一、笼络东道蒙古宗王
忽必烈即位时，来会的蒙古宗王有窝阔台后王合丹、察合台后王阿只吉等西道宗王和铁木哥斡赤斤后王塔察儿，搠只哈撤儿后王也先哥，哈赤温后王哈丹、忽剌忽儿，别里古台后王爪都等东道宗王。合丹、阿只吉等人手下几无军马，塔察儿、也先哥等却实力雄厚。波斯史家拉施特说忽必烈原来所统攻宋军中忽必烈自己的军队只有1万人，属于塔察儿的“札忽惕”（即“糺”，也作“乣”）军队有数万人。①阿里不哥在漠北聚会，蒙古“诸王多附之”，塔察儿等也有点摇摆，“首鼠进退”，在谋士撒吉思力劝下才决定站在忽必烈一边。②阿里不哥很快就将东道蒙古宗王与忽必烈划为一党，传令蒙古各部不得接受忽必烈、塔察儿、也先哥等人号令。由于忽必烈当时在军事上还要依重于东道宗王，于是采取了以下措施来巩固双方的军事联合。
增给岁赐 蒙古大汗定期颁给宗王一定数额的金银币帛，称作岁赐，这种制度始于太宗窝阔台朝。忽必烈即位之后，按原定数额颁给搠只哈撒儿后王伯木儿和别里古台后人爪都岁赐，哈赤温后王按只带、忽剌忽儿、哈丹、忽剌出、胜纳合儿五人及塔察儿、阿术鲁等人都增加了岁赐数额，塔察儿的中原封户也有所增加。对来附的西道宗王阿只吉、海都、睹儿赤、也不干、只必帖
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①《史集》第2卷，第289页。
②欧阳玄：《高昌偰氏家传》，《圭斋文集》卷一一，《四部丛刊》本。
木儿等人，也按份额颁给了岁赐。
饷军与赈饥 为了鼓舞士气，增强东道宗王军队的战斗力，忽必烈不惜拿出大量钱、粮来犒赏和赈济他们的属部部民。中统二年（1261年）六月，“转懿州米万石赈亲王塔察儿所部饥民”。三年正月，忽必烈又派中书省左丞相耶律铸前往北京犒赏诸王军队，调去了大批粮草。
除了从经济上支持东道蒙古宗王外，忽必烈还在政治上作了一定的让步，默许东道宗王拥有对辽东和高丽地区的控制权。东道宗王在得到不少实惠后，听从忽必烈调遣，在对阿里不哥作战和平定内乱的战争中，东道宗王大多亲自率军出征，忽必烈的笼络安定措旋收到了预期的效果。
二、调用蒙古军和探马赤军
虽然在漠北的阿里不哥传令蒙古各部不得听从忽必烈指挥，忽必烈还是成功地控制了一批蒙古千户和在中原的探马赤军。
归属于忽必烈的蒙古左、右翼军千户 蒙古左翼军诸千户，在宪宗末年的攻宋战役中大多划归忽必烈指挥，忽必烈即位后仍将这些千户紧紧控制在自己手中，较重要的有木华黎后人忽林池、札剌忽所掌札刺儿部诸千户，术赤台后人锻真所掌兀鲁兀部诸千户，孛秃后人帖里干驸马所掌亦乞列思部诸千户，按陈后人纳陈所掌弘吉剌部诸千户，忙哥后人忽都忽所掌忙兀部千户，速不台后人阔阔出所掌兀良合部千户，朵豁勒忽后人牙牙思秃儿合汗所掌阿儿剌部千户，赤古后人昌吉驸马所掌镇戍吐蕃的弘吉剌部诸千户，等等。蒙古左翼军的主力掌握在忽必烈手中。蒙古右翼军诸千户大多被阿里不哥所控制，但也有阿刺兀思剔吉忽里后人爱不花所掌汪古部诸千户、轻吉牙歹后人不花所掌斡罗忽讷部千户、脱伦阇里必后人伯八所掌晃合丹千户、八刺后人马忽亦所掌札刺儿部千户、不鲁罕罕札后人许儿台所掌八鲁剌思部千户等听命于忽必烈。由于蒙古左、右翼军数量大致相等，阿里不哥和忽必烈几乎各控制一半千户，在直属蒙古军的力量对比上两人大致相同。
调用探马赤军镇戍中原的探马赤军，早已掌握在忽必烈手中。忽必烈即位以后，除留下一部分探马赤军仍然在原驻地驻守外，大部分军队北集燕京，作为机动作战部队。经过长年战争的消耗和因为不习惯镇戍区域生活等原因造成的军士大量逃亡，使探马赤军的数量和战斗力大为下降。中统三年（1262年）三月，有人奏报探马赤军“金亡之后，散居牧地，多有入民籍者。国家土宇未一，宜加招集，以备驱策”。忽必烈乃颁发诏书，命令探马赤军“已入籍册者，令随各万户依旧出征。其或未尝为军及蒙古、汉人民户内作数者，悉签为军”。①
