恺撒的执政官任期一满，元老院部分成员就群起而攻之，声称他颁布的法律无效。尽管只是讽刺挖苦，最终也没有形成针对三巨头的元老院决定或法院判决，但是反对派表明了自己绝不善罢甘休的立场。恺撒避开了元老院的口角之争，但还在罗马城附近待了几周，以便操控内政。恺撒虽然没有主动提议，但是在他的默许下，可能会走向恺撒对立面的、当时最优秀的演说家西塞罗被自己的死敌——保民官普布利乌斯·克洛狄乌斯·普尔喀（Publius Clodius Pulcher）——给流放了。这时从高卢传来一些坏消息，不过对恺撒来说倒是好事，恺撒迅速动身前往行省赴任，没有目睹老对手加图被赶到塞浦路斯去完成光荣使命。
关于从攻打赫尔维提人（Helvetii）开始的高卢战争，截至前51年，恺撒写了七本《战记》（commentarii），后来他的爱将奥卢斯·希尔提乌斯（Aulus Hirtius）又写了一本，讲述内战爆发前期。《战记》是一种客观朴素的报道，按古罗马标准主要是史料，而非言辞华丽的史书。但是恺撒之作不朽的原因不仅在于作者和他所述事件无可争辩的重要性，也在于他简洁清晰的文风。不过尽管我们高度赞赏《战记》的文学水平，但是我们在寻找高卢战争起因的过程中当然不能简单停留在胜利者恺撒的说辞上。然而，由于我们并无其他关于高卢战争的同时代独立报道，恺撒的说法不易纠正。唯一的办法是严格审查恺撒的文本有无事实错误，并分析行动各方的利益所在。利益分析使人怀疑恺撒的行为绝非只是为了无私捍卫罗马利益和保护罗马盟友。
在罗马共和国，没有比带兵打胜仗更光荣的事了。因此志向高远的行省总督们纷纷利用总督任期打仗，而对恺撒来说，这种赢得声望和权力的机会不仅意味着人人喜爱的丰厚金钱，他更关心的是仕途：因为他在执政官任期内结下的仇人企图毁掉他，而目前尚可帮助压制对他法律正当性攻击的三巨头是个脆弱的联盟，恺撒别无选择，只能争取增加自身分量并以无可置疑的成就胜过对手，也就是说，他需要军功和打仗赢得的资金，以及一连串胜仗和分发战利品可以换到的官兵的忠心。再说他并非只是出任普通总督，而是得到了瓦提尼乌斯法律赋予他的五年专用指挥权。这种兵权就其性质而言就是为了应对危机的，所以恺撒这五年若是只安分守己地履行总督的司法和行政职责，他就会沦为罗马公众的笑柄。
所以恺撒必须打一场大仗。他设法弄到山南高卢和伊利里库姆两个行省，说明他估计这两地可以挑起并打上这样一仗。山南高卢的吸引力无疑也在于当地总督能坐镇上意大利而与罗马保持密切联系，以此影响国内政治。这对恺撒来说至关重要，比如若是坐镇叙利亚，运作起来就难了。还有，山南高卢有大量罗马公民居住，因为波河（Po）以南地区已被完全并入罗马本省；故此可在山南高卢招募军团，还可以让追随者去罗马给选举投票。而由于该行省北部波依人（Boii）前不久与罗马人民之友打仗，山南高卢也可能会出现最终酿成战争的冲突。不过一开始就更有希望的应该是伊利里库姆，因为罗马统治的亚得里亚海峡一直受到内地各部落的威胁，而当时多瑙河畔俨然正在形成一个达契亚人（Daci）之王布雷比斯塔（Burebista）统治的帝国，这样就应该不难找到理由展开兼并缓冲区的维和行动。
