宗教变革引发了法老与阿蒙神祭司团体之间的冲突，这场冲突涉及的不止宗教领域。卡尔纳克的阿蒙大神庙拥有各种作坊的雇工，还有商船、大片田产、众多牲畜，甚至还有自己的矿产，经济权力极大，举足轻重，全国最重要、最有影响力的家族都和它息息相关，他们在这个神庙里供职、获取收入。法老和昔日宗教的决裂触及阿蒙崇拜的经济事务时，这种宗教崇拜导致了法老和权臣、高官的分歧。在执政第4年，对法老的批评甚嚣尘上。阿门诺菲斯四世迅速采取了毫不留情的措施，马上更换了一批重要官员。他委任了一批新官员，因为他认定这批官员可以和自己一同将埃及精神领域的改革推行得更好、更有成效。
这些新官员出身平民阶层或者来自外国。只有少数先父统治时期的显要留任，如阿门诺菲斯四世的忠实拥戴者谢里乌夫，大王妻泰伊的宫廷主管，也被称作塞纳阿（Sena-aa）或者纳阿伊（Naai），后来人们清除异教王的痕迹时也打算毁坏他的陵墓。“法老所有手工业活计的主管”和“阿吞神庙所有建筑工程总管”两个职位，则被阿门诺菲斯四世分配给我们已经认识的那位膳食总管帕伦涅法。来自亚细亚的维西尔阿佩尔埃尔（Aper-el）早在阿门诺菲斯三世在位时就被授予这个职位，现在得到“阿吞第一臣仆”这一头衔。由于他位于萨卡拉的陵墓得以发掘，我们可以相信他身居下埃及维西尔一职，在孟菲斯卫戍地及行政中心任职。
相反，上埃及维西尔拉莫泽要么丢了官，要么已经去世，因为接任的是一个叫纳赫特帕阿吞（Nachtpaaton，“阿吞是强大的”）的人，此人在宗教变革前还名叫纳赫特敏（Nachtmin，“敏神是强大的”）呢。一些官员似乎通过改名字很快就迎合了新政权；这些人明确地表示自己转向信奉阿吞新神。比如一位将军兼“征兵令撰写人”过去叫卜塔莫斯（Ptahmes，意为“卜塔诞生了”），现在改名为拉莫斯（Rames，意为“拉诞生了”）。大臣梅里奈特（Merineith，意为“奈特女神心爱之人”）得以升职，在当上孟菲斯阿吞神庙的土地总管和仪式祭司时，把自己的名字改为了梅里拉（Merire，意为“拉心爱之人”），却在埃赫那吞去世后用回了过去的名字。
然而，也有一些官员不是出于投机而是确实信赖法老，所以忠诚地跟他站在一边，这样做可能往往也是因为法老亲自任用了他们。拉莫泽宰相的一个侄子伊皮（Ipi）获准以“孟菲斯高级行政官”的身份延续自己的仕途。他位于底比斯西侧的墓葬（136号）中的装饰画表明，他早先就已经是阿门诺菲斯四世的追随者。阿门诺菲斯四世在位第5年时，伊皮给他写了一封信，信中把他称作“统治阿吞周围一切的君王”，同时告诉他所有神庙和宫殿状况良好。他又加上一句：“要献给逗留在孟菲斯土地上的一切神灵的供物都已完好无损地献出，丝毫未被扣留。”通过这封信，我们可以推断，底比斯的改革此时还没有席卷全国。后来，伊皮在新都城阿赫塔吞（Achtaton，位于阿马尔纳地区）担任“宫殿总管”，由此成为法老的亲信。
出身无名家族的梅里拉可能是通过军功晋升为“阿吞大祭司”的。这是阿门诺菲斯四世时代可以授予他人的最高祭司职位。后来，位于新都城阿赫塔吞的梅里拉的墓中出土的铭文记载了他得到委任的原因。
法老说：“看啊，我派你去为我当阿赫塔吞的阿吞神庙中‘最伟大的观照者’。
我这样做，是出于对你的爱，对你有下述话要说：
