圣艾尔摩堡于6月23日陷落。它在被彻底切断所有外部援助后仍坚持了三天之久，且在不间断的围攻下坚守了三十一天。回顾这段历史，人们发现它的坚守是整场战役的关键。这个小小的城堡从逻辑上来说一周之内就应被攻取或屈服，事实上却成了土耳其军队的灾难。关于土耳其人的损失的确切数量，各方说法不一，但是在整合各个记述者和历史学家的记录并取平均值后，这个数字在8000人左右，接近这支从君士坦丁堡远程而来的军队总人数的四分之一。守军损失了1500人，几乎是一个基督徒对六个穆斯林的比例。阵亡的主要是西班牙人、马耳他人以及其他外国人。120名骑士和侍从军士丧生，其中阵亡人数最多的是意大利语区（31人）。其余的阵亡者大致上均匀地分布在阿拉贡语区、奥弗涅语区、法兰西语区和普罗旺斯语区。日耳曼语区损失了五名成员。
在最终的这场进攻中，土耳其人在堡垒内进行了屠杀，如果不是拜图尔古特手下的一些海盗所赐，没有人能够生还。对于这些海盗来说，人质总是比死尸要值钱得多，因此他们设法俘虏了九名骑士。巴尔比记下了这九名骑士的姓名，包括五位西班牙骑士——洛伦佐·德·古兹曼（Lorenzo de Guzman）、胡安·德·阿拉贡（Juan de Aragon）、弗朗西斯科·比克（Francisque Vique）、费尔南德斯·德·梅萨（Fernandez de Mesa）和贝拉斯克斯·德·阿戈特（Velasquez d’Argote）；三位意大利骑士——佩德罗·瓜达尼（Pedro Guadani）、弗朗西斯科·兰弗雷杜奇和巴基奥·克拉杜奇（Bachio Craducci）；以及一位法兰西骑士安东尼·德·穆卢贝赫（Antoine de Molubech）。但是似乎没有任何人（如海盗所希望的那样）被赎回的记录。他们可能因伤去世，或是沦为桨帆船奴隶并以此身份度过余生。一些马耳他士兵成功地从城堡废墟中逃出。在这些人里，据说有五人从圣艾尔摩堡所在的岩石峭壁上跃入海中，然后游过大港湾到达了比尔古。正是从这些马耳他人的叙述中，巴尔比收集了他讲述圣艾尔摩堡最后三天的故事所需的素材。
如果穆斯塔法帕夏能够依自己的方式行事的话，就将不存在幸存者。这位土耳其总司令早就享有冷酷无情的盛名，更何况圣艾尔摩堡的长期抵抗彻底激怒了他。骑士团的史官在批判穆斯塔法“绝不宽恕”的命令时毫不迟疑。但是，他们在这么做的时候忘记了当时主导战争事务的一些奇怪“法则”。围城战通常来说就是根据一套法则进行的。当时获得普遍认可的观念是：一旦城墙出现了大的缺口，就由守军决定是否投降；如果投降，他们就有权被以礼相待，还可能自由离去或者至少通过交付赎金而获释；如果是相反情况，即被围困的堡垒守军拒绝投降并且坚持对抗到最后，他们就无权获得任何宽恕——他们可能会被奴役，也有可能死于刀剑之下。
因此，当穆斯塔法帕夏下令绝不宽恕任何俘虏的时候，他是在行使自己的正当权利。无论如何，他都很难或者不可能控制自己的部队。土耳其人的损失是如此惨重，这使他们决心复仇。除了上述的九名骑士和少数几名游过大港湾的马耳他民兵外，守军中再无幸存者。
穆斯塔法不留活口的做法是可以理解的。他的其他做法也与他在其他战役中表现出的残忍相符。他向来认为敌军会被残忍的挑衅行为吓住。他下令将骑士的尸体与普通士兵的区分开来，然后确认出主要骑士的尸体。勒·马斯、米兰达和德·瓜拉斯的头颅被从躯体上砍下。随后这些头颅被挂在俯瞰大港湾的木桩上，面向圣安杰洛堡。
