一、孙恩起义的爆发
司马元显平息王恭之乱后，实际上掌握了东晋朝政大权。司马道子终日嗜酒昏醉，其子司马元显乘机夺其父权，将扬州刺史一职据为已有。元显虽大权在握，但当时桓玄与殷仲堪等结盟于寻阳（今江西九江西），控制建康上游地区。在王恭之乱中倒戈归向朝廷的刘牢之坐镇京口（今江苏镇江），控制长江下游及江北一带。司马元显对方镇拥兵自重，如芒刺在背，时刻担心着方镇举兵反叛，而要解除这种威胁，最根本的是要组建一支自己控制的具有实战能力的军队。
隆安三年（399午）十月，司马元显为了达到上述目的，征发东土三吴诸郡原为奴隶被放免为佃客的人充兵，号称“乐属”。由于当时兵士身份低贱，战乱给他们带来巨大的灾难，加之地方官吏征发免奴为客翥充暴时，常常滥发编户农民，因而当征兵令下达后，“东土嚣然”人不堪命”天下苦之矣”②。因此，终于由征兵引发了孙恩起义。
当年十月，孙恩利用佃客及编户农民对征兵令的忿怨，以及人心骚动的有利时机，率领徒众数百人从海上登陆，攻打上虞（今属浙江），杀上虞县令，转而进攻山阴（今浙江绍兴）。孙恩的起兵受到百姓的热烈响应，转瞬间起义军发展到4万人。十一月初二日，孙恩一举攻克山阴，杀会稽内史王凝之。义军得到当地
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①《晋书》卷一百《孙恩传》。
②《晋书》卷六十四《会稽文孝王道子传》。
百姓的衷心拥护，史称“会稽大小莫不翼戴”①。义军队伍迅速扩大，发展成为一次大规模的农民战争。
二、孙恩义军的三次攻晋战争
孙恩攻克上虞、山阴2城后，东土地区“一时俱起，杀长吏以应之，旬日之中，众数十万”②。各地义军相继向会稽集中，山阴成为东土农民起义的中心。孙恩首义，众望所归，成为东土诸郡义军的领袖，他自称“征东将军”，号义军将士为“长生人”。
孙恩义军四处出击，纵横于东土地区，他们攻杀东晋郡县守令，焚烧官府，攻占郡县。东晋吴兴太守谢邈、永嘉太守谢逸、嘉兴公顾胤、南康公谢明慧、黄门郎谢冲、中书郎孔道、太子洗马孔福等政府官员，皆被义军杀死。吴国内史桓廉、临海太守新蔡王司马崇、义兴太守魏隐等弃郡而逃。义军迅速控制了东土大部分地区，设置官署，建寒起临时政权机构。在孙恩义军声势的影响下，东晋京师建康附近的百姓也纷纷起兵响应，“畿内诸县，处处蜂起”③。
义军的迅速发展，引起东晋朝廷的恐慌，晋廷以北府名将徐州刺史谢琰为兼督吴兴、义兴军事，与辅国将军刘牢之进剿义军。谢琰是名相谢安之子，曾任北府暴将领参加过淝水之战。刘牢之是北府名将，所率北府兵．“百战百胜”，有很强的战斗力。
孙恩在攻占东土诸郡过程中，交战敌手是“承平日久，人不习战，又无器械”的郡县兵，因而所至战无不胜。孙恩因此而产生骄傲轻敌情绪，认为“天下无复事矣，当与诸君朝服而至建康”④。以孙恩领导的骄兵，在谢琰，刘牢之指挥的北府劲旅的攻击下，义军逐渐处于不利的地位。
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①《太平广记》卷三百二十三引《志怪录》。
②③④《晋书》卷一百《孙恩传》。
隆安三年十二月，谢琰攻陷义军控制的义兴（治今江苏宜兴），杀义军所置太守许允之。随后，谢琰又攻占吴兴（今浙江湖州）。刘牢之进军吴郡（治今江苏苏州），谢琰派部将高素率军与刘牢之协同作战。 两人共同攻克会稽，杀义军设置的吴郡太守陆琅、吴兴太守丘旭、余姚令沈穆夫等人。孙恩义军在官军的连续进攻之下，战势不利，被迫向海岛撤退。孙恩的第一次攻晋，虽在初期取得了巨大胜利，终因孙恩的麻痹轻敌而遭致失败。
孙恩退入海岛后，刘牢之还镇京口，谢琰被任为会稽内史，都督会稽、临海、东阳、永嘉、新安等5郡诸军事，戍守海边，以防义军再度登陆。
