一、兖州的归曹和叛变
在曹操确定割据河南后，初平二年(191年)七月，黑山农民军于毒、白绕、眭固部．10余万人攻入魏郡、东郡（治濮阳，今河南濮阳南）。东郡位于黄河下游南岸，其太守王肱不能抵御黑山军。曹操决心在袁绍支持下夺取东郡，便率部进入，于濮阳（今河南濮阳南）击破白绕部。在袁绍表荐下，曹操任该郡太守，把郡治迁向东武阳（今山东莘县南），背靠袁绍作战，并于次年春天驻军顿丘（今河南浚县北）。于毒等不甘心失败，进攻空虚的东武阳，曹操不回救东武阳，反而进兵西山，攻击于毒本屯。他说，孙膑为救赵而攻魏？耿弇企图往西安而攻临淄。假如敌人听说我西进而退兵，东武阳自然解围；不退兵，我能战败其本屯，敌人肯定攻不下东武阳。眭固果然回救本屯。曹操截击其归路，大破眭固，又北上内黄（今河南内黄西北20公里），进击叛变袁绍的南匈奴于夫罗，大胜。至此，初步在东郡站稳脚根。
曹操乘势又夺到东郡隶属的兖州。兖州是东汉13刺史部之一，辖今山东西南和河南东部，处在农业发达的古黄河、济水流域间，人口众多，是河南战略要地。四月，青州黄巾进入兖州，杀
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①《三国志》卷一《武帝纪》注引傅玄《傅子》。
任城相郑遂。转入东平。刺史刘岱急于反击。济北相鲍信劝谏说，现在黄巾百万，百姓都震惊恐慌，士卒无斗志，不可匹敌。察其部队，有几代人相随，军无辎重，唯以掠夺解决给养。不如养精蓄锐，先行固守。对方欲战不得，欲攻不能，势必疲劳离散，然后挑选精锐，占据对方要害攻击之，定可战败它。刘岱不听，交战被杀。东郡人陈宫劝曹操乘州中无主作州牧，凭借兖州夺取天下，并自告奋勇游说州中。兖州大族同意拥戴曹操击退黄巾。曹操领了兖州牧，然后到寿张以东寻求战机，企图将青州黄巾收降，同其边打边谈。冬天，青州黄巾严重缺粮，鉴于曹操劝降条件可以接受，于是投降。曹操“受降卒三十余万，男女百余万口”①，收编精锐，组建为青州兵。当时，破敌文书，以一为十，曹操收编的青州军估计为2万。曹操兵力为之一振。从初平二年七月到次年冬，不到—年半，曹操夺到东郡和兖州，组建自己武装，走上独立割据道路，成为河南群雄中的重要一员。
曹操占据兖州后，先后击退了周边群雄南阳袁术、徐州陶谦、河内吕布的蚕食和占领。初平四年春，袁术令黑山残部和南匈奴于夫罗部自北方逼向曹操，自己从南方以主力攻入兖州境内，驻扎封丘（今河南封丘西南），以部将刘详驻扎匡亭，企图夺取兖州。曹操先打刘详，引袁术出援，半路伏击，大败袁术，。二路追击，迫使袁术向西南一直逃到九江，挫败了袁术的入侵。
徐州牧陶谦也对兖州展开蚕食，他联合下邳阙宣数千兵，攻取兖州华县和费县，夺取任城，其部下劫财时截杀搬家途中的曹操父亲。曹操旧恨加新仇，于当年秋天，忿然东征徐州，攻下10余县，一路屠城，杀人数万，泗水被尸体堵塞得不能流动。曹操粮尽退兵。次年兴平元年（194年）四月，曹操留荀彧、程昱驻守鄄城（今山东鄄城北旧城），再次出兵攻陷徐州5城，略地到东海、琅邪郡，一路上鸡犬不留，墟邑不再有行人走路。曹操迁怒、残害无辜军民，徐州人民同他结下了深怨。
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①《三国志》卷一《武帝纪》。
曹操东征期间，兖州发生叛变。叛变由于曹操杀名士引起。原九江太守边让，兖州陈留人，与孔融齐名，是后辈士人领袖，在言论中冒犯曹操，曹操杀边让全家，引起士林愤恨。部将张邈、陈宫支持过边让，疑心将对自己不利，乘曹操率州兵东征，招引河内吕布袭占兖州。本州督将、大吏等士大夫，；被边让事件搞得人人自危，也奉迎吕布，郡县纷纷响应，兖州只有鄄城和范、东阿3城未降。主持兖州的荀彧决心坚守3城，迎接曹操回军平叛，急召东郡太守夏侯惇带兵保卫鄄城，派程昱去范、东阿，坚定守城决心。夏侯停到，连夜杀鄄城内谋叛者数十人，安定了人心。这时，豫州刺史郭贡兴师数万，逼向鄄城，有人怀疑与叛军同谍。荀彧认为，郭贡同张邈等素无深交，可利用双方计策未定，劝其退兵。他不顾危险，应邀出城面见郭贡。郭贡见没有惧怕之意，料鄄城不易攻下，退了兵。程昱也说服范县、东阿，都坚守不降。
二、驱逐吕布保卫充州
曹操决心暂停东征，回军驱逐吕布。吕布不到兖州东部截击曹操，反而企图在曹操不在时攻陷3城。攻不下，西屯濮阳，准备再战。同年秋，曹操回到鄄城，高兴地说，吕布一旦得到一州，不能占据：东平：（辖境相当今山。东梁山、东平、汶上、宁阳等县地），切断亢父（今山东济宁南30公里南阳湖西中部）、泰山间的通道，凭险要截击我，反而驻守濮阳，我知道他是无所作为的。
