一、清郑间和谈破裂
郑成功于清顺治十八年十二月（1662年2月）驱逐荷兰殖民者，收复台湾后，先后采取了在台湾设立行政管理机构、开荒屯田发展台湾经济、部署台湾的军事防御、安置郑氏集团人员及家属等一系列措施，以巩固和建设台湾作为新的反清基地。郑氏集团势力控制的地区除台湾、澎湖外，还包括大陆福建沿海的金门、厦门以及铜山（今东山岛）、南澳等岛屿，其中金门与厦门是郑氏集团在大陆沿海地区经营多年的抗清根据地。郑成功渡海攻台前，命其世子郑经坚守金、厦，其战略意图是：取台、澎以为基地，连金、厦以抚诸岛。然后广通外国，训练士卒，进则可战而恢复中原之地，退则可守而无内顾之忧①。清政府要消灭郑氏集团，进而统一台湾，其战略目标也自然首先指向金、厦二岛。
康熙元年（1662年）五月初八日，一代英豪郑成功病逝于台湾，年仅39岁。随后，在台湾的郑成功之弟郑世袭和在厦门的郑经，几乎同时宣布自己为郑成功的合法继承者，由此形成了台湾与金门、厦门隔海对峙，势同水火的局势，双方都在整军备战，准备用武力最后解决问题。
清福建总督李率泰于当年六月得知郑成功去世，郑氏集团内部分裂，即将火并的消息，立即邀请在福建的靖南王耿继茂等人星夜驰抵剿郑前线漳州，共商剿抚事宜。李、耿等人最后商定，当此郑氏内乱之际，遣使招抚，令其自行瓦解，不战而降乃是上策。于是派人赴厦门与郑经议和，提出郑经及其部属如能遵制削发，离岛登岸，归顺清廷，朝廷将不咎既往，并厚爵加封，予以优待。
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① 江日升：《台湾外记》卷五，福建人民出版社1983年版，第156页。
郑经在东有郑世袭分庭抗礼，西有清军虎视眈眈的两面受敌的不利形势下，决定采取“阳和阴违，俟靖内乱，再作筹画”①的对策，即假意同意和谈，以为缓兵之计，待东渡台湾，平定内乱后再作处置。于是，他派使者杨来嘉赴漳州与清方细商招抚事宜，并将以前郑军从各州县缴获的25枚印信及假造的郑氏集团人员、船只清单献给清方，以迷惑清廷。
清廷得到李率泰、耿继茂关于郑氏有意接受招抚的报告，一面命即刻送郑方使者杨来嘉入京细商招抚事宜，一面下令福建各路清军原地待命，广布间谍，加紧进行离间、招降郑氏集团的活动。
郑经见假议和之计奏效，清军的威胁已暂时解除，立即集结部队，于是年十月初挥师东征。由于当时在台郑氏诸将对郑氏家族的内部争斗多持观望态度，只有黄昭、萧拱宸等少数将领支持郑世袭，郑经所部顺利在台湾登陆，击溃支持郑世袭的部队，迅速控制了台湾局势，确立了其在郑氏集团中的统治地位。
康熙二年正月，郑经回师厦门，着手清除在金门、厦门的反叛分子。郑经的伯父郑泰长期担任郑氏集团户官之职，管理贸易和财政事务，掌握大量钱财，在郑经东渡平乱期间，主持金门、厦门的军政事务，军事上也有很大实力，本来就已招致郑经的猜忌。郑经在台湾时，又搜出郑泰给黄昭的密信，信中表示了支持郑世袭做郑氏政权继承者的态度，这就更加激化了二人间的矛盾。六月，郑经在周密筹划之后，设计诱擒郑泰，将其杀害，又派人往金门查抄其家。郑经处置郑泰，直接导致大批郑军倒戈，郑泰之弟郑鸣骏及子郑绪昌带领1.5万余名郑军官兵到泉州向清军投诚，使金门守备一时空虚，严重削弱了郑氏集团的实力。
郑经率军从台湾返回厦门时，杨来嘉也从京城回到厦门，向郑经报告了清廷坚持要郑氏集团削发、登岸的和谈条件。郑经对与清廷和谈本无诚意，此时他认为已无后顾之忧，故转而采取强硬态度，坚决要求“依朝鲜例”，只“称臣纳贡”，决不“削发、
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①江日升：《台湾外记）卷五，第175页。
登岸”。于是，郑经继位后的清郑间第一次和谈遂告破裂。
从康熙元年郑成功去世，到康熙二十二年清政府最后统一台湾，清廷与台湾郑氏集团之间共进行了10次和谈。在这一系列和谈中，双方分歧的焦点都集中在“依朝鲜例”和“削发”这两个问题上。而“依朝鲜例”又是郑氏集团在历次和谈中提出的首要条件，也是其谈判的基本立场。所谓“依朝鲜例”，就是要求清政府依照当时中国与朝鲜的关系模式来确定中国大陆与台湾、清中央政府与郑氏割据政权的关系。朝鲜是中国的邻邦，由于历史的原因，当时的朝鲜成为中国的藩属国。郑氏集团坚持“依朝鲜例”，就是要清政府承认台湾为中国的藩属国，把台湾从中国领土中分裂出去。这与清政府统一台湾的主旨完全相悖，当然会遭到清政府的拒绝。
