一、在京卫所
明初在京的卫所基本上可分为两大类：第一类是侍卫上直军，亦称上直卫，由都督、都指挥统领；第二类是五军都督府统领的在京卫所。还有个别在京的卫，既不隶属于亲军指挥使司，也不隶属于五军都督府，是一种特殊的卫。在洪武时期，这种卫是很个别的。
（一）侍卫上直军
侍卫上直军是皇帝与宫廷的侍卫部队，它是由朱元璋在起义战争中设置的拱卫司演变而来的。拱卫司设立于至正二十四年（1364年）十二月，统领校尉，隶属于大都督府。洪武二年(1369年)定为亲军都尉府，统领中、左、右、前、后5卫军士，又设仪銮司隶属其下。十五年罢都尉府及仪銮司，改置锦衣卫，设锦衣卫指挥使，统领军士数额与诸卫相同①，之后又经调整，增至侍卫上直军12卫，均称上直卫亲军指挥使司，设亲军指挥使。12卫的名称是：锦衣卫、旗手卫、金吾前卫、金吾后卫、羽林左卫、羽林右卫、府军卫、府军左卫、府军右卫、府军前卫、府军后卫、虎贲左卫等。它们各有自己的职掌。
锦衣卫职掌侍卫、巡察、缉捕、刑狱、卤簿、仪仗之事。其主官为锦衣卫指挥使，正三品，由勋戚都督统领。卫下设经历司，掌文移出入；镇抚司，掌本卫刑名，兼理军匠（洪武十五年设，二十二年罢）；17个所②，分掌全卫之事，各卫分工不同。所设千户、百户等官员。③
由于锦衣卫负有保护皇帝和宫廷安全之责，所以他们在皇帝活动前必须有所防备，经常四出秘密调查，对于任何人，都有不经外庭法司的法律手续而直接逮捕。如果皇帝有旨要逮捕某人，他们就奉命逮捕并进行审讯，史称此为锦衣狱或诏狱。至洪武二十
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①《明会典》卷二百二十八《上二十二卫》。
②《明史·职官志》说17所，但实际列出的只有12所，即中、左、右、前、后、上中、上左、上右、上前、上后、中后和驯象所。《明会典》卷二百二十八则列为13所，即除《明史》所列外，再加一个亲军所。
③《明会典》卷二百二十八《上二十二卫》；《明史》卷七十六《职官五·锦衣卫》。
年，朝廷因发现治锦衣卫者大多非法凌虐，便下令焚其刑具，出其系囚，送刑部重新审录，并规定内外刑狱之事，一律归三法司审理，锦衣狱被废止①。
旗手卫本为旗手千户所，洪武十八年（1385年）升为旗手卫，职掌大驾金鼓、旗纛，率力士随驾宿卫。校尉、力士都选民间壮丁充任。校尉专职擎执、卤簿、仪仗，及驾前宣召官员，差遣干办，隶锦衣卫。力士专领金鼓、旗帜，随驾出入，并守卫四门，隶旗手卫。旗手卫下设5个所。
府军前卫掌统领幼军，轮番带刀侍卫之事。
其余九卫除巡警京城各门外，还须守卫皇城一面：
南面：金吾前卫、府军卫、虎贲左卫
北面：金吾后卫、府军后卫
东面：羽林左卫、府军左卫
西面：羽林右卫、府军右卫
（二）分隶五军都督府的在京卫所
根据洪武二十六年统计的全国都司、卫所数可知，分隶于五军都督府的在京卫有41个，千户所有1个，它们的主要任务是守卫京城及其附近冲要之地。
（三）皇城守卫军
由至正二十四年（1364年）正月设置的武德、龙骧等十七卫亲军指挥使司演变而来。洪武三年（1370年）设留守卫指挥使司，专领军马守御各城门，及巡警皇城与城垣的建造之事。洪武八年，与天策等八卫具为亲军指挥使司，隶属于大都督府，十三年分隶五军都督府，不复单独成军。
职掌皇城守卫的卫所军士，须严格执行皇城城门的禁约：朝参时开门，待直日（值日，下同）都督、将军，及带刀、指挥、千百户、镇抚、舍人入门后，百官才能依次入门。上直军三日轮换
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①《明会典》卷二百二十八《上二十二卫》；《明史》卷七十六《职官五·锦衣卫》。
一次，内臣出入须服从严格的检查、搜索，并出金牌验视勘合。如发现有带兵器和杂药入门者，一经查出，要擒拿治罪。
（四）五城兵马司
五城兵马司①是东、西、南、北、中五个兵马指挥使司的简称，职掌京城巡捕盗贼，疏理街道沟渠及囚犯、火禁，校勘街市斛(hú，十斗为一斛)斗、秤尺、稽考牙僧姓名、查察物价等事，属于管理社会治安的部队。五司各按划定的京城内外区域，行其职权。各城门均备有兵马待命。
五城兵马司各设指挥一人，正六品；副指挥四人，正七品；吏目一人。②
二、腹里卫所
这类卫所分布在内地，执行守备和屯田任务，战时被调从征。具有数量多、分布广的特点，是明军的主要组成部分之一。
三、边卫和水军卫