孙恩义军第二次登陆，虽遭失败，但主力并未损失，经过休整后，于隆安四年(400年)四月，乘谢琰猝不及防，又从海上登陆，发动突然袭击，攻破上虞，进至邢浦（今浙江绍兴北）。谢琰闻讯，急调参军刘宣之阻击义军，义军有意麻痹敌军，主动退回海岛以示弱，数日后，义军再次登磕。，攻入郝捕二这时：谢颧嘲I下以义军势盛，建议“宜持严备”，列置水军，分兵设佚以抵御义军。谢琰经第一次战胜义军后，狂妄骄横，不肯听从。五月三十日1；谢琰军在山阴附近与义军相遇，琰军尚未早餐，谢琰大言不惭地说：“要当先灭此寇而后食也”①。两军交战之地河湖密布，“塘路迮狭”，官军只能鱼贯而行。义军在战舰之中，万箭齐发；官军前后失去联系，中箭者人仰马翻，大败溃散。谢琰及其二子谢肇、谢峻皆被义军杀死。琰前锋广武将军桓宝，也临阵被杀，孙恩义军再次攻占山阴。
谢琰兵败身死的消息传到建康，朝廷震动，派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终、宁朔将军高雅之等北府兵将领至东土进攻义军。义军给予迎头痛击，在余姚大败高雅之部，敌军“死者什七八”②。晋廷又以刘牢之为镇北将军、都督会稽五郡诸军事，进剿义军。孙恩为保存实力，退守浃口（今浙江宁波镇海南甬江入
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①《晋书)卷七十九《谢安传附谢琰传》。
②《晋书》卷二十五《天文志》三。
海处）。
隆安五年(401年)二月，孙恩率义军从浃口进军，攻打句章（今浙江宁波南）。刘牢之部将刘裕领兵据守，义军围攻数十日，城不能克，复归浃口。三月，义军转攻海盐（今属浙江），刘裕又在海盐筑城固守。义军与刘裕军展开激战，晋军虽惨遭失败，但义军未能攻下海盐，只好转攻沪渎（今上海青浦）。五月，义军攻克沪渎垒，杀吴国内史袁山松及官军4000余人。此时，义军为摆脱刘牢之和刘裕的晋军主力，进行战略大转移，利用水师优势，以10万大军分乘战船千艘，浮海进攻东晋重镇京口（今江苏镇江），兵锋直指东晋京师建康。
京口是建康东面门户，义军兵锋所指，正是敌之要害。朝廷闻义军来攻，宣布京城“内外戒严”，布阵列守，并急调豫州刺史司马尚之入援京师。六月一日，孙恩所率水师进至丹徒（今属江苏），京师震动。这时司马尚之还在途中，刘牢之远在山阴，其他晋军惧义军声势，不敢进兵。只有刘裕率北府兵一部倍道兼行，驰援建康，差不多与义军同时到达蒜山（今江苏丹徒西）。义军当时有10万之众，而刘裕所统兵力不多，又因步行远来疲惫，在力量对比上，显然义军处于优势地位。于是义军与晋军在蒜山附近展开战斗，义军主力攻破敌人要害后，弃刘裕军不顾，乘船直趋建康。但由于义军所乘楼船高大，又逆风而行，速度缓慢。当义军水师抵达白石（今江苏南京北），司马尚之军已先期赶到。与此同时，刘牢之也率北府兵援救建康，京都的防卫力量逐渐增强。孙恩乘官军分散，“欲掩不备”的战略目标，没有能够实现。
根据当时军情，孙恩放弃攻打建康的计划，将义军分为两部，主力由自己亲自率领，从海上进至郁洲（今江苏连云港东，当时为海岛）；另一偏师由义军首领卢循率领，进攻广陵（今江苏扬州）。不久，卢循消灭官军3000余人后，至郁洲与孙恩会师口当年八月，刘裕等人率官军追赶义军至郁洲。两军激战，义军失败，损失严重。孙恩率军南下，刘裕继续尾随追击。由于长时间航行在海上，数万名兵士得不到休整，给养也得不到补充，战斗力大为削弱。十一月，义军在沪渎、海盐等地连续登陆都没有成功。加上当时义军“饥馑疾疫，死者太半”。孙恩又被迫退回海岛。
元兴元年(402年)三月，孙恩乘东晋统治阶级内部火并之机，率义军再次登陆，进攻临海（治今浙江临海东南），发动第三次攻晋战争。由于此次攻晋与上次仅相差3个月时间，义军大败之后元气未复，义军战斗力不强，因而攻打临海未下，反被临海太守辛景击败。义军连遭重创，濒临绝境。孙恩见大势已去，不肯做官军俘虏，于临海投海自尽，义军将士随孙恩一同投水而死者数百人。孙恩义军自开始起义的数十万人，于沿海转战南北，战斗牺牲，及疾疫死亡，最后只剩下数千人。孙恩的三次攻晋战争，虽曾取得了辉煌的战绩，但最终仍在东晋北府兵劲旅的残酷镇压下失败了。
