后来，这段被抹去的埃赫那吞时代的记忆首先在希腊和拉丁文学中得到体现。我们在曼涅托（Manetho）那里可以看到对它尤为详细的记叙，这是一位来自尼罗河三角洲塞本尼托斯（Sebennytos）的埃及僧侣，生活在公元前3世纪上半叶，显然在赫利奥波利斯作为大祭司供职。他可能是受“与姐姐恋爱者”托勒密二世（Ptolemus II Adelphos，公元前284～前246年在位）的委托，用希腊语撰写了一部有关埃及历史的著作，然而很不幸，这部名为《埃及史》（Aigyptiaka）的作品没有保存下来。我们只能通过历史学家弗拉维奥·约瑟夫斯（Flavius Josephus，37～110年）摘出的两个片段来了解它。弗拉维奥·约瑟夫斯原名约瑟夫·本·马提加胡（Joseph ben Mathijahu），出身犹太上流家族，在耶路撒冷接受传统教育，是一位作家，用希腊语写作，但是用犹太人的方式思考。除了著名的《犹太战记》（De bello iudaico）外，他还有两部较短的作品存世。其中一部是小册子《驳斥阿皮翁》（Contra Apionem），他一方面将矛头对准了来自亚历山大港（Alexandria）的埃及语法学家阿皮翁（Apion）——此人身为驻罗马使节，拥护自己家乡城市的反犹太党派；另一方面严厉谴责他所处时代的反犹主义。约瑟夫斯把一篇短篇小说置于他这篇辩护词的中心，如今我们知道，这是一个由两个源自曼涅托史书的片段组成的故事，两部分并没有历史关联。这个故事的核心是埃赫那吞统治时期发生的事件，不过和早得多的喜克索斯人的入侵联系到了一起。按照曼涅托的说法，喜克索斯人是一群来历不明的人，他们占据了尼罗河三角洲的城市阿瓦里斯，在埃及实行恐怖统治。现在弗拉维奥·约瑟夫斯试图证明喜克索斯人就是犹太人；他将底比斯诸王迫害犹太人和以色列之子迁出埃及联系在一起，由此证明犹太民族的古老历史。
弗拉维奥·约瑟夫斯摘录的曼涅托史书讲述的故事内容如下：阿门诺菲斯三世——弗拉维奥·约瑟夫斯认为这位法老是虚构的，在时间上把他排在拉美西斯二世之后——表示自己希望面对面见一见诸神，哈普之子、智者阿门诺菲斯告诉他，如果他清理掉埃及国内的麻风病人，他的愿望就会实现。于是所有麻风病人——一共80000人——被抓起来，被赶到一起，他们必须去东边沙漠中的采石场服徭役。然而，这些苦力中也包括一些受过教育、有头有脸的祭司。看到此等极为不公之事，哈普之子阿门诺菲斯也开始害怕诸神震怒，并且预言将会有异族统治埃及长达13年。因为他不敢亲自把这个可怕的消息传达给法老，所以把它写了下来，随后自杀。麻风病人却不得不在采石场长久地艰辛工作。而当喜克索斯人被赶出埃及和阿瓦里斯城之后，麻风病人请求法老把这座城赐给他们，作为他们的栖身之所。得到阿门诺菲斯三世应允后，他们进入这座城，让一个名叫欧萨尔瑟夫（Osarseph）的赫利奥波利斯祭司担任首领。他们发誓绝对听从于他。欧萨尔瑟夫制定了新的法律：禁止崇拜之前的神祇，但食用神圣的动物是可以的。此外，除了和自己持同一信仰者外，不应和其他任何人往来。他制定了上述法律和其他很多和埃及习俗正好相反的法则，随后命人修复城墙，准备和阿门诺菲斯三世开战。欧萨尔瑟夫派遣使者去耶路撒冷会见被驱逐的喜克索斯人，请求他们和自己一起出征埃及。他还提议说，愿意把他们送回他们父辈的故土阿瓦里斯。喜克索斯人欣然答应，派出20万大军。阿门诺菲斯三世得知大军压境后，召集埃及人和他们的首领一起商议此事。他首先把神圣的动物招来，以便保护它们，要求负责的祭司把神像妥善藏好。他把5岁的儿子塞提（Sethos，曼涅托错误地把第19王朝一位法老的名字跟阿门诺菲斯三世联系到了一起！）托一位朋友照顾。他自己统率30万名久经沙场的士兵跨过尼罗河，与敌人相遇，但没有开战，因为他相信人们不应逆着神灵的意志打仗，于是班师回到孟菲斯。但离开孟菲斯后，他带着阿匹斯和其他之前送到孟菲斯的神圣动物继续前往埃塞俄比亚，因为埃塞俄比亚国王曾受他之恩，所以臣服于他。阿门诺菲斯三世在那里待了13年。然而，在这期间麻风病人和喜克索斯人一起袭击了埃及，残暴地对待埃及民众，丧尽天良，简直让喜克索斯人过去的统治对于埃及民众来说仿佛成了黄金时代。不过，最后阿门诺菲斯三世和他的孙子拉美西斯（！）从埃塞俄比亚回师，把麻风病人和喜克索斯人赶出了埃及。