恺撒分到纳博讷高卢这个行省纯属侥幸，因为总督职位偶然空缺。高卢前不久发生了一系列令人担忧的动乱：爱杜伊人（Aedui）与塞广尼人（Sequani）作战落败，塞广尼人找了斯维比人首领阿里奥维斯特助阵；前61年镇压了一场阿罗布洛格斯人（Allobroges）起义；赫尔维提人也蠢蠢欲动，使得元老院派出了一名特使。然而令恺撒懊恼的是，局势又缓和了下来，元老院认为暂时无须采取行动。但只要动点脑筋，或许还是可以找到理由，挑起一场让动武合理化的危机。恺撒就这样凭借三个行省获得了在任期内大战一场的契机，有机会补上获得五年兵权的外因。不过他还没有十足把握，在很大程度上是一个巧合——赫尔维提人的迁徙——为他提供了动手的机会。
恺撒果断地抓住了这个机会。经过两年准备，赫尔维提人离开了今属瑞士的祖居地，要在大西洋边上开辟一个新定居区。他们有两条路可选，穿过纳博讷高卢北部阿罗布洛格斯人地盘的那条路要好走得多，所以他们到日内瓦附近的罗讷河（Rhone）请求匆匆赶到的恺撒总督批准渡河。恺撒说要考虑两周，其间在边境设防，召来部队，然后向返回的赫尔维提使节宣布驳回请求，理由是让外族人穿过行省领土迁徙不符合罗马习俗。恺撒竟然需要十四天时间才能认识到这个深刻道理，赫尔维提人难以接受，可想而知，他们觉得被愚弄了，还是试图渡河，但被恺撒轻松地打了回来，只好换走穿过塞广尼的艰难道路，塞广尼人准许他们通行。
恺撒在战记中写道，他了解到赫尔维提人拟穿过塞广尼人和爱杜伊人的地盘，到桑东尼人（Santones）境内定居，那儿离已属罗马行省的托洛萨（Tolosa）不远。他马上意识到，让好勇斗狠的赫尔维提人住在一个拥有广袤良田的地区旁边将是对行省的巨大威胁。因此恺撒让副将提图斯·拉比埃努斯（Titus Labienus）监视防御工事，他亲自赶到上意大利招募了两个新军团。加上此前驻扎在那里的三个军团，恺撒带着五个军团前往危机地区，随后渡过罗讷河进入塞古西阿维人（Segusiavi）的地盘。他开诚布公地指出塞古西阿维是行省境外的第一个部落。
恺撒以此为理由起兵无疑很牵强，因为桑东尼人居住的今桑特（Saintes）地区与今图卢兹（Toulouse）地区的托洛萨相隔两百多公里（直线距离！），而且两地之间还居住着莱摩维斯人（Lemovices）、佩特罗科里人（Petrocorii）、尼提奥布洛格斯人（Nitiobroges）和卡杜尔契人（Cadurci）。恺撒这是利用了罗马元老院成员不可能熟悉高卢地形，也没有可以迅速查看地图的情况。不过值得注意的是，恺撒坦率地写道，他是为了预防性地保护罗马行省才越过边境的。他有资格这么坦率，因为这完全符合罗马对外政策的准则：在各个行省的边境地区，稍有异动的蛛丝马迹，就主动出击。故此恺撒不必担心会在罗马遇到麻烦，于是他直言相告是在越过省境之后才收到爱杜伊人的求助的。无论如何，他现在可以为保护盟友而开战了，这是一个罗马熟知并喜闻乐见的战争理由。
恺撒伏击了正在渡索恩河（Saone）的赫尔维提人的一个分支，杀死了许多人，其他人逃走了。随后他追赶赫尔维提余部。敌人对他的突然到来感到惊讶，派特使警告他，他们部落的战斗力很强，还无聊地提到他们曾于前107年打败过罗马人，敦促恺撒休战并和平地给他们指定一块新地盘。而恺撒当然不肯接受对方的傲慢态度，所以他强调罗马人拥有优先权，并提出，只有赫尔维提人赔偿战争损失并留下人质作为顺服的保证，他才同意议和。特使拒绝了，于是双方展开比布拉克特［Bibracte，近欧坦（Autun）］决战，恺撒艰难获胜。此后赫尔维提人由于供给崩溃，被迫投降。恺撒逼他们交出人质、武器和叛徒，然后打发他们回原来的领土，要他们留在那里防御日耳曼人。
