一、清军挺进浙闽与隆武政权、鲁监国的覆灭
清军的逐步深入及其在江南各地的暴行，加深了民族矛盾。在此情况下，一些地主官僚纷纷打起“反清复明”的旗帜，卷进抗清斗争的潮流。隆武政权、鲁监国就是在这种情况下建立的。
顺治二年（1645年）闰六月初七日，南明南安守将郑芝龙、郑鸿逵、苏观生和礼部尚书黄道周等，于福州拥明太祖的九世孙唐王朱聿键为监国，二十七日即帝位，建元隆武，即隆武政权。兵部尚书张国维、吏部给事中熊汝霖、刑部员外郎钱肃乐及张煌言等人，先后于东阳（今浙江金华）、余姚、宁波、石浦等地组成义军，杀掉清朝招抚使，将朱以海接往绍兴，拥为监国，即南明鲁王政权。
这两个南明政权，都有一定的军事力量，并根据不同情况进行设防。
鲁王政权的军事部署主要依靠张国维。张国维认为：“克期会战，则彼出此入，我有休番之逸，而攻坚捣虚，人无接应之暇，此为胜算，必连诸帅之心化为一心，然后使人人之功罪，视为一人之功罪。”①于是，鲁王朱以海以张国维为太傅、兵部尚书、武英殿大学士，督师钱塘江，会浙东义师和驻浙江的明军，划地戍守钱塘江南岸：朱大典守金华，总兵方国安守七条沙，总兵王之仁守西兴（今萧山西北），郑遵谦守小盛，熊汝霖、孙嘉
————————
①计六奇：《明季南略》卷五，《张国维赐剑》，第287 - 288页。
绩、钱肃守沥海（绍兴东北，钱塘江口）。
隆武帝朱聿键改福州为天兴府，以黄道周为武英殿大学士，苏观生为吏部右侍郎兼东阁大学士，张肯堂为兵部尚书，封郑鸿逵、郑芝龙为侯，由郑芝龙主持军事。隆武政权在福建采取分区设防的部署：以天兴、建宁（今建瓯）、延平（今南平）、兴化（今莆田）为上游防区，以汀州（今长汀）、邵武、漳州、泉州为下游防区，各设巡抚管辖；福建北部，除在仙霞岭驻重兵防守外，又于岭外170处山险要道设兵把守。共有兵20万人，加上湖广方面拥护隆武政权的三四十万人，合计达六七十万人。此外，还得到浙江、安徽、江西等地义军的响应。大顺军余部也主动同湖广总督何腾蛟、湖北巡抚堵胤锡联合，共同抗清。隆武政权所统辖的地区有福建、湖南、湖北、广东、云南、贵州、安徽、江西的一部分，具有一定的财力和物力条件。
顺治二年七月，清廷命贝勒勒克德浑为平南大将军，同固山额真叶臣等往江南代多铎统率清军。鲁监国各方军事力量会师于钱塘江口的西兴驿，力拒清军渡江。八月，张国维率兵克富阳，控制了钱塘江上游。十月中旬，方国安、王之仁、郑遵谦、熊汝霖力图收复杭州，于城郊与清军连战10天，获小胜。后因清平南大将军勒克德浑率军前往增援，且风雨大作，箭矢不能发，杭州未能攻克。当时浙西义兵纷起，苏、松、嘉、湖等地反清斗争也节节胜利。在各地人民反清斗争形势的鼓舞下，南明军先后收复了海盐、乍浦等地。但是，两个南明政权之间的矛盾，大大削弱了抗清力量。当时，隆武帝遣刘中藻颁诏浙东。钱肃乐、朱大典认为“大敌在前，未可先仇同姓”①，力劝鲁王以皇太侄身分受隆武帝节制。但鲁监国督师张国维、熊汝霖等坚决反对，劝鲁王拒绝隆武帝的诏令。从此，鲁、唐两个政权不仅不能共同对敌，反而势同水火，予清军以各个击破的机会。
顺治三年（隆武二年，1646年）二月，清廷命博洛为征南
————————————
