2、札萨克制
新疆地区实行札萨克制的有二部分：一是于乾隆三十六年回归的土尔扈特部及附牧的和硕特部蒙古，已如前述；一是哈密、吐鲁番地区的维吾尔族。哈密于康熙三十六年（1697年）内附，次年清政府将其编为1旗。后吐鲁番亦内附，于乾隆年间编为1旗。两旗均置札萨克，待遇与蒙古札萨克同，但需受驻当地的办事大臣或领队大臣的监督。
3、州县制
乌鲁木齐、巴里坤等地，离内地较近，乾隆二十四年新疆平定之后，清政府即在乌鲁木齐、巴里坤等地实行与内地相同的州县制。乾隆三十八年，髓镇迪道，属甘肃布政使司。镇迪粮务兵备道驻巩宁城（乌鲁木齐满城），下辖镇西府、迪化直隶州。镇西府（治今巴里坤），辖县二、厅二；宜禾县（今巴里坤）、奇台县（今奇台县东南）、吐鲁番厅、哈密厅。迪化直隶州（治今乌鲁木齐），辖县三：昌吉县、绥来县（今玛纳斯）、阜康县。另外，乾隆二十九年置伊犁直隶厅（治今霍城县东南），属甘肃布政使司。州县制的实行，为光绪八年（1882年）新疆建省打下了基础。
四、对西藏地区的管辖
（一）驻藏大臣的设立
驻藏大臣，全称“驻扎西藏办事大臣”，是清政府派驻西藏的最高行政长官。雍正五年（1727年），清政府鉴于西藏上层贵族之间争权夺利的斗争日趋激烈，“著内阁学士僧格、副都统马喇差往达赖喇嘛处”①，是为派遣驻藏大臣之始。次年，平定阿尔布巴叛乱之后，清政府正式设立驻藏大臣办事衙门。
初期的驻藏大臣主要职责是监督西藏地方政府，调解西，藏贵族之间的矛盾纠纷，并不直接干预西藏地方事务。后来，清政府多次提高驻藏大臣的权力。乾隆十六年平定珠尔默特那木札勒叛乱后，规定西藏地方政府主管官员噶伦“遇有紧要事务，禀知达赖喇嘛与驻藏大臣，遵其指示而行”②。乾隆五十八年，清政府颁布《钦定藏内善后章程》，用法律条文确定了驻藏大臣的地位，规定“驻藏大臣与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等，共同协商处理议事，所有噶伦以下的首脑及办事人员以至活佛，皆是隶属关系，无论大小都得服从驻藏大臣”③。驻藏大臣的职责是“统前藏、后藏而理喇嘛
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①《清世宗实录》卷五二，雍正五年正月丁巳。
②《清高宗实录》卷三八六，乾隆十六年四月戊寅。
③《钦定藏内善后章程》，转引自牙含章《达赖喇嘛传》。
之事”①。凡任免西藏僧俗官员，统率驻防绿营，巡查操阅藏兵，巡视边界，审核对外贸易和财政收支，平定刑罚，拟定法制，处理涉外事宜，均由驻藏大臣统掌。此外，确认达赖、班禅及其他大小活佛的转世，也必须在驻藏大臣的监督之下进行。
（二）确立政教合一的噶厦体制
顺治初，西藏内附，清政府在西藏实行“政教分离”的政策，即承认由蒙古和硕特部首领固始汗建立的地方政权，通过蒙古汗王对西藏实行间接的统治；尊崇黄教，以达赖、班禅为宗教领袖。康熙五十九年（1720年），清政府派清军进藏，驱逐了侵入西藏制造动乱的蒙古准噶尔部军队，为加强对西藏的治理，开始在西藏实行改革，废除了在西藏地方政权中大权独揽的第巴职位，实行四噶伦联合掌政。由于西藏贵族内部争权夺利，雍正五年（1727年）发生了噶伦阿尔布巴等人的叛乱，掌后藏政务的噶伦颇罗鼐于次年攻入拉萨，平定了叛乱，清政府因颇罗鼐功大，命其全权处理西藏地方政务，后晋封为郡王，四噶伦联合掌政的制度遂告中止。
颇罗鼐忠于清朝，维护祖国统一，深得清廷的信任。颇罗鼐死后，其子珠尔默特那木扎勒承袭郡王爵位，总理藏政。珠尔默特那木扎勒拥权自重，排除异己，“势且延及达赖喇嘛，为雄长一方之计”②，暗中策划反清叛乱。叛乱平定之后，清政府总结经验教训，对西藏的行政体制进行了改革。一是废除郡王制，建立噶伦联合掌政的噶厦（西藏地方政府）。乾隆帝的原则是“多立头人，分杀其势”③。当达赖喇嘛等人奏请封平叛有功暂摄政务的班第达为郡王时，乾隆帝断然拒绝，明确指出：“前下珠尔默特那木扎勒伏诛之后，已屡经传谕策楞等，抵藏之口，会同达赖喇嘛，酌设噶隆（噶伦）二三人，以分其势，庶不至事权太
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①光绪《大清会典）卷六七，《理藩院·典属清吏司二》。
