一、院官的增设与任用
至元十六年（1279年）以后，枢密院官员的设置进行了调整。二十二年十二月，以太子兼中书令、枢密使的真金病死，同知枢密院事成为枢密院的最高长官。二十六年二月，增设知枢密院事（知院）1员，位在同知之上。二十九年，知院增为4员。世祖朝以后，皇太子兼枢密使成为定制，太子位缺时枢密使为虚衔。知院员数不断增加，武宗朝前期已多达十余员。至大三年正月，减省枢密院官员，“存知枢密院七员，同知枢密院事二员，枢密副使二员，佥枢密院事二员，同佥枢密院事一员”。三月，又确定设知院8员，“令枢密院如旧制设官十七员”。①此后知院等官员数又有增加，仁宗死后秉政的太子硕德八刺下令“汰知枢密院事四员”②，知院仍保持在七八员之间。文宗时定制，枢密院设官16员：知枢密院事，6员，从一品；同知枢密院事，4员，正二品；枢密副使，2员，从二品；佥书枢密院事，2员，正三品；同佥书枢密院事，2员，正四品。
院官之下，还设有院判（枢密院判官）、参议、经历等属官和院吏数十人。③
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①《元史》卷一五《世祖纪》一二，卷二三《武宗纪》二。
②《元史》卷二七《英宗纪》一。
③《元史》卷八六《百官志》二。
世祖朝以后任枢密使的只有太子爱育黎拔力八达和硕德八剌二人，仍然是名义上的枢密院最高长官，不能直接插手军务大事。
世祖朝后期任用伯颜、玉昔帖木儿、札散（札珊）、月赤察儿为知院，这四人都是蒙古人，玉昔帖木儿和月赤察儿出身于功臣世家，伯颜与札散均由同知升任知院，是当时朝廷倚重的统军大臣。以后各朝知院仍以蒙古人为主。除玉昔帖木儿、月赤察儿两家族人世任知院外①，蒙古五投下的弘吉刺部、忙兀部等亦有人侪身于知院之列。②朝内的蒙古大臣和随同蒙古宗王出镇北疆的蒙古将领，也是蒙古人知院的重要来源。成宗时以唐兀人暗伯（阿伯、俺伯）为知院，开色目人任知院之例。③此后唐兀人、钦察人、康里人乃至畏兀儿人，都有任知院职者。担任知院的色目人，大多已任同知等院官多年，或为色目卫军将领，常年领军作战镇戍。只有极少数人由于帮助新皇帝即位有功而被授以知院之职。色目人任知院的比例，一般只占到1/4左右。知院的职务绝不授给汉人和南人。
同知枢密院事，也基本上由蒙古人和色目人包揽，很少授与汉人。枢密副使以下的院官，方参用汉人。一般情况下总有1名汉人官员担任副使职务。担任院官的汉人，或是跟随皇帝多年的亲信，或是汉人功臣后裔与汉人卫军将领。
知枢密院事作为枢密院的实际最高长官，初设时置于和林，直接掌管漠北军务。至元三十年七月，以月赤察儿为知院，在朝中主管军务，知院乃分成朝内和出镇两种。以后知院员数不断增加，则在知院中择一人为长。成宗大德七年七月，蒙古斡罗纳儿部人哈剌哈孙以中书省右丞相兼知院职，为诸知院之长。武宗时承袭
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①阎复：《广平贞宪王碑》，元明善：《淇阳忠武王碑》，《元文类》卷二三。
②《元史》卷一一八《特薛禅传》。程矩夫：《知枢密院事也先帖木儿故曾祖父蘸木曷追封泰安王谥武毅制》，《雪楼集》卷三。
③《元史》卷一三三《暗伯传》。
此制，先以月赤察儿子塔剌海带相职（先为左丞相，后升右丞相）兼知院，后以中书左丞相铁木儿不花兼任知院。出镇知院也儿吉尼、憨剌合儿等遥授左丞相职。塔剌海死后，子饭头（脱而赤颜）袭职为知院，至大三年二月加“录军国重事”职，位于铁木儿不花之下。①仁宗即位之后，逐步改变中书省相臣兼任知院之长的作法，只在知院中择一人为长。文宗即位初年，作为权宜措施，又以中书省右丞相燕铁木儿、左丞相别不花兼任知院。天历二年十一月，文宗以英宗、泰定帝两朝为知院之长的阔彻伯仍任旧职，“位居众知院事上”，恢复知院自有其长的作法，燕铁木儿等不再兼知院职。至顺元年（1330年）六月，燕铁木儿以谋反罪杀阔彻伯等人，蒙古篾儿乞部人伯颜被擢拔为知院之长。②
