乾隆二十二年（1757年），阿睦尔撒纳败亡俄国，平定准噶尔贵族叛乱的战争取得决定性胜利。于是，平定大小和卓叛乱开始提到清廷的议事日程上来。
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①和宁：《回疆通志）卷十二。
②魏源：《圣武记》卷四，（乾隆勘定回疆记》，第163页。
③《清高宗实录》卷五六六，乾隆二十三年七月乙酉。
乾隆二十三年正月二十六日，乾隆帝宣谕回部，公布大小和卓兄弟罪状，申明发兵征讨的原因：“布拉呢敦、霍集占兄弟，在噶尔丹策零时，被拘于阿巴噶斯、哈丹鄂拓克。我兵初定伊犁，释其囚絷，令为回人头目。方欲加恩锡爵，授以土田，乃乘厄鲁特变乱，率伊犁回人逃往叶尔羌、喀什噶尔。朕以其或惧厄鲁特骚扰，暂避以图休息，尚未加兵，第遣使招抚。不料竟敢戕害使臣，僭称巴图尔汗，情尤可恶。若不擒获正法，则回众终不得安生。用是特发大兵，声罪致讨。”乾隆帝还阐述了平叛的方针、政策，以分化叛军，解除维吾尔群众的顾虑：“但闻霍集占起意倡乱，布拉呢敦被迫从行，已命分别办理。夫伊等以兄弟至亲，朕尚较其情罪轻重，期无枉抑，何况尔等回众，全无干涉，岂有株连扰害之理？惟是霍集占颇称奸狡，自知身犯重辟，或图苟延残喘，造言惑众，以厄鲁特多被剿杀为比，殊不思尔等皆无罪之人，朕何忍与叛逆之徒一体诛戮。此次兴师，特为霍集占一人。尔等若将霍集占缚献，自必安居如旧，永受殊恩。如执迷不悟，听从逆酋指使，大兵所至，即不复分善恶，悉行剿除，悔之何及。尚其熟思利害，毋自贻误。”①
二月，乾隆帝以兵部尚书雅尔哈善为靖逆将军，额敏和卓、哈宁阿为参赞大臣，顺德讷、爱隆阿、玉素卜为领队大臣，率清军万余人，征讨霍集占叛军，并谕示用兵机宜：“如回人果能恭顺归降，自当收恤，令其头目从军，余人仍居本地；其稍有抗拒者，即宜剿杀。”②
雅尔哈善率清军自吐鲁番西进，库车城阿奇木伯克鄂对等率部属随行。五月初七日，清军进至库车城下。库车为南疆门户，地处交通要道，依山傍河，城墙用柳条、沙土筑成，高大坚固。霍集占早就派其心腹阿布都克勒木率千余精锐骑兵在城内坚守。叛军人数虽少，但善于守城。清军四面围城，架云梯猛攻，城上
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①《清高宗实录》卷五五五，乾隆二十三年正月癸丑。
②《平定准噶尔方略》正编卷五三，乾隆二十三年二月己未。
枪石如雨，围攻两日不克。用炮轰击亦因所携威远炮威力不足而难奏效，明朝铸造的4尊大炮更因年代久远以致炮身炸裂。强攻不成，雅尔哈善欲设计诱敌出城野战。十七、十八两日，以维吾尔人300名伪装来援叛军，令绿营兵与其交战，八旗兵埋伏于要隘。此计不成，又一面诱敌，一面攻城，但城内叛军始终闭城不出。雅尔哈善屯兵坚城之下，无计可施，决定多造云梯，再实施强攻。
小和卓霍集占得知清军围攻库车城，即自叶尔羌亲率从各城征调的兵马3000人，自沙雅尔（今沙雅），越过阿克苏戈壁，取捷径赴援。六月十五日，清军于城南托和鼐截击，歼其前队大半。十六日，在城外鄂根河又歼敌一部。霍集占率残部800人夺路入城。十八日，霍集占出城寻战，作战失利，被杀者200余人，溺水死者约1600余人。清军缴获霍集占大纛两杆，雅尔哈善始知来援者为霍集占。
考虑到霍集占援兵被歼后必不甘于困守孤城的情况，鄂对向雅尔哈善提出伏兵要地、断敌退路、防其突围的建议，他说：“语云：‘困兽犹斗。’今霍集占困守危城，食力已尽，必不坐而待缚。其必乘我不备以免脱之，返其巢穴，整兵复来，其事未可量也。今城西渭干爱曼，水浅可涉，又有北山口要路通戈壁，走阿克苏，若于二路各伏兵一千，则贼酋成擒矣。”①雅尔哈善是一书生，本不知兵，却又自以为是，对鄂对的建议置之不理，只是下令攻城。一个在城下牧马的索伦老兵向雅尔哈善报告，城中叛军的骆驼叫声高且健，似负重状，可能要逃跑。雅尔哈善不但不听，反而嘲笑老兵无知，继续下棋饮酒如故，全不把此事放在心上。二十三日三更，霍集占率400人出库车西门，渡过鄂根河后，挑选精骑百余，由戈壁逃走。当霍集占出逃时，驻西门的清军副都统顺德讷闻报后竟按兵不动，直至天晓才派出百人追击，
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① 昭梿：《啸亭杂录》卷六，《平定回部本末》，中华书局1980年版，
但为时已晚。
雅尔哈善为逃避霍集占逃脱的罪责，令清军急攻坚城，并采纳提督马得胜的建议，从城北一里外开挖地道。清军昼夜挖掘，不意挖至距城只2丈余，地道将成时，因灯光暴露为敌发觉。七月十七日夜，叛军潜出城外，于离城10余丈处横开一沟，填柴放火，数百名清军尽毙于地道中。雅尔哈善“咄嗟无他策，惟严守之，待其自毙”①。
乾隆帝因雅尔哈善、顺德讷屡屡失机将二人革职，命兆惠就近前往库车一带办理回务。
其实此时库车城内叛军已岌岌可危，人数不多，死心塌地跟随大小和卓叛乱的，仅阿布都克勒木等极少数人，经清军三个月围困，粮食匮乏，难以继续坚守。八月初六日夜，阿布都克勒木率四五十骑乘夜突围西走。天亮以后，城内所余3000余老弱百姓开门投降。清军所得，不过一空城而已。
库车之战，暴露了清军将领的怯懦无能。库车城虽坚，但叛军兵力比清军少得多，且维吾尔族人民对大小和卓的统治不满，大小和卓兄弟之间又有矛盾，因此，清军攻占库车，并非难事。然而，此战清军“以八九干官兵，驻守三月之久，俟贼首逃去，城中穷蹙出降，始得其城”，则完全是统率雅尔哈善指挥失误造成的。乾隆帝对雅尔哈善在此战中的表现非常不满，他颁发上谕指出：“数月以来，（雅尔哈善）惟事坐守军营，老师糜饷，直待贼人免脱鼠窜，相率尽出，而后得一空城以报命。且忝为大帅，不能身先士卒，致一切措置迟误，尽以委之他人，初无一语引罪，但知高坐帐中，以邮符奏报自任。若代他人传述者，则虽刍灵木偶，皆可胜任，何必复简用将军为哉？今虽得库车，而城中所存，率系饥疲残废，转须为之养赡，即得城亦复何用？”②因此，雅尔哈善被革职拿问，于乾隆二十四年正月在北京正法。
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①昭栏：《啸亭杂录》卷六，《平定旧部本末》，第149页。
②《清高宗实录》卷五六九，乾隆二十三年八月己卯。
