埃赫那吞尽管满腔宗教热情，但还是留意外交局势，尤其是强大的苏庇路里乌玛一世（Supiluliuma I，约公元前1355～前1320年在位）统治下的大国赫梯的威胁。因此，在埃赫那吞的政治生涯中，特别是那些出身军旅、后来擢升至国家关键职位的人扮演了重要的角色，阿赫塔吞的墓葬中，士兵的图画比以往的时代更受青睐。埃赫那吞最亲近的圈子中有三位将军，即马雅、拉莫斯和年纪尚轻的帕阿吞纳姆哈布（Paatonemhab，意为“阿吞在欢庆”），他们全都获准在阿马尔纳建造一座坟墓（24号墓）。既然军事力量是必不可少的，埃赫那吞也就不想拒绝军队为自己服务。和西亚国家的关系也是埃赫那吞关心之事，于是后来他将接待所有国家使节的任务交给了侍从图图。图图可能来自叙利亚，或许掌握了当时通用的外交语言——巴比伦语。
阿马尔纳文书（Amarnabrief）让我们对外交进程有了很好的了解。这是些有字的黏土板，曾经属于阿门诺菲斯三世及其子阿门诺菲斯四世/埃赫那吞的国家档案馆，在阿赫塔吞城被弃时被埋藏地下。很遗憾，这批重要文件确切的出土时间还是一个谜团。1887年，一位农妇在阿马尔纳的田地——埃赫那吞国家档案馆的旧址——劳作。她在干活时发现了几块黏土板，上面用楔形文字刻着巴比伦语的文段。当地人在这个地方私自挖掘，逐渐让更多的泥板重见天日。当地的农民打算通过商人把他们的“货物”（即泥板）销售出去，于是，1888年200多块黏土板在开罗待售。大英博物馆和柏林埃及博物馆的代表买下了大部分，其他博物馆没敢买，因为它们的负责人认为这些泥板是伪造的。W.M.弗林德斯·佩特里1891年冬季至1892年在阿马尔纳进行发掘工作，在这段时间里成功发掘出曾经的国家档案馆，发现了更多的黏土板。至今，已知的黏土板有379件，包括王宫与亚洲国家之间数十年间的部分往来信函，其中最早的要追溯到阿门诺菲斯三世执政的最后阶段，而较新的那些贯穿埃赫那吞统治时期。雪花石膏制的标牌证明，这些黏土板曾经被国家档案馆整理得很有条理，还被贴上标签——遗憾的是没有注明日期——保存在木头盒子里，可是发现它们时它们处于杂乱无章的状态，这使我们很难按照时间顺序对一些信件进行编排。几乎所有信件都是用巴比伦语和楔形文字写就的，只有三封是用赫梯语、亚述语和胡里安语写就的。这里既有保存在国家档案馆的埃及王国寄给亚洲君主的信件的复件，也有埃及王室收到的亚洲信函。与亚洲往来通信的内容五花八门，有一封信是关于政治联姻的，另一封则表达了希望把一尊可以产生奇迹的神像寄给阿门诺菲斯三世国王的请求。有些来自亚洲君主的信函从内容上看实质上就是乞求信，让埃及国王给他们送金子。不过，这些信件中自然也提到了外部政治形势，例如报告了一些相互抗争的埃及的州之间的武力冲突事件。特别有意思的是那封米坦尼国王图什拉塔在阿门诺菲斯三世驾崩后写给国王遗孀泰伊的信。在这封信里，他表示希望自己与埃及王室之间多年的友善关系在阿门诺菲斯四世治下能维持下去，请求泰伊对此加以关照。
阿马尔纳时代晚期，埃及在西亚的外交政治形势展现了这样一幅情景：苏庇路里乌玛一世治下的赫梯人——他们的国家在今土耳其一带——对与埃及结盟的米坦尼虎视眈眈，但还是对埃及在叙利亚和巴勒斯坦的势力范围予以尊重。于是，埃赫那吞最开始不觉得有迫切的理由进行军事干涉。更麻烦的是各个更小的城邦和诸侯国的态度，这些邦国算是埃及的州，在地理上却离赫梯王国更近。乌加里特（Ugarit）和比布鲁斯（Byblos）之间的一个小国阿穆鲁（Amurru）——如今是北黎巴嫩的一部分——的国君阿吉鲁（Aziru）和奥龙特斯河（Orontes）畔的卡迭石城邦（Kadesch）邦君艾塔卡马（Aitakama）在政策上见风使舵：阿吉鲁首先表现得特别亲赫梯，由此损害了埃及的利益，所以被传唤到法老的宫廷，这位君主在那里装出一副特别诚恳的样子，得以使法老让他返回阿穆鲁。然而，刚一回国，和不久以前卡迭石邦君艾塔卡马的所作所为一样，他完全转入赫梯阵营。埃及出兵讨伐艾塔卡马，这让赫梯国王也行动起来，于是后者突袭了埃及位于叙利亚北部的阿姆卡（Amka）州。两个附庸国的叛离发生在埃赫那吞统治时期的尾声，由此这个阶段的埃及面临棘手的外政局势。但埃及在亚洲的统治地位直到埃赫那吞死后才受被削弱，确切说是在比布鲁斯城邦君主里巴蒂（Ribaddi）——埃及的一位坚定忠实的拥护者——被赶下宝座之后。