征调色目军人 中统二年（1261年）十月，忽必烈命令昂吉儿所管唐兀军和分驻在丰州、荨麻林等地的阿儿浑军，都准备鞍马甲仗从军作战，“违者以失误军期论”②。其他色目人军士也在所属蒙古千户和探马赤军内从军参战。
三、重用汉军将领，扩大汉军兵员
在忽必烈与阿里不哥的对峙中，汉军将领大多数站在忽必烈一边。无论从人数上还是从战斗力上，汉军都超过了当时忽必烈所控制的蒙古军和探马赤军，已经成为支持忽必烈政权的重要军事力量。为保证南面对宋作战和利用中原地区的人力、物力打垮阿里不哥在漠北的军事力量，忽必烈对汉军采取了一系列安定措
施。
提拔、重用汉军将领 忽必烈采用以汉人臣僚治理汉地的政策，对原来的汉军万户、总帅等均予以承认，受到忽必烈确认的万户有亳州万户张弘彦、邳州行军万户张邦直、邓州新军万户史枢、邓州旧军万户史格、归德万户邸浃、滨棣万户韩世安、水军
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①《元史》卷九八《兵志一·兵制》，卷一六六《石高山传》。
②《元史》卷四《世祖纪》一。
万户解诚、北京等路征行万户王荣祖、河东道征行万户李彀、淄莱水军万户张马哥和万户脱察刺、石抹乣札刺等人。对已年老的万户如张柔、张荣等，分别赐以安肃公、济南公的爵号致仕，以张柔子张弘略袭顺天万户职，张荣孙张宏袭职为济南万户。大名万户王珍病死，也允许其子文干袭万户职。忽必烈还从汉军将领中擢拔了一批新的万户，知名者有水军万户张荣实、平阳太原两路万户郑鼎、成都经略使总管万户刘元振（刘黑马长子）、山西两路新军万户耶律忙古带（耶律秃花后人）等。对于李璀、史天泽、汪惟正等汉军重要将领，忽必烈更是委以方面军事重任。中统元年(1260年)五月，授以汪惟正巩昌等处便宜都元帅之职，屯兵青居山，“诏东川军事悉听处分”；汪良臣为同签巩昌路便宜都总帅，总兵于山丹州，“凡军民官并听良臣节制”。六月，升李理为江淮大都督（又称山东行省大都督），节制在山东的诸军；以史天泽为江淮诸翼军马经略使，史天倪子史权为沿边镇守诸军总管万户，掌管河南军事，“所属千户、万户悉听号令”。不久又升史天泽为中书省右丞相，“河南军民并听节制”。对万户以下的汉军将领，也颁赐金银符牌，加以委任和不同程度的升迁。
赏赐军功 忽必烈对汉军万户及其部属，尤其是跟随他出征南宋的将领，大加赏赐。史天泽、李璮、汪惟正、董文炳等人，都得到了较高的赏赐。南宋降将刘整军守泸州，击退宋军进攻，很快得到赏银1.6万两，币帛3000匹。论功行赏的作法，多少起到了刺激汉军将领为蒙古政权效力的作用。
汉军兵员的临时性扩充 中统元年（1260年）五月，“诏平阳、京兆两路宣抚司签兵七千人，于延安等处守隘”。二年十月，“括西京两路官民，有壮马皆从军，令宣德州杨庭训统之，有力者自备甲仗，无力者官舆供给”。这两次签军，都是临时性的调发，北征阿里不哥的军事行动结束后，“诏撤所在戍兵，放民间新签军”，新扩充的汉军兵员又都放罢为民。①
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①《元史》卷四《世祖纪》一。
四、扩充宿卫力量
忽必烈在漠南即位，统治重心在中原汉地，择定燕京作为都城（后改名为大都），将在藩王时修建的开平城（今内蒙古正蓝旗东北）定名为上都，作为陪都。为适应新的形势需要，忽必烈对原有的蒙古大汗宿卫组织进行了重大的改革。
重建怯薛组织 蒙哥死后，原蒙古大汗的怯薛（护卫军）基本解体，一部分宿卫士护送蒙哥灵柩返回漠北后，为阿里不哥所占有。在陕西、四川的蒙古军北退后，也带走了不少怯薛歹（护卫士）。忽必烈后来任命宪宗朝怯薛丹长不花为中书右丞相，说明忽必烈也掌握了一些怯薛歹。无论是忽必烈还是阿里不哥，都已经无法继承现成的宿卫组织，只能根据自己的情况重建怯薛军队。忽必烈很快将木华黎后人安童、博尔术后人玉昔帖木儿、博尔忽后人月赤察儿召到身边，“命掌环卫之政令”，“领四怯薛太官”，重建大汗的怯薛组织，仍旧实行过去的四怯薛番直制度。
