张格尔叛乱的消息传到北京，道光帝意识到如不迅速平定叛乱，势必危及清王朝在新疆的统治，因而立即进行平叛部署，并在随后开始的平叛战争中，采取了一系列有力的措施，其中主要有：
第一，在军事上，迅速调兵遣将，以期厚集兵力，一鼓平定叛乱。道光帝最初任命能征善战的署陕甘总督杨遇春为钦差大臣，令其统领万余大军，前赴新疆筹办剿捕事宜。不久，又以伊犁将军长龄为扬威将军，杨遇春和山东巡抚武隆阿为参赞大臣，并调派吉林、黑龙江、四川三省清兵，总兵力达3.7万余人①。道光帝认为，阿克苏为“回疆适中要路”，再三叮嘱长龄、杨遇春等人，清军先头部队在此地暂时屯驻，养精蓄锐，待后续部队到达，再会合前进，“务期厚集兵力，一鼓扫除，以彰天讨”。他还再三告诫将士，“勇往之中，寓慎重之意”，“不可冒昧轻进，致堕贼人奸计”②。大军出发后，道光帝又提醒长龄、杨遇春等人，注意严防后路，廓清台站，以免腹背受敌。为了保证平叛战争的顺利进行，清廷还制定了奖惩和严守军纪的条例，规定“一切军情，无论满汉官兵，总当视为一体，秉公持正，微功不掩，小过亦惩，俾令众志成城，同心敌忾”③，以充分调动清军将士平叛的积极性。
第二，政治上惩办贪横不法官员，并向回城居民宣示恩威，实行严格的区别对待政策。道光帝在出兵平叛的同时，寻思回部“久已习为恭顺，何致遽思变乱”？最后得出“总由近十余年来，历任参赞、办事大臣等贪淫暴虐”的结论，并令长龄对此“细加
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①《清宣宗实录》卷一〇五，道光六年九月戊子。
②《清宣宗实录》卷一〇一，道光六年七月辛丑、戊申。
③《清宣宗实录》卷一〇二，道光六年八月丁巳。
察访”①。不久，他根据长龄的奏报，将民愤极大的原喀什噶尔参赞大岜斌静等人定为斩监候，从而在一定程度上缓和了民族矛盾。另外，道光帝还多次谕令长龄、杨遇春等人，行军途中广张告示，宣示朝廷恩威，并对叛乱者根据不同情况予以区别对待：对“甘心助逆”而又“执迷不悟，抗拒大兵”者决不宽贷，而“被胁附合之众，果能解甲迎降，投诚乞命，皆可量子宽贷，乃令各复旧业”②，以最大限度地孤立张格尔为首的叛乱者。
第三，后勤供应上，竭力保证粮饷和其他军用物资的源源接济。道光帝在调兵平叛的同时，命令户部筹集军火粮饷及一切经费，使之“源源接济，兵精粮足”③。为了使这一思想落在实处，先后采取了如下得力措施：先命陕西巡抚鄂山署理陕甘总督，办理军需粮饷驮载等项事宜。接着，又把熟谙陕甘事务的前任陕西巡抚卢坤派驻甘肃肃州（今酒泉），督办一切军需粮饷，并命鄂山驻扎兰州，调度策应，遇事与卢坤“和衷商榷，督饬委员及地方官迅速转运，源源接济，毋得短绌迟误”④。随后，又派办理粮饷颇有经验的大臣恒敬驻哈密，以确保关内外粮饷的转输顺畅。当大军集结于阿克苏时，道光帝鉴于乌鲁木齐屯粮数额原本不少，将此地之粮运往阿克苏，较之由内地转输，路途几近过半，毅然决定以乌鲁木齐为后路粮台，令大臣英惠总办其事。这就更好地解除了参战部队的后顾之忧，保证了平叛战争的需要。