②福康安：《双忠祠碑记》。
③《清高宗实录》卷三七六，乾隆十五年十一月甲寅。
重，易生事端。……若仍照从前颇罗鼐故事，议设藏王，是去一珠尔默特那木扎勒，又立一珠尔默特那木扎勒矣。”①噶厦由噶伦4人组成，其中1名为僧官，3名为俗官，噶伦间地位平等，规定“噶隆（伦）事务，不可一人专办”，应由四名噶伦“公同办事”②。二是变“政教分离”为“政教合一”。清政府给予达赖喇嘛管理西藏行政事务的权力，从而使达赖喇嘛不仅是西藏的宗教领袖，而且也是受命于中央政府的政治领袖。西藏的重大事务，包括补放第巴头目、选派各寺院之堪布喇嘛等，都要请示或直接由达赖喇嘛决定。噶厦的噶伦中，有1名是“深晓黄教”的喇嘛，与另外3名俗官“公共办理”③藏务。在达赖喇嘛的系统下，还设置全部由僧官主持的译仓（秘书处）。噶厦的政令、公文，必须经译仓审核并加盖达赖喇嘛的印信方为有效。三是如前所述，提高驻藏大臣的地位。至此，西藏的行政体制基本确立。乾隆五十八年（1793年），清政府颁布《钦定藏内善后章程》，对有关西藏的内政、外交、宗教、军事、法律、贸易、职官等各个方面，都有明确规定，使西藏的行政体制得到进一步完善。在此体制下，“达赖喇嘛得以专主，钦差有所操纵，噶隆不致擅权”④的原则得以实现，清中央政府对西藏的管辖更为有效。
（三）建立金瓶掣签制度
藏民信奉黄教，崇拜达赖喇嘛、班禅额尔德尼和黄教的其他活佛，达赖、班禅和其他活佛不但对西藏的宗教、政治等方面具有巨大的影响力，而且拥有巨额财富。所以，当达赖、班禅和其他活佛圆寂（逝世）后，在寻访和确认“呼毕勒罕”（转世灵童）时，西藏和蒙古世俗王公贵族为了掌握更大的政教权力和更多的财富，往往明争暗夺，操纵作弊，“徇情妄指，或出自族属姻娅，
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①《清高宗实录》卷三七八，乾隆十五年十二月壬申。
②《清高宗实录》卷三八六，乾隆十六年四月戊寅。
③ 张其勤辑：《藏事辑要》卷六。
④《清高宗实录》卷三八三，乾隆十六年二月丁酉。
或出自蒙古汗王公等家，竟与蒙古王公、八旗世职官袭替相似”①。长此以往，必然危害清廷对西藏的统治和边疆的安定。为铲除积弊，乾隆帝创立了金瓶掣签制度。
乾隆五十七年，清政府颁发金瓶，置于拉萨大昭寺。次年在《钦定藏内善后章程》中正式确立金瓶掣签制度。规定遇有达赖、班禅及其他活佛转世时，即将所寻访到的数名“灵童”名字和出生年月，用满、汉、藏三种文字缮写于象牙签上，置于金瓶中，由驻藏大臣监督，在大昭寺佛像前掣签认定。京师雍和宫亦贮一金瓶，当蒙古各札萨克所奉活佛转世时，将转世灵童姓名报理藩院，由理藩院尚书监督掣签。
（四）驻防绿营，建立藏军
雍正六年（1728年），清政府在设立驻藏大臣衙门时，留绿营兵2000名驻守西藏，后改为1500名，三年一换，成为定制。西藏原设有藏兵，但“向来分派各寨农民，有事则调集为伍，既无统率，又少操娴，虽有数万之名，仅为虚设”②。所以，在廓尔喀两次入侵西藏时，“藏内番兵乘间即逃，遇敌即退”③。为改变这种状况，加强边防，清政府于乾隆五十七年议定（次年载入《钦定藏内善后章程》）建立西藏地方常备军，与驻防绿营兵一体训练。藏军额设3000名，编为6代本，每代本2如本，每如本2甲本，每甲本5定本。武器装备，50%鸟枪，30%弓箭，20%刀矛。军队驻防，前藏、后藏各驻1000名，定日（今定日西）、江孜各驻500名，特别规定要在边界设兵。
（五）勘定边界，设立鄂博
乾隆五十七年廓尔喀之战后，清政府令勘定西藏边界，设立鄂博。福康安、驻藏大臣和琳等先后组织实施，至五十九年，西
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①《清高宗实录》卷一四二四，乾隆五十八年三月戊申。
②《卫藏通志》卷八，《兵制》，第303页。
③《廓尔喀纪略》卷四七，乾隆五十七年十二月初六日，福康安、孙士毅等奏。
藏与周边布噜克巴、哲孟雄、作木朗、洛敏汤、廓尔喀等地疆界，均已明确，并于济咙、聂拉木、绒辖、喀尔达、萨喀、昆布、定结、帕克哩沿边一带设立鄂博。《钦定藏内善后章程》规定：在所有边界上都要树立界碑，驻藏大臣出巡时，必须予以检查。
