在拉·瓦莱特的指示下，人们分成小队向马尔萨地区低地的水井里投毒，他们将大麻、亚麻、苦菜和粪便扔入水坑和泉眼。瓦莱特深知仅有此地能为土耳其人的庞大军队提供水源，而很可能就是这一举措引发了日后肆虐于土耳其军中的痢疾。但是土耳其人仍然使用着马尔萨的水源。
备战工作紧锣密鼓地进行着以迎接即将到来的进攻。骑士梅尔希奥·埃瓜拉斯（Melchior d’Eguaras）带着骑兵主力被派往姆迪纳，这些骑兵将执行骚扰任务并猎杀敌人的寻粮队，但绝不与西帕希骑兵进行正面对决。守卫部队在所有防御工事里的岗位上就绪。三大法语区——普罗旺斯、奥弗涅和法兰西的骑士们把守着比尔古面向陆地一侧的城墙。阿拉贡（包括加泰罗尼亚和纳瓦拉）骑士在圣安杰洛堡西段的幕墙上枕戈待旦。卡斯蒂利亚骑士防守的棱堡紧贴着普罗旺斯防区，德意志骑士守卫着其余防线。
而英格兰语区，一度是骑士团里富有而又高贵的中坚力量，现在仅由一名骑士代表——大团长的拉丁语秘书奥利弗·斯塔基爵士。半是出于对斯塔基个人能力的尊敬，半是出于对英格兰骑士作为基督教军事力量的急先锋的美好时光的怀念，瓦莱特把一支多种族的联合部队分配到这一仅剩的英格兰骑士麾下。他将圣安杰洛堡剩下一段幕墙的防守重任托付给“英格兰语区”。
值此围城之际，骑士团奇特的国家分区制度充分证明了自身价值。尽管身在同一阵营，但是就像一支部队里分属不同军团的士兵一样，每个语区都有自己精心守护的荣耀和传统。这种力求压过其他语区一头的竞争关系，在很大程度上造就了圣约翰骑士团好勇斗狠的战斗激情。
骑士团的小型舰船要么被拖曳到安全锚地，要么被直接拖上岸，而加莱船则被安置在圣安杰洛堡和比尔古之间的水渠里保护起来。一旦战事开启，寸板都难以离港，大团长对此心知肚明。围城战犹如一场人为飓风，守卫者面对灾难不得不将所有事情都未雨绸缪。
骑士团在圣安杰洛堡与森格莱阿之间狭窄水域的颈部横起一道巨大的铁索，封锁入口以防止任何来自海上的攻击。这道铁索出自大名鼎鼎的威尼斯兵工厂，由手工打造而成，长逾200米，每一个铁环据说要花费骑士团十个金杜卡特。森格莱阿一侧的铁索被固定到一只巨锚上，巨锚原来属于罗德岛的克拉克大帆船（Great Carrack of Rhodes）——骑士团的旗舰。巨锚已被嵌入岩石中，并用石垒加固，变得稳如泰山。在铁索的另外一端，圣安杰洛堡底部一个专门建造的平台上，一个大型绞盘控制着铁索，平日里铁索处于松散状态半卧于海床上，深于通过于此的船只的吃水深度。
现在，最后的准备工作业已完成，因此成群的奴隶竭尽全力推动绞盘提升铁索。随着其被逐渐拉紧并且破水而出，马耳他船夫们划着小舟搭起了木质浮桥，每隔一定距离就把浮桥与铁索绑牢，如此一来就构建起一道坚不可摧的屏障，以防任何突袭者闯入。浮桥还能使铁索浮在水面上，避免铁索中段松弛或下沉。至此，无论是在陆上还是海上，比尔古和森格莱阿所处的两个海岬均已对侵略者严阵以待。
19日也就是周六的午时，人们得知土耳其人开始在马尔萨什洛克登陆。在午夜到破晓之间的几小时中出发的先头部队已经下锚，前卫没受丝毫阻拦便在南部登陆。北面传来情报，土耳其舰队主力也开始掉头向南。到19日午夜，整个舰队已入海并驶向马尔萨什洛克的锚地。
白天的时候，已经在马尔萨什洛克下锚的船队中有大约3000人上岸，其中有1000人是近卫军。这支部队径直冲向距离海岸1.5英里远的扎伊通村（Zeitun）。他们得到的命令是尽其所能捕捉所有的动物（尤其是牲畜），阻止农民毁坏或是带走农作物。结果他们的企图由于拉·瓦莱特的先见之明没有得逞。他们的眼前是荒芜一片的乡村，农民早已带着牲畜逃离，庄稼也收割完毕。当他们接近扎伊通的时候，双方的第一次冲突发生了。
