三日后，休整补充完毕的大雍远征舰队，在裴绍川的指挥下，拔锚启航，矛头直指西北方向的平户岛。
这一次，舰队规模稍减，留下部分船只和陆军驻守长崎，维持秩序并看守庞大的物资。主力舰队仍气势磅礴，以靖海水师精锐为前导，运兵船和辎重船居中，浩浩荡荡杀向平户。
平户岛，藤原家经营多年的老巢，海盗与贸易交织的据点。岛上山峦起伏，海岸线曲折，拥有多处天然良港，易守难攻。藤原家在此筑有山城，麾下纠集了大量浪人、海贼，船队曾活跃于东海，是九州西部一股不可小觑的海上力量。
由于长崎被攻克的消息被大雍军队控制了主要传播通道，平户的藤原家仅从零星逃回的溃兵口中得知不明身份的大船队攻击了长崎，具体情况不明，正处于惊疑不定、加强戒备的状态。
大雍舰队没有给松浦家太多反应时间。
出海第二日午后，前锋哨船已发现平户岛轮廓。裴绍川果断下令：“不必等待全军靠近，前锋营炮舰、雷震舰，即刻前出，寻其主港，先行炮击，打乱其部署！主力舰队随后压上，寻找适合登陆之滩头！”
“遵命！”
五艘炮舰再度如同出鞘利刃，破浪疾驰。平户岛的主要港口出现在视野中，港内船只比长崎更为密集，多为适合劫掠的快船和小早船，也有几艘稍大的关船。岸上可见简易的木制栅栏和瞭望塔，人影幢幢，显然已有所戒备。
“进入射程！”
“瞄准港口船只和岸上工事——放！”
轰天炮再次发出怒吼！这一次，炮手们经验更为丰富，炮弹落点更加精准。港内顿时一片混乱，数艘船只中弹起火，木制栅栏被炸得碎片横飞，瞭望塔轰然倒塌。刺耳的警钟和惊恐的呼喊响彻平户港。
“八嘎！是那些攻破长崎的敌人！快！上船！准备迎战！” 岸上，一名身穿具足的藤原家武将挥舞着太刀，试图组织抵抗。藤原家的水军船只也开始慌乱地起帆、解缆，试图冲出港口，与大雍舰队接战。
但大雍的主力舰队此时已经逼近。数十艘高大的战舰如同移动的城墙，横亘在港口外海，侧舷炮窗纷纷打开，露出黑洞洞的炮口。
“全军——齐射！” 裴绍川在靖海号上冷冷下令。
“轰轰轰轰轰——！”
比之前猛烈数倍的炮火覆盖了整个平户港出入口和近岸海域！冲在最前面的几艘藤原家关船瞬间被密集的弹雨炸碎、点燃，化为海面上的火炬。后面的船只被堵在港内，进退不得，成了绝佳的靶子。岸上的防御工事也在持续不断的炮击中土崩瓦解。
“登陆部队，准备！” 郭不文站在运兵船头，看着已成火海的平户港，眼中没有丝毫怜悯，“舢板下水！抢占滩头，建立阵地！弓弩手、火铳手掩护！”
无数舢板再次放下，满载大雍陆军，冲向炮火犁过一遍的滩头。藤原家的武士和足轻们在炮击中损失惨重，残余的抵抗意志在目睹大雍军队如山般的战舰和潮水般涌上岸的甲士时，也迅速崩溃。零星的箭矢和铁炮射击根本无法阻止登陆的步伐。
“结阵！前进！” 登陆的陆军军官高声呼喝。盾阵如山推进，长枪如林突刺，弓弩火铳在后轮番射击。藤原家的武士虽然个人勇武，擅长近身劈砍，但在大雍军队严密整齐的阵势和远程火力压制下，往往还没冲到近前就被射倒，少数冲入阵中的，也很快被数杆长枪同时刺穿。
战斗从午后持续到傍晚。大雍军队顺利控制了平户港及周边滩头，并开始向岛内藤原家的主城方向稳步推进。藤原家试图依托山城和熟悉的地形进行抵抗，但士气已沮，且大雍军队在推进途中，对敢于持械抵抗者，无论武士平民，格杀勿论；对放弃抵抗、闭门不出的村落町人，则暂时不予侵扰，但派兵监视。
入夜，大雍军队在藤原城外不远处的平地上扎下坚固营寨。翌日拂晓，在数门拖拽上岸的轻型火炮的轰击和陆军强攻下，本就人心惶惶的藤原城被一举攻破。藤原家当主藤原花花在少数亲信护卫下试图从后山小道逃跑，被提前埋伏的大雍侦骑截获，负伤被擒。其子藤原涯率部分死士困守天守阁，最终在天守阁被火箭引燃后，于烈火中切腹自尽。
平户岛，这个活跃了上百年的海盗窝点，在短短不到三天时间内，被大雍远征军以绝对优势的武力和雷霆手段，彻底铲平。
接下来的数日，便是肃清残敌、清点战利品和稳定局面的时间。
