但是，骑士团迁往马耳他一事，导致各队都有数名骑士退出骑士团。这些人的主张是，在马耳他岛，圣约翰骑士团会失去存在理由。他们认为只充当卡洛斯的看门狗是一种耻辱。在过去讨论罗得岛是否应开城的会议上，以此为由主张彻底抗战的拉·瓦莱特则留在了骑士团。也许在这个法兰西的年轻骑士心中，深深地印刻着与他同龄的土耳其胜利者的身影。
骑士团大团长在移居马耳他岛4年后，在这座岛上去世。大概从这时开始，马耳他岛的情况逐渐发生了变化。
圣约翰骑士团在马耳他岛必须一切都从头构建。在罗得岛定居前，岛上已经有拜占庭时代的遗迹，骑士团起初只是对遗迹加以利用，随着时间的推移和经费的落实，通过增建、改造或加固，建成了地中海最强的城塞。相比之下，这种模式在没有任何古代或中世纪遗迹的马耳他岛就无法复制了。但是，在圣约翰骑士团的骑士们看来，而且从当时的常识来看，没有城塞的生活方式简直不可想象。荒岛马耳他所拥有的几乎可以称为唯一的有利之处，是有几处仿佛将岩石锐利地凿开了一样的海湾。如果进行妥善建设的话，应该能变成在地中海也屈指可数的良港。
骑士们在没有任何人居住的一带开始建设要塞。这次制订计划并指挥实际施工作业的也是意大利筑城工程师。亚当去世的时候，要塞建设还处于好不容易刚刚起步的阶段。但是，他之后的几代骑士团大团长均承袭了亚当的思路，并全力以赴使其得以光大和发展。1557年，移居马耳他岛27年之后，海湾一带的要塞建设已经完成了一半。骑士团的计划是将伸出海湾的全部八个半岛逐个建设成要塞。在骑士团的财政状况也不如以前那么充裕的马耳他岛时代，这可不是能在短期内完成的事业。
与骑士团一道离开罗得岛的工程师马尔蒂嫩戈没有参加马耳他岛的要塞建设。但他并没有与骑士们分道扬镳。
在罗得岛攻防战中负伤，右眼总是戴着眼罩的威尼斯工程师在骑士团撤出罗得岛后，被骑士团大团长亚当封为骑士。这是对他在攻防战中所做贡献的回报，作为一个没有“蓝色血液”的人，这实属罕见。由于他也是为了参加获得马耳他岛的谈判而被派遣到卡洛斯身边的骑士之一，因此可能有一段时间曾与成为难民的骑士团共同行动。
但是，他没有去马耳他岛，而是推荐了几位工程师前往马耳他岛。马尔蒂嫩戈本人则在卡洛斯的请求下，作为筑城工程师留在了西班牙。在圣塞瓦斯蒂安用堡垒防守要冲地点的形式建成西班牙第一座城塞的人就是他。这之后，他回到意大利，曾在帕维亚、热那亚、那不勒斯的城塞负责增建和修复工程。此外，他还长途跋涉前往荷兰的安特卫普，与另一名意大利工程师一道负责那里的城市防卫计划。
马尔蒂嫩戈在1544年死于威尼斯。直到去世的数年前，他都以为祖国没有原谅他擅自前往罗得岛。但是，这位威尼斯国籍的筑城工程师还在罗得城区向土耳其军开城前的1522年，留下了一封写给故乡弟弟的信函。信中表达了对不知威尼斯共和国如何看待自己擅自前往罗得岛的行为的担心，并详细叙述了攻防战中土耳其军的炮击和地雷。
复仇
1557年，接替死去的前任骑士团大团长，新当选圣约翰骑士团大团长的人是让·帕里索·德·拉·瓦莱特。罗得岛时代还不到30岁的骑士，此时也已63岁。但是，这个被誉为“无比纯粹的法国骑士、毫无掺假的加斯科涅精神之主”的人，即使年过六十，长年练就而成的钢铁般的身体和精神也没有衰弱。他对消灭异教徒，尤其要对迫使圣约翰骑士团撤出罗得岛的土耳其进行复仇充满激情。