恺撒就这样获得首次大捷，幸好很快又有人求助，他可以接着打仗。恺撒告诉我们，可靠的“罗马人民之友”——爱杜伊人迪维奇阿库斯（Diviciacus）在一次密谈中让他睁开了眼睛：原来自从阿维尔尼人（Arverni）和塞广尼人在同爱杜伊人打仗时叫来了莱茵河对岸的日耳曼军队帮忙，日耳曼人就大量涌入，高卢人已经面临被赶走的危险。日耳曼军队首领是斯维比首领阿里奥维斯特，他紧抓住请他帮忙的塞广尼人不放，禁止塞广尼人和在战败后不得不向塞广尼人派遣人质的爱杜伊人向罗马求助。暴躁的野蛮人阿里奥维斯特若是获悉了这次密谈，一定会把手里的人质统统杀掉。只有恺撒能阻止阿里奥维斯特和日耳曼人侵入高卢。而恺撒当然不肯忽视高卢绝望的求援。
这种恐怖的情景显然是恺撒专门为他的罗马观众设计的：提到日耳曼人，罗马人对前二世纪末好不容易才制服的西姆布莱和条顿部队的恐惧记忆犹新。出于这种神经质的安全需求，罗马人本就倾向于一发现在势力范围内有人坐大就出手镇压；但是恺撒在此展示的威胁在罗马的威胁等级表上至少相当于自奥斯瓦尔德·斯宾格勒（Oswald Spengler）以后常被援引的“西方的没落”。结论很明确：非拯救面临北方威胁的文化大国罗马不可！而且绝不能容忍一个放肆的野蛮人对罗马及其盟友不敬。恺撒认为，光是罗马之友爱杜伊人要向塞广尼人和阿里奥维斯特派遣人质这一点本身就是一个——现在注意顺序——对他本人和罗马政府的冒犯。
在这件事上，我们只能在一定程度上相信恺撒。今人知道，所谓莱茵河右岸日耳曼和左岸高卢由于两地民众的根本差异而隔阂深重，这一说法主要是恺撒创造的，而非基于对当时情况的观察。但是恺撒不仅需要莱茵河边境作为标志，也需要将其作为“民族分水岭”，以便能够将他征服高卢直至莱茵河作为一次完整的行动来呈现。对于当时局势中存在的危险和可能的事态发展，恺撒无疑也有所夸大，因为他需要强有力的理由与阿里奥维斯特开战，毕竟正是他本人任执政官期间把此人认定为罗马人民之友和同盟者的。恺撒现在才知道爱杜伊人受了委屈，这一点殊不可信。
恺撒派了两个特使去找阿里奥维斯特谈判，给他一个机会改弦更张，接受恺撒这位仁慈导师的指引，因为毕竟是恺撒让阿里奥维斯特拿到罗马人民之友这个头衔的。可惜阿里奥维斯特的行为完全符合罗马对野蛮人的印象：由于不懂得公正的世界秩序，阿里奥维斯特坚持要与罗马政府代表平等谈判，而且还自以为打过几场胜仗就拥有罗马获胜后主张的同等权利。此等“傲慢”只能用一个答案来回应：恺撒北上讨伐阿里奥维斯特。
罗马军队到达维森奇奥［Vesontio，今贝桑松（Besanon）］时，恺撒突然发现士气大降，日耳曼人阿里奥维斯特在传言中越来越高大威武，恺撒的部下勇气锐减，有人请求返乡，其他人垂头丧气地在营地徘徊，人人都忙着立遗嘱。恺撒指出，这些出于交情跟着来的将官没有多少战斗经验。外行的沮丧传染了职业军人：连久经沙场的百夫长、十夫长和老兵也吓慌了，有抗命的危险。在这种情况下，恺撒立即召集由将官和罗马军队骨干百夫长组成的战争委员会。恺撒的讲话证明他的确是个帅才，他指出危险并不是很大、罗马兵器拥有优势、部队战功赫赫、攻打赫尔维提人一役证明恺撒既有运气又有能力，他倡导团队精神，鼓励大家展开竞争，并谨慎地展望未来可以得到的好处。
