埃赫那吞统治的最后几年没有留下确凿的资料，唯一例外是萨卡拉的一处参观者涂鸦，这处涂鸦出自一位教师及其学生，他们在埃赫那吞执政第14年来参观萨卡拉阶梯金字塔一带，当时这座金字塔已经有1300年的历史。埃赫那吞执政第16年，埃及对外政治局势异常紧张，尤以赫梯人入侵北方为甚。在这段时间里，埃赫那吞于自己统治的第17年初即公元前1335年阿赫特季（洪水季）第2个月驾崩。按照儒略历，我们可以把死亡日期确定在8月22日和9月20日之间。他的葬礼在阿赫塔吞的王家岩墓中举行，但这座岩石墓穴此时还未完工（见阿马尔纳的埃赫那吞陵墓结构/26号墓穴示意图）。这里安葬着他的四个女儿（小纳芙纳芙鲁阿吞只比玛可塔吞多活了很短一段时间）、他的大王妻纳芙蒂蒂和他的母亲泰伊。王陵中泰伊石棺的残片已发掘出土。
埃赫那吞的花岗岩石棺如今已经破碎。这副石棺长2.85米，宽1.25米，高1.32米，安置在井道（D）另一侧的墓室（E）中，被推到陵墓的轴线侧边。如今，这副石棺藏于开罗博物馆。石棺四角均为半立体半平面造型，象征着王后纳芙蒂蒂在太阳神阿吞的光芒下，作为具有神性者拥抱、守护她的丈夫。也就是说，她在这里占据了过去属于伊西丝、涅菲提斯（Nephthys）、奈特（Neith）和塞尔克特（Selkis）的位置。在埃赫那吞那尊雪花石膏卡诺卜坛（Kanopenschrein）中也只发现了一些碎片，散落在王陵中。浮雕上画着拉—哈拉克特—阿吞鹰，它张开的翅膀有一部分重合在一起，守护、环抱着祭坛。几只鹰立在坛子上的横饰带上，这条带由表示“守护”的符号和“杰德”符号组合而成。祭坛王名圈中写的是阿吞的旧名字。随葬品包括大量破碎的人俑，大多是在通道（A）里被发现的。借助这些人俑的碎片复原了埃赫那吞的身体，不过四肢没有分节，呈现的是他在仪式中涂了香膏被制作成木乃伊的样子，透出那种被埃及人称为“令人敬畏的”（sah）气质。埃赫那吞手持弯杖、鞭子或者安卡符，额头上是埃及眼镜蛇装饰物。这些人俑分为四种不同的类型：（1）戴着法老头巾（nemes）的人俑；（2）戴着兜状帽子（chat）的人俑；（3）戴着三段式假发的人俑；（4）戴着努比亚假发的人俑。这些小塑像的文字中只有法老的名字，偶尔有些简短的修饰，如“生前伟大”或者“达诚申信”。所有这些小塑像可能共同组成一个有魔力的符号，象征埃赫那吞在冥界的持久统治。然而，根据他的理论，冥界存在于人间界。我们绝不应把这些人俑和如今被我们称为“乌沙布提俑”（Uschebti）或者“冥界工人”的人俑混淆，根据一段写在它们身上的文字，后者需要在冥界干一些令人厌恶的活。
埃赫那吞驾崩后，他的阿吞宗教开始走下坡路。阿马尔纳的这一插曲显示了完结的先兆。埃赫那吞死后就不能继续产生影响力了。他完全按照自己的神向自己默示的意志来创造宗教概念，却置自己臣民的需求于不顾；他把人贬低为自己宗教的工具，削减为纯粹的“赞美和弦”。现在很多人不想继续低三下四地充当蝼蚁。神之子兼神的代言人死后，他们打算消除阿吞和人之间遥不可及的距离，渴望与他们的众神重新亲密无间。
图15 埃赫那吞一个戴法老头巾的人俑的头部残片，棕色石英石，高7.5厘米，私人藏品
从世界史的角度观察，埃赫那吞是一个不世出的天才、一个有艺术家特质的人和一个有影响力的先知，创建了一个新的宗教，而且是人类史上第一个一神宗教。这是他历史性和开创性的伟大功绩，同时也是他的悲剧。他废除了所有神明，甚至废弃了埃及那个遍布精怪神灵的冥府，在人间创造了一个由自己统治的、阴影般的存在，以便取代冥界，这样一来他自己就成了自己宗教的敌人，因为他证明这个宗教是荒谬的，毕竟人是渴求超感觉的东西的。如果没有亲身建立神与人之间的关系，人们对埃赫那吞提供的宗教观念就毫无头绪；一个不允许人和超然存在之间进行对话的宗教是无法得到信徒的。解脱、悔过和赎罪这样的概念或者在基督教或伊斯兰教中占主导的形而上观念不存在于埃赫那吞的世界观中，阿吞神用自己的光线持续照亮一切，直到最后一个角落。就这样，埃及重新回到自己在宗教上的原点；埃赫那吞则成了那些即将出现的宗教的先行者，不过当然没有证据证明他对犹太教或基督教产生了直接影响。
