，他们放贷款并出租西岸的土地，他们也充当葬礼顾问，以及“柯基狄斯”（choachytes）——直译过来的意思是“洒水之人”——职责内容就是将供品送到指定的现存坟墓前，帮助准备亡故者的丧事，还有运送木乃伊遗体。现在，如若要埋葬在大墓场地界范围之内，每具木乃伊都需缴交一份税金。
至于卡纳克的祭司们，他们死后主要是葬在迪尔—巴哈里的哈特谢普苏特神庙的地下。这中间包括了安赫芬霍恩苏（Ankhefenkhonsu）祭司，他的木质葬仪牌子还给那名噪一时的黑魔法师和神秘学术士阿莱斯特·克劳利（Aleister Crowley）带来过启示，不过是借由此牌子在现代的登记编号666——在开罗博物馆的一份文物目录清单中，碰巧是这个序号。根据底比斯的祭司阶层，他们入葬时还伴有各自个性化的《死者之书》抄本，为祭司之妻塔希蕾特纳塞特（Tasheretenaset）所制作的一个抄本与在孟斐斯所完成的另一个抄本是如此相似，因此母版底本应是“从底比斯的作坊中一度转移流传到了底比斯地区”。类似的模式，在其他事项上也照样被复制，比如常驻孟斐斯的一个官员哈比蒙（Hapimen），曾派他的建筑师前往帝王谷中图特摩西斯三世的陵寝考察，为的是给他自己的墓葬按那位先王石棺的形制打造一具一模一样的复制品。
如此的思古幽情，无疑是对埃及在世界格局中曾占有举足轻重地位的一种旧时缅怀，也显然是对较近期历史的一个反馈，一种间接的责难，因为这一期间的外来侵略已经摧毁了众多的埃及古代遗产，更不用说这个国家的自豪与荣耀。也正源于此，赛伊斯王朝才向后回顾本国遥远的往昔。他们的陪葬品中，有古代“金字塔文案”的节选复制件，此外还有“底比斯大墓场中，已知属于赛伊斯时期的金字塔形墓冢”，而朝臣们甚至选择葬在萨卡拉和吉萨古代先帝金字塔附近的地方。
在这处古旧的王室大墓场，有些赛伊斯政要向地下挖了二十米，在最深最神秘的地方为自己准备了墓葬。萨卡拉的那些深墓坑，其中早期开挖的一座，在挖的时候发现了伊姆霍特普的墓葬，他们“将那墓重新修整，做成了这位先辈的首席圣祠”。赛伊斯王朝持续不断地努力，试图复兴埃及往日的荣耀，王室成员亲自进入金字塔，去寻找安葬其中的伟大先贤。在左塞尔梯级金字塔中发现的遗体，被重新包扎后又再次安葬。当时存在误导性的假设，以为那具遗体就是左塞尔的，恰如在门卡乌拉的吉萨金字塔中所发生的那样——那里的一具遗体也同样被重新包扎了，甚至还为它置办了一具新棺材，而伴随这一切的误解也如出一辙：此遗体就是古王国的那位法老本人。
现代的碳素法年代测定结果显示出，那些遗体存世的年头没到金字塔时代那么久远。不过，这种与辞世已久的先祖们面对面的接触——无论死者的身份是否确切——显然给赛伊斯的王公们带来了启迪或触动，因为他们改变了木乃伊制作的常规方式。从前的死者安放好进行防腐处理时，胳膊的姿态总是像打旗语一般，标示出身份地位。赛伊斯的入殓师便参照这种方式，复兴了古代的惯例，将尸体的胳膊交叉放置在胸前，让他们的主顾因此与过往的先人有了一种直接的关联。此外，还有一个民主化的动向：任何人，只要足够富有能出资做木乃伊的，其遗体便可在处理过程中做成一种之前只能是王室独享的姿势。
