汉魏之际，由于社会经济、政治发生极大变动，原有的军制不再完全适用。因此魏国侍中尚书傅嘏指出：“大魏继百王之末，承秦、汉之烈，制度之流，靡所修采”，认为在制度方面“以古施今”是很难行得通的，因此曹魏“自建安以来，至于青龙静，不断根据实际情况改制，“及经邦治戎，权法并用，百官群司，军国通任，随时之宜，以应政机？①。军制剧烈变革的结果是出现了一整套同秦汉大一统时期不同的新军制。
新军制中，首要的是军事领导体制，即兵权掌握在什么人手中，中央及地方军事领导指挥机构设置和划分。新的军事领导体制，是最高统帅、辖区都督、州郡官分级领兵制。在这一分为三级的领兵制中，重要的是前两级，即最高统帅体制和都督体制，特别是第一级最高统帅体制。
一、最高统帅掌兵制
秦汉以来，兵权都是掌握在皇帝手中，自从汉末献帝兵权旁落后，随着兵权的实际归属，便产生了相应的最高统帅掌兵制度，出现了傀儡皇帝下的相府掌兵制，都督中外诸军事等新制。新制的核心，是兵权实际上同皇权没有必然的联系，而是随着权力的实际转移而不断转移。在曹魏，其最高统帅的新体制，经历了三
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①《三国志·卷二十一·傅嘏传》。
个发展阶段。
第一阶段，是汉末的相府掌兵制。曹操一方面通过架空献帝，使他成为毫无兵权的政治傀儡，一方面先后以行车骑将军、丞相名义，执掌兵权，担任东汉政府实际上的最高统帅。与此制相适应的，是刘备、孙策等群雄，在“奉汉”的旗号下，以将军开府的名义，“合法”地掌握各自的最高兵权。
第二阶段，是皇帝掌兵制。曹丕代汉以后，其丞相府摇身变为朝廷，相府掌兵之制转化为皇帝掌兵之制。为了保证兵权不旁落，曹丕废相国，设置最高武官太尉、大司马、大将军，以太尉主管全国日常军务，以后两者掌征伐。因此魏国前期，兵权在魏文帝、魏明帝手中。
曹魏第二代领导人作了皇帝，一般不带兵，但战争状态下军务异常繁重，必须对全国军队实施不间断的集中统一领导和指挥。为了适应这一战时体制的需要，皇帝指派了代理人口魏文帝在废相国的第三年（黄初三年），首创都督中外诸军事的名号，把它授予上军大将军曹真，并假其节钺。曹真以这一职位，受皇帝委托，指挥京城内外驻军和外地各都督征镇兵即中军和外军。这是魏文帝委派代理人的制度。实行这一制度以后，魏文帝继续掌握着军队调动权、军事决策权，仍然控制着兵权。但是都督中外诸军事一职权势极重，如果再录尚书事，有权过问全部政事，即可集军政大权于一身，构成对皇权的威胁，所以此号不肯轻易授人。魏明帝临终，嗣子8岁，情况特殊，第二次把都督中外诸军事授予曹真之子曹爽，并令其录尚书事，曹爽成为实际上的最高统帅。
第三阶段，是恢复相府掌兵制。魏国后期，权臣司马氏企图问津魏鼎，攫取兵权，再次对最高统帅改制。第一步，都督中外诸军事由不常设改为常设，并由司马师、昭世袭。第二步，司马昭效曹操故技，设置相国，由自己出任，以相国名义，独揽兵权，成为实际上的最高统帅。次年司马昭死，其子司马炎嗣相国，就在这一年内，顺顺当当完成了转移魏祚、建立晋王朝的大事。
吴国类似魏国。兵权在皇帝手中；丞相仅为行政长官，最高武官并设左右大司马、大将军或上大将军。孙权死后，皇帝不带兵，增设督中外诸军事、领中外诸军事职位，由获得此名号的人指挥中央军队。中后期，权臣孙竣以宗室出任丞相、大将军、督中外诸军事数职，总揽军政大权，皇帝形同傀儡。
蜀国建立以后，皇帝掌兵之制仅存在两年，因刘备去世而中止。随即进入相权掌兵。诸葛亮以丞相代行君权，是实际上的最高统帅。蜀国兵权虽然一度从皇权处分离，但由于诸葛亮忠心辅佐后主刘禅，兵权并未从刘姓手中丢失。诸葛亮死后，蜀国不再设丞相，军事上置大司马、大将军。继任者蒋琬、费袜、姜维以大将军兼录尚书事，仍集军政大权于一身。与相府掌兵颇为相似。
二、中央军事领导指挥机构