大元帅德·科佩尔派出的一支骑兵分队监视着马尔萨什洛克、扎伊通和北部地区之间的道路，他们一头撞进了土耳其的先锋巡逻队中。一个葡萄牙见习骑士，堂梅斯基塔（Don Mesquita），姆迪纳总督的侄子，在这次遭遇战中丧生。而法国骑士阿德里安·德·拉·里维埃（Adrien de la Rivière）受伤被俘。在寡不敌众且侧翼被近卫军和轻步兵包抄的情况下，骑兵分队选择了后撤，留下了本次战役的第一名阵亡者和第一名受伤者。骑士团的一名葡萄牙新兵，巴尔托洛梅奥·法拉内（Bartolomeo Faraone）也被俘虏了，他与德·拉·里维埃一道被土耳其人带回大本营等候穆斯塔法帕夏的审问。
穆斯塔法带着他的参谋随军队主力于5月20日早晨登岸。两个囚犯被带到他面前由他审问马耳他防御情况。此时此刻两人一定都知道死亡是必然的事，因为他们一字未说。穆斯塔法随后就把他们交给了刑讯人员。
与此同时，前卫部队已越过扎伊通并洗劫了进军路线上的下一地点，小村庄扎巴尔（Zabbar）。扎巴尔之后除了不毛之地再无其他可供洗劫之处，因为比尔古和森格莱阿的堡垒工事据此仅有一英里之远。
当穆斯塔法与舰队司令皮雅利还在讨论最佳作战方案的时候，拉·瓦莱特已经完成了他的备战工作。最后一批供给和军火已经运往圣艾尔摩堡，两个海岬上的守卫部队都已做好战斗准备，圣约翰的大旗在圣安杰洛堡猎猎飘扬。除了一小部分军队被留在姆迪纳巡逻城堡之外，大部分士兵都被用于加强比尔古的防卫力量。瓦莱特对于来犯之敌的数量已经了然于心。两个从土耳其军队逃出的变节者向他透露了土耳其军队的规模和意图，他们的情报使他更加确信穆斯塔法一开始就打算进攻守在坚固城堡里的骑士团，而不是首先占领岛的北部地区。
穆斯塔法帕夏也在庆祝己方获取了一些有用的情报。骑士德·拉·里维埃和他的伙伴法拉内在严刑拷打之下不得不吐露出骑士团防御弱点在于卡斯蒂利亚区。帕夏因而决定在接下来的一天对此防区进行试探性进攻。
随着土耳其军队的步步紧逼，双方之间再次爆发骑兵冲突且两边损失都不小。大元帅科佩尔被迫将其手下撤到受比尔古和森格莱阿的火炮掩护的范围之内。而在土耳其人的一个前卫分队于马尔萨寻找水源的时候，骑士们从姆迪纳附近的山坡上呼啸而下，如砍瓜切菜般痛击入侵者。这些早期的小规模战斗让双方都得以借机试探敌手士气，并且适应其战术和装备。土耳其人立刻意识到他们不会轻易得手；而骑士们和他们的部队则见识了（对于其中很多人都是第一次）伊斯兰教的狂热如火。除去这些骑兵冲突的插曲，土耳其人不受阻拦地在岛的整个南部地区完成了部署。
拉·瓦莱特在战役初期的举措令一些历史学家迷惑不已。他们不禁问道，为什么圣约翰骑士团未能从敌人登陆的那一刻起就展开攻击呢？这个问题的答案包含了围城战与要塞作战的全部要点。一座要塞，就其本质而言，是为了让一支小部队承受住来自占有绝对优势的敌军的攻击。在马耳他围城战中，瓦莱特总共能召集的士兵数目不超过9000人，却要与超过30000人的敌军周旋。但是身处要塞之中，即使敌军总数比自身三倍还多，守卫者仍有机会取胜。骑士团的处境与十字军运动中发生在圣地的很多场战斗类似，这些战斗也直接促成了要塞建造技术的精益求精。敌众我寡，恶邻环伺，而微不足道的援军还要不远千里跨海而来，像圣约翰骑士团这样的基督教军事团体发现要塞才是解决这些问题的不二之选。在坚城高垒后方，骑士们才能抵抗有极大人数优势的敌军。
马耳他的情形也是如此。如果瓦莱特试图对土耳其人进行反登陆作战的话，即使在初期可能获得小胜，他的部队也会迅速被击败。他们会被敌人迂回包抄，敌军会分兵在海岸的其他地点登陆并从他们身后攻来。无论在何种情况下，绝对的数量差会使骑士团被迅速吞掉。马耳他岛上既无隐蔽之处，又无深山密林，缺乏克里特岛（Crete）上那种可以开展游击作战的有利条件。瓦莱特仅有两个选择：要么从一开始就反登陆；要么就转入做好备战工作的要塞。毫无疑问他选择了正确的策略。