对此激情进行充分发挥的机会，在他就任骑士团大团长8年之后终于到来。1565年，土耳其为攻占马耳他岛派来大军。马耳他岛攻防战由此打响。此时土耳其的苏丹仍是在罗得岛见过拉·瓦莱特的苏莱曼。但是，已被称为大帝的苏莱曼此时也年过七十，鲜有亲临战场的机会。进攻马耳他岛的任务由臣下负责，他自己则待在君士坦丁堡开满郁金香的托普卡帕宫没有出动。相反，与苏丹同岁的拉·瓦莱特却身先士卒地站在了前线。从罗得岛攻防战算起，这是时隔43年之久，土耳其帝国与圣约翰骑士团的“再会”。
1565年春，土耳其军号称集结了2 000艘船（这一数字怎么想都有过度夸张之嫌），用地中海历史中从规模上说空前绝后的大舰队运送5万大军，从君士坦丁堡启程开往马耳他岛。总指挥是那个穆斯塔法帕夏。他在罗得岛攻防战中因对总攻失败负责而被降职为叙利亚总督，但也因在之后的波斯战役和匈牙利战役立下功劳而恢复职位。也许是为了让他雪耻，苏莱曼再次委任他担任攻打圣约翰骑士团行动的总指挥。
防守方有540名骑士、1 000名西班牙士兵，以及佣兵和马耳他人共4 000人。他们以基本等同于罗得岛时的防卫力量与土耳其再次对抗。总指挥是拉·瓦莱特。罗得岛攻防战时28岁的年轻法兰西骑士此时已经71岁。
但是，即使排除苏丹没有亲自督战这一点，与罗得岛攻防战相比，这次的马耳他攻防战对土耳其方面来说还有几个不利之处。
第一，进攻兵力只有罗得岛时的二分之一。而且，在罗得岛，进攻方可以期待的来自叙利亚和埃及且人数基本相同的援军，在马耳他则没有指望。
第二，与君士坦丁堡到罗得岛的距离相比，君士坦丁堡到马耳他岛的距离有两倍之远。而且，上一次可以一直沿着本国领土小亚细亚陆路行军，海上从马尔马里斯到罗得岛的距离还不到50千米，但这次全部是海路，而且距离也超过了1 600千米。不光是士兵，大炮、炮弹、火药等所有一切，甚至粮食也必须运送到这么远的地方，而且还是一次全部运完。上一次可以从马尔马里斯到罗得岛进行穿梭运输，但在马耳他岛没有这种便利。
当然，北非是土耳其领土，却不是苏丹的直辖领土，而是委托给海盗统治。从马耳他岛至距离最近的突尼斯，不可能开辟像从小亚细亚到罗得岛那样的补给线。
土耳其方面的第三个不利之处是，由于骑士们在好几个半岛上修筑了要塞，马耳他岛上骑士团的防卫与以往不同，因此土耳其军无法将攻击集中于一点。尽管防守方也将兵力分散在几处，但攻击方也没能避免兵力的分散。这一点对不善于制订缜密作战计划，总凭数量进行强攻的土耳其军来说，产生的负面效果远远超过了骑士团。另一方面，拉·瓦莱特却知道于己有利的作战方法，只需超水平地充分发挥分散防卫线的有利之处便可有效防守。
第四个不利之处是，马耳他岛离西西里岛很近。当时的西西里岛处在西班牙统治之下。西班牙已进入了卡洛斯的儿子、腓力二世的时代。腓力二世绝不可能愿意看到土耳其势力渗透到本国领地西西里岛。接到土耳其帝国决定进攻马耳他岛的情报后，骑士团大团长曾请求西班牙国王派遣援军，国王当时的回应是将派出16 000名援军。虽然拉·瓦莱特表示，只要不眼见为实，就不会相信君主说的话，但如果马耳他岛落入土耳其之手的话，比任何人都会先陷入窘境的正是西班牙国王。
战争在5月中旬土耳其全军登陆完毕时打响。攻防战以超过罗得岛那次的激烈程度展开。不过，对防守方来说最大的有利之处就是城塞内没有普通居民。尽管被分散在几个地点，但守在要塞里的只有纯战斗人员。无论战况如何对防守方不利，也无须担心居民的士气会发生变化。是否坚守到底，由骑士团大团长一个人的意志来决定。
众所周知，拉·瓦莱特是一个拥有铁一般意志的人。
