阿睦尔撒纳的败死，标志着准噶尔分裂割据势力的失败和平叛战争的胜利结束。乾隆朝平定准噶尔叛乱的战争，是康熙、雍正两朝对准噶尔战争的延续，动用了大量的人力、物力，代价是
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①④《清高宗实录》卷五五五，乾隆二十三年正月壬子。
② 昭梿：《啸亭杂录》卷三，《西域用兵始末》，第79页。
③《清高宗实录》卷五四七，乾隆二十二年九月丙辰。
⑤ 《清高宗实录》卷五四七，乾隆二十二年九月己酉。
⑥ 《清高宗实录》卷五五五，乾隆二十三年正月丙午。
巨大的。但是，这场战争消灭了准噶尔分裂割据势力，维护了国家的统一，巩固了西北部边防，促进了西北地区与中原内地的经济文化交流，也打击了沙皇俄国侵略中国的图谋，具有深远的历史意义。
平叛战争之所以取得胜利，原因是多方面的，主要的有：
首先，是战争的正义性，得道多助。我国是一个由众多民族组成的统一国家。坚持统一，反对分裂，是历史的大趋势，也是各族人民的共同愿望。准噶尔部上层贵族为了一己的私利，搞分裂割据，挑起战乱，甚至与外国侵略势力相勾结，是不得人心的。清政府进行平叛战争，符合包括厄鲁特蒙古在内的各族人民的根本利益和愿望，因而受到他们的欢迎和支持。
其次，经济发展，国力雄厚。对准噶尔战争之所以进行了数十年之久，与清政府的经济状况密切相关。康熙、雍正两朝，虽然取得了乌兰布通之战、昭莫多之战和额尔德尼昭之战等数次作战的胜利，给准噶尔贵族以沉重打击，但也只能阻遏其入侵，而不能从根本上解决问题，一个重要原因就是当时的经济实力还不够强大。到了乾隆朝，由于经济的发展，为平叛战争提供了物质保证，使清朝政府能够无后顾之忧地投入极大的兵力和财力，两次深入准噶尔地区作战，彻底铲除了准噶尔割据势力。
第三，因情用兵，策略得当。前期对准噶尔战争，康熙帝根据准噶尔地处荒漠、辽阔遥远，“我师往则我劳，贼师来则贼困”的客观情况，确定了“严兵诱致邀击”的方略。康熙、雍正两朝，遵照这一方略，曾多次予敌以重创。后期平叛战争，乾隆帝则根据当时清朝社会安定、生产发展、实力大增和准噶尔内乱不已、众叛亲离、纷纷归附清朝的现实，把握住历史的机遇，制定了以武力平定准噶尔的总方针，以及长驱直入、直捣伊犁的用兵方略，一举取得平准战争的决定性胜利。
第四，认真周密的战争准备。对准噶尔部的战争，主要在北部和西部边疆地区，由丁地域辽阔，人烟稀少，多高山、沙漠、荒原，气候严寒多变，交通不便，后勤补给极为困难。因此，清廷极为重视战争的准备工作，认为这是取得战争胜利的重要条件，每战都有针对性地进行周密细致的战前准备。在这方面，康熙帝尤为突出，他通过各种办法，征集马匹，调运物资，储备粮饷，安设驿站，从而保证了战争的顺利进行。乾隆帝对战前准备工作也是重视的，并做了大量的工作。特别是平定阿睦尔撒纳叛乱时，他汲取平定达瓦齐战争的教训，一再强调调运军粮的重要性，他说：“军营粮饷，关系紧要，理应加意办理。”①又说：“军营进剿官兵，所需口粮，甚关紧要。”②他调派高级官员承办此事，从陕甘向巴里坤运送了大量粮食。军队边前进边留驻绿营兵丁屯垦，并招募维吾尔农民垦荒种地，对解决军粮也起了一定作用。这也是平叛战争能够取得最终胜利的重要原因。
乾隆帝对平叛战争的指导，固然有许多成功之处，但也有不少重大失误。如平定达瓦齐时，乾隆帝对战争前景过于乐观，认为通过“因粮于敌”在敌境筹粮的办法就可以解决清军的粮饷供给，忽视了粮食的筹集和向前线输送，结果清军在进军途中就已出现粮秣不足的情况，到了伊犁也无粮可筹：“伊犁河北，从前原有存贮米粮缎匹等物，上年为哈萨克抢掠，所余马匹牲畜，俱经达瓦齐携往特克斯地方。厄鲁特、回人等，生计艰难，不足以供应大兵口粮。”③由于缺粮，清军被迫从伊犁撤军，留驻的500名清军根本无法应付突发事件，以至阿睦尔撒纳叛乱以后，形势急剧恶化。又如，利用招抚，分化瓦解敌人，本来是清军在对准战争中的一条成功经验，在第一次进军伊犁时，乾隆帝充分利用阿睦尔撒纳在准噶尔部的影响，让其率领旧部先行，进军异常顺利。但在第二次进军伊犁中，他却改变了分化敌人的策略．，乾隆二十一年冬，由于辉特汗巴雅尔等人叛乱和巴里坤办事大臣和起被害，乾隆帝降旨严行惩治：“厄鲁特等似此辜恩背叛，必
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①《清高宗实录》卷五〇一，乾隆二十年十一月丁亥。
②《清高宗实录》卷五〇一，乾隆二十年十一月己亥。
③《清高宗实录》卷四八儿，乾隆二十年五月庚子。
应尽行剿灭。”甚至对尚无叛迹的和硕特汗沙克都尔曼济，也密谕雅尔哈善：“倘稍有可疑，亦当乘其不备，先行剿灭。”①这样，一方面造成了滥杀无辜的错误，一方面把许多处于中间状态的群众推到了叛军营垒，增加了平叛的困难。
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①《清高宗实录》卷五二七，乾隆二十一年十一月丙辰。