恺撒懂得用恰当的言辞鼓舞士气，我们认为他本人描述的这个特点是可信的。若非统帅拥有出众的领导素质，军队此后的奋勇和忠诚无从解释。赢得人心的本事也许是恺撒最令人心仪的天赋。恺撒在竞选时能够让每一个无论其出身或级别如何的公民都觉得恺撒重视尊敬自己。打仗时也是这样，恺撒能让士兵坚信他真心关注他们的命运，他不会要求士兵做任何不符合共同利益的事，他要求士兵做到的，他也会要求自己做到。正如西塞罗告诉我们的那样，连强硬的高层政客也抗拒不了恺撒的迷人魅力。恺撒这么令人信服，没有人觉得他虚伪，原因可能是恺撒就像一个真正的明星人物一样充满自信，在应对特殊情况时，他风度翩翩、感情真挚，沉浸在对整体关注和个人关怀的肢体和口头语言中。因此他在这些时刻显得特别可信，不过这绝不等于他不会冷静精明地算计。
士气危机平安度过后，恺撒继续挥军北上，估计在阿尔萨斯（Elsass）遇到了阿里奥维斯特，阿里奥维斯特这回建议双方谈判。按照罗马人看待野蛮人的世界观，这位日耳曼领袖在谈判期间没有表现出任何理性，他的部分骑手甚至边谈边打，充分体现了野蛮人的奸猾，于是恺撒终止了谈判，现在只能打仗了。恺撒在一场伟大的战役中击败了日耳曼人，将活下来的赶回莱茵河对岸，暂时把高卢——还有罗马！——从日耳曼人的威胁中解救了出来。
在这第二次大捷以后，恺撒提早把各军团派到塞广尼冬季营地，他自己则前往山南高卢行省办公。在上意大利过冬几乎成了恺撒总督任期的固定模式，只有前54/53年和前51/50年的冬天是在高卢过的。恺撒管理山南高卢，前57/56年和前55/54年两次搬到伊利里库姆，一个原因当然是他不愿忽视自己在这两个地区的职责，不想为他人的攻击制造口实。但是还有一个原因：他在上意大利能与罗马再接上头，积极影响罗马局势的发展。不过在高卢时他也并未与世隔绝：他安排了信使，定期从首都给他传递内线的报告和其他信件；他本人则不断写信给罗马政坛的各个大人物。听说恺撒连在路上都能同时给四名秘书口授。即使考虑到罗马元老院成员的工作量普遍很大，恺撒的专注力和充沛的精力依然令人惊叹。恺撒努力通过频繁联系来弥补某些地区距离罗马很远的地理劣势，总体效果不错，但是并非每回都能成功。
早在冬天时，恺撒就收到了贝尔格（Belgae）全族密谋颠覆罗马的消息。恺撒写道，这是因为贝尔格人担心高卢平定后会轮到他们挨整，而且高卢人还煽动他们。以前乐见日耳曼人被逐的高卢人现在却不肯让罗马人在高卢过冬，这既是出于轻率——恺撒认为这是高卢人的主要性格，也是出于权力欲望。恺撒随后招募了两个新军团送到纳博讷（Narbonensis），由他的亲戚昆图斯·佩蒂乌斯（Quintus Pedius）指挥，恺撒亲自去中高卢攻打贝尔格人。
可以在这里清楚地看到一场战争是如何引出下一场战争的。罗马军队在高卢内地过冬这一事实本身就在迄今为止尚未参战的北方各部落中引起了恐惧和采取预防措施的倾向，而且确实不能说这些恐惧是没有理由的。另外，很难要求罗马人在阿尔萨斯获胜后返回本省，因为即使他们无意吞并高卢，高卢形势也太不稳定，若是胜利者放任不管，很容易乱套。因此，双方的行为方式都是可以理解的，只是最终恰恰发生了本应避免的事：罗马军队继续挺进，高卢各部落之间的权力平衡被打破了。而恺撒迅速主动地进入贝尔格人的地盘，将潜在的阴谋变成战争，说明他无疑是乐见出现这种引起冲突的局面的。
虽然贝尔格人有一半日耳曼血统，被视为高卢人中的勇士，但恺撒很快就成功地使他们分裂，逼他们就范。只有内尔维人（Nervii）不降；为了安定军心，恺撒亲自投入战斗，最终获胜。他宽大处理了伤亡惨重的内尔维人，然后攻打阿杜亚提西人（Aduatici），因为阿杜亚提西人的地盘上有个被恺撒围困城市的居民诈降并伏击了上当的罗马军队。活下来的阿杜亚提西人被卖为奴，为欺诈行为付出代价。恺撒简洁地写道，奴隶贩子共算出53000名奴隶。在恺撒盟友克拉苏之子、副将普布利乌斯·李锡尼乌斯·克拉苏（Publius Licinius Crassus）征服海边各族后，恺撒总结道，高卢现已完全平定。罗马举办了一场前所未有长达十五日的感谢宴来庆祝此事，通常这是一个获批举办凯旋式的可靠前兆。