辨识出骑士并不难。其他人不会拥有如此精细的盔甲和武器。穆斯塔法剥除了一些骑士的铠甲。他们的尸体被斩首，躯干被钉在羞辱性的木制十字架上（有记述者说一些未死的骑士的胸膛上被刻上十字记号，而且他们在被斩首前就被挖出了心脏）。有一件事是可以肯定的，许多无头尸体在圣艾尔摩堡陷落后的那天夜里被扔进了大港湾的海水里。
此时是圣约翰日也就是骑士团主保圣人纪念日的前夕。尽管失去了圣艾尔摩堡，大团长还是下令进行正常的庆祝活动。尽管不允许浪费火药粉末或是燃烧剂材料去点火或制作烟火，但是篝火还是在比尔古和森格莱阿全城点了起来，教堂也响起了钟声。土耳其人在注意到基督徒阵营里这些显然是庆祝活动的迹象之后，“在马尔萨也燃起了无数火焰，”巴尔比写道，“这不是因为他们也在庆祝圣约翰日，而是为了庆祝他们夺取了圣艾尔摩堡……这种景象使我们很受伤害，因为这是骑士们一直以来用来纪念主保圣人的庆祝形式。”
6月24日，周日，和缓的海流在这个夏日的清晨里扫过大港湾入口，洗刷着大港湾东南边海汊的海岸，并且带来了不祥之物。四位骑士的无头躯干随着木制十字架浮沉漂流，被冲到了圣安杰洛堡的岸边。
拉·瓦莱特立刻接到了通知，他和他的拉丁语秘书奥利弗·斯塔基爵士以及议事会其他成员来到了岸边。只有两具尸体能被辨识出来，贾科莫·马特利（Jacomo Martelli）和阿莱萨多·桑·乔吉奥（Alessandro San Giorgio），两人都来自意大利语区。他们是被圣安杰洛守军中的自家兄弟认出来的。
拉·瓦莱特从马耳他围城伊始就深知这是一场需要战斗到底的恶战。他要给自己的追随者和土耳其人留下深刻印象，那就是守军绝不可能体面投降。他没有丝毫犹豫便下令处决所有土耳其战俘，其中很多人是被科佩尔元帅的骑兵队在之前的袭击中俘获的，目前被关在比尔古。他们被立刻带到行刑刽子手面前。他们的头颅被砍下，躯体被扔到海里。
正当穆斯塔法的士兵在收集于圣艾尔摩堡缴获的火炮，并准备将其作为战利品送往君士坦丁堡的时候，他们的工作被从天而降的炮弹干扰了。圣安杰洛堡骑士塔上的大炮正在向他们开火。炮弹就是土耳其战俘的头颅。
即使是那些决心不对这位伟大人物吹毛求疵的历史学家，也很难为大团长的这一行为辩护。W.H.普雷斯科特写道：“他下令割下土耳其战俘的头颅并用大炮发射到敌人阵营中，用这种方式来给穆斯林”——就如编年史家告诉我们的那样——“上人性的一课。”维多利亚时代的作家惠特沃思·波特（Whitworth Porter）将军对此评论道：
如果拉·瓦莱特能遏制住由敌人的可耻行为（对骑士的尸体实施斩首）激起的愤怒，那么他的声誉无损；但是不幸的是，编年史家不得不记录下他对敌人采取的报复措施，这些措施如同敌人的行为一样野蛮，且与他基督战士的身份毫不相称；不仅如此，更恶劣的是，穆斯塔法满足于肆意毁坏敌人已无意识的尸体，而拉·瓦莱特则被一时愤怒支配，将所有土耳其战俘斩首并将他们的首级通过圣安杰洛堡的大炮发射到土耳其营地。尽管这一行为是如此残暴，且与现代勇士的观念格格不入，但是，唉！它又是如此符合当时的习惯，因此早期的记述者难以对其予以责难，甚至很少为之惊异。虽然如此，这一事件仍在杰出英雄的清白名誉上投下了阴影，因而让历史后悔记录。
大团长通过这一迅速而又无情的回复表明，这是一场没有宽恕的围城战。当他下令把战俘首级发射到土耳其阵营时，他实际上是在向马耳他的所有守军和人民宣布：
“退无可退！战死总比死成这样好！”