① 徐鼒：《小腆纪年附考》卷十一，顺治二年十月，第440页。
大将军，令其率军进攻浙、闽。鲁监国所属浙东兵与清军隔钱塘江对峙。隆武政权屯驻于闽浙要道仙霞岭的15万大军坐视不援。五月二十日，博洛军进至杭州，二十七日即渡过钱塘江。南明总兵方国安率部逃往绍兴，江上南明诸军闻讯大溃。六月初一日，清军攻占绍兴，鲁王逃往海上。方国安、马士英、阮大铖等降清，张国维兵败自杀，朱大典于金华自焚，台州（治今临海）、温州、金华三府相继陷落，浙东为清军占领。以后十数年中，鲁王凭借张名振、张煌言、郑彩、郑成功的支持，漂泊于厦门、南澳、舟山等地，虽努力整军经武，抗御清军，收复了浙、闽一些州县，但未能挽回颓势。
顺治八年，清军与南明军在浙东展开争夺战。由于鲁监国定西侯张名振杀定西伯王朝先，王朝先部将张济明降清，使舟山虚实尽泄。当年七月，清平南将军金砺、浙闽总督陈锦等督军分路向舟山进攻。鲁王以大学士张肯堂留守荡胡，由阮进守横水洋，张名振偕鲁王督舟师指向吴淞以为牵制。八月二十一日，阮进与
清军战于舟山之横水洋，败溃。左都督张名扬、安洋将军刘世勋率军背城力战，重创清军。张肯堂率城内兵民坚守10余日，城内粮尽。清军掘地道破城，于九月初二日占领舟山。张名振等奉鲁王去金门，漂泊海上，后多次参与郑成功北伐。顺治十年，鲁王自去监国号，鲁王政权遂亡。郑成功收复台湾后，鲁王被接到台湾（一说一直在金门），于康熙元年（1662年）死去①。
隆武政权一度标榜出师北伐，收复旧疆，而事实上只是一纸空文。首先，隆武政权只是把“抗清”作幌子，大肆搜刮人民。除了照旧征收“辽饷”外，又大搞“复征”（重复征收），还有“正饷”、“助饷”，甚至提前一年征税，谓之“预征”，弄得人民不堪其苦，失掉了抗清的基础。第二，与鲁王政权矛盾重重，互相掣肘，不能协力御敌。第三，内部文臣武将不和。黄道周、张
——————————
① 徐鼒：《小腆纪年附考》卷二十，康熙元年十一月辛卯，第779页。
家玉等文臣，主张北伐，但无兵权；郑芝龙、郑鸿逵、郑彩等武将握有实权，为了扩张自己的实力，极力抵制黄道周等人的抗战行动。特别是郑芝龙，拥兵二三十万，又把持着海上贸易，是福建最大的地方实力派，但他擅权专断，把隆武帝作为其扩大权势的傀儡，认为南明的统治不会长久，早已暗通清朝，伺机投降。
早在顺治二年（隆武元年，1645年），武英殿大学士黄道周知郑芝龙已无抗清之意，乃自请率兵出战。由于郑芝龙的阻挠，隆武帝只给黄道周一个月的粮饷和空札数百，令其自行招募军队。当年七月，黄道周出师江西，义旅很快发展到9000余人。每至一地，他“抚揖遗黎，联络声势，远近颇响应”①。黄道周从广信（今上饶市）入渐江衢州，十二月至婺源，遇降将张天禄部清军，因寡不敌众，兵败被俘，次年被害于南京。
在江西，吏部右侍郎杨廷麟与国子祭酒刘同升、巡抚李永茂共守赣州。顺治二年九月，出兵战败清军，收复吉安、临川。次年五月至八月，在云南赵印选、胡一青及大学士苏观生、两广总督丁魁楚部的声援下，于赣州与清军相战4个多月。十月初四日，清江西提督金声桓率军乘夜登城，杨廷麟督乡勇巷战，城被炮击毁，杨廷麟及总督万元吉自尽，清军占领江西。