不久后大家就发现恺撒宣告胜利为时过早了。高卢还谈不上罗马人设想中的平定，更莫说占领，当年冬天高卢就重新陷入混乱，生活在今布列塔尼（Bretagne）领土上的弗内特人（Veneter）起义并迅速组成一个反罗马联盟。恺撒还没能制住高卢，他本人肯定也很清楚这一点，但是捷报当然能让他在罗马受人敬仰，而且大声宣布高卢已平定给了他现在将高卢人的任何敌意行动算作叛乱的机会，而叛乱当然必须镇压，也就是说，恺撒终于不愁找不到理由打仗了。
然而，在恺撒能腾出手来处理高卢西北部动乱之前，他首先必须确保重新稳定自己在国内的支持势力，而要达到这个目的，光是宣布打了胜仗还不够。前57年，庞培在罗马和前59年时的敌人开始接近，庞培还被授权负责罗马粮食供给，同时，对恺撒法律的攻击再次发生了，恺撒的敌人路奇乌斯·多米提乌斯·阿赫诺巴尔布斯（Lucius Domitius Ahenobarbus）竞选执政官并宣称要终止恺撒非法获得的高卢总督职位。在这种情况下，恺撒首先设法在拉文纳（Ravenna）会晤克拉苏，两人决定继续合作，然后他们俩在卢卡［Luca，今意大利卢卡（Lucca）］与庞培会面，秘密商定继续三巨头联盟。估计要到庞培和克拉苏拖延选举很久后悍然动武阻止讨厌的竞选对手阿赫诺巴尔布斯及其姐夫加图参选，最终于前55年双双当选为执政官后，罗马公众才真正明白卢卡密谋的内容。这次执政官任期内，庞培被授权管辖两个西班牙行省五年，克拉苏则拿到了叙利亚，有希望指挥与罗马唯一还需重视的竞争对手帕提亚帝国（Parther）的战斗。作为对这个亲率大军立功机会的回报，恺撒的兵权也被延长了五年，并附加了一项条件：不得在前50年3月1日以前分配恺撒的三个行省。恺撒的地位由此再次得到保障，可以继续征战，不过他迟早必须回归国内政治这个根本问题当然并未得到解决。
第三年战役导致了东高卢罗马统治区的扩大，恺撒先是及时镇压了抓捕罗马军官的弗内特人，处决其贵族并罚民众为奴，然后移师北上，攻打沿海民族莫里尼人（Morini）和梅纳皮人（Menapii）。副将普布利乌斯·克拉苏同期征服了阿基坦（Aquitanien）。
当年冬天，梅纳皮人地盘上的日耳曼部落乌西皮人（Usipii）和滕克特里人（Tencteri）强渡莱茵河，定居高卢。此前高卢人是因为害怕被罗马人统治而密谋反抗，现在日耳曼人以为能趁高卢人因败于恺撒而势弱的机会坐大，这是恺撒必须用武力惩罚的另一种恶行。恺撒写道，他担心高卢人可能因喜新厌旧的习性而受日耳曼人的影响脱离罗马，于是他提早去高卢找照例在那里过冬的部队。事实证明恺撒的顾虑有道理——若是一个行动者事后为读者记下自己的预测而又想让读者佩服他，那么这个预测又怎么可能会没有道理呢？幸好恺撒提早到了高卢，成功地把高卢人脱离罗马的企图扼杀在萌芽状态，然后马上开始攻打乌西皮人和滕克特里人。对方的特使刚在恺撒面前答应停火，他们的骑手就攻击罗马骑兵而且获得小胜。恺撒写道，所以他不再相信谈判能解决问题，于是他把新的一批包括全体王公和长者在内的日耳曼特使扣在了军营里。双方随即开战，恺撒打了一场漂亮的胜仗，乌西皮人和滕克特里人惨败。为了使莱茵河地区的日耳曼人今后不敢再入侵高卢，恺撒派人在莱茵河上空架设了一座桥梁（对当地居民来说无疑是一项杰出技术成就），渡过莱茵河。罗马军队在苏刚布里（Sigambri）地区洗劫一番，十八天后撤离，双方没有再交战，日耳曼人躲起来了。恺撒是否希望从这次行动中得到比散布恐惧心理更多的东西，不得而知。