而且，这种防腐待遇也不仅限于人类。大规模的动物遗体木乃伊——埃及人也是因此而声名远扬的——便是肇始于赛伊斯王朝。一些特定的动物，比如神牛，虽然其遗体早就存在涂膏防腐的先例，但是，随着萨美提克斯一世启用了阿比斯的新壁画柱廊，这一实践极速地扩展了千万倍，因为每一个神祇都给配备了各自专属的神圣动物木乃伊。从属于荷鲁斯的猎鹰，到托特的朱鹭，再到猫和狗、鳄鱼和公羊、狒狒和猕猴、鼩鼱、鱼类和昆虫——事实上，埃及的绝大部分动物种群都会与那些大神关联，得到神圣化，在死后被做成亚麻布包裹的、形如它自身雕像的供奉物，向神献礼。
这些动物“标本”，产出数量过大，以至于“希阿戈伊”（theagoi，意为“神的搬运工”）祭司们都没法继续按常规方式操持宗教仪式——过去是捧着或抬着单个的神圣生灵干尸，而现在只能直接用推车或拖车来成堆运送啦！那些动物木乃伊是由虔敬信徒购置，他们现在能够实际触碰到神祇或圣灵的一个具象实体——那些动物——然后将其奉还给神，以求得祝福保佑。
在赛伊斯王朝的商业主义理念中，任何东西都可以拿来买卖，从动物干尸到用模具大批量制作的护身符挂饰，甚至连神庙墙壁也是如此，因为从那里的石墙上面刮下来的粉末，竟然是很多人趋之若鹜的神奇商品，因为粉末被认为有特殊魔力。
这些奥义无边的秘传之物，不仅对祭典仪式很重要，而且现在成了一种形象生动的手段，来向所有的异邦外族展示埃及特殊文化的独有魅力。这类奥秘难解的仪式，自然也让一些老外访客一见难忘、好奇不已，他们中间很多人因此相信了埃及是人类全部智慧的中心源泉，甚至连希腊人也认为“是埃及人首创了典礼集会，并教授希腊人如何去应用”。公元前590年，来自奥林匹亚（伊利斯）的一个代表团拜访了萨美提克斯二世，为的是就奥林匹克竞技项目的规则，从“世间最能干的民族”埃及人这里听取意见，希望能得到高明的指教。而法老的顾问委员会的成员则根据他们自己的经验，给出了一些改进建议。因为，埃及的体育活动实践和希腊的运动会一样，都是与各种仪式密切相关的，只不过后者是有史以来第一次试图组织一场国际范围内的和平运动会，而这些竞赛运动就如早期的戏剧表演，都被当作是向神界传递敬意的宗教大事件。
在其短暂的执政期间，萨美提克斯二世成了国际舞台上受人尊敬的一位人物，在国内和国外都取得了很大的成就。他的继任者是其儿子瓦西布拉（Wahibra），在公元前589年2月晋升成为法老，但其在希腊文中的名字阿普利斯（Apries，公元前589—公元前570年在位）更加为人们所熟知。
他那壁垒森严的新王宫位于孟斐斯，建在一座13米高的巨大泥砖地基平台上，以便能从高处看到梯级金字塔的全景样貌。阿普利斯还为位于孟斐斯、赛伊斯以及他母亲塔胡特故乡艾斯利比斯的多座神庙添置了新物件。在南方的卡纳克，他的妹妹安赫尼丝内菲瑞布丽则继续担任“神之妻”女祭司。她的主理大管家索申克（Shoshen）定制了一座伊希斯的精美雕像，其中的伊希斯比奥西里斯的造型更显高大，她那羽翼般的双臂拥抱保护着奥西里斯。这是“神之妻”超强力量的明证，但尽管如此，卡纳克还是处于王室的稳固控制之下。
给阿普利斯招致灭顶之灾的是他对国外事务的干预介入。
