很遗憾，我们对阿门诺菲斯四世/埃赫那吞时代的行政程序所知甚少。但可以推测，国家行政管理机构位于孟菲斯，由下埃及的维西尔阿佩尔埃尔领导。不过，根据国内热火朝天的建设情况，可以得出管理机构显然运作良好的结论。除了法老在底比斯与努比亚的建筑工程之外，迅速建造巨大的新都城阿赫塔吞显然是一流的内政业绩。如果国家的行政管理和同时期的经济供应均一切正常的话，如此艰巨的任务几乎是不可能完成的。法老的建设工程并不限于上述地点，而是在全国各地都有案可稽。太阳神过去的圣城赫利奥波利斯成了一个特殊的重点。名为“拉神在赫利奥波利斯升起”的阿吞神庙留下很多带有图画的碎砾。孟菲斯自从新王国时期之初就是国家的军事大本营，人们在那里也发现了一座阿吞神庙的石块。那里的行政长官是伊皮，维西尔拉莫泽的侄子。更靠南一些的美杜姆（Medum）虽然没有保留阿吞圣所的痕迹，但我们知道，这里有过一处这样的圣所，因为一位曾在这座神庙劳作的矿田督管的墓中铭文可以确凿地证明它的存在。梅迪纳特·古罗布［Medinet Gurob，即法尤姆（Fajum）］的其他出土文物也可以让人推测，那里曾有一处献给阿吞的圣所。安提诺波利斯（Antinoe）可能曾经建过一处阿吞圣所，这处圣所被国王拉美西斯二世（前1279～前1213年）抢占，它的一部分残垣在19世纪被发现，其余的残垣经由意大利人的发掘重见天日。在艾斯尤特（Assiut）也发现了一些残块，它们出自一座阿吞神庙，上面可以看到阿吞名字的新形式。此外，在底比斯附近的阿尔曼特（Armant）可能还有一座阿吞神庙。最后，在阿斯旺（Assuan）的采石场地带可以找到各种各样的出土物品。相反，在“冥界之王”奥西里斯的宗教中心阿拜多斯（Abydos）发现的出土文物寥寥可数，可能还是出自阿门诺菲斯三世时代，埃赫那吞可能出于宗教上的原因回避了这座城。
如今，这些宗教建筑只剩下一些残迹可循，因为它们在毁坏纪念埃赫那吞及阿吞崇拜之物的过程中成了牺牲品。尽管后世的一手文献如图坦卡蒙光复旧宗的石碑记叙了埃赫那吞统治时期混乱的经济状况，但这些说法定然带有宣传色彩，几乎不可能符合实际情况。埃赫那吞委派到行政最高层的新人似乎都完全胜任自己的职责，无疑和那些挺过法老清洗运动的官员合作得不错。