我可敬的仆人，你确实听从真言教诲！我对你完成的每项任务满意。我将这一职责交付于你，并嘱咐你：你应在阿吞神庙中食尔主法老的膳食！”
梅里拉应道：“哦，你真是体察一众需求、令阿吞心满意足的富足之人！”
梅里拉的副手名叫潘图（Pentu），此前一直默默无名，现在作为“主治医生”和“王室侍医”负责健康事务。还有一位平步青云的官员图图（Tutu），他不仅是“侍从官”，而且还是“王家高级建筑师”和“全国最高喉舌”，类似于今天的政府发言人。图图的感激之情体现在一首献给法老的歌谣中。
你就是拉，你是活生生的阿吞的写照！
你将度过他那高贵的一生！
他行走于天空中，为的是塑造你，我的主人。
你如父亲一般明智，
通晓是非，贤明智慧，体察民心。
你的双手就是阿吞的光束，
你培养众人，陶冶人的性情。
主人啊，愿阿吞赐予你许多赛德节，
那都是他为你指定的，毕竟你是他的孩子。
你由他而生，拉神的唯一，
永远是拉神的化身，你举起拉神，
让阿吞满意，
阿吞让大地知道是谁创造了自己。
你让他的名字对百姓来说充满荣光，
把他的光芒创造的万物交付于他们。
自你出现的那天起，他就为你而欢庆，
整个大地因你而震颤。
叙利亚、库施还有天下万国，
它们对你伸臂乞怜，为你的卡（Ka，生命力）唱诵赞歌。
它们恭顺祈求道：
“让我们得以喘息吧！”
因为对你的畏惧堵住了它们的鼻子！
它们知道如何解脱，
看啊，你强力非凡，深入天下万国，
你战斗时的怒吼毁灭它们的躯体，就如火焰烧毁木头。
愿阿吞的光芒永远在你头上升起，
只要苍天仍在，你的丰碑就会矗立；
你在这些丰碑中永存永现，
因为只要阿吞在，你就在，
永远鲜活年轻。
阿门诺菲斯四世在新都城阿赫塔吞也有一批自己的祭司。其中有图图，他担任“上下埃及君王的首席先知”（Erster Prophet des Herrn der Beiden Lnder）一职；他身边的“次席先知”（Zweiter Prophet）名叫帕涅何西（Panehesi），和其他显贵一样，他的墓志铭强调，他曾经贫寒，直到法老垂青：“他让我富有，因为我贫穷。”此外，帕涅何西还拥有“阿吞公牛主管”（Vorstehers der Rinder des Aton）的称号，也就是说，在神庙的经济事务领域担任最高长官。同样身为新贵的是“将军”和“王右侧持拂尘者”（Wedeltrger zur Rechten）马雅（Maja），此人也拥有“征兵令撰写人”的称号。马雅讲述了为何法老选中他。
我是那个让他复生的仆人，
我对上下埃及的君主诚实，
对他的主人，那将“真实”（玛阿特）注入他的身躯者，
那厌恶谎言者，
我则是有用的。
我知道，正因如此，
阿吞之子，拉神的唯一——涅夫彻佩鲁拉感到满意，
因为他对我大为宠爱，恩宠多如沙粒。
我是群臣之首，
位在万人之上。
在努比亚担任军队总司令的是图特摩斯，即库施总督兼“南方诸异国主管”（Vorsteher der südlichen Fremdlnder），而行政长官则是法老的岳父阿亚。他是法老最信赖的亲信，拥有最高军事头衔——“战车队指挥官”。
除这几个人外，还有二十四五人也被法老委以重任，但受限于流传下来的残缺记载，他们一直形象模糊。只有警卫长官马胡（Mahu）墓（阿马尔纳，9号墓）中的图像使我们了解到他的职责范围。
