从阿马尔纳时代的一些浮雕中，可以看到埃赫那吞与纳芙蒂蒂和他们的女儿们在一起。这些浮雕展现给我们一个幸福家庭生活的景象，即便这些画面可能是带有部分宣传色彩的。王太后泰伊也被算作家庭的一分子。王太后泰伊的宫廷总管胡伊亚的墓穴装饰画描绘了为了对她表示尊敬而举办的国宴，这场宴会可能举办于埃赫那吞执政第13年。我们看到，泰伊坐在左边，她的外孙女巴克塔吞（Baketaton，意为“阿吞的女佣”）——可能是她某个女儿的孩子——站在她旁边，形象比较小。正中央端坐着埃赫那吞，面向他的母亲，他身后是王后纳芙蒂蒂。两位公主分别站在自己母亲的椅子前面和旁边。泰伊作为王室一员，在阿赫塔吞也拥有一间自己的“日影”祈祷室，正如胡伊亚墓穴中另一幅浮雕告诉我们的那样。这个场景中上，埃赫那吞和他的母亲庄重地穿过这座神庙祈祷室外面的双塔式门，而巴克塔吞跟在他们后面，手里拿着一束花。
埃赫那吞执政第12年，王后纳芙蒂蒂诞下他们的第7个孩子，是一个男孩，取名图坦卡吞（Tutanchaton）。这个孩子是不是埃赫那吞亲生儿子这个问题，已经通过对孩子名字的选择得到解答。迪特里希·韦尔东（Dietrich Wildung）写道：“我感觉，具有决定意义的正是出生名图坦卡吞——‘阿吞活着的写照’，它只可能被赋予法老的孩子，因为阿马尔纳神学的核心原则之一就是法老是阿吞神在人间的、‘活着的’写照。用这种神学语言去指代一介平民是不可想象的。我们甚至还可以从这个名字中得出更多信息：它包含有权登上御座之意，因为只有正在执政的国君或者他的假定继承人才有权作为阿吞‘活着的写照’。”作为埃赫那吞和王后纳芙蒂蒂的儿子，小王子兼王位继承人得以拥有一间自己的“日影”祈祷室，这间祈祷室的一块残垣上留有一段祈祷词（见图2）：
伟大的鲜活的阿吞，度过众多周年庆典，日轮环抱的一切的主宰，天空之主，大地之主，在国王的亲生儿子图坦卡吞位于阿赫塔吞的“日影”祈祷室中。
图坦卡吞的“日影”祈祷室中展示的是阿吞以前的名字，也就是说，即便在这位神祇改名（埃赫那吞执政第9年）后人们仍继续使用旧名。
在位13年后，王室遭到沉重的打击：埃赫那吞执政第14年，公主纳芙纳芙鲁拉和赛特潘拉，随后不久显然还有她们的姐姐——10岁的玛可塔吞接连夭折。从一幅保存得不是很好的王陵α室浮雕中，可以看到玛可塔吞仍在为自己的妹妹哀悼。但随后她的棺椁也被放在一个滑橇上，被牛车运往王室家族陵墓。葬礼上，首饰、衣服、器皿、化妆用具、菜肴和塑像等随葬品也一同下葬，因为新的阿吞宗教遵循了传统葬礼的外在形式，只在开支和过程上和过去的葬礼有少许不同。此外，从复原的破碎的、为玛可塔吞制作的粉色花岗岩陵墓神龛（发现于α室，β室中没有任何摆设）中，她本人还很小，被放入一个儿童棺材。这样一来，玛可塔吞是死在产床上的这一广泛流传的假说就站不住脚了。
但阿吞对幸福和悲伤的人一视同仁，就连埃赫那吞与王后纳芙蒂蒂都不得不忍受离别之苦。γ室浮雕中，柔弱的公主躺在棺架上，埃赫那吞夫妇俯着身子，悲痛欲绝。如此动人心弦的画面对于埃及来说极不寻常。此前的绘画艺术中从未出现过正在哀悼的法老及王后，而两人在痛苦中互相扶持。
图12 根据王室陵墓γ室两组浮雕绘制的示意图，图中人们在哀悼夭折的玛可塔吞公主
在这里，法老夫妇身上散发着人性之光，用深切的悲痛为臣民做出了表率。而且，如果和过去的送葬图比较，这些今天如此打动我们的场景描绘了人们面对夭折的孩子，在内容上没有宗教意味，这里出现了一种巨大的变化：没有神祇引导死者进入死后的世界，引导其加入诸神和极乐世界中的死者行列。这样一来，埃赫那吞在自己女儿葬礼中也传达了一种宗教讯息，即对人间世的绝对肯定。无论是年老还是年轻，对于死者来说，一切都是持久的；小公主最后一次示以生者的死亡状态会永世长存，永远不再改变。在此，死亡确实被当作死亡接受。
我们看到，灵堂之外，小太子图坦卡吞和他的奶妈一起身处哀恸的宫臣中间，他们之前在灵堂里，现在图坦卡吞被人从里面抱出来。一位宫臣在图坦卡吞面前深深地躬下身子，强调了他作为未来法老的高贵地位。铭文写道：“图坦卡吞，法老亲生的儿子，他的爱子，大王妻纳芙蒂蒂所生，愿她永世长生。”［马尔克·加博尔德（Marc Gabolde）翻译及补充］。所以，这里又出现了一个图坦卡蒙是埃赫那吞和纳芙蒂蒂亲生儿子的证据。
埃赫那吞在位14年后，王后纳芙蒂蒂的名字就不再出现于我们拥有的原始资料中。诸如失宠、流亡、对埃赫那吞谋反或者共同执政这类令人眼花缭乱的假说与这种情况联系到一起。然而，进行这些推测是无益的，因为“对于可以用简单猜测解释清楚的东西，尝试复杂的想法是徒劳无益的”，正如威廉·冯·奥卡姆（Wilhelm von Ockham，1287～1349）所说。所以，我们不如下这样的定论：这位生下七个孩子、饱经磨难的王后在埃赫那吞执政第14年或者第15年去世，正如当年埃赫那吞在界碑上宣布的那样，在王室墓地得到最后的安息之所。墓中少数几处仍然保留的铭文中，王后纳芙蒂蒂的名字出人意料地出现了很多次，这似乎也暗示她葬在此处。此外，一个破碎的死亡人俑保存了下来，它给王后辞世这个事实盖棺定论，这个人俑由克里斯蒂安·E.略本于1986年公开。人俑上面的文段把王后称作“受保佑的超脱者”。曾与埃赫那吞分享巨大权力和神性的纳芙蒂蒂身后留下一片真空，两位公主——梅丽塔吞和安克森帕阿吞占据了这片虚空，她们晋升为王后。有人出于国家利益至上的原因，断定这两段父女婚姻中有过孩子。然而，即便较早的文章书籍做过这样的假定，这些孩子其实也从未存在。沃尔夫冈·海尔克（Wolfgang Helck）恰当地把他们称为“幻影孩子”。