在土耳其舰队现身的三天后，土耳其军队便控制了大港湾以南地区，并占领了马尔萨。他们的主力开始进驻攻击位置，登上一些可以从南俯瞰大港湾区的低矮山丘。比尔古和森格莱阿防御上的一大弱点就是这些强化要塞的一边是地势较高的科拉迪诺，另一边是例如坐落于卡尔卡拉（Kalkara）后方的圣玛格丽特山（Santa Margherita）这样的制高点。与之类似的是，圣艾尔摩堡也被希贝拉斯山俯瞰着。这些天然缺陷已经被骑士团雇用的工程师在之前的勘察中指了出来，但不幸的是骑士团既没有时间也没有财力来弥补这些缺陷。
当棱堡的哨兵向南望去时，他们能看到阵容齐整的土耳其军队正向这里进发，准备进行第一次试探性进攻。根据从两名俘虏口中撬出的情报，穆斯塔法帕夏决定攻击卡斯蒂利亚骑士的防区。低矮的山头上军旗攒动，闪耀着指挥官们珠光宝气的头巾和长袍。他们手里的弯刀刀柄上也镶嵌着宝石。丝绸做的三角旗在各个分队的前列飞舞，马匹的盛装打扮丝毫不亚于其主子的服饰盔甲。“整支军队从远处望去就如同草场里盛开着大片鲜花，令人目不暇接；而各式各样的乐器也鸣奏起来，叮咚入耳，和谐归一。”
看着前进中的土耳其军队，瓦莱特记起加西亚·德·托莱多关于节约使用部队的劝诫，下令所有人都守在城墙后，敌人进入射程前不得开枪。然而他忘了年轻人的冲动和炽热，骑士队伍里有很多人是第一次碰上这种大阵仗。“他几乎动用了所有权威去阻止这些年轻人开城出战；而在被他喝止之前，已经有一大拨骑士冲了出去。”意识到这已无可避免，大团长决定让小伙子们去适应一下尚觉陌生的敌人，尽早体验“血腥”。他从森格莱阿和比尔古派出三个分队去迎击土耳其人的先头部队。
第一场主要战斗在设防阵地南部的陆地上持续了整整六个小时。瓦莱特置身于普罗旺斯骑士防区主城墙突出在外的棱堡上，他目睹枪炮发出的火焰席卷了密集的人群。双方前锋接战的时候，城墙下回响着马嘶声、兵器的碰撞声和火器的噼啪声。尽管他自己的火绳枪兵表现不错，但是他注意到土耳其的神枪手们更胜一筹。尤其是近卫军对于精准射击尤为擅长，他们使用的火枪大约有“7或9掌宽[1]”，尽管装弹时间较长，但是效率要比欧洲火枪高。当他站在棱堡上观战的时候，他身旁的一名士兵被击毙倒在他的脚边，而离他只有几步远的侍从也被击伤了脖子。
看到投入战斗的土耳其人愈来愈多，瓦莱特下达撤退的命令。守卫者们向后退入打开的城门，炮手们则阻止土耳其人继续前进。只有21名基督徒阵亡，而土耳其人则在战场上扔下了几百具尸体。但是，在这第一场主要战斗中产生了150名伤员，瓦莱特知道他再也不能允许出击了。出击行动提升了部队士气，但从现在起他手下的有生力量要保存下来用于防守。
一面缴获的土耳其战旗被带到他面前接受检查（随后被挂到了修道院教堂里）。来自纳瓦拉的骑士让·德·莫尔古特（Jean de Morgut）杀死了一个穿着奢华的土耳其军官，并向大家展示他从死者手臂上剥下的金手镯。有人读出了刻在上面的阿拉伯铭文：“我来马耳他并不是为了财富或荣耀，而是救赎我的灵魂。”
随着太阳落山，穆斯塔法下令撤军。全军分为三部，左翼在马尔萨，中军紧靠科拉迪诺，而右翼正对着森格莱阿。很明显，卡斯蒂利亚防区实际上是陆基防御里最强的一段，并由许多火炮保护着。近卫军损失很大。两名基督徒俘虏撒了谎，穆斯塔法帕夏下令将骑士阿德里安·德·拉·里维埃和巴尔托洛梅奥·法拉内用大棒活活打死。
[1] 中世纪的计量单位，1掌宽约为25厘米。