可能是因为骑士团一旦失去马耳他岛，就将走投无路，拉·瓦莱特一直无视穆斯塔法帕夏提出的谈判请求。是坚守到底，还是战死疆场，失去罗得岛这一最佳巢穴的“蛇”，对于要夺走其巢穴的人，可能有一种要用毒牙猛咬上去的心态吧。穆斯塔法帕夏将抓到的骑士砍头后，用大炮将其头颅发射过来时，拉·瓦莱特也把土耳其士兵的头颅发射了回去。
在攻防战持续时间即将逼近4个月的9月6日，西西里总督派遣的8 000名士兵赶到。人数虽然只是腓力二世承诺的一半，但对因拖延已久的攻防战和不尽如人意的战果，以及己方损失的惨重而士气低落的土耳其军来说，已足以让他们做出解除包围的决断。据说，离开马耳他岛，回到君士坦丁堡的土耳其军人数已减少至出征时的三分之一。战败负责人穆斯塔法帕夏因苏莱曼可能做出的惩罚而战战兢兢，但苏莱曼并没有表示多少愤怒。也许是因为苏莱曼和穆斯塔法帕夏都已垂老了吧。
不知苏莱曼是否知道在罗得岛攻防战时曾见过两面的年轻法兰西骑士就是马耳他岛攻防战的最大功臣。如果知道的话，也许他会对罗得岛时代自己的绅士行为而感到后悔吧。苏莱曼大帝在这年之后死去。
另一方面，拉·瓦莱特则在这之后又活了3年。他对损毁严重的要塞进行修复和加固，使其达到即使土耳其大军再次袭来也可以坚持一阵的状态后，于1568年去世。
自此以后，由骑士团修建成要塞并面对港湾的这一带，自然地成为马耳他岛的首府，取名为“瓦莱塔”，并沿用至今。圣约翰骑士团因败给拿破仑而离开此地后，马耳他岛变为法兰西领地，接着又变为英国领地，现在已成为一个独立共和国，但只有首府至今仍称瓦莱塔。
另一个选择
在决定把马耳他岛作为根据地以后，圣约翰骑士团也被称为马耳他骑士团。安东尼奥·德尔·卡莱特则与离开罗得岛的骑士团一起度过了几年“难民”生活后，退出了骑士团。除了他之外，还有几个退出的骑士，也许因为安东尼奥右腿残疾，骑士团并没有严厉追究退团的理由。
离开罗得岛6年后，身为侯爵的父亲死去。继承父业的是长子乔凡尼。不久之后，母亲佩蕾塔再婚。这时候，安东尼奥已经放弃骑士身份，进入了一座修道院。成为一介修道士，就是他选择的道路。他似乎是在修道院时代写下了现在只剩下零碎片段的关于罗得岛攻防战的记录。这一记录保存在那座位于热那亚附近的修道院里，后来离开修道院的安东尼奥再也没有回到那里去。
母亲的再婚之所以不仅在德尔·卡莱特侯爵家，而且还在整个热那亚成为人们热议的话题，是因为其再婚对象是著名海军将领安德烈亚·多里亚。
热那亚的贵族安德烈亚·多里亚并不是热那亚本地的海军将领。他是所谓海军佣兵队长，是与属下的船只和水手们一道，为出钱雇用他们的君主而战，并以此为业的。陆地上的佣兵队长在当时并不稀有，但在海上，他是第一个。有时他为教皇效劳，有时他受雇于法兰西国王。如果对自己与法兰西国王之间的合同感到不满，就会跳槽到竞争对手西班牙国王那里。他与安东尼奥的母亲佩蕾塔结婚时已经超过60岁，但他很长寿，一直活到了94岁。虽然他被称为“独狼”，也有“鲨鱼”的恶名，但西班牙和法兰西都没有海军传统，因此就利害关系来说，对多里亚有利。处事精明、滴水不漏的他，在保持市场总是有利于自己方面，实属精明巧妙。甚至为此，他也会毫无顾忌地与伊斯兰海盗做交易。
多里亚通过长年的佣兵生活积蓄了巨额财富，并充分利用与雇主们的关系，在祖国热那亚获得了至高无上的权力。对于安东尼奥的母亲将这样的男人选为自己的第二任丈夫，人们议论纷纷，一时流言蜚语四起，但安东尼奥并没有因母亲的选择而感到不快。有魅力的女人总是会爱上拥有权力的男人。虽然安东尼奥本人选择了既没有权力也没有财富的道路，但不是那种心胸狭窄的人，以至于会谴责选择它们的人。母亲佩蕾塔是全身心享受生命的女人，她爱上了地中海中老奸巨猾的“鲨鱼”，对此，安东尼奥可以面带微笑地相信这是真情。