此后恺撒短期去不列颠（Britannien）打了一仗。此次费事的行动最终未能获得大的战果。双方数次交锋各有胜负，然后恺撒撤军，对方模糊地答应派遣人质，但是只有两个部落兑现承诺。恺撒是否真的实现了自己宣布的目标——从不列颠岛出发阻止叛乱高卢部落驰援，这一点非常可疑。这时高卢的梅纳皮人和莫里尼人再次叛乱，恺撒只好再次出手弹压，此后部队才能住进冬营。
元老院用一场长达二十天的感谢宴庆祝恺撒这一年的功绩，头功或许是进入神秘的不列颠。不过恺撒的人品和成就并未引得人人叫好，加图就提议将因扣留乌西皮和滕克特里王公而违反神圣特使权的恺撒交给日耳曼人处置。尽管这项动议可能从未有过机会在元老院获得足够支持，但是加图此举发出了一个清晰的信号：在前59年树立的死敌眼中，恺撒任总督期间的一举一动都是可以用来打击他的靶子。
恺撒在上意大利过了冬，从那里出发短暂地攻打了伊利里库姆。在做了大量准备工作以后，他于前54年初夏再度远征不列颠。此行果真有所斩获，但是罗马军队战后乘船返回了高卢，没能至少把南方部落带入更稳定的附属关系。这次行动在资金方面也是一个败笔，西塞罗在一封信中写道，满以为不列颠盛产金银的罗马人两手空空地从这个贫瘠的岛屿返回，大失所望。
恺撒在高卢度过前54/53年冬天，因为在他照例去上意大利之前，在高卢中部和东北部的罗马冬营周围爆发了一场给大多数单独驻防的军团带来灭顶之灾的动乱。最惨的是驻扎在厄布隆尼斯人（Eburones）地盘上的一个半军团，由于厄布隆尼斯人首领阿比奥里克斯（Ambiorix）使诈而被全歼。而驻扎在内尔维人地盘上的西塞罗之弟昆图斯（Quintus）麾下军团则力战到恺撒的援军赶到，之后叛乱被成功镇压，但高卢的气氛依然骚动不安。因此恺撒觉得有必要在上意大利招募两个新军团，另外再向庞培借一个军团。现在恺撒的兵力扩大到十个军团约五万名士兵了，于是他于前53年春天再次动手教训内尔维人、塞诺内人（Senones）、卡尔努特人（Carnutes）、梅纳皮人和特雷维里人（Treveri）。短渡莱茵河行动的背后可能有更深远的野心，但在斯维比人撤退后，恺撒满足于展示一下力量，而谨慎地放弃深入崎岖难行、补给困难的地区。随后恺撒歼灭了厄布隆尼斯军队，全力搜捕阿比奥里克斯，可惜还是被他逃脱了。
在意大利北部过冬时，恺撒发现自己面临一个大问题：如何才能改变对他构成威胁的国内政治格局？以联姻确保恺撒和庞培合作多于对抗的恺撒之女尤莉娅前54年去世了。前53年，因期盼军功与庞培和恺撒比肩而自不量力地攻打帕提亚人的克拉苏在美索不达米亚阵亡，三足鼎立演变成两雄相争。而在罗马，围绕选举的暴力行为猖獗，使统治阶级认识到了平静和秩序的价值，并不怎么反对一个据称即将到来的庞培独裁。有迹象表明庞培和元老院中的恺撒之敌越走越近。