他曾派埃及士兵和手下的希腊雇佣军开赴利比亚，帮助当地的统治者驱赶大量的多利安人——来自希腊的这一族群在当地纷纷定居。但多利安人打败了他的军队，并引发阿普利斯的埃及将士挑起了叛乱，因为希腊雇佣兵能给他们的法老施加很大的影响，他们对此深为不满。
于是，阿普利斯派出了他的埃及大将军阿赫摩斯。在阿普利斯父亲麾下服务时，这位大将因努比亚之役而功成名就。尽管阿赫摩斯做出了最大的努力，哗变叛军仍继续对国王表示抗议，并宣告阿赫摩斯应该成为他们的首领。然后，阿普利斯发出了一道圣旨诏令阿赫摩斯回朝，但及至此时，大将军显然对叛乱阵营那边的提议有了想法——其实是个合情合理的好主意。因此，他豪迈地跨骑在战马之上，“在马鞍上挺立起身，放了个屁（broke wind，原文如此，或也暗指顶住风浪和压力），对钦差说，把诏令带回给他的主子去吧”。
失去众人的支持，阿普利斯也就等于被废黜了。尽管他试图重夺王位，但在战场上落马丧命。阿赫摩斯将他埋在了该王朝的首府赛伊斯，葬礼仪式是最高规格，一点没亏待他，阿普利斯的女儿随后则成了新王的妻子。
作为久经沙场的老战士和人民爱戴的首领，阿赫摩斯“很喜欢信口开玩笑，也超迷恋他的酒杯，从未想过要忙什么严肃的正经大事”。但既然民意拥戴，他就晋升成为埃及的法老，帝号阿赫摩斯二世（公元前570—公元前526年在位）。
一开始，有些朝臣们对他那低微的身世背景颇感轻蔑，也认为他“过分的任性轻浮”不免离经叛道，“不符合国王的身份”。于是，为了表明自己的观点，阿赫摩斯正经八百地熔掉了一只黄金足浴盆，做成一座膜拜雕像，陈列在赛伊斯的神庙。看到此前对他颇有微词的那群臣僚敬拜该雕像，他“透露指出，那深受尊崇的雕像原来只是一只足浴盆，曾被他们用来洗脚，还往里面撒尿，往里面呕吐”。这还不算完，他又补充说，他们对他的态度也差不多是一码事：“以前他只是个普通人，但眼下却成了他们的国王。”他们现在不得不敬仰和尊重，就跟膜拜那“脚盆雕像”一个德行！
阿赫摩斯二世沿用了阿普利斯的行政班底，将老臣佩夫图阿奈斯（Peftuaneith）派往南方，去视察埃及最神圣的一处宗教场址。于是这位官员不辱使命地宣告：“不才将阿比多斯的情况向宫里做了汇报，陛下亲耳听到了，并命令微臣在阿比多斯展开工作，以期修复和重建阿比多斯。”
从孟斐斯到菲莱，一路都有建筑项目启动。赛伊斯的神庙得到大幅度扩建，这是敬奉给奈斯——赛伊斯的保护主神，而在希腊人的眼中，奈斯则被拿来与他们自己的雅典娜女神相提并论。赛伊斯的祭司们对希腊来客热情相助，尤其是雅典人，在他们看来“在某种意义上就是自家的亲戚”。
于是，作为与奈斯对应的女神，雅典娜在希腊的各处礼拜中心都从阿赫摩斯二世这里收到了颇有品位的赠礼。这位女神的黄金雕像一座，以及法老本人的一幅画像被送到了锡仁尼（Cyrene，位于利比亚，当时的希腊古城）；一尊玄武岩人像造型被送到了罗德岛，委托了希腊技艺最高的雕塑匠人雕制的四腕尺高的绿石头雕像被送到了林多斯。林多斯和斯巴达则都收到了非常出色的镀金护胸甲，它们由浇了树脂的亚麻布制成，运用了彼时最新的军事技术，后来这一技术被希腊人进一步改良，达到惊人的效果，并用于实战。