但是，安东尼奥与成为安德烈亚·多里亚的养子、开始踏上通往海军将领之路的弟弟马尔克相异，选择了不同的道路。走出修道院的他，前往北非的伊斯兰教国家。他作为一介修道士，只裹着件神职人员的外衣就去了突尼斯。
此行的目的并不是传播基督福音。他的工作是照顾那些落入伊斯兰海盗之手的基督教徒。突尼斯和阿尔及利亚是伊斯兰海盗的老巢，海盗们将抓到的基督教徒集中在了被称为“浴场”的集中营。海盗们的做法是，将基督教徒收容起来，等赎金送到后还其自由，没赎金的人则作为奴隶出售。那些即使作为奴隶出售也没人问津的人，就只能在“浴场”中度过一生。
欧洲有一些专门将赎金送到收容在“浴场”的囚徒手中，为无法支付赎金的人筹集资金，以及对身在“浴场”的病人进行照料的宗教团体，安东尼奥此时选择加入其中。
殁年何时，不得而知。放弃姓名的骑士，在坚持放弃姓名的情况下死去。“右脚有残疾的修道士”就是安东尼奥·德尔·卡莱特的通称。
后来的圣约翰骑士团
1798年6月，马耳他岛的圣约翰骑士团被远征埃及的拿破仑在途中赶出马耳他岛。虽然拿破仑指挥法兰西舰队进攻骑士团近乎是因为心血来潮，但骑士团却在没有交战的情况下选择了投降。
6月12日，拿破仑本人进入了首府瓦莱塔。对这座环境严酷险峻、建筑壮丽雄伟的堡垒城市，拿破仑不免大为惊叹。他日后这样写道：
“马耳他岛可能连24小时的炮击都无法经受。虽然城墙将无可置疑地坚守下来，但防守的骑士们缺乏应有的精神力量。”
失去骑士团的马耳他岛于1814年由于拿破仑下台而变为英国领土。后来，马耳他借第二次世界大战之机宣布独立。尽管如此，独立国家马耳他的国徽依然是圣约翰骑士团的八角变形十字，首都的名称依旧是瓦莱塔，骑士团建设的要塞后来也作为海军基地得到充分利用。
被拿破仑逐出的圣约翰骑士团不得不经历从十字军时代算起的第三次“难民”时代。他们离开马耳他岛后在莫斯科停留了一段时间，因为俄国沙皇在他们失去马耳他岛之前，就时常主动承担骑士团保护者的角色。但是，骑士团的总部却留在了西西里岛的卡塔尼亚，1826年又迁往意大利北部的费拉拉，接着又于数年后移至罗马。这是因为骑士团的一员将自己的财产——位于罗马市中心的一座建筑——赠给了骑士团。在被认为是现代罗马最时尚的街区，名牌店铺鳞次栉比的孔多蒂街，圣约翰骑士团现在的总部从那时起保留至今。它与梵蒂冈一样，是意大利之中的独立国，国内汽车也使用自己的牌照，还发行邮票，从总部内的邮局可以向一些国家寄信。
现在的骑士团大团长是第七十七代，属下有8 000名骑士。他们大多数都已结婚，因为骑士团已与以前不同，不会强迫任何人遵守清贫、服从、贞洁的原则。
但是，必须特别提到的是，圣约翰骑士团并不是一个老古董，而是个一直在持续活动的有活力的组织。以伊斯兰教徒为对手的骑士已经消失。但是，骑士团的另一个任务医疗活动却保留下来。如今，只要稍加注意，就可以在世界各地看到挂着红底变形十字标志的医院、研究所和救护车。他们是至今依然组成各个不同语言的团队，活跃在各地的21世纪的骑士。
但是，这些现代的骑士已经不被要求具有“蓝色血液”，即不被要求是贵族。“蓝色血液”可能在对付异教徒的战士消失的同时，自然地失去了意义。圣约翰骑士团的使命经过900年，又回到了阿马尔菲商人在耶路撒冷创建时立下的使命。