努比亚方面发生的外交事件则大不相同。努比亚自新王朝以来通称为“库施”，这一地区长期以来作为原材料供应地对埃及有着无法估量的重要意义，它位于阿斯旺以南，沿着尼罗河发展、延伸。
阿门诺菲斯四世/埃赫那吞和他之前的其他国王一样，在努比亚大兴土木，这一方面是为了埃及的荣耀，另一方面是为了展示力量，以便控制这片居民常常造反的土地。在统治的最初几年，阿门诺菲斯四世开始进一步扩建瑟斯比城（Sesibi），这座城位于尼罗河西岸，在第二瀑布和第三瀑布之间。这座城中的神庙可能还是为底比斯三联神阿蒙、穆特和孔斯修建的，不过这里也出土了其他神像，如奥西里斯和阿图姆、阿门诺菲斯四世及王后纳芙蒂蒂的雕像。后来，人们毁坏纪念埃赫那吞的东西时，阿门诺菲斯四世夫妇的雕像被挖掉。再往南一些，阿门诺菲斯四世又在第三瀑布和第四瀑布之间修建了卡瓦（Kawa）这个地方——它的古埃及名字是“格姆帕阿吞”（意为“找到了阿吞”），此外还让人对努比亚已有的神庙进行了扩建。
埃赫那吞统治期间，努比亚发生了一场暴动，这场暴动被总督图特摩斯镇压。第二瀑布近旁的布亨神庙（Tempel von Buhen）中立有一尊胜利纪念碑，这尊纪念碑上注明的日期是埃赫那吞执政第12年，阿赫特季（Achet-Jahreszeit，即洪水季）第3个月第20日。在提到了国君名字的寻常开篇之后，碑文说道：
陛下在阿赫塔吞现身于其父阿吞的宝座上，就像拉神每日出现在天上和人间，此时有人来向他报告：伊克特（Jket）地来的敌人［阿拉奇干谷（Wadi Allaqi）那里有一处淘金者集聚地，这条干谷是东方沙漠游牧民族前来侵袭时的入口，很危险］意图反叛埃及！他们已经侵入努比亚，要为自己的生计掠夺财物！……于是陛下给库施王子和南方诸异国总督下达指令，令其集合一支军队，去打败伊克特地区来的敌人，无论男女。人们在河东侧、“采石场水塔”（Steinbruchzisterne，未知地名）的北边发现了敌人。君主有力的手臂一瞬间就擒获了他们，在沙漠中展开了一场大屠杀，逃窜者被击倒，仿佛从未存在。伊克特人心中自负，但君主这头狂野的狮子按照自己父亲阿吞的命令屠杀了他们，勇敢无畏，强大有力。
敌人总共有大约500名战士：370人（男人、女人和儿童）在战斗中死去或被擒获。埃赫那吞无情地虐待敌人，为首者被用残酷的刺穿刑处死，或者就像阿赫塔吞一块浮雕（牛津大学阿什莫林博物馆，编号1927.4087）上展现的那样，被捆缚在战车上。即便根据这篇碑文，埃赫那吞还称不上伟大的军事统领或者战略家。这里也显示他并非空想家，是可以目标明确地运用掌握在自己手中的军事力量的。
讨伐努比亚后没过几个月，埃赫那吞的对外政治就达到顶峰：外国使节来到国都阿赫塔吞，为的是把自己国家的贸易产品当作贡品呈献给他。阿马尔纳两座岩石墓穴上的浮雕记叙了这一事件，其中一座墓属于王太后泰伊的宫廷总管胡伊亚（1号墓），另一座属于王后纳芙蒂蒂的宫廷总管梅里拉（2号墓）——不应把这里的梅里拉和同名的阿吞大祭司混淆。因为这些生动的图景，我们可以很好地想象佩瑞特季（播种季，冬季）第2个月第8天举办的这场节庆。外国代表团在建于阿吞大神庙北侧围墙上的那间阁子（图注12）中得到接待。埃赫那吞和纳芙蒂蒂端坐在华盖下，六位公主位列身后。国内高官向法老一一介绍各国代表团，而这些代表团毕恭毕敬地上前觐见。为了这一天的庆祝活动还举办了一些竞赛活动。胡伊亚墓穴浮雕对这场节庆做了记叙：
上下埃及的国王涅夫彻佩鲁拉、拉神的唯一，还有大王妻涅夫彻佩鲁拉·纳芙蒂蒂，愿她永世长存，他们端坐在银合金的轿子上，接受来自叙利亚和库施、来自西方和东方的礼物。所有异邦代表齐聚一堂。就连地中海的岛屿都为阿赫塔吞大宝座上的法老献上贡金，这样才能让法老因收下贡金而赐予他们生命的气息。