阿赫摩斯二世照样通过外交联姻来巩固与友邦的联盟关系，其中就包括迎娶希腊的贵族女子锡仁尼的拉狄丝（Ladice）——他显然对得起他的修饰性绰号“亲希腊分子”。他的盟友还包括萨摩斯的统治者珀利克拉帝（Polykrates），“此君借由为埃及国王提供士兵弄到了巨量的财富，生活豪奢之至”。阿赫摩斯向萨摩斯的赫拉天后神庙赠送他自己的雕像，由此更加夯实了双方的联盟协定。由于阿波罗在希腊的地位类似于埃及的荷鲁斯，因此在德尔斐的神庙重建时，阿赫摩斯甚至提供了资助。德尔斐是奥运会的四个举办场地之一，世上第一座用于战车竞速比赛的跑马场也是在那里。体育运动上的这层关联，无疑深得法老欢心，因为他的高超骑术可是比他的虔诚出名多了——“他把神灵们不太当回事”，只除了看重他们在政治上的用处。
因为在地中海周边广结盟友，稳固关系，阿赫摩斯二世与埃及从此获益，尤其是在公元前562年，当强大的巴比伦国王尼布甲尼撒（Nebuchadnezzar）死了之后，仅仅过了两年，阿赫摩斯便拿下了塞浦路斯，接管了那里的舰队，并“终于能够宣称是巴勒斯坦和黎凡特一带的主宰力量”。
东北部边境上不再需要重兵驻扎，阿赫摩斯二世便将他的三万名希腊雇佣兵从达夫纳（Daphnae）调回了孟斐斯。在这座“国际友人”日渐增多的大都市中，普塔的大神庙，或曰Hut-ka-Ptah，意即“普塔的灵魂居所”，长久以来都被希腊人叫作“埃吉普托斯”，而这就是现代埃及国名的渊源。
政治稳定的新局面下，贸易也跟着繁荣起来。国与国之间的商贸活动，随着世界上最早铸币的出现而改变，该货币是吕底亚（Lydia，土耳其西部）国王克里索斯（Croesus）创制于公元前550年的成果。尽管埃及人继续维持他们那传统的、基于物物交换的经济形态，新发明的硬币还是在瑙克拉迪斯被使用了起来。当时此地成了一个巨大的商业中心（贸易人口聚居地），几乎垄断了希腊陶器、银器、葡萄酒和橄榄油的进口，而埃及用于交换的则是谷物、亚麻布、香水香脂和莎草纸。
瑙克拉迪斯融汇了希腊与埃及的文化，这种国际化的特色反映在当地的神庙用途上，既有敬奉奈斯、阿蒙和托特的，也有献给赫拉、阿波罗和阿芙洛狄忒这些希腊神明的。
瑙克拉迪斯也像一块磁石，吸引了诗人、历史学者、名妓、政治家和哲学家从整个希腊全境陆续到来。他们当中的很多人从当地祭司那里了解到埃及的历史。作为古代文化的保管人，祭司是埃及那百分之一识字精英中的一部分，他们能够解释神秘的图画式文字的奥秘，而希腊人将那文字称作“神圣石刻”，或者是hieroglyphs，也即象形文字。
祭司们告诉来访的雅典城邦立法人梭伦（Solon），说他和他的同胞们还只是孩童，因为他们的历史如此之短。他们跟斯巴达的政治家莱克格斯（Lycurgus）闲聊过，与希腊哲学家泰利斯（Thales）也有过交谈。泰利斯在阿赫摩斯二世执政期间到访，来测量吉萨大金字塔的高度，“用的是一根杆子和那高大建筑本身的影子”。公元前6世纪来到埃及的还有毕达哥拉斯，他那尽人皆知的关于直角三角形三条边长度关系的勾股定理，想来大概受了埃及人的影响——此前一千多年来，埃及人计算金字塔的占地面积、高度、倾斜角和体积，提供了研究先例。
