光绪二年（1876 年）八月底，乌鲁木齐城外的草原还残留着夏末的绿意，可空气中已经透着几分凉意。刘锦棠率领的西征军主力沿着古牧地到乌鲁木齐的土路缓缓推进，队伍前后绵延数十里，旗帜在风中猎猎作响，火枪和火炮的金属光泽在阳光下格外耀眼。
沿途的村落里，百姓们早早地站在路边，手里捧着馕饼、奶酪和水，眼神里满是期待。一位年轻的回民小伙儿挤到队伍前，对着刘锦棠大声喊：“将军，俺们早就盼着你们来了！阿古柏的人在乌鲁木齐城里抢粮抢钱，还把俺们的牛羊都赶走了，你们可一定要把他们赶出去啊！”
刘锦棠勒住马，笑着对小伙儿说：“放心吧，我们这次来，就是为了收复乌鲁木齐，让百姓们过上太平日子。” 他话音刚落，周围就响起了热烈的欢呼声，不少百姓主动跟在队伍后面，有的帮着抬伤员，有的给士兵们指路，原本严肃的行军队伍，渐渐多了几分热闹的气息。
此时的乌鲁木齐城内，早已没了往日的热闹。守将马人得带着亲信逃到南疆后，剩下的守军群龙无首，有的躲在营地里不敢出来，有的则偷偷收拾行李，准备趁乱逃走。城墙上的火炮早已没了人看管，炮口歪歪斜斜地对着城外，城门口的守军也只是象征性地站着，眼神里满是慌乱。
八月二十二日午后，西征军抵达乌鲁木齐城下。刘锦棠让人在城外竖起劝降木牌，上面写着：“凡放下武器投降者，一律免罪；若负隅顽抗，城破之后，格杀勿论。” 随后，他派一名使者进城劝降，给守军一个时辰的考虑时间。
不到半个时辰，城门就缓缓打开了。守军们举着白旗，排着队从城里走出来，有的士兵还带着自家的妻儿，脸上满是如释重负的表情。刘锦棠让人清点人数，共收降守军两千余人，缴获火枪一千余支、战马三百余匹。他当即下令，让士兵们进城后严禁烧杀抢掠，保护百姓的财产，同时派人去安抚城内的百姓，告诉他们清军已经收复乌鲁木齐，让大家安心生活。
清军进城的消息很快传遍了乌鲁木齐。百姓们纷纷走出家门，涌上街头，有的拿着水果送给士兵，有的拉着士兵的手诉说这些年的苦难。一位白发苍苍的维吾尔族老人，捧着一串晶莹剔透的葡萄，颤巍巍地走到刘锦棠面前，用不太流利的汉语说：“将军，谢谢你们，你们是俺们的救命恩人啊！”
刘锦棠接过葡萄，笑着说：“老人家，不用谢，这是我们应该做的。以后，再也没有人敢欺负你们了。”
收复乌鲁木齐后，刘锦棠并没有停下脚步。他知道，北疆还有玛纳斯、昌吉、呼图壁等地区没有收复，这些地方还盘踞着阿古柏的残余势力，若不尽快肃清，恐会影响北疆的稳定。
九月初，刘锦棠兵分三路：一路由副将率领，进攻昌吉；一路由参将率领，进攻呼图壁；他自己则率领主力，进攻玛纳斯。
昌吉的守将是阿古柏的亲信阿卜杜勒，此人性格残暴，在昌吉盘踞多年，百姓们对他恨之入骨。西征军抵达昌吉城下后，阿卜杜勒不仅拒绝投降，还下令将城内的百姓赶到城墙上当 “人肉盾牌”，威胁清军不许进攻。
刘锦棠得知后，气得咬牙切齿。他让人在城外喊话，告诉百姓们清军会想办法救他们，同时派工兵营在夜里悄悄挖地道，直通城墙下方。九月初五深夜，清军点燃地道里的炸药，炸开了一道丈余宽的缺口。随后，士兵们冲进城内，一边与守军作战，一边保护百姓。阿卜杜勒见大势已去，想带着亲信逃跑，却被愤怒的百姓拦住，最后被清军俘虏。
昌吉收复后，呼图壁的守军见清军势大，主动打开城门投降。到了九月中旬，只剩下玛纳斯还在抵抗。玛纳斯的守将是白彦虎的侄子白彦龙，他收拢了从各地逃来的残余势力，共有三千余人，还在玛纳斯城外挖了三道深壕，准备与清军决一死战。
刘锦棠率领主力抵达玛纳斯后，并没有急于进攻。他让人先清理城外的壕沟，同时派斥候摸清守军的部署。九月二十日，清军发起总攻，火炮对着城墙猛轰，士兵们踩着云梯往上冲。白彦龙的守军虽然顽强抵抗，可终究寡不敌众，不到半天时间，玛纳斯就被清军攻克，白彦龙带着少数亲信逃往南疆。
至此，北疆的玛纳斯、昌吉、呼图壁等地区全部收复，北疆彻底平定。捷报传到肃州，左宗棠正在与幕僚商议进军南疆的事宜。他看到捷报后，脸上露出了欣慰的笑容，对幕僚说：“北疆平定，咱们‘先北后南’的战略算是成功了一半。接下来，咱们要抓紧时间筹备粮草和军械，等冬天过去，就进军南疆，彻底收复新疆。”
幕僚连忙点头：“大人说得对。现在北疆平定，百姓们纷纷支持咱们，咱们进军南疆就更有底气了。”
九月底，左宗棠从肃州出发，前往乌鲁木齐。沿途的百姓们听说左宗棠要来，纷纷站在路边迎接，有的还自发组织了乐队，吹吹打打，热闹非凡。到了乌鲁木齐，刘锦棠率领将领们出城迎接，百姓们更是涌上街头，欢呼声此起彼伏。
左宗棠走进乌鲁木齐城内，看着热闹的街道和百姓们脸上的笑容，心里满是感慨。从同治六年督办陕甘军务，到如今平定北疆，整整十年时间，他经历了无数次战斗，付出了无数心血，如今终于看到了希望的曙光。
他让人在乌鲁木齐设立了 “善后局”，负责安抚百姓、恢复生产。同时，他还下令在北疆各地设立学堂，教授汉、回、维吾尔等多种语言，促进各族百姓之间的交流。他对身边的将领们说：“收复北疆只是开始，咱们还要让北疆的百姓过上好日子，让他们相信，跟着朝廷，一定能有更好的生活。”
十月初，左宗棠向朝廷上奏，详细汇报了收复北疆的情况，请求朝廷继续支持新疆战事，拨款筹备进军南疆的粮草和军械。朝廷接到奏报后，下旨嘉奖左宗棠和刘锦棠，赏左宗棠太子太保衔，刘锦棠双眼花翎，同时拨款一百万两白银，作为进军南疆的军饷。
此时的北疆，已经渐渐进入冬天。草原上的草开始枯黄，河流也慢慢结冰，可百姓们的心里却充满了暖意。他们忙着开垦荒地，修建房屋，为来年的春耕做准备。西征军的士兵们也开始休整，训练新兵，补充军械，等待着春天的到来，等待着进军南疆的号令。
