清代称伊斯兰教为“回教”。天山南路，即今新疆南部，聚居着信奉伊斯兰教的维吾尔族，故清代称天山南路维吾尔族聚居地区为“回疆”、“回部”。
天山南路在元代为察合台汗国之一部，元太祖成吉思汗次子察合台后裔世主其地。明末清初之时，元太祖十九世孙阿布杜勒为叶尔羌汗国汗王，驻叶尔羌城（今莎车），其诸弟则分管吐鲁番、哈密、阿克苏、库车、和阗（今和田）、喀喇沙尔（今焉耆）、乌什、喀什噶尔（今喀什）等城。他们各据一地，割据称雄，争斗不已，致使察合台后裔的势力大为衰弱。他们在争权夺利的斗争中，不得不借助、依靠越来越大的宗教势力。察合台后裔原本信奉佛教，这时已皈依伊斯兰教。原来在明朝末年，有个叫玛赫杜姆·艾札木的人，从撒马尔罕（今属乌兹别克斯坦）到喀什噶尔传布伊斯兰教。据说他是伊斯兰教创始人穆罕默德二十六世孙，自称“和卓”，意即“圣裔”，所以很受尊重，“回部以为贵种，所至辄拥戴之”①。在争夺统治权的斗争中，伊斯兰教分化为白山、黑山两个派别，玛赫杜姆之子依敏（一称伊善·喀兰）和伊萨克·瓦力各为一派的领袖。这两个派别各自支持割据称雄的察合台后裔，成为两个势不两立的宗教派别。清初，黑山
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①《回部政俗论》，《小方壶斋舆地丛钞》第二帙，第109页。
派取得叶尔羌、喀什噶尔等地的统治权，把白山派领袖阿帕克和卓驱逐出境。阿帕克和卓由克什米尔逃到西藏，投奔达赖喇嘛。达赖喇嘛利用其对准噶尔部噶尔丹的影响，命噶尔丹帮助阿帕克和卓。噶尔丹早就觊觎南疆的土地，遂乘机于康熙十七年(1678年)进兵南疆，在白山派教徒的配合下，占领了叶尔羌，“尽执元裔诸汗迁居天山以北，回部及哈萨克皆为其属”①。噶尔丹灭了叶尔羌汗国，立阿帕克和卓为王，“使总理回地各城”，“为准噶尔办理回务”②。其实，阿帕克不过是噶尔丹的代理人，回疆真正的统治者是准噶尔贵族。
准噶尔贵族派出准噶尔人分驻南疆各城，对维吾尔人民实行残酷的统治。维吾尔人成为准噶尔贵族的“阿拉巴图”（属民，服役者，纳赋者），要承担沉重的贡赋。赋税种类繁多，有人头税、地税、果税、商贾牧养税、金银税、牲口税、贸易税、草木税、水利税等等。各项赋税，皆有定额，其数极重。如噶尔丹策零时，叶尔羌地区3万余户10万余口，每年要缴纳10万腾格（每腾格合银1两）。喀什噶尔地区，1.6万户，每年要缴纳6.7万腾格。每年秋收之后，维吾尔族农民要把当年收成的三四成甚至一半以上交税。准噶尔贵族派出的征税人还要借机敲诈勒索。大量维吾尔人被强行迁移至伊犁，为准噶尔贵族耕种田亩和服各种劳役。许多回部贵族和宗教首领被拘禁于伊犁，作为人质。
维吾尔族人民不堪重负，渴望尽快摆脱准噶尔贵族的统治。
