乾隆帝对平定大小金川战争是十分看重的，在其自定的“十全武功”中乞金川战争有其二。其实，对清廷来说，金川战争并不是成功的战争。从战争的发生看，前后两次都是由土司之间的争斗引起的。在实行土司制度的地区，这类土司之间的相互争斗、仇杀和割据，本是平常之事，如果处理得当，战争是完全可以避免的。乾隆帝最初也认为“不必遽兴问罪之师”，但后来他很快就改变了原来的方针，作出了用兵大金川的决策。乾隆十二年的大金川之战如此，乾隆三十六年的大小金川之战也是如此。战争发生以后，乾隆帝的战争指导也多有不当。他重于增兵，轻于选将，对讷亲、张广泗、温福等人缺乏知人之明，且屡易统帅，促成了前敌清军的节节失败。即或对“以碉逼碉”之策的批评，从战术的角度看不能说不对，但其着眼点是速胜，从战略指导上说仍是错误的。只是在第一次大金川之战后期，清军屡屡失败之后，乾隆帝才认识到自己的错误，作出了定期撤兵的决策。但是到了大小金川之战时，又重蹈覆辙。从战争的结局来看，大金川之战，用兵八九万人，耗银1000余万两，费时2年，在屡败之后只能以主动。地撤兵停战了局；大小金川之战，用兵将及10万，耗银7000万两，费时5年，虽然取得了最后的胜利，但面对的是地域不大、人户不过3万、兵不过1.5万的大小金川，竟如此劳师糜饷、旷日持久，可以说完全是战争指导失误造成的，因此算不上真正的胜利。
清军之所以在战争中屡屡失败，论者一般都认为原因有三：地形复杂险恶，气候恶劣多变，大小金川兵民同心誓死。这当然是对的。‘但是，对清军来说，这只是客观原因，而更主要的则在于清军本身。第一，指挥失误。金川跬步皆山，悬崖绝壁，碉寨林立，利于防守而不利于进攻。讷亲、张广泗、温福等清军将领却不懂得这个特点，采取正面强攻、以碉逼碉的错误战法，增大了伤亡，分散了兵力，形成以大量的兵力防守碉卡而进攻的兵力严重不足的局面，这是清军进展缓慢，甚至攻剿经年而不得寸进的重要原因。傅恒、阿桂舍弃了这种笨拙的战法，战局就为之一变，清军连连奏捷。第二，将帅不和。大金川之战时，乾隆帝先命张广泗为川陕总督，复命讷亲为经略大臣。讷亲不谙军事，又自以为是。张广泗老于戎行，轻视讷亲不知兵，故遇事多推诿，明知筑碉为下策，竞随声附和，会衔具奏。而对岳钟琪则极力排挤，甚至在情况紧急时也不予救援。大小金川之战时，类似的情况仍然存在。这样，清军岂能不败！第三，将领怯懦惧战，苟且偷安，士气不振。讷亲身为经略，“每临战时，避于帐房中，遥为指示，人争笑之，故军威日损”①。桂林不以军务为重，一味狂妄骄纵，不住帐房，另修房屋居住，终日与人饮酒作乐。将领如此，士兵岂肯用命？乾隆十三年进攻喇底，大金川兵数十人从山上冲下，3000余清军竟一哄而散。木果木之败，温福部数万清军更是一败涂地。第四，不注意保护后路。大小金川兵善于偷袭清军后路，截断其粮路，清军常因缺粮而败溃。
平定大小金川战争虽然劳师糜饷，并给当地民众造成很大灾难，但打击了土司的割据势力，有利于多民族统一国家的巩固。战后，清廷在大小金川设镇安屯，改土归流：新设成都将军，管理包括大小金川在内的边地文武官员；两金川共驻兵6500名，勒乌围、美诺二地设总兵；废除土司制，在小金川设美诺厅，大金川设阿尔古直隶州（后裁阿尔古直隶州入美诺厅，并改名为懋功厅）．委任流官管理。清政府管理的加强，稳定了金川地区的社会秩序，加强了与内地的经济文化交流，从而有利于该地区生产的发展和人民生活的改善。在军事上，清廷接受了金川战争的教训，乾隆帝针对清军的弱点，抽调京城八旗精锐，组建健锐营，操练成颇有战斗力的一支部队。又如，清军在两次金川战争
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① 昭梿：《啸亭杂录》卷一，《杀讷亲》，第14页。
中吃尽了碉寨的苦头，也懂得了筑城的重要，“自金川削平，中国始知山碉设险之利，湖南师之以制苗，滇边师之以制倮夷，蜀边师之以制野番，而川陕剿教匪时亦师之，以坚壁清野，而制流寇”①。
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①魏源：《圣武记》卷七，《乾隆再定金川土司记》，第308页。