二、清军夺占金、厦
因郑经坚持“依朝鲜例”，拒绝削发、登岸，清廷招抚策略失败，决定改抚为剿。康熙二年十月，清军兵分三路：一路自海澄（今福建龙海东南），主将是原郑成功旧部，后投降清朝的海澄公黄梧和水师提督施琅；一路自同安，主将是福建总督李率泰；一路自泉州，由清军与荷兰舰队①组成清荷联军，清方主将是福建陆路提督马得功，荷方主将是舰队司令博尔特。清军此役的战略意图是分进合击，一举攻占金门、厦门二岛。
郑经认为清荷联军这一路是劲敌，对其威胁最大，于是决定由骁勇善战的大将周全斌率水师精锐迎击泉州方向的清荷联军，
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①康熙元年（1662年）至三年，总部设在巴达维亚（今印尼雅加达）的荷兰东印度公司三次派舰队到中国沿海和台湾地区，企图利用清郑间的矛盾，从中渔利，伺机再占台湾。清政府对此有所警惕，虽一时借用其力量，但对荷方提出的建立反郑军事联盟的建议和条件，反应冷漠，拒不与之签订任何协议，终于使荷兰殖民者卷土重来的阴谋未能得逞。
其余诸将率部守住各水陆要道，监视并阻击其余各路清军。郑经与洪旭等在大担列屿观战接应。其意图是集中精锐，破敌一路，以达迫使其余清军不攻自退的目的。
十月十九日，郑军舰队与清荷联军相遇于金门乌沙港海面，立即展开激战。清荷联军有荷兰大型战舰14艘，清军战舰300余艘，帆樯如林，炮声如雷。郑经见势不敌，率部退出浯屿（金门西南）。周全斌驱20艘战船冲向清荷联军，其船在海面上往来迅疾，如平地走马。荷舰船体庞大，行动不便；火力虽强，但命中率极低。周全斌率郑军船队冲过荷兰舰队，突入清军战阵，乘清军船队猝不及防，阵形混乱之机，围攻清军主将马得功的指挥船。交战良久，清军死伤甚众，马得功恐被擒受辱，跳水自溺而死。其余清军无心恋战，纷纷溃逃。荷兰舰队失去了清军的配合，也退出了战斗。此役，擅长海战的郑军水师最终取得了胜利。
清军虽然在乌沙港海战中失利，但由黄梧、施琅率领的海澄方向的清军秘密招降了守卫陆路要地高崎的郑军将领陈升，并于二十一日出其不意地攻占了郑氏集团在大陆沿海最重要的根据地厦门，一举打乱了郑军的整体防御体系，导致郑军全线败退：守卫同安方向的郑将林顺退至镇海（今福建龙海东南），周全斌退至浯屿，郑经与洪旭等人则率部退至铜山。清军随即占领了金门。
清军取得金门、厦门后，黄梧建议以荷兰舰队为先导，会集各路清军，立即进攻铜山，生擒郑经。总督李率泰认为，清军虽占领了金、厦，但乌沙港之战，提督马得功战死，实力大受损伤，而郑军基本是全师而退，损失不大。况且目前郑氏集团已成惊弓之鸟，进逼过急，就会逃逸至台湾，剿之愈发困难。不如乘其军心混乱，风声鹤唳之际，展开攻心战，“四处招降，以散其党羽”，可兵不血刃，获得全胜。如其顽抗，再挥兵进剿不迟。李率泰遂令各路清军暂停进攻，然后一面遣使赴铜山对郑经进行劝降，一面令黄梧、施琅利用其在郑氏集团中的1日关系，对郑经的属下进行招降、策反活动。郑经仍坚持“依朝鲜例”，不削发、不登岸等条件，双方
谈判失败。黄梧、旋琅领命后立即派人往铜山、镇海等处招降。施琅以故旧之谊劝说退守镇海的郑将林顺率部降清，不久，守卫南澳的郑军将领杜辉也到广东揭阳港向清军投诚。
三、郑经退据台湾
据守要地的郑军将领纷纷降清，铜山就成为失去屏障、孤立无援的孤岛。郑经见部下众叛亲离，已成土崩瓦解之势，知大势已去，暗中做好了逃往台湾的准备。康熙三年（1664年）三月，郑经命周全斌、黄廷率部断后，自携明朝宗室、缙绅及郑军残余官兵六七千人乘船撤离铜山，仓皇东渡台湾。郑经逃离后，断后大将周全斌因与郑经心腹洪旭等人有矛盾，担心到台湾后受其排挤，遂统兵至漳浦向福建总督李率泰投诚。黄廷也接到了黄梧的招降密信，与周全斌同时归顺了清廷。至此，李率泰的攻心、招降策略大获全胜，清军果然兵不血刃就拿下了铜山，郑氏集团在大陆沿海的抗清基地完全丧失。据史料记载，从康熙元年至康熙三年，郑氏集团共有文武官员3985人、士兵10万余人向清军投诚，大大削弱了郑氏集团的实力。
郑经逃抵台湾后，立即采取措施，加强防务，以抵御清军对台、澎的进攻。由于澎湖地处大陆与台湾之间，是台湾的海上门户，又是海上交通要道的必经之地，郑经将台湾的防御前沿设在澎湖。郑军在澎湖湾内的娘妈宫修筑营垒，在左右峙设置了报警烟墩和炮台，由薛进思等将领统兵守卫。
