蒙古统治者统一全国之后，推行四等人制的民族压迫政策，又联合色目、汉人地主阶级，残酷地剥削各族人民，激起了各族人民的激烈反抗。在江南、陕川、吐蕃、云南乃至元廷的腹里地区，都爆发过人民起义战争和反抗元廷的斗争，现择要者介绍如下。
一、南三行省
江浙、湖广、江西南三行省，包括了原来南宋王朝的主要统治区域。自元军渡江后，江南人民的反抗斗争此起彼伏，几乎没有间断。至元二十年（1283年），有人报告：“江南盗贼，相挺而起，凡二百余所”；二十四年二月，又有大臣奏报：“江南盗贼，凡四百余处”。①主要的起义有以下几次。
杜万一起义 至元十七年春，江西南康都昌人杜万一利用白莲教组织起义，拥众数万人，自称天王。江西行省与江淮行省联兵前往镇压，遣军化装偷袭，擒杀杜万一，起义失败。
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①《元史》卷一五《世祖纪》一二，卷一七三《崔彧传》。
陈吊眼起义 福建畲族首领陈吊眼在元军占领临安后，乘乱起兵，被张世杰收抚，助南宋残军抗元。南宋军溃亡后，陈吊眼与叔父陈桂龙等仍率领畲民抗元，“七年未平”。至元十七年(1280年)八月，陈吊眼率军攻入漳州城，“官军死者十八、九”。后陈吊眼率军退守山寨，“连五十余寨，扼险自固”，拥众十余万人。元廷调四行省军围剿，不能奏效。十九年三月，元将高兴以谈判为名，将陈吊眼骗出生擒，送至漳州处死。四月，陈桂龙等投降，陈吊眼部属吴满等战死。陈桂龙等被送至京师，第二年流放于北方。
林桂芳、欧南喜起义 至元二十年三月，广东新会县林桂芳、赵良钤聚众起义，建罗平国，有众万余，但很快被元军所镇压。九月，欧南喜、黎德等人在清远起兵，号众10万，擒广东道转运盐使合剌普华，切断通往占城的元军饷道，并派军攻袭广州，被元军击败。欧南喜乃至新会与黎德会合，继续扩充部伍，“众号二十万”。第二年十一月，元军大举来攻，起义军战败，欧、黎等首领24人均被擒杀，部众溃散，仍在各地坚持斗争，二十二年二月才被彻底镇压。
黄华起义 至元十五年十一月，福建建宁路政和县人黄华集结盐夫，联络畲族首领许夫人一同起兵反元。十七年，黄华被元廷招降，随即助元军攻陈吊眼部义军。二十年八月，黄华再次起兵反元，聚众十余万人，“剪发文面”，号“头陀军”，不久发展到20万人。黄华起义震动了福建全境，“福建一道，收附之后，户几百万。黄华一变，十去其四”。元廷急忙从江淮、浙江调军前往，与福建戍军会合进剿。第二年正月，黄华兵败自杀。
钟明亮起义 至元二十四年冬，福建汀州畲民钟明亮举兵反元，拥众10万，在福建、江西、广东交界地带频繁活动，“声摇数郡，江、闽、广交病焉”，广东董贤举、漳州陈机察、福建丘大老、丘元等相继起兵响应。元廷调数省军合讨，但“东击则西走，西击则东轶”，“围攻则兵力不敷”，所以不得不采取抚、剿并用的手法。二十六年五月，钟明亮诈降，闰十月又反。第二年二月再降，五月又反。元军“上烦庙堂应接，诸省奔赴，竭数载之力，仅得明亮至军前一面，而诈降无实，傲睨反复，气凌威烁，未尝获一交锋决胜”。其后不久，钟明亮病死，义军失去首领，逐渐解体，坚持到至元二十八年才被镇压下去。
杨镇龙起义 至元二十六年二月，浙江台州宁海人杨镇龙起兵，称大兴国皇帝，聚众12万人。江浙行省急忙调军镇压，擒杀杨镇龙。闰十月，婺州（浙江金华）叶万五以众万人起义。第二年三月，杨镇龙余部仍在浙东活动。五月，婺州、处州又有吕重二、杨元六等起兵，但都被元军镇压。
刘贵、刘六十起义 成宗元贞元年（1295年），江西赣州民刘贵起兵，聚众十余万人，但很快被元军击败，刘贵被擒。二年七月，赣州民刘六十率兵又起，拥众万余人。十月，刘六十被元军擒杀，起义失败。