除了以中书省丞相兼长知院外，世祖、成宗、武宗三朝，中书省的平章政事、右丞、左丞、参知政事等宰臣，还可以朝廷特授的“商议枢密院事”（又称“中书平章商议院事”）的加衔参决院务。仁宗朝后废罢了这种作法。
元朝初期设置的枢密院断事官，入中期后也不断增员，到文宗时定置8员，正三品。充任断事官的主要是蒙古人和色目人。
世祖时定制，枢密院主要官员由皇帝亲自择用，属官由枢密院自身选择奏举，依旨任用，不经由中书省。以后各朝均遵守枢密院“得自选官”的“成宪”。③至大三年三月，枢密院官员奏报尚书省违反“都省治金谷，枢密治军旅”的国家定制，插手院务，“弗遵成宪，易置本院官”。武宗乃重申仍依旧制。④元朝中期枢密院基本上保持着独立于中书省之外的任官系统。
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①《元史》卷二二、二三《武宗纪》一、二。
②《元史》卷三二、三三、三四《文宗纪》一、二、三
③《元史》卷一八《成宗纪》一，元贞元年三月戊午记事；卷二八《泰定帝纪》一，至治三年九月己亥记事。
④《元史》卷二三《武宗纪》二。
二、枢密院制度的逐步完备
枢密院作为全国最高军政机构，要实现掌治全国军旅的权力，在朝内需理顺与中书省、怯薛组织的关系，对外则要协调与出镇蒙古宗王及蒙古各投下的关系。世祖朝前期，因忙于应付对宋作战，只是初步规定了枢密院应管理的具体事项。全国统一之后，世祖及以后诸帝逐步调整各种关系，进一步明确枢密院的职掌，使枢密院统军制度日趋完备。
治军北疆 世祖朝前期，以嫡出宗王出镇漠北等地，掌管当地军事，派遣朝内大臣随行，佐治军民政务。至元十三年后，西北蒙古叛王的进攻不断加强，元廷大量军队北调作战，需要朝廷委派重臣前往前线协调各军的关系，统一指挥各军征战戍守。忽必烈先于至元十四年派复任同知枢密院事的伯颜率军北征，击退了叛王的进攻。随后在至元十八年二月遣太子真金抚军北边，以伯颜从行佐治军政。二十四年，伯颜随忽必烈征讨东道蒙古诸王的叛乱。叛乱平定后，正式授以伯颜知枢密院事的职务，出镇和林。伯颜带着枢密院的最高职衔出镇漠北，名义上是帮助出镇蒙古宗王参决军务，实际上有权调动漠北各军，直接指挥军队与叛王作战。二十九年，朝内大臣奏告伯颜久居北边，不积极进攻叛王，忽必烈乃以玉昔帖木儿为知院，代替伯颜出镇漠北，“宗藩帅钺一切禀命”。①次年三月，又升任总兵于“瓷古之地”（即汪古部封地内）的同知札散为知院，北疆始置有两知院。成宗即位后，伯颜、玉昔帖木儿先后病死，札散改任他职，月赤察儿先在朝内主掌院务，后于大德五年副晋王甘麻剌出镇漠北，继续奉行知院治军北疆的政策。同时出镇的知院还有唐兀人暗伯。武宗朝出镇北边的知院已增至3人以上，除了遥授中书左丞相的知院也儿吉尼
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①元明善：《丞相淮安忠武王碑》，《元文类》卷二四。阎复：《太师广平贞宪王碑》，《元文类》卷二三。
（唐兀人）、憨刺合儿外，还有钦察人床兀儿。①仁宗即位后，床兀儿和弘吉刺部人丑汉等人仍以知院镇北边。以后西北战事渐趋平复，知院不再长期亲临北疆治军，只是在一定时间内赴北边巡视军情。
除了以知院赴北疆赢接指挥军队征战戍守外，在漠北的一些重要将领还经常被授以同知、副使、佥院等院官职衔。这些将领只能指挥自己率领的军队，要听命于出镇的蒙古宗王，没有协调诸军的权力。
