平定大小和卓兄弟叛乱战争的胜利，结束了回疆长期分裂割据的混乱局面，清政府不仅在天山北路，而且在天山南路也牢牢掌握了统治权，最终彻底统一了新疆。战争结束之后，清政府在天山南北建立起统一的军政管理机构，派驻八旗兵和绿营兵，设置卡伦、台站，从而大大加强了清政府对新疆的管辖，巩固了我国西部边防，密切了新疆与内地的联系。同时，清政府减少赋税，推行屯田，兴办学校，使饱受战乱之苦的维吾尔人民得以休养生息，促进了天山南路经济文化的发展。
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①《清高宗实录：》卷五九五，乾隆二十四年八月庚子。
②《清高宗实录》卷五九九，乾隆二十四年十月庚子。
乾隆帝在平定大小和卓叛乱战争中的决策和指导，总体说来是成功的。首先，注重政治攻势。从战争开始到结束，乾隆帝多次宣谕回部，把大小和卓兄弟的罪状、用兵回部的理由及其方针、政策，公布于众，因而分化了叛军营垒，争取了维吾尔族广大人民群众的理解和支持。其次，斗争的矛头始终对准叛乱头目。在此之前的平定准噶尔贵族叛乱战争中，由于杀戮过多，把不少准噶尔和喀尔喀群众推向叛军一边，增加了平叛的困难。乾隆帝汲取上次战争的教训，一开始就明确宣布，“此次兴师，特为霍集占一人”①。后来虽然把布拉呢敦与霍集占并列为主要打击对象，但始终把他们与广大维吾尔群众区别开来。平定大小和卓战争进行得比较顺利，在很大程度上得益于此。第三，坚持“穷追务获”的决心。乾隆帝把擒获大小和卓兄弟特别是霍集占，消除分裂叛乱的祸源，作为平叛战争的目标。所以，当得知大小和卓兄弟弃叶尔羌、喀什噶尔二城逃跑之时，即谕令兆惠等“穷追务获”，并强调指出：“总以擒获逆贼兄弟，始可告成功。若仅取二城，则事仍未竣”②。当时，朝臣中有人持反对意见，说什么“诸城悉定，各部款降，似此茕茕逋贼，何必更事穷追，致滋劳费”。乾隆帝不为浮论所惑，不急图完局，并且申明：“着意在苟且迁就，遽欲贡谀称贺，谓可息事宁人，则朕断断不为也”③。正是在乾隆帝的指导下，平叛战争取得了最终胜利。
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①《清高宗实录》卷五五五，乾隆二十三年正月癸丑。
②《清高宗实录》卷五九一，乾隆二十四年闰六月甲辰。
③《清高宗实录》卷五九七，乾隆二十四年九月丁丑。