福建的郑鸿逵、郑彩本不愿出战，只是迫于形势，才不得不出兵浙东、江西。但是，他们刚出仙霞关，行军不到百里，即以饷缺收兵而还。顺治二年十月，朱聿键见福建难保，打算出赣入楚，以会何腾蛟之师。于是令郑芝龙、曾樱留守福州；郑鸿逵为御营左先锋，向浙江发展；郑彩为御营右先锋，向江西发展。次年二月，清廷命贝勒博洛为征南大将军，同固山额真图赖率军往征浙江、福建。隆武帝自福州经建宁逃至延平。郑芝龙正暗中与洪承畴勾结，遂命仙霞岭守将武毅伯施天福军后撤，致清军于八月“从容过岭，长驱直入”②。隆武帝得知清兵已过关，立即由
——————————
①夏燮：《明通鉴》附编卷二下，顺治二年七月辛未，第3598页。
②夏燮：《明通鉴》附编卷三，顺治三年八月甲申，第3637页。
延平急奔汀州。清军于延平分兵二路：一路由博洛统率直取福州；一路由李成栋导引，追击隆武帝。郑芝龙从此脱离隆武帝，回军南安，准备迎降。八月二十八日，清军攻下汀州，朱聿键被俘杀。存在15个月的隆武政权，就此告终。
郑芝龙回南安不久，清军即攻陷泉州、漳州等地，苏观生退往广州，福建为清军占领。在博洛的诱降下，郑芝龙拒绝其子郑成功及弟郑鸿逵等人的劝告，于十一月到清军营中献印投降，后被送至北京，隶汉军正黄旗，封同安侯。后因招降郑成功不成，被革爵下狱，顺治十八年十月被杀。其子郑成功及张煌言等在闽、浙沿海继续领导抗清斗争。
二、东南沿海人民的抗清斗争
当清军继续南下的时候，东南沿海广大人民群众，奋起反抗清军的骚扰迫害，掀起了此伏彼起的抗清斗争。
在浙江，海宁（今海宁西南）、平湖一带农民，武装抗拒清军。衢州、严州、处州一带农民，不仅活动于村寨，而且还夺取县城。泰顺县的农民军达两万多人，活动于浙、闽交界的寿宁、福安、福宁（今福建霞浦）等地，打得清军东奔西窜。影响较大的是王翊、王江领导的浙东义军。他们在四明山西北的大岚山依山结寨，抵抗清军。由于黄宗羲率所部从钱塘江退入四明山，壮大了抗清阵营。义军设置五营五司。五营专管军事，五司专管供给。队伍“且耕且屯，不扰于民”，“量富以劝，履亩而税”①，力量不断壮大。顺治五年春，义军“破上虞（今上虞东南），杀摄印官，浙东震动”②。六年大败清军，再攻上虞，占据四明山方圆800里之地，势力发展到奉化。七年十月，清军集中兵力，分两路包围了山寨。大岚山义军寡不敌众，经过激烈战斗，终于
——————————
①徐鼒：《小腆纪年附考》卷十五，顺治五年三月戊午，第582页。
②徐鼒：《小腆纪年附考》卷十五，顺治五年三月戊午，第581页。
失败。但是四明山区和浙江其他地区人民的抗清斗争，一直持续到康熙年间。
在福建，人民的抗清斗争也很强烈。顺治三年，漳浦农民在卢若腾、邱建会等领导下，攻打县城，杀死清参将陆大勋①。次年三月，南安县农民、渔民起义，与提督赵国祚所派清军殊死斗争。同一年，政和、古田二县农民军里应外合，攻下建宁城，杀死清总兵李应宗、副将曹胤吉、知府高简等。接着，农民军攻占了建阳、崇安（今福建武夷山市）、松溪、政和、寿宁等县。闽中农民配合抗清义军围攻福州达14个月之久。农民军遍及福建各府、县，水陆交通要隘多为其占据，清军几乎难以立足。浙闽总督陈锦不得不承认：“闽省虽云已入版图，较之未入版图之地，尤难料理。"②这反映出福建地区人民抗清斗争的强大威力。
