对准噶尔的战争，从康熙二十九年（1690年）的乌兰布通之战，到乾隆四年（1739年）与噶尔丹策零达成和议划定牧界，历经康、雍、乾三朝，前后50年。尽管作战各有胜负，但清廷从战争全局上较好地把握了战与和的关系，采取后发制人、和战结合的方针，所以自始至终掌握着战争的主动权。
准噶尔部与清廷长期保持着臣属关系。清廷对蒙古各部一律平等相待，主张各部之间和睦相处，避免兵戎相见；也从不干涉准噶尔的内部事务。准噶尔与清王朝之间的战争，完全是准噶尔贵族挑起的。噶尔丹首先发动兼并喀尔喀蒙古的战争，并进犯内属蒙古，直接与清廷对抗，康熙帝才不得不出兵抗击噶尔丹。乌兰布通之战后，噶尔丹背弃誓言，继续与清廷为敌，侵掠喀尔喀，甚至煽动内蒙古叛乱，康熙帝只得再次对噶尔丹用兵．，对策妄阿拉布坦的战争，也是因为策妄阿拉布坦攻掠哈密，侵扰西藏，制造动乱，清廷才不得已而用兵。康熙帝在总结对噶尔丹的三次亲征时指出：“逆形已著，然后徂征；怙恶不悛，然后搜讨。”①正因为如此，清廷在政治上、道义上赢得了主动。
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①《御制亲征平定朔漠方略序》。
战争爆发之后，为了国家的统一和安定，清廷则针锋相对，坚决对搞分裂割据的准噶尔部上层贵族进行武力征讨。康熙帝认识到：“烈焰弗戢，必将燎原。积寇一日不除，则疆圉一日不靖。”①所以，他不顾朝臣的反对，不怕艰难险阻，坚持对噶尔丹、噶尔丹策零用兵。当有人以路远难行为由反对进藏平乱时，康熙帝说：“彼（指准噶尔兵）既可以到藏，我兵既可以到彼处。”②他以“除恶务尽”的态度，将对准噶尔的战争进行到底。
在对准噶尔贵族进行武力打击的同时，清廷并不放弃招抚与和谈。康熙帝为了孤立和瓦解敌人，提出对噶尔丹“招抚为要”的原则。雍正继位之初，利用准噶尔遣使议和的机会，与噶尔丹策零进行和谈。尽管和谈没有结果，却争取了时间，巩固了统治地位。雍正十二年，雍正帝鉴于对准噶尔战争一时难于结束的现实，利用额尔德尼昭大捷后自己的优势地位和噶尔丹策零急于和谈的心理，适时地作出了与准噶尔和谈的决策。和谈中，清廷既坚持以阿尔泰为界的原则立场，又有所让步，历时4年，终于达成协议，划定了牧界。和谈及其协议不但有利于清王朝休养生息，而且深得准噶尔部人民的拥护，是很成功的。
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①《御制亲征平定朔漠方略序》。
②《康熙起居注》，康熙五十六年十一月二十四日，中华书局1984年版。