为了阻止这种恶性发展，恺撒向前女婿建议两家再度联姻，但是庞培不予理睬，因为这种宣示团结之举在前53/52年冬固然对恺撒有利，对正从在恺撒和加图一派之间摇摆中受益的庞培却全无好处。前52年1月，伟大的民众动员者普布利乌斯·克洛狄乌斯·普尔喀被对手提图斯·安尼乌斯·米罗（Titus Annius Milo）的下属打死，继而罗马爆发严重动乱，庞培暂时达到了目标：元老院被迫宣布进入紧急状态并授权资深执政官（proconsul）庞培出兵恢复城市治安。恺撒为防止自身地位受损而急需的盟友庞培由此与元老院建立了深度互信，而且庞培还得到了更为荣耀的奖赏，当选为全新的“单独（sine collega）执政官”。庞培后来真的再婚了，他的选择有一种强烈的信号特征：他娶了昆图斯·恺西里乌斯·梅特卢斯·西庇阿（Quintus Caecilius Metellus Scipio）之女科涅莉亚（Cornelia），西庇阿是坚定的贵人派，被视为恺撒敌对面的中坚力量。
面对这些事态发展，恺撒无能为力。但是，当高卢叛乱、恺撒只好前往高卢弹压时，连留守上意大利、对内政施加微弱影响的机会也被剥夺了，难怪恺撒自负地写道，知道他的灭亡会让很多罗马人高兴是刺激高卢人叛乱的主因。这当然是夸大了，不过高卢人肯定乐见恺撒由于罗马困局而试图拖延领军。但是后来在凯纳布姆（Cenabum）和奥尔良（Orléans）大批罗马商人被杀点燃了起义的烽火，叛乱迅速扩大，恺撒不能再拖了，他迅速赶往高卢。
高卢起义领袖、阿维尔尼人维钦托利（Vercingetorix）靠纯熟的外交技巧和组织才能建立了一个反恺撒大联盟，谨慎妥帖地指挥作战。维钦托利让同胞感到他们现在还有机会摆脱永远被异国统治的命运，从而实现了此前从未有过的高卢深度团结。
恺撒由此陷入生存危机，因为除了这场战争所带来的生命和身体危险以外，他由于不稳定的政治局势而经受不住重大挫折，更受不了领土扩张行动的彻底失败，否则就会失去政治生命。于是，在镇压起义的过程中，恺撒再次处于孤注一掷的境地。而他凭借一贯的充沛精力和坚定的自信整肃部队，打下一个又一个的部落。
恺撒的反击很成功，主要是在长期围城后攻下了阿瓦利库姆［Avaricum，今法国布尔日（Bourges）］。恺撒写道，屠城后四万居民中只有约八百人逃脱。然后他试图攻克高卢阿维尼人居住的格尔果瓦［Gergovia，近今法国克莱蒙费朗（Clermont-Ferrand）］，却遭受了无可遮掩的重大挫折，因此未能实现凭借罗马在维钦托利故土的胜利而动摇此人的地位并削弱高卢军队士气的目标，从发展趋势来看起到了反作用。战斗随后集中在阿莱西亚［Alesia，今法国阿利斯圣兰（Alise-Sainte-Reine）］，恺撒围攻正在城中等待高卢援军的维钦托利。显然决战的时刻到了。恺撒生动地描述了军队如何包围这座山城，设了两个包围圈，外圈负责对抗预计会来的高卢援军。援军果然到了，罗马军队遭到内外夹击，数次陷入严峻的困境。恺撒的军团岌岌可危，但是最终坚持了下来，漫长的一天战斗结束后，援军撇下维钦托利及其部下散去了。维钦托利缴械投降后被关押起来，准备凯旋式时游街。由于恺撒直到前46年秋天才有机会举办凯旋式，这位高卢起义的伟大领袖整整坐了六年牢，最后被带到罗马示众处决。常常自夸仁慈宽宏的恺撒对这位高卢反叛者毫无怜悯之心。
恺撒最终战胜兵力占优的高卢部队，原因肯定在于他毋庸置疑的统军才干、强大的判断力、冷酷无情的性格和鼓舞士气的本领。同样重要的是罗马军团纪律严明，胜过高卢军队。不过阿莱西亚一役体现了罗马军队后勤的关键地位：高卢军队作战的最大短板是无法确保部队长期给养，因此援军迅速撤走可能不仅是由于强攻恺撒阵地受挫必然引发的士气下降，更重要的可能是供给出了问题。如果没有及时足量地计划好物资储备和异地运输，一支大军可以很快吃空整片地区。后勤规划组织是恺撒的强项，而高卢军队却不断陷入供给困境。罗马军队的后勤远胜高卢军队，因此甚至可以尖刻地说，恺撒征服高卢主要归功于后勤搞得好。