有两个希腊人，欧多克索斯（Eudoxos）与阿纳克萨戈拉斯（Anaxagoras），对每年一度的尼罗河洪水现象特别感兴趣。鉴于他们对埃及这条大河的关注，这两位希腊人成为此河的命名者也就不足为奇了。当时，这条河一直以来只是被简单地叫作“大河”，或者是pa iteru aa，在干流分岔为三角洲那些较小支流的地方，它又变成了na iteru，意思是“多条河流”。到了公元前6世纪，na iteru中的t已经逐渐被省略，那埃及特色的r又被希腊语中的l取代，由此生成的Neilos，就是此河现代名称Nile（尼罗河）的原型。
不过，即便有当地祭司的引导和解说，希腊人仍旧觉得有些事物完全匪夷所思、无从理解。他们评论说：“埃及的兄弟们，他们本身的行为方式和风俗民情，看似颠覆了人类通常的习惯做法。”因为，“尊贵的”希腊女性都遵守相当严格的规范限制，只在万不得已的情形下才会走出家门，而且还不是抛头露面，要从上到下都裹严实，但与此构成鲜明对照的是埃及的女性们却可以“去市场采买，被各行各业雇用了去工作，而男人们却待在家里，纺纱织布”。当然，另外还有一点，那就是希腊人亡故时被火化了事，而埃及人则大费周章、不辞劳苦地保存死者的遗体。
在希腊人对埃及那庞大历史建筑的描述中，从一些片段也能发现类似的弦外之音。尽管他们是真的欣赏和叹服看到的大部分东西，但当面对一座座宏大的墓葬时，他们的反应禁不住就带上了一定程度的揶揄；埃及人把那些叫作mer，但如今它们为世人所知的名字，却原本是希腊人用来指称一种三角形小糕点的——pyramis，这就是pyramid（金字塔）一词的由来。与此相类似，那上端逐渐变细的石柱，即埃及人所说的tekhen，现在更为通行的名称是obelisk（方尖碑），而在希腊语中，这原本是指烤肉串之类美食所用的串肉钎。
不过，埃及与希腊语地区之间特别的友情关系，将很快受到最大限度的考验，因为两国现在都要面对来自强大的波斯帝国那穷兵黩武的威胁。因为波斯意在将前两者吞并。
波斯人在东方已经取代了亚述王国与巴比伦，并不可阻挡地向着西方挺进，一路上将途经的一切都据为己有。从埃及人控制的塞浦路斯，到克里索斯国王的吕底亚，也包括位于小亚细亚的希腊人的殖民地，越来越多的地方进入了波斯帝国的版图。对那些穿戴整齐讲究的波斯人，希腊人最初的反应是嘲弄，耻笑对方是穿裤子的懦夫，是女性做派，甚至还用特洛伊战争来证明他们对脆弱的东方邻国所具有的优势。然而，现实要远远残酷得多——希腊语国度和埃及不久都将会明白这一点。
阿赫摩斯二世让埃及成了该地区最富庶的强国，他于公元前526年辞世，恰好“就在暴风雨轰然而至之前”。他的遗体按传统方式制成了木乃伊，那浸润亚麻裹布的涂层是油类与树脂的混合物——过去的四千年间，这种会硬化的配方一直用来做木乃伊，所形成的那几乎刀枪不入的外包裹层，如今也被照样复制，被做成最先进的亚麻护身铠甲。然后，根据由来已久的风俗，阿赫摩斯由其儿子和继任者萨美提克斯三世（约公元前526—公元前525年在位）主持葬礼，葬在了其位于赛伊斯、内有多柱支撑的陵墓中。而那是“一座回廊环绕的大型石头建筑”。
不过，他在这里未能安眠多久。