弗拉维奥·约瑟夫斯摘录的曼涅托的历史故事简要地讲就是这样。十分值得注意的是，这里面有个后加进去的注释，可能是约瑟夫斯自己写的，这个注释说麻风病人的首领欧萨尔瑟夫还有另一个名字——摩西。
扬·阿斯曼和唐纳德·B.瑞德福德（Donald B. Redford）把这个故事中的某些素材和埃赫那吞时代的具体事件联系起来，在采石场做苦役指的是阿门诺菲斯三世及其子阿门诺菲斯四世大兴土木，而埃赫那吞死后肆虐埃及和西亚20年之久的那场瘟疫则映射在麻风病人的形象中。这些麻风病人想要拥有一个属于自己的城市，以便为自己革命性的计划找到一个活动中心。他们选择欧萨尔瑟夫——一个赫利奥波利斯的祭司担任自己的首领，此人把一神教介绍给自己的臣民，由此制定新法，并且要求人们绝对服从。加之他们对此前所有埃及神灵和习俗的摒弃，不难看出，这里展现的是埃赫那吞的形象。新宗教的恣意专横和摧毁神像、杀戮神圣动物的做法以及它的祭司和先知背离人道的行径密不可分。麻风病人的13年统治与埃赫那吞的13年异端时代时长一致。现在，这一部分历史和喜克索斯人的历史融合在一起，欧萨尔瑟夫把喜克索斯人从耶路撒冷带回来。阿门诺菲斯三世犹豫不决，不敢攻击他们，逃亡到埃塞俄比亚。这象征着阿马尔纳时代的社会崩溃和喜克索斯人统治（公元前1630～前1528年）的噩梦作为独一无二的历史灾难保留在埃及人的集体记忆中，尼罗河国度在公元前最后一千年里遭受另一些敌族入侵的历史也融入了这段记忆。
埃赫那吞时代发生的这些事件自然不只对埃及产生影响。虽然我们几乎没有可靠的原始资料，但还是可以猜测，埃赫那吞的改革对与埃及毗邻的诸国产生了影响。同时，总有人暗示这次改革有可能对古代以色列的一神教产生了直接或间接的影响，这主要是因为以色列和埃及的关系是希伯来语《圣经》中的一个主题。然而，这种关系并非仅仅被描述成负面的，《圣经》中约瑟夫的故事就是一个例子。在这个故事中，埃及被描述为人性和文明的避风港，它的宗教被描述得迷人又神秘。曼弗雷德·杰尔格（Manfred Grg，Die Beziehungen zwischen dem alten Israel und gypten，Darmstadt，1997）详细地研究了这个课题。并非每个人都打算像西格蒙德·弗洛伊德（Sigmund Freud，1858～1939）那样在这个问题上走火入魔，弗洛伊德在自己出版的最后一本书《摩西与一神教》（Der Mann Moses und die monotheistische Religion）中提到了宗教和文化史上的讨论，他写道：“现在我们要大胆推测：如果摩西是埃及人，如果他向犹太人传播自己的宗教，那么那就是阿肯那吞（Ikhenaton，弗洛伊德使用的是埃赫那吞名字的英译）的宗教，即阿吞宗教。”
埃及的很多宗教思想和观念也融入了基督教。比如，基督教的核心思想——神化身成人——源于埃及。“没有埃及就没有基督教”，哲学家及多明我会神父约瑟夫·马利亚·波岑斯基（Jóseph Maria Bocheński，1902～1995）说，而这个观点也是扬·阿斯曼的研究性著作《记忆中的埃及》（Erinnertes gypten，Berlin，2006）的核心。