最高统帅通过中央军事领导指挥机构执掌兵权。汉制，丞相、三公、大将军，有权开府治事，自选僚属。将军出征时，一般常置幕府，作为参谋部。汉末，群雄任将军或丞相时，即通过其将军府、丞相府执掌最高兵权：其府署实际是领率机关，职官设置上比一般幕府有所创新。曹操以司空行车骑将军执掌最高兵权时，其府内军事职官的设置和职掌是；领军、护军各一人，参与军事机密和决策，代表统帅监护诸军；军师祭酒，军师各一人，主管军机；司马一人，主管军务；参军二人，参与谋议；东曹掾一人，主管武官选用。曹操以丞相执掌兵权时，其丞相府军事职官的设置和职掌是：中领军、中护军各一人，主要军事助手，监护中军；军师祭酒，员额不定，中军师和前、后、左、右军师各一人，军师若干，分管各方面的军机；行军长史一人，战时主管诸曹事务；左右司马各一人，分管军务，参军祭酒一人，参军若干人，参与军事谋议。东曹掾一人，主管武官选用；兵曹掾一人，主管日常军务；记室若干，主管文书，等等。咸熙元年(264年)即司马昭篡魏前一年，其相府军事职官比曹操时增设下列诸曹：参战十一人；贼曹掾一人，主盗贼事；骑兵掾二人，属一人，据《唐六典》为掌戎杖器械；戎曹掾一人；马曹掾一人，等等。
在皇帝掌兵时，魏国中央军事领导指挥机构由三部分组成：1、尚书、中书二省，协助皇帝决策。二省本为执行中央政务的总机构。尚书省设立于东汉，其长官为录尚书事、尚书令。魏国以“公卿权重者为之一①。中书省最早为曹操刨设的秘书令丞，主管尚书奏事等机要文书。魏文帝以其官署设在官禁内，改为中书省，掌机密，长官为中书令，叉置监，凡给州郡及边郡下密诏，由中书省承办而不经过尚书省，尚书省职权逐渐削弱。魏明帝时，中书监、令“号为专任”。中书权重，引起反对。尚书蒋济上疏指责“大臣太重”，“左右太亲”，有害国家，反对形成“专吏之名”②。2、五兵尚书曹，处理日常军务。该曹分设中兵、外兵、骑兵、别兵、都兵，以五曹尚书郎领事，是常设行政机构。该曹为尚书省五曹之一，其长官五兵尚书与其他四曹尚书、尚书省长官尚书令、二仆射，合称八座尚书，任同汉代六卿。该曹的设立是一个创举，常为后世所沿用。 3、最高武官为太尉、大司马、大将军，执掌武事。魏制，大司马常驻屯合肥（曹仁），或皖（曹休），以防备吴国；大将军常驻屯长安（曹真），以防备蜀国。蜀国刘备以诸葛亮丞相府为中央军事领导指挥机构。刘备、诸葛亮死后，中央军事领导指挥机构由以下三部分组成：录尚书事、平尚书事、尚书令；大司马；大将军。吴国由以下三部分组成：尚书令、中书令、侍中；左右大司马；大将军或上军大将军。
魏、蜀方面的最高统帅为了正确地在错综复杂的军事斗争中决策，都在中央军事领导指挥机构内，建立参赞军机的制度。曹操建安元年在幕府中设军师，建安三年设军师祭酒③，以“参掌戎
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①《晋书》卷二十四《职官志》。
②《三国志》卷十四《蒋济传》。
③首席军师，后世避司马师讳，改称军祭酒、军谋祭酒。
律”①，即掌管军法，并令参与谋议，以荀攸、郭嘉等智谋之士首任该职。建安十八年(213年)，设参丞相军事，以侍中、光禄大夫荀彧持节充任。曹操向这些军师、参军咨询军事，同他们一起计事决疑。②刘备在赤壁战后，创设军师中郎将，以诸葛亮、庞统先后任该职。建安十五年(210年)，以诸葛亮为军师将军。曹操的军师祭酒是丞相幕僚，只议军谋。刘备的军师中郎将和军师将军在议军谋之外，兼掌兵柄。诸葛亮在丞相府中，也设置军师祭酒，以来敏、尹默、射援③任职。孙权咨询的主要对象，是统兵的诸大将。在军事咨询制度上，不设军师等职。
本节所述为最高统帅体制。该体制特点是最高统帅同皇权可离可合，在最高权力转移到权臣手中而皇位不变的情况下，满足了战时体制对军队实行集中统一领导的需要。但相权掌兵威胁皇权，造成政局不稳，曹操和司马氏凭此转移国鼎。蜀、吴相权掌兵时，由于诸葛亮的品质和孙峻及时被废，国鼎才没有移走。