因为，波斯国王冈比西斯（Cambyses）心意已决，要将埃及加入其已征服国家的名单组合中。埃及在地中海东部新部署的海军力量，让波斯国王的这一决心益发地坚定起来。
埃及以前的盟友逐一都被征服，或者像萨摩斯的珀利克拉帝那样见风使舵般转变了立场。于是，新王萨美提克斯三世只能在其东部边境的裴路秀这里来迎战冈比西斯的大军。随着埃及人落败，法老只好回撤到了孟斐斯，而他的海军大将维亚霍利斯奈特（Wedja-horresnet）则变节投奔了波斯人的怀抱，因为后者的战船已经“能够刺穿三角洲地区，直到孟斐斯的城墙之下”。
虽然保卫战打得惨烈又勇猛，孟斐斯在十天之后还是陷落了。萨美提克斯三世被抓获，成为战俘，而冈比西斯（公元前525—公元前522年在位）凭借征服者的身份，现在则成了“埃及的伟大统帅与所有外邦土地的大统领”。
第二十七王朝（公元前525—公元前404年）拉开了序幕。冈比西斯在孟斐斯设置了一支波斯人的卫戍部队，然后派手下将士五万人进军西部沙漠，去锡瓦绿洲寻找传说中绝对正确、无可指摘的阿蒙神谕，想以此来为他的统治造势，证明其统治是上天授意、名正言顺。不过，大神根本没受打扰，因为途中的一场沙暴让他派去的那些人全都丧命，无影无踪。冈比西斯也派了人马南下，试图商讨和稳定与库什国王之间的关系，也是这同一年，已然年迈的赛伊斯公主安赫尼丝内菲瑞布丽神秘消失，此前她曾担任阿蒙“神之妻”长达六十年之久。
这一古老的职位被废止，想来是因为波斯人不愿拿他们新获得的权力去与哪一位个体之人分享，尤其是此人在传统上还掌控着上埃及，而且其预先制备的石棺上还刻画了她自身的形象——拿着象征君主的曲柄权杖和连枷武器。而这一不情愿的立场，也延展应用到了前王室家族的其他成员身上。
前法老萨美提克斯三世首先遭到了处决，罪名是蓄谋颠覆新政权。随后，冈比西斯下令将更早前老国王阿赫摩斯二世的遗体挖出来，加以“惩罚”。由于埃及人有亡故的统治者仍被他们视同为“活人”的信念，波斯王便拿这个信念做文章，以此来捉弄埃及人。阿赫摩斯的遗体“遭到了各种的侮辱，怎么无礼就怎么来，比如用鞭子抽打……直至执刑人都打累了为止”。不过，由于“尸体涂过防腐香膏，鞭打之下也不会碎裂解体，于是冈比西斯就下令将其烧掉”，不仅是消灭这位法老灵魂在生理物质层面上的寄寓之所，而且也夺走了埃及人的一具王室木乃伊，因为这很可能成为该国民众反抗波斯、掀起叛乱的一个重要动机。尽管如此，很快还是有流言传播开来，说那遗体早就被替换过了，阿赫摩斯本人实际上葬在别处，有人甚至振振有词地指出吉萨金字塔群中的一座就是先王的重新入葬之地。
冈比西斯清理异己、消除竞争者的行动仍在继续。本土的君王既已不复存在，埃及人便将他们的虔敬和爱戴之情转向了另一个替代目标——“万千圣兽之王”阿比斯神牛。神牛据信是普塔精魂的寄居之所，现在则代表着埃及的灵魂本身。说来也巧，当时有一头阿比斯小牛正被供养安置到底比斯，与之伴随的是排场热闹的庆祝活动。于是，随着冈比西斯一声令下，此牛被带到了他的面前。他用短剑刺杀小牛，当场证明那并非什么神灵，祭司们惶恐惊愕，目瞪口呆地看着。那只动物鲜血流淌，倒地而亡，冈比西斯随即命令对祭司们处以鞭打惩戒，仍有坚持为阿比斯举行庆典的则一律斩杀。