成宗朝以降，江南的洞民、苗民、黎民、瑶民等少数民族，也纷纷起兵反抗元廷，其中尤以瑶民的反抗斗争波及范围最大，持续时间最长。
二、云南
云南行省地处边陲，各族人民杂居。元廷在这一地区实施残酷的民族压迫和经济剥削，又调各族人去远征交趾、缅、八百媳妇等，激起了几次大的起义。
亦奚不薛诸部反抗元廷的斗争 亦奚不薛（水西，鸭池河以西地区，今贵州毕节地区大部）诸部彝族，从至元十三年(1276年)始陆续被元军收附，惟罗氏鬼国抗命。十七年，元廷调军攻罗氏鬼国，亦奚不薛各部纷起反抗，经过3年战争，抗元首领大多被元军俘送京师，余众被迫陆续出降。
宋隆济、蛇节起义 成宗大德五年（1301年），调军数万人，以刘深等率领，远征八百媳妇。军队入云南后，强行向各部要索粮饷、征发民夫。雍真葛蛮（今贵州贵定境）土官宋隆济为摆脱“身死行阵、妻子为虏”的威胁，联合各部起义，进攻贵州。前顺元路总管阿那的妻子蛇节，率水西、水东各部起兵响应，助宋隆济围攻贵州。元廷以湖广、云南、四川三省兵会讨，激起更大的变乱，车里白衣族、江头江尾的和尼族以及分布在云南各地的彝族又相率起兵。六年正月，起义军击败刘深军，占领贵州。九月，刘国杰率湖广军分三路征蛇节，经过40余战，终将蛇节军击败。陕西、四川元军则镇压了云南行省北部的起义。第二年正月，蛇节重新组织力量与元军作战，再次兵败。二月，蛇节被俘。刘国杰回师水东，又擒宋隆济等首领十余人，起义失败。元廷以刘深入云南后强行索征，视其为激起战乱的祸首，于当年将刘深处死。
宋隆济、蛇节领导的各族人民起义虽被镇压下去，云南境内的反抗斗争却没有平息，白衣、金齿（均为傣族祖先）以及亦奚不薛、罗罗斯各部，仍不时掀起起义浪潮。
三、吐蕃
由宣政院管辖的吐蕃地区，也多次掀起了反抗元廷统治的斗争。
必里公之乱 至元二十七年(1290年)，必里公万户起兵反对元廷和萨斯迦派的统治，得到了旭烈儿后王的支持。忽必烈命西平王奥鲁赤之子铁木儿不花率军协助萨斯迦本禅讨叛，俘万户长亦磷真等人，焚毁必里公寺院，镇压了反抗运动。
参卜郎起兵 英宗至治三年（1323年），朵甘思参卜郎（今四川雅江县以北雅砻江流域）诸部起兵，劫杀过往元廷使者，元军前来围剿，不能取胜。泰定二年（1325年），元廷遣使招降起兵首领班术儿等，起义瓦解。
四、其他地区
元朝统治的中心地区，也爆发过多次反抗运动。邻近腹里的河南、陕西、辽阳行省，也有过大小规模的起义。因为在这些地区元朝政府屯有重兵，防备较严，所以大多能较快地将起义镇压下去。
阿失歹儿起义 仁宗皇庆元年（1312年），沧州人阿失歹儿等聚众起兵，在腹里地区流动，抗击官军。十一月，阿失歹儿等被捕杀。
圆明和尚起义 延裙七年(1320年)六月，陕西奉元盖屋县圆明和尚聚众称帝，计划于七月中旬进攻奉元路，举兵起义。不料有人告密，元军前来追捕。八月，圆明和尚等被捕杀。
骨嵬人的斗争 东北的骨嵬等族人，从世祖朝后期起而反抗朝廷的逼造攻日本海船和横征暴敛，到成宗时斗争越演越烈，元军屡次往来镇压，至武宗朝方逐渐平复下去。
岭北的反抗斗争 仁宗延祐年间，北方草原发生大的风雪灾害，“岭北戍士多贫者，岁凶相挺为变”，镇王的部民也“为盗者众”。元廷急遣人至岭北安抚、镇压。以后在别的蒙古部落中也发生过规模不等的反抗斗争。
元中期各地的反抗斗争与起义，有的虽然能聚众几十万，声动数省，但由于大多不能相互联络，互相支援，且缺乏周密的组织与计划，所以很快被元军镇压下去。从元廷来说，各地镇戍军队虽然日趋腐败，战斗力大大下降，但还有一批能征善战的将领，来回奔走镇压，基本能够控制局面。