伯颜等人以知院出镇和林等地，携有朝廷颁发的枢密院印章。忽必烈以玉昔帖木儿取代伯颜，召回伯颜，伯颜即“授印而去”②。仁宗延祐三年，知院丑汉守莽来，给分枢密院印。③所谓“分枢密院印”，应该就是前往北疆的知院所持的印章。
军事决策元廷重大的军事决策，并不是只由枢密院议决，中书省往往要参加讨论与决断。皇帝指定中书省宰臣商议枢密院事，是世祖、成宗、武宗三朝中书省参与军事决策的主要途径。此外，有时还特别规定枢密院有事必与中书省共议，如成宗大德七年二月，“诏枢密院、宗正府等，自今每事与中书共议，然后奏闻”④。从仁宗朝开始，中书省臣参决院务逐渐受到限制，枢密院得以独立决策军务，只是遇重大军政问题时才召集中书省、御史台等机构官员与院官一同商议。枢密院奏报军情要务，一般情况下是不经过中书省的。怯薛也要参与重大决策。至元二十二年正月，枢密院上奏：“旧制四宿卫各选一人参决枢密院事，请以脱列伯为佥院。”⑤以后设置的诸知院中，总有一两名为当朝怯薛长，直接代表怯薛参决军务。
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①虞集：《句容郡王世绩碑》，《道园学古录》卷二三。
②《丞相淮安忠武王碑》。
③《元史》卷二五《仁宗纪》一，卷一一八《特薛禅传》。
④《元史》卷—一《成宗纪诤四。
⑤《元史》卷一三《世祖纪》一〇。
院务处置 枢密院内的公文传递，大多由枢密副使以下的院官负责。成宗大德二年十一月，特别定立了“常例文移”由副枢以下署行的条例。①皇帝每年夏季赴上都避暑，枢密院官员大多从行，只留副使或佥院一两员于大都。“车驾幸上都，旧制，枢府官从行，岁留一员司本院事，汉人不得与”。留守的院官“实掌大都枢密符印”，“凡宫苑、城门、直舍、徼道环卫营屯禁兵，太府、少府、军器、尚乘等监，皆领焉”，可以调动军队应付突然事变。②重要的公文和军情奏报都要转送上都，由跟随皇帝的院官处置。枢密院官员也要受到御史台的监督，本院的案牍文移需由御史台检劾。如大德二年九、十月，御史台即鞠审枢密副使塔剌忽带贪赃罪和检劾枢密院案牍。③御史台只负责监督院官，对枢密院下属各军军官的刑罚，主要由“掌处决军府之狱讼”的枢密院断事官处置。
军务处置 全国统一之后，枢密院的职能基本固定下来，大致上仍包括以下几方面的内容：
1、筹划军事部署。建立全国的镇戍体制，布置和调整各地戍军，设置地方军府；调集军队抵御蒙古叛王的进扰；镇压各地人民的反抗；筹划军队的远征，是元朝中期枢密院议决军政的主要内容。
2、管理军队。入元中期之后，元军分为宿卫与镇戍两大系统。宿卫组织中的侍卫亲军各卫，由枢密院直接管领。镇戍军分由蒙古千户、蒙古军都万户府与各地设置的军府掌管，均由枢密院节制、调动。全国军籍归枢密院掌管，枢密院隔一定时间就要派官到各地查阅军籍，检视各军。如成宗元贞二年十一月，遣枢密院官员前往江南整饬镇戍军队。至大四年九月，“命枢密院阅各省军马”。延祐七年十一月，“遣使阅实各行省戍兵”。次年十月，又
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①③《元史》卷一九《成宗纪》二。
②《元史》卷三二《文宗纪》一，致和元年七月记事；卷一五四《郑鼎传》。姚燧：《董文忠神道碑》，《牧庵集》卷一五。
“命枢密遣官整视各郡兵马”。①对军户的管理和伤病、贫困军人的治疗、抚恤，制定军事法令，等等，也是军队管理的重要内容。
3、铨选武官。军官的选任、升迁、袭职、俸禄、赏罚等，都由枢密院负责并制订了一系列的规定，详见后述。
4、保障军队的后勤供给。主要是措置各军屯田和制造、管理武器装备。军队的通讯、马政等务，则由主掌“邮驿屯牧之政令”的中书省兵部负责。②
总的说来，元中期枢密院治军的权限制度化后，全国军政基本统一，自成系统。为调整地方兵权问题，元廷采用了设行院（后改为行省官统军）与宗王出镇的作法。