按历来公认的，如此暴行的主要信息来源是出生于希腊属地小亚细亚哈利卡纳索斯（Halicarnassus）且对波斯人没有好感的历史学家希罗多德。当希罗多德写作时，这些事情已经过去了一个世纪，他的主要资料来源则是埃及的这些祭司。冈比西斯曾试图堵截神庙的财源，这让祭司们仍旧怨恨不已。不过，公元前407年的一份犹太文献确实也指出了在冈比西斯征服期间，“埃及神明的所有神庙都被破坏”。
但是，“尽管在占领的最初时段，波斯人野蛮凶残”，冈比西斯与他的继任者们现在却通常被认为“对埃及统治者较为包容尊重”。至少，在那些埃及的资政顾问的帮助下，他们知道该如何操纵这一政治游戏。顾问们心里十分清楚——官方舆论宣传的书面文字可以掩盖无尽的罪恶。确实如此，史学界经常有人指出冈比西斯应该也敬奉过阿比斯神牛，而此见解的基础是塞拉培翁神庙地下大墓窟中的铭文证据，铭文记载有“两头这样的圣兽记录在他统治的时期”——而前后四年的时间，全部的善意之举就是这个而已。
毫无疑问，冈比西斯从其埃及资政的协助中获益良多，有些顾问接受了波斯人那式样繁复的罩袍，或者将传统的埃及风胸饰项链与那新式的波斯风项圈组合起来佩戴。这些人当中领头的是赛伊斯王朝的前海军大将维亚霍利斯奈特，他不仅保住了其海军总指挥的职权，还被任命为“王室掌玺大臣、首席书记官、宫廷行政主管兼首席医师”，成为“真正受爱戴的国王的朋友”。他策划构思了冈比西斯身为上下埃及之王的新美称：梅苏提拉（Mesutira），也即“Ra神之后裔”。
实际上，这位埃及顾问作用巨大。公元前522年，波斯王国内部发生叛乱，冈比西斯随即回国，而维亚霍利斯奈特则陪同他一起返乡，同时还带了六千名技艺最好的埃及手工匠——尽管匠人们多是被迫远离故土。另外，同赴波斯的还有数千上万的希腊与吕底亚手工艺人。
埃及现在直接就成了波斯的一个域外大省，由卫戍部队和一位总督管制。他们代表波斯的“伟人大王”征收税赋，而那位国王是在埃及缺席的“法老”，眼下掌控着750万平方千米的土地，从爱琴海地区延伸至努比亚边境，横向一直贯穿到中亚地区。
冈比西斯离世之际，继任者是他的一个朝臣大流士（Darius，公元前522—公元前486年在位）。他的执政期充分证明了波斯人对精美细致和繁复雕饰之物的爱好。在君主和王室的公众形象展示画面中，他们那辽阔帝国的全部成果都被集结到了一起，从国王那招牌性的异国风情香脂香水到王后那不计其数的鞋子，都被囊括在内。而提供鞋子的独家货源正是埃及三角洲的城镇安锡拉（Anthylla）。
大流士的新都城波斯波利斯（Persepolis）有诸多壁画图像装点，呈现的是从广袤帝国各处到来的朝贡献礼者。这同一个主题复现出来的大流士是两种形态，在波斯是浮雕刻画，而在埃及则是雕像。雕像最初是在赫里奥波利斯被竖立起来，底座上刻有小人形象，代表其帝国的各个省份，各省相应的名字被用象形文字标注出来，而同样的象形文字也刻写出了给大流士的赞词：“英明的上埃及之王，权力强大，乃力量之主宰，征服了九把弓（Nine Bows，译注：古埃及用以指代其传统上的敌人，最早出现在左塞尔的雕像上，所指为努比亚部落）；他在元老议事会上一言九鼎，是弯月形短剑宗师，拉弓射箭百无一失；他的威力如同孟图，上下埃及之王，两方土地的主宰；大流士，万岁永生！”