就这样，恺撒于前52年底挽救了他的伟大征服，罗马政府又办了二十天感谢宴加以表彰。但是恺撒的老班子已分崩离析。许多他从前大力提携的贵族成了叛乱分子首领，就连他特别优待的爱杜伊人也叛变了。由于罗马无力亲自管理被征服领土的基层，恺撒必须依靠当地贵族搭一个新关系网，用武力或武力威胁再加上利诱建立执行亲罗马政策的部落领导层。因此恺撒当年冬天待在高卢，开春后开始整顿，用“甜面包政策”和“鞭子政策”系统地瓦解了快速形成也经受住了一些考验的高卢团结。恺撒切断了最后一个抵抗堡垒乌克赛洛杜努姆（Uxellodunum）的供水，迫使被困人员投降，并派人砍掉所有带武器者的双手，活生生地向高卢人展示反抗罗马统治的下场，残忍地树立了一个反面榜样。前51/50年冬，恺撒继续留在高卢，着力重建信任关系，然后于前50年中期前往上意大利，预备重返国内政坛。
世人回忆前58年到前51年恺撒的总督任期和伟大征讨时难免产生矛盾的感情。征战、打击外族潜在强权以及在罗马扩大势力在当时肯定都算天经地义，用现代和平主义或人文主义的标准来衡量恺撒是不恰当的。但若是想到这些战争均为恺撒主动挑起并进行，按照罗马标准或许并无绝对必要性，我们就会感到不寒而栗：一块巨大的领土经历了八年苦战后被征服，主因只是罗马政府把一个强人排挤到纳博讷高卢当了总督，而此人急需一场大战。战争牺牲的人命很难估计，据恺撒本人说死了近一百二十万人，而恺撒很可能是说多了而不是说少了，古代的观念就是这样！就算死了一百万人，再试着加上同样数量的战俘和奴隶，考虑到高卢人口不过一千多万，那么我们就更能体会恺撒的伟大胜利对高卢来说是多么深重的痛苦了。再加上财产损失，有些毁于战火，也有些毁于征用和抢劫。传记作家苏埃托尼乌斯（Suetonius）写出了恺撒及其伙伴和士兵得到的好处：恺撒向罗马市场投放黄金的数量大得致使当时金价下跌了四分之一。恺撒规定高卢进贡一千万第纳尔，由于这个新行省地域辽阔，这个数字乍一看并不过分，但对这片满目疮痍的土地来说肯定已是一个沉重的负担。高卢人在不久后爆发的罗马内战中表现平静，主要是因为精疲力竭而非真心顺服。然而随着时间的推移，高卢真的接受了罗马文化和生活方式，成为罗马帝国一个罗马化程度很高的行省，今天的法语还能体现出这一点。
对恺撒本人来说，高卢战争标志着一个巨大突破。恺撒获得了赫赫军功，让已经有些褪色的庞培军功相形见绌。恺撒拥有一支至少包括十一个军团和众多骑兵队的大军，更可贵的是，凭借恺撒的帅才、战功和慷慨，军队对他个人的感情极深，他拥有一批主要是从贵族以外阶层招募并因而高度忠于他的军官。凭借在高卢赢得的战利品，恺撒还彻底解决了财政问题。有了高卢黄金，他不但能够慷慨赏赐所有战友，而且还能向罗马无数政客承诺提供资金援助。据苏埃托尼乌斯所述，恺撒并不介意要求借款人宣誓效忠。民众已经兴奋地期待着恺撒从前50年代中期就开始策划的宏大庆典和辉煌建筑。高卢战争之后的恺撒成了一个极其强大的人，但是他在前59年作的恶还没有被遗忘。而且正是因为恺撒的威望日高，盟友庞培对他的疑心才越来越重。因此，前50年中期搬到上意大利的恺撒既功业辉煌又前途飘摇，再次遭遇他一生中的常态：成败在此一举，要么成为执政官和罗马帝国第一强人，要么被耻辱地赶出统治阶级，躲到帝国某地度过余生。恺撒和对手之间的斗争渐近高潮。