于是曹操展开保卫兖州的作战。第一阶段，进击吕布。曹操兵力不下万人，与吕布相当。他依托3城，争取大族支持，收割熟麦，压低供粮标准，储备粮食，认真备战。八月，联络濮阳大姓田氏作反间，进击吕布驻地濮阳，从东门攻入，烧东门，显示有进无退。吕布以骑兵攻击青州兵，青州兵奔逃，曹军阵乱。曹
操几乎被捉，脱险后，冒火冲出东门，下令赶制攻城器械，再次发起攻击，同吕布对峙一百多天。由于发生蝗灾，双方罢兵。九月，吕布粮尽，退出东郡、济阴，驻在山阳。曹操既失去兖州大部，军粮又将用尽，几乎坚持不下去。袁绍劝他把家迁到邺城，实际是令其归降。曹操动摇，程昱劝说道，袁绍有统一天下的企图，而智谋不足以成功。将军估量自己能甘居袁绍之下吗？现在兖州虽然残缺，还有3城，万把兵，以你的神武，把荀彧和我这样的人收罗重用起来，霸王大业是可以成功的。曹操才谢绝袁绍。
作战第二阶段，是曹操休整后再战。兴平元年（194年）谷1斛50余万钱，人吃人。十月，曹操退到东阿就粮，遣散新招募的兵士和力役。军队精简，逐渐恢复生气。经过近4个月休整，曹操在恢复战斗力上胜过吕布。二年正月，再度发起攻势，袭击济阴定陶，击败来增援的吕布。闰四月，在山阳巨野大败吕布，斩其将薛兰、李封，进驻济阴乘氏。
正当吕布军日益疲劳时，徐州牧陶谦去世，其子不能继承父业，曹操企图抓住机遇，首先夺取徐州，然后平定吕布。荀彧认为这个设想非常危险。指出必须首先击败吕布做到深根固本，才能夺取天下。他说：从前高祖保有关中，光武帝占据河内，都依靠深根固本制服天下。进足以胜敌，退足以坚守，所以尽管有困难，有失败，终归成就大业。将军本来以兖州首倡义事，况且黄河、济水间是天下要地，虽然残破，仍然容易自保，是将军的关中和河内，不可不先平定。现在分兵东击陈宫，陈宫必不敢向西顾及吕布。利用空闲时间率兵收割熟麦，减食储粮，吕布可以一举击破。战败吕布后，下一步不是夺取徐州，而是南结扬州刘繇，共同讨伐袁术，进兵淮、泗。目前如果东征徐州，有可能造成兖州、徐州两头落空的危险。在兖州多留兵，前方不够用；少留兵，民众都去守城，柴也打不成。吕布乘虚侵犯，民心就愈加危险，只有鄄城、范、卫（濮阳）三城或可保全，这就连兖州也丢失了。如果徐州不能平定，将军该回到何处去呢?陶谦虽死，徐州也不容易亡的。徐州子弟记着父兄耻辱，必然人自为守，没有投降之心。即使取胜，还是不能占领徐州。占领了徐州，弃兖取徐，也是不可取的。曹操被说服，维持原定决心不变。
曹操再接再厉，把吕布驱逐出兖州。吕布、陈宫又率万余兵来战，曹兵外出割麦，守兵不到千人。吕布见树木幽深，怀疑有伏兵，退兵。第二天又来战，曹操伏兵一半在堤里，出兵一半在堤外，以轻兵挑战。合战以后，伏兵全出，步骑兵并进，大败吕布。曹操攻陷定陶，分兵收复兖州各县，将叛军分割为东西两部。东部吕布、张邈投奔徐州刘备；西部张邈弟张超率家属留守雍丘（河南杞县）。八月，曹操围雍丘。十月，朝廷以曹操为兖州牧。十二月；曹操攻克雍丘，杀张邈三族。从兴平元年（194年）四月至此，经过1年零9个月苦战，曹操收复兖州，为尔后统一河南奠定初步基础。
曹操乘胜攻击州南的豫州。豫州是东汉13刺史部之一，辖地相当今豫东和皖北，为依附袁术的较小割据势力占据。建安元年（196年），曹操攻取陈国，迫降袁嗣。二月，占领汝南、颍川，击破黄巾何仪、刘辟、黄邵、何曼等，占领豫州大部，将治所迁到豫州颍川郡许县（今河南许昌东）。
曹操在夺取根据地斗争中，通过辟召接纳，以其才干和政策吸引、网罗了荀彧、程昱、毛玢、满宠、李典、于禁等谋士和武将，由此建立了文武班子。
从初平二年（191年）七月，到建安元年（196年）二月，曹操在兵力不多、没有地盘的条件下起步，不到5年，便割据兖州和豫州大部，他兴起的原因主要是：1、制定向南发展的正确方针。以立足未稳、缺乏辎重的黑山、青州黄巾为对手，以东郡为突破口，争取袁绍支持，又不丧失独立。2、夺取根据地同建军紧密结合。对青州农民军采取收编方针，吸收优秀的谋士和武将。3、正确处理保卫根据地同夺取天下的关系，在立足未稳时，基本上坚持战略内线作战。
但曹操兴起时还不太成熟，未能团结住兖州大族，离兖攻徐导致兖州叛变，在根据地问题上走过弯路。此外，他以镇压并消灭黑山和青州黄巾起家，进攻徐州时滥杀无辜，是一生中严重的污点。