大流士将维亚霍利斯奈特派回了埃及，并出资邀约埃及最聪明的贤士为他起草编撰埃及全境的所有法律条例。到了公元前517年，他才首次造访这个宗属国。
他还建造完成了经过贝尔—特姆［Per Temu，也即比索姆（Pithom）］，连接尼罗河与红海的运河。当然，毫无疑问的是，此举意图在于能将埃及的朝贡更迅速地运往波斯。波斯人还重新引入了骆驼——在前王朝时代起就从尼罗河谷消失，但后来成为最具埃及特色的动物——在埃及那主要是沙漠地貌的国土上，商贸通路因此得到了极大的改观和提升，横穿东西。公元前9世纪，亚述人显然也给埃及带来了少量的骆驼，尽管如此，真正将骆驼带回埃及的还是波斯人。这就让西部沙漠绿洲之间有利可图的贸易通道得以发展起来，绿洲中就包括有哈迦。大流士甚至还下令在那里修建了一座新神庙，敬献给阿蒙。
大流士的统治相对而言比较开明，但他的帝国实在太辽阔了，无法长久保持完整。到了公元前499年，爱奥尼亚的那些希腊城邦已经开始造反，而这些反叛背后的支持者正是雅典。公元前490年，雅典人在马拉松一役中从波斯人身上取得了决定性的胜利，这激励了埃及境内广泛分布的大规模的反抗行为。公元前486年，随着大流士的死亡，这些起义活动自然也就越发增多了。
于是，大流士的儿子和接班人薛西斯（Xerxes，公元前486—公元前465年在位）便“派军队去收拾埃及的反叛者，并压倒性地击溃和镇压了他们，让这个国家陷入一种遭奴役的境况，比前一任波斯王统治时更为凄惨”。
作为对埃及盟友的报复，薛西斯还入侵了希腊大陆地区。三百名斯巴达勇士曾在最后一刻背水一战，抗击他率领的五十万大军，这自然是徒劳，雅典随后遭到洗劫和纵火焚烧。
不过，薛西斯的霸权优势也并未维持很久。之后一年，他在希腊人手下吃了两场决定性的败仗，一场陆战和一场海战，希腊大陆也随之重获自由。雅典控制了海上局势，波斯人的西部阵线被打压，回缩到了达达尼尔海峡。公元前465年，薛西斯本人被其侍卫谋害。到了公元前463年，埃及人聚集起足够的胆气和信心，再次反抗他们国土上的波斯领主。
起义由赫里奥波利斯的伊纳若斯（Inaros）领导，这是赛伊斯老王族世系的一位王子。反叛之火迅速扩散到了整个三角洲，之后在雅典的支持帮助下，伊纳若斯击败了波斯人，解放了埃及。埃及人长久以来都记得，“没人比伊纳若斯给波斯人带去过更多的麻烦和损失”，而这一概念在一系列荷马史诗风格的埃及民间故事中被永恒定格了。因为那些传奇讲述的都是本土英雄豪杰反击外国入侵者的壮举。
但伊纳若斯的胜利只是昙花一现。波斯新王阿塔薛西斯一世（Artaxerxes Ⅰ，公元前465—公元前424年在位）于公元前454年打败了不幸的伊纳若斯，而且似乎还把他钉死在十字架上，于是埃及再一次沦陷于被占领被盘剥的状态。
年代可测定为公元前5世纪的埃及的重要建筑付诸阙如，因而被人猜测反映了本土文化的严重衰退，那一时段留下的书面记录也寥寥无几。但幸运的是，在那一期间仍然有些希腊人跳过“青蛙池塘”——柏拉图如此戏称地中海——来造访传说中的尼罗河国度，写下了他们的见闻。