武卫军的设置 原来在漠北立足的蒙古大汗，用怯薛军扈卫汗廷和控制草原各部。忽必烈将都城由游牧地区转入农耕地区后，汗廷和中枢统治机构改为依城而居，不仅要控制草原的蒙古千户，还要有一支直属于中央的禁卫军队，用来控制分散在中原各地的探马赤军和汉军，保卫都城的安全。从怯薛的力量来看，由于当时还有相当数量的蒙古千户从属于阿里不哥，忽必烈从属下蒙古千户中重新召集起来的怯薛组织，战斗力显然无法与成吉思汗时期的怯薛军相比，用来扈卫大汗和控制蒙古各千户已嫌力量不足。蒙古汗廷原来的宿卫组织已无法适应新形势的需要。汉人臣僚姚枢和商挺向忽必烈建议，从汉军各万户中征招精锐士兵3万人，按照历代中原王朝的传统作法，在京城设置一支中央禁军，“燕京东西分屯置营，以壮神都”①。忽必烈采纳了他们的意见，于中统元
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①姚燧：《中书左丞姚文献公神道碑》，《牧庵集》卷一五。
年(1260年)四月“徵诸路兵三万驻燕京近地”，派遣董文用等人赴各地“择诸军充侍卫”。新宿卫军的组建工作很快即告完成，忽必烈采用了金朝京师防城军的名称，将这支军队定名为武卫军，官员设置也采用金制，以董文炳和史天泽姻亲李伯祐为武卫军都指挥使，史天泽部将郑江和严忠济部将刘复亨为副都指挥使，以张柔部将王仲仁、张荣部将刘思敬、董文炳弟文蔚等为千户。武卫军的组织原则，仍然搬用怯薛组织的方法，选择贵族子弟入充宿卫，只不过是对象由蒙古人改成了汉人。武卫军的建立，既增强了蒙古政权宿卫组织的力量，又使蒙古大汗手中有了一个控制汉军各万户的有力工具。
怯薛和武卫军的职能分工 怯薛和武卫军一同作为宿卫组织，在职掌上则稍有不同。怯薛组织主要负责蒙古大汗、后妃的安全，承担汗廷的各种服侍事务，驻守于斡耳朵（宫帐）周围，只有大汗亲自出征时才随从出战。武卫军驻防于都城内外，负责整个京师地区的安全，同时又是直接掌握在大汗手中的常备作战生力军，随时可以被调出去作战。原来怯薛军在战争中的“大中军”角色，已改由武卫军充任。①
五、草建军需供应系统
忽必烈即位之后，属下军队西出、北征，需要大量补给马匹和武器等军需物资。忽必烈除了按照传统办法命令各军自备马匹、粮草外，还在中原地区临时设置了一些机构，筹备军需物资，利用中原的物力支持战争。
设立十路宣抚司 中统元年(1260年)五月，设立燕京、益都济南、河南、北京、平阳太原、真定、东平、大名彰德、西京、京兆十路宣抚司，任命汉人和色目人臣僚为宣抚使和副使。各路宣抚司的一项最主要的职掌就是征集军需物品，送往指定地点，以
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①详见《忽必烈与武卫军》，《北方文物》1986年第2期。
备大军出征时使用。到同年十二月罢宣抚司时，各路已将数以万计的马匹、人马战甲、裘衣皮帽和几十万石粮食输送到了开平、沙井、净州和渔儿泊等地。
设置军储都转运使司 废罢各路宣抚司后，于中统二年七月设立军储都转运使司，负责各地的军需物资征发与调用，以汪古部人马月合乃为都转运使，周锴为副使。三年八月，因阿里不哥已被击败，罢军储都转运使司。马月合乃等人因为饷军有功，得到升赏。
忽必烈治军的各项措施，使他在很短的时间内掌握了大量的军队，征集了大批军用物资，在军事力量和经济上都占有绝对优势，足以应付各种紧急事变。经过较充分准备后，忽必烈在陕、川战事进行的同时，即挥军北上，与阿里不哥决战。
