成宗以后，为争夺帝位，蒙古贵族之间往往发生火并，以后又发展成了大规模的战争，严重地削弱了元朝的统治。
一、南坡之变
大德十一年（1307年）成宗死后，皇后卜鲁罕与左丞相阿忽台等谋立安西王阿难答为帝，遭右丞相哈剌哈孙等反对。哈刺哈孙密迎成宗兄答剌麻八刺两子海山和爱育黎拔力八达来京。爱育黎拔力八达先至，与哈刺哈孙合谋，捕阿难答，杀阿忽台等人，推举海山即帝位。海山死后，爱育黎拔力八达即位，死后子硕德八刺即位，是为英宗。
英宗重用木华黎后裔拜住，推行“新政”，触犯了蒙古、色目保守贵族的利益。至治三年（1323年）八月，英宗在上都避暑后南返，在上都西南的南坡驻营，御史大夫铁失、知枢密院事也先帖木儿等以阿速卫军为外应，刺杀拜住和英宗于行帐，迎立晋王也孙铁木儿为帝口以卫军作为政变工具，在元朝这是第一次，随后为争夺帝位展开了卫军之间的厮杀。
二、两都之战
两都势力的形成 致和元年（1328年）七月，泰定帝也孙铁木儿死在上都。八月，留守大都的佥枢密院事燕铁木儿与西安王阿剌忒纳失里（奥鲁赤后王）合谋发动政变，拘捕泰定帝北上时留守大都的官员，遣使迎武宗次子图帖睦尔北上。九月，图帖睦尔即位，改元天历，宣称待兄和世琼南下后让位。在上都的泰定帝臣僚和诸王则拥立泰定帝子阿刺吉八为帝，改元天顺。两股势力各掌握一部分卫军。大都方面有左、右钦察卫和蒙古、汉人卫军留在京城的守卫军队与屯田军人，上都方面则掌握着扈从泰定帝北上的各卫人马，尤以左、右阿速卫与贵赤卫等军，几乎全军都在北边。从力量对比看，上都方面占有明显的优势。
大都保卫战 燕铁木儿拥立图帖睦尔为帝后，调京城留守各卫军和屯田军人分守险要，又命河南、山东两蒙古军都万户府军队北上支援。上都方面很快主动分军南下，进攻居庸关、古北口等地。燕铁木儿亲自率军来回奔走应战，击退上都军的进攻，“各卫将士降者不可胜计”。十月，燕铁木儿又在檀州、卢沟桥等地击败从东、西两面进犯的上都军队。燕铁木儿因为兵力不足，不能分兵作战，只是组成一支机动军队，在大都周围游动作战，保证大都的安全，无力向上都进军。
辽东军队奔袭上都 天历元年十月，在辽东的东路蒙古军元帅不花帖木儿（燕铁木儿叔）与搠只哈撤儿后王月鲁帖木儿等率军奔袭上都，上都军队大多南下作战，城内空虚，留在上都的倒刺沙等兵败出降，阿剌吉八被俘，上都势力顷刻瓦解。燕铁木儿很快又助图帖睦尔毒死南来即位的和世球，使图帖睦尔坐稳了帝位。
三、镇压各地兵变
两都战起，陕西、四川、云南的驻军大多站在上都一边。倒剌沙兵败后，这些地区的统军将领先后发起兵变，几年后才镇压下去。
陕西 天历元年九月，陕西行台御史大夫也先帖木儿以陕西军分三道东进，过黄河，克河中府，逼虎牢关，河南诸军不能抵挡，退守汴梁，各处官员纷纷弃城逃走。十一月，陕西一路军逼近汴梁，也先帖木儿军抵武安，闻倒刺沙败讯，也先帖木儿率军投降，后与倒刺沙等一同被处死，在汴梁附近的军队解体西还。
四川 两都激战时，四川行省平章囊加台党附上都。天历元年十一月，囊加台自称镇西王，发动兵变，反对文宗，烧绝栈道。二年正月至三月，官军与叛军在播州、乌江沿岸等地展开激战，互有胜负。四月，囊加台听从文宗赦罪诏，率军降服；八月，被文宗处死。
云南 随从王禅与燕铁木儿作战的蒙古宗王秃坚等人在上都兵败后逃回云南。天历二年三月，秃坚等集兵5万，准备自立。文宗立云南行院，又以阿刺忒纳失里出镇云南，准备平叛。至顺元年（1330年）正月，秃坚起兵反，攻陷中庆路、仁德府等地，自称云南王。文宗连续调数省兵至十余万，分路进剿，至十二月底击败叛军。第二年二月，叛军复起，各军继续征讨，一年后才彻底平定叛乱。
